“本質論”是黑格爾邏輯學的第二部分內容。“本質論”是建立在“存在論”基礎之上的，旨在通過事物的表麵，挖掘事物潛在“底層”、“基礎”、“本質”和“間接麵”。這是“黑氏邏輯學”裏相當重要的一部分，有點“方法論”的意思。“本質論”和“存在論”的範疇是不一樣的。“存在論”的範疇都是直接性的，從認識論角度來講，都是停留在直接的表麵層次裏的。而到了“本質篇”，認識總是出現一個從“直接”到“間接”的問題。因此，在“本質篇”裏麵的範疇都是成雙成對而來的。
“本質論”具體可以分為三個階段：一是“本質自身”。“本質自身”即本質在自身之內的反映。二是“現象”。“現象”是本質表現為它的對象，通過它的對立麵來表現自身的階段。三是“現實”。“現實”是“本質自身”與“現象”的統一，是“本質自身”的最終實現。
本質
黑格爾認為，“本質論”發展的第一個階段是本質在自身內部的反思。實際上，本質在自身內部的反思是一種純粹的反思；是一種內部的還沒有表現為外在關係的反思；是一種絕對的、抽象的反思。本質在自身內部的反思的範疇包括同一、差別、根據等等。“同一”是本質自身反思的第一個環節。“同一”表現為本質自身“同一”的存在；本質在自身反思階段的自身聯係指的就是“同一”。“差別”是從“同一”推演出來的一個概念，分為絕對的差別、雜多和對立三種情況。“根據”是“同一”與“差別”的統一體。“根據”是事物的本質，一切事物的存在，都是有根據的，都不能離開根據而獨立存在。
黑格爾認為，“本質論”發展的第一個階段是本質在自身內部的反思。實際上，本質在自身內部的反思是一種純粹的反思；是一種內部的還沒有表現為外在關係的反思；是一種絕對的、抽象的反思。本質是絕對的，沒有比本質的本身更深一層次的“再本質”。也就是說，本質自身內部的反思就是最基礎的反思。但是，正因為本質是絕對的，所以在本質自身的反思階段，本質並沒有表現出來。也正是因為本質在自身的反思階段還沒有表現出來，所以“純粹的存在”就是虛幻的，不真實的，不可觸摸的，不現實的，甚至可以說是“沒有本質的”。
本質在自身內部的反思的範疇包括同一、差別、根據等範疇。
1、“同一”
“同一”是本質自身反思的第一個環節。黑格爾認為，在本質階段，“同一”表現為本質自身“同一”的存在；本質在自身反思階段的自身聯係指的就是“同一”。本質自身最大的特點就是它的“同一性”。
“同一”分為“抽象的同一”和“具體的同一”兩種。“抽象的同一”是拋開任何差別和對立的“同一”，是絕對的“同一”。當然，“抽象的同一”自身的性質也決定了它的“同一性”是片麵的，非真理的，是“偽同一”。“具體的同一”指的是在強調“同一性”的同時，把差別也包含在自身內部的“同一”中。黑格爾認為，“具體的同一”把同一性和差別性統一於一體，這才是“真正的同一”。
為什麼把“同一性”和“差別性”統一於一體的“具體的同一”才是“真正的同一”呢？黑格爾認為，哲學是科學的科學，科學的科學是不應該把本質自身的“同一”看作是排斥一切差別性的“抽象的同一”。真理也隻有在把“同一性”和“差別性”統一於一體的時候，才是真正的科學。因此，排斥一切差別性的“抽象的同一”是不科學的，是片麵的。“真正的同一”應該是把“同一性”和“差別性”統一於一體的“具體的同一”。
2、“差別”
“差別”是從“同一”推演出來的一個概念，分為絕對的差別、雜多和對立三種情況：
（1）“絕對的差別”
“絕對的差別”也稱為“單純的差別”或者“差異”。舉個例子：蘋果是蘋果，香蕉是香蕉。蘋果和香蕉是有差別的，並且蘋果和香蕉之間的差別就是“絕對的差別”。但是蘋果和香蕉的差別在哪裏呢？我們隻知道，蘋果不是香蕉，香蕉不是蘋果，但是蘋果和香蕉的具體差別在哪？我們似乎不是很清楚。那麼，蘋果和香蕉的差別是不是就轉化為“同一”了呢？我們不能這樣理解。但是，我們至少可以知道：“同一”在包含著“同一性”的時候，至少也包含著“差別”的環節；“差別”在包含“差別性”的環節的時候，至少也包含了“同一”的環節。
（2）“雜多”
所謂“雜多”，是指事物各自獨立，紛然複雜，彼此區別而沒有本質聯係。在“絕對的差別”中，“同一”在包含著“同一性”的時候，至少包含著“差別”的環節；“差別”在包含“差別性”的環節的時候，至少包含了“同一”的環節。於是，“同一”和“差別”在彼此包含的基礎上又彼此獨立，互不幹涉。“雜多”指的就是“同一”和“差別”在彼此包含的基礎上的彼此獨立，互不幹涉。
（3）“對立”
“對立”是差別的第三種情況。黑格爾認為，“同一”和“差別”在彼此包含的基礎上的彼此獨立、互不幹涉就是“雜多”，也就是“無差異”。“無差異”和“差異”是相對的。在此基礎上，黑格爾進一步推演出“對立”的概念：“對立”就是任何事物都包括“相異”和“不相異”兩種環節的情況。黑格爾還認為，“對立”意義上的差別就是“本質的差別”。黑格爾在他的《小邏輯》中這樣論述“本質的差別”：“在對立中，有差別之物並不是一般的他物，而是與它正相反的他物；這也就是說，每一方隻有在它與另一方的聯係中才能獲得它自己的‘本質’規定，此一方隻有反映另一方，才能反映自己；相應地，另一方也是如此。所以，每一方都是它自己的對方的對方。”很顯然，黑格爾所謂本質的差別，是指肯定和否定兩個方麵的差別，這兩個方麵各自獨立，相互排斥，但同時又相互關聯，互為前提。難怪黑格爾認為，“本質的差別即是對立”。
另外，黑格爾還認為，“對立”是“絕對的差別”和“雜多”的統一體。
首先，“對立”包含“雜多”的成分。“對立”的雙方是肯定和否定。“雜多”的成分也包括肯定和否定的對立。因此，“對立”含有“雜多”的成分。其次，“對立”包含有“絕對的差別”的成分。“絕對的差別”是絕對的，單純的差別。例如：甲不是乙，包括甲對乙的否定，也包括乙對甲的否定。“雜多”指的就是肯定和否定的彼此獨立，互不幹涉。因此，“對立”包含有“絕對的差別”的成分。正如黑格爾在《大邏輯》中所講：“在對立中，規定的反應或差別達到完成的地步。對立是同一性和雜多的統一體；對立的諸環節在一個同一性中表現為雜多，因而成為對立的。”隻有在“同一性”的基礎上，“雜多”才是“對立”的；沒有“同一性”，“雜多”是不可能轉化為“對立”的。
“矛盾”
黑格爾認為，“對立”著的任何一方，是必須在承認另一方存在的前提之下才存在自身的，否則，“對立”是不會存在的。從這一點上講，“對立”著的雙方是彼此包容的關係，離開對方，自己便不會存在。另外，“對立”著的雙方是彼此排斥的，因此，“對立”著的雙方又是獨立存在的。由此，黑格爾在“對立”的基礎上推演出了“矛盾”的概念。什麼是“矛盾”呢？彼此既互相包容又互相排斥，既互相依賴又互相獨立，這就是“矛盾”。黑格爾在它的著作中說：“差異一般已經就是自在的矛盾。”矛盾是“一個事物裏包含著的對立”，對立雙方“既彼此相關，而又彼此漠不相關”。這就是說，一切現實的事物都在自身中包含著相反的規定，是“作為相反規定的具體統一”。黑格爾認為，矛盾比它由之而來的同一、差別、對立等純反思規定具有更高的真理性。
“矛盾”在哲學上是一個非常重要的概念。哲學自從有了“矛盾”，就開始生動起來。黑格爾說：“一切事物都自在地是矛盾……這個命題比其他命題更加能表述事物的真理和本質。”矛盾之所以是更深刻、更本質的東西，就是因為矛盾“是一切運動和生命力的根源；事物隻因為自身具有矛盾，它才會運動，才具有動力和活動”。矛盾是一切自己運動的根本，而自己運動不過就是矛盾的表現。“因為自在的肯定事物本身就是否定性，所以它超出自身並引起自身的變化”。
矛盾的存在是客觀的和普遍的，它不僅存在於理性中，而且為事物本身所固有。天地間絕對沒有任何事物不具有矛盾，“矛盾是推動整個世界的原則”。而辯證法就是要闡述事物和概念的自身運動和發展，揭示一切運動、生命和事物的推動原則。所以黑格爾說，“本來意義的辯證法”就是“在對象的本質中發現本質自身所具有的矛盾”。可見，關於矛盾的思想在黑格爾的辯證法中占有非常重要的地位。
3、“根據”
在“同一”與“差別”的基礎上，黑格爾推演出了“根據”的概念。黑格爾認為，“根據”是“同一”與“差別”的統一體。根據是事物的本質，一切事物的存在，都是有根據的，都不能離開根據而獨立存在。《邏輯學》裏這樣論述“根據”：“這一命題通常是說：有了什麼東西，就不能把它看作是有的直接物，而要看作是建立起來的東西；它並不停留在直接的實用或一般的規定性上，而是要從那裏回到它的根據裏。”從這裏我們可以看出，“根據”就是事物內在的本質，本質實際上就是“根據”。有了“根據”的概念，我們在以後提到任何事物的時候，都要立刻想到它的“直接性”和它的“間接性”。它的直接性就是它存在的根據；它的間接性是因為它的直接性而存在的。
黑格爾把“根據”分為以下三個方麵：
（1）“絕對的根據”
因“文”生“意”，“絕對的根據”是絕對的根據關係，一般的、普遍的根據關係。我們通常講的“形式與本質”、“形式與質料”以及“形式與內容”的關係都是“絕對的根據關係”。再具體一點講，“絕對的根據”就是對任何事物都實用的根據，是在任何情況下都實用的根據，絕對沒有例外。
（2）“確定的根據”
同樣因“文”生“意”，“確定的根據”是相對於“絕對的根據”而言的，是不同於一般的根據關係，是特殊的、具體的和有確定內容的根據關係。“確定的根據”又分為“形式的根據”、“現實的根據”和“完全的根據”三種。
a、“形式的根據”
“形式的根據”就是指“根據”和“有根據的東西”的絕對統一，就是“底層”和“表層”的絕對統一。在具體論述“形式的根據”之前，黑格爾提到了一個“充足理由律”的概念。黑格爾認為，“充足理由律”宣布任何事物在本質上都是直接的，也就是說，要想說明乙就隻有通過甲。“充足理由律”告訴我們，當形式邏輯要求科學研究找到真正的根據的時候，另外還要求不以直接的材料為滿足，即直接的材料不能作為根據。例如，在回答“為什麼蘋果能解渴？”這一問題的時候，不能用“因為蘋果能解渴，所以蘋果能解渴”來回答。但是形式邏輯對“充足理由律”本身的要求缺乏根據。之所以在“形式的根據”裏，對“充足理由律”本身的要求缺乏根據，對根據的“根據”缺乏論證，或者說就是沒有根據的根據，是因為，在“形式的根據”裏，“根據”和“後果”實際上是互相來說明對方。或者說，在“形式的根據”裏，就是把“有根據的東西”自身的內容又重複了一遍，而把這一次的重複認為是“根據”。用“根據”和“後果”來互相說明對方的情形最後會陷於一種沒有結果的同義反複之中，也就是說，隻是限於形式的“論證”。再例如，“為什麼花兒會開花？”“因為花兒是能開花的植物。”在這個例子裏，既有充分理由，也有充足的根據，但是這裏的充分理由或者充足的根據都是多餘的，都不能從本質上說明問題。
b、“現實的根據”
與“形式的根據”正好相反，在“現實的根據”裏，“根據”和“有根據的東西”，“表層”和“底層”不再是一個內容了，而是從“有根據的東西”回歸到“根據”，從“表層”回歸到“底層”。在“現實的根據”裏，“根據”的內容隻涉及“有根據的東西”的一部分內在的本質，而不是從全局上把握事物。“現實的根據”總是從事物的某一部分談起作為根據，因此，不管把哪一部分內容挑出來作為根據，都無法充分說明事物的本質，都不能成為事物的充分根據。
c、“完全的根據”
我們已經知道，在“現實的根據”裏，“現實的根據”總是把一件事物的某一部分內容作為它的根據，因此無論選哪一部分都無法成為事物的“充分根據”。那麼，怎樣才是事物的充分的根據呢？黑格爾認為，把“現實的根據”中已經說出的一部分內容和那些還沒有被說出的內容結合起來，並從它們之間的關係的角度來說明事物，才能成為事物的充分的根據。在這裏，黑格爾把這種“充分的根據”又叫做“完全的根據”。正如黑格爾所講，“現實的根據關係毋寧是被揚棄了的根據；它因此而毋寧成為有根據的東西或者被設定的東西。——它現在是一個有根據的東西，它自己還有另外的根據”。很顯然，黑格爾在這裏所講的“另外的根據”就是“完全的根據”。另外，黑格爾還認為，“由於現實的根據本身回到了它自己的根據，所以在它那裏，又恢複了根據與有根據的東西的同一性，亦即恢複了形式的根據。這樣形成的根據關係是完全的，它同時包括形式的根據與現實的根據於自身之內，而且它使原先在現實根據中彼此無聯係的內容聯係起來”。也就是說，“完全的根據”包括“形式的根據”，因為，“完全根據”的內容與“現實的根據”中的“根據”和“有根據的東西”兩個“內容規定性”完全相同，二者隻是“形式上有區別”。
（3）“條件”。
這裏的“條件”並不像我們通常所理解的“條件”那樣簡單。在這裏，黑格爾認為，條件是根據的範疇，是一種補充的根據，是構成事物及事物之間進行非本質聯係的因素。在具體論述“條件”的時候，黑格爾把“條件”區分為“相對的無條件的東西”、“絕對的無條件的東西”和“從實質到實存的過渡”三種。
首先，之所以存在“相對的無條件的東西”，黑格爾是針對“條件”獨立於“根據”而言的，因為很多時候，“條件”和“根據”是沒有任何關係的。
其次，雖然說“條件”獨立於“根據”，但這並不是絕對的。有時候，“條件”可以給“根據”提供“機緣”，使“根據”發揮作用。這時候，“條件”和“根據”就會構成一個統一體。在這個統一體中，“根據”與“條件”兩因素雖然為“條件”，但是這個統一體本身則是不受“條件”製約的。黑格爾把這個統一體稱為“絕對地無條件的東西”。
最後，黑格爾在講“從實質到實存的過渡”的時候，把聯係“條件”來考慮的“根據”稱之為“實質”。之所以如此，是因為黑格爾認為，當“實質”具備了一切“條件”時，“實質”就會進入一個範疇——“實存”，這也就是黑格爾所講的“實質先於實存或者從實質到實存的過渡”。
現象
黑格爾認為，本質論的第二個階段就是“現象”；“現象”是“本質”的外部表現。在“現象”階段，“本質”已經由潛在的“內部自己反映自己”進入到“能表現本質的外部事物之中”。黑格爾認為，現象是本質的表現，本質是現象的基礎；本質是實際存在的東西，實際存在就是現象；現象不再是枯燥的、抽象的“存在”，而是活生生的、生動的“有”。黑格爾主要通過“現象界”、“形式與內容”和“本質的關係”三個範疇來具體論述“現象”階段。“現象界”就是有許多紛繁複雜的互為依據、互為基礎和互為依賴的“存在”的世界。“內容與形式”的關係，是黑格爾在“現象界”裏所要講的第二部分內容。現象界的東西彼此之間的獨立性、對立性和同一性的相互聯係就是彼此之間的“關係”，又稱為“本質的關係”。
通過前麵的內容，我們已經知道，“本質論”的第一個階段是“作為自身反映的本質”。在“作為自身反映的本質”這個階段，“本質”還隻是潛在的，隻是在自己內部反映自己，還沒有進入到反映本質的外部事物——“現象”之中。黑格爾認為，本質論的第二個階段就是“現象”；“現象”是“本質”的外部表現。在“現象”階段，“本質”已經由潛在的“內部自己反映自己”進入到“能表現本質的外部事物之中”。
黑格爾認為，現象是本質的表現，本質是現象的基礎；本質是實際存在的東西，實際存在就是現象；現象不再是枯燥的、抽象的“存在”，而是活生生的、生動的“有”。
首先，現象是本質的表現，本質是現象的基礎。現象和本質之間並不是孤立的，而是一個有機的統一體。現象是本質的外部表現；本質是現象的內在基礎。本質決定現象，指導現象；現象能動地反映本質。對待任何事物，都不能隻停留在對其表麵現象的認識上，而應該透過其外在的現象深入認識其內在本質。隻有這樣，認識才真正地有意義。
其次，本質是實際存在的東西，實際存在就是現象。正因為本質和現象是有機的統一體，所以本質並不是機械地存在於現象之後或者現象之上，而是直接顯現於紛繁複雜的現象之中。雖然實際上，表現或者反映本質的“現象”是複雜的、雜亂無章的，甚至是轉瞬即逝的，但是這並不影響“現象”反映和表現本質。