結果，多年的腳疾還真被黃飛鴻治好了。劉永福驚喜萬分，稱黃飛鴻是華佗再世，於是，贈送了一塊寫有“醫藝精通”字樣的木匾，大力宣傳黃飛鴻的醫術。
來寶芝林看病的人越來越多，超過了來拜師學武的人，醫館裏到處都能聽到老百姓喚“黃師傅”的叫聲。在廣州隻有一個“黃師傅”，那就是黃飛鴻。黃飛鴻非常喜歡這個親切的稱呼。
在為老百姓看病的時候，黃飛鴻從來沒有馬虎過，同時也很仗義，遇到窮困的病人黃飛鴻不收他的醫藥費。
在廣州的老百姓離不開黃師傅的時候，黃飛鴻卻又要走了。已經是黑旗軍的軍醫官、福字軍技擊總教練的黃飛鴻，再一次燃起了他報國的願望，1894年，劉永福率領軍隊赴台灣抗擊日本侵略軍，黃飛鴻隨劉永福率九營福字軍抵台，駐守台南。不料，劉永福護台失利，黃飛鴻不得不再一次回到廣州。曆經世事滄桑的黃飛鴻心態開始平靜，從此隻懸壺濟世，退出武林，不再收徒弟，不再傳授武藝，並在“寶芝林”門前張榜說:“武藝功夫，難以傳授；千金不傳，求師莫問。”廣東的武林，沒有了黃飛鴻，頓時寂寞不少。又過了20年，黃飛鴻病逝於廣州城西方便醫院，享年69歲。
黃飛鴻的一生比起銀幕上那個黃飛鴻來說，要黯淡許多。曆史上真實的黃飛鴻就這樣平淡嗎？銀幕上的黃飛鴻要麼是趙文卓，要麼是李連傑，沒有一個長相一般的，這也迎合了觀眾的需要，或許我們都期望黃飛鴻像趙文卓一樣英俊，像李連傑一樣瀟灑。但事實恰恰相反，真實的黃飛鴻長相很一般，甚至還有我們所不齒的大肚腩，黃飛鴻留存於世的隻有一張照片，這張照片也證明了黃飛鴻與帥哥搭不上邊。更有力的證據來自於黃飛鴻的第四任夫人莫桂蘭，她在接受香港《真功夫》雜誌采訪時說:“黃飛鴻生性怪異，壽星公頭，有一副羅漢眉，眉長至垂下，瓜子口麵，耳大而長，身材肥壯高大，要穿三尺六寸長衫，行起路來表情淡定，兩手總擺在後麵。”這讓鴻迷們大失所望。
黃飛鴻的武功到底有多高？
七八十年代生人，男孩子與男孩子打鬧，是不是來一句“佛山無影腳”。這是銀幕上的黃飛鴻的看家本領，而事實上武學當中沒有“佛山無影腳”的說法，這一武功純屬虛構。那麼黃飛鴻的武功究竟有多高？黃飛鴻的功夫主要來自兩個部分，一部分是黃飛鴻的父親黃麒英，另一部分是鐵橋三的徒弟林福成。莫桂蘭認為，黃飛鴻平生絕技有雙飛砣、鐵線拳、虎鶴雙形拳、羅漢金錢鏢、四象標龍棍、工字伏虎拳等，其中最擅長的應該是虎鶴雙形和飛砣，虎鶴雙形拳由黃飛鴻集各家之精華融會貫通而創立。值得稱道的是，黃飛鴻的舞獅技術堪稱一絕，黃飛鴻的獅藝以獅子出洞、獅子上樓台等著稱，以飛砣采青為絕技，在當時的廣東獨樹一幟。黃飛鴻還開創了女子舞獅的先河。總之，黃飛鴻的武功並不像銀幕中那樣無所不勝，有資料記載，曾經好幾次打抱不平時，黃飛鴻都寡不敵眾。
黃飛鴻的醫術到底有多高？
事實上黃飛鴻會的僅僅是一些皮外傷，尤其是跌打損傷，中華武術與中醫一脈相承，所以黃飛鴻會簡單的醫術，但中醫實在博大精深，黃飛鴻又不喜歡讀書，他不可能有很高的醫術。
有一件小事可以看出黃飛鴻的文化水平。他想開一個醫館，但苦於沒有一個好名字。這時他的徒弟考中了進士，送給他兩句詩:“寶劍騰霄漢，芝花遍上林。”黃飛鴻就把第一句詩的第一個字和第二句詩的第一個字以及最後一個字合在一起，用作醫館的名字。
黃飛鴻是否真有十三姨這樣一位紅顏知己？答案是否定的。曆史中的黃飛鴻愛情與婚姻非常慘淡。他一共結過四次婚，三任妻子相繼死去。直到第四任妻子莫桂蘭，才陪他度過了最後的歲月。也有人說莫桂蘭或許就是十三姨。但莫桂蘭直言不諱，說黃飛鴻對她的感情一般，她嫁給黃飛鴻的時候才19歲，但黃飛鴻卻已經五十多歲，老夫少妻，沒有什麼浪漫，有的僅僅是陪伴。