這個政策又使得燕王找到了另一口實，說他的侄子如何違犯了《祖訓錄》；它進一步為他提供了對皇帝進行“懲戒行動”的理由。這些命令未必都曾經付諸實施，因為建文朝廷此後不久就夭折了。但是，由於它們攻擊了佛教和道教僧侶們的既得利益，這些政策無疑地疏遠了宗教界，特別是得罪了佛教徒。因此，許多佛教僧人都為燕王叛軍效勞是不足為奇的：他們的領袖是這位僭主的顧問，即和尚道衍，此人自1382年以來即已為燕王服務（他後來名姚廣孝，1335~1418年）。
對諸藩王國度裏的行政也進行了一些改革：設置了賓輔和伴讀，並讓翰林學士以儒家的為政傳統教育和輔導諸幼年王子。王子們還進一步不準參與文、武政事；這個命令顯然與《祖訓錄》中的規定大相徑庭。這些加強了皇帝對藩王控製的新條令是意在取消半自治性質的封國的總戰略的一部分。
削奪世襲封國的政策的產生是由於擔心幾個有野心的皇叔可能要發難，特別是擔心燕王朱棣。1370年以後，明太祖陸續分封了他年長的九個兒子（其中包括朱棣），把他們封在西北邊境和長江中部，王位世襲；這些藩屬王國都是用來作為抗擊蒙古侵略和鎮壓叛亂的支柱。王子們都享有巨額年俸和廣泛的特權；雖然他們在法律上對境內平民百姓不享有直接的行政權力，但他們每人都節製三支輔助部隊，其人數在3000到15000之間。
為了確保他對分封諸王國的控製，開國皇帝在他的《祖訓錄》中曾定下了一係列條令規章來管束諸藩王的行為；《祖訓錄》首次發布於1381年，後來又在1395年做了修改。其中有一條規定：在新皇登極以後的三年時間內藩王們不許來朝廷，隻能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷當道，諸王得準備他們的兵力，聽候新皇帝召他們來“撥亂反正”，而在完成了他們的任務和驅逐了奸佞以後，他們仍應返回封地。
對於合法的繼承原則定下了一條重要的規矩；它既適用於藩封王子的繼承，也適用皇位的繼承。其中主要的一條原則是繼承人應該是長子，並為嫡妻所生。如果這一點已不可能，嫡妻所生的第二個兒子將成為合法繼承人。為了使這些家法垂諸久遠，明太祖對後嗣下了嚴厲的警告，禁止他們對他的訓示有一絲一毫的改動；而且他告誡諸王，對任何違犯者，甚至皇帝本人，他們可以群起而攻之。這位開國皇帝的想法是很不現實的；製度上的調整總是不可避免的。新皇帝現在企圖削奪諸王的權力，這就使他與他的叔父們——特別是燕王朱棣——發生了公開的衝突。
然而可以理解的是，在這些藩王看來，他想削奪分封諸王一向享有的權利和特權的行動嚴重地違反了《祖訓錄》。人們向來認為削藩的政策是黃子澄和齊泰所出的主意，但是，它也可以說是出自皇帝的聖裁。黃子澄是這一政策最積極的擁護者，據說他使皇帝對采取這項政策的重要性獲得了很深的印象，因為他向皇帝講述了公元前154年漢代的七國之亂反對漢景帝（公元前157-141年在位）的故事，而且也一般地提示了這些強大而又擁有半自治權力的藩封所特有的潛在危險性。他們曾經考慮了兩種行動路線：一是徹底廢除藩封諸王國；一是減少他們的政治和軍事大權。主要的目標是燕王；到了這個時候，洪武帝的二子和三子均先已故去，隻剩下燕王是現在健在的最年長而又權勢最大的藩王，同時他也是皇家禮儀上的尊長。
幾經斟酌之後，建文帝決定走完全廢藩的道路。這樣便激起燕王舉兵反對皇帝，他表麵上是要恢複王朝原來的製度，實際上卻是要保持他自己的權力和影響。
令人難以對付的燕王朱棣生於1360年5月2日，他的生母也許是洪武帝的一位貢妃。他不是像他自己後來所說的那樣為馬皇後所生；他的這種說法是想在他從他侄子手中奪取了帝位以後按照嫡長子繼承原則使他的即位合法化。他長得堅強有力，同時也精通武藝，而且據說在學習儒家經典和文學方麵也是出色當行的。他的文學功底在正史中有所表述，因為這種成就符合一個儒家君主的公開的形象。1370年5月，洪武帝把他封為燕王，定他的封地在北平（今北京），讓他坐鎮北方邊境，以保證國內的安全和抵禦蒙古人的入侵。