老子思想，言道言德，著重於萬物的原理，自然哲學極強，而莊子則多言人生哲學。莊子對道的理解，多在自然而然一麵。所以莊子以為人之幸福就在順應其自然之性，能為逍遙之遊者，必是順自然之性者；大鵬之摶扶搖而上九萬裏，學鳩之在樹叢間起落，皆合其性分，故皆為逍遙。在自然適性的映照下，各種社會形態皆給人痛苦。因為物之性各各不同，在同一的製度下，必有不適應者。最好是聽任其不同，以不齊為齊。故莊子主張在宥天下，反對治理天下。莊子反對人為地製定出規矩準繩，主張人有絕對自由，而之所以不自由者，因為被世間各種高下、是非所束縛；欲達到自由，首先要齊物論、齊是非。如《齊物論》問何為正處、正味、正色，所答各各不同。既然不同是無法避免的，不若聽其自爾，無須辯論。此謂休於天鈞，把握道樞，處其環中。“是之謂兩行”。有了這樣的態度，不僅物論可齊，是非可齊，生死亦可齊。《莊子》中多處論到齊生死。隻有齊生死，才能破除生之可戀，死之可痛，達到哀樂不能入，保持人的自由的本來狀態。比齊生死更為灑落的是無生死，即與宇宙萬物為一。馮先生以西方現代哲學家威廉·詹姆斯的“純粹經驗”來解釋。所謂純粹經驗，即隻直覺它是如此，而不追問它是什麼；與物俯仰，在在皆同，而不用名言分別，有似佛家所謂“現量”。“是非之彰也，道之所以虧也。道之所以虧，愛之所為成”。不識知，不區別，無對待，在在與之為一。到此境地，無有隔閡，無有阻遏，可以覺到“天地與我並生，萬物與我為一”了。馮先生認為，這是一種神秘體驗，它與孟子經由積累道德行為而有的“養浩然之氣”不同。莊子所用的方法，是在知識上取消一切分別，“乘天地之正，禦六氣之辯，以遊無窮者”，它與孟子所講的，構成中國哲學史上的雙璧，分流並峙。但莊學此方法，魏晉以後即無人再講，而孟子的方法，有宋明道學家為之發揮提倡。兩種神秘主義方法，際遇實不同。
名家是馮先生幾種中國哲學史著都著力介紹的，其原因大概如下。一、中國哲學長於政治哲學、倫理哲學，中國哲學家著眼於解決實際問題，不擅長形上思辨，其中唯一代表純粹形上學的，隻有名家。如不著意闡發，中國哲學將成為一無形上學的哲學係統。無形上學，則哲學失去其靈魂。二、馮先生是個善於形上思考的哲學家，他的理想是不僅要做哲學史家，更要做哲學家，而且是有深刻形上學係統的哲學家。他的《新理學》明顯地表明了這一點。在《新理學》緒論中馮先生曾說道：“在中國哲學史中，對於所謂真際或純真際有充分的知識者，在先秦推公孫龍，在以後推程朱。他們對於此方麵之知識，不是以當時之科學的理論為根據，亦不需用任何時代之科學的理論為根據，所以不隨科學理論之變動而變動。”所以他對名學始終有濃厚的興趣。三、馮先生自言區分名家為合同異與離堅白兩派是他研究中國哲學史兩個重要發現之一：“戰國時論及辯者之學，皆總而言之曰‘合同異、離堅白’，或總指其學為‘堅白同異之辯’，此乃籠統言之。其實辯者之中，當分二派：一派為‘合同異’，一派為‘離堅白’。前者以惠施為首領，後者以公孫龍為首領。”
馮先生先列舉惠施的“曆物十事”，認為惠施的特點是，一切事物皆是變動的、有限的、相對的。世俗所謂同異，是具體物之間的同異，這是“小同異”。而從“至大無外”的觀點看事物，自其同處看，則萬物莫不同；自其異處看，則萬物莫不異。故萬物可謂畢同畢異，這是“大同異”。惠施倡導從大處著眼，看出“天地與我並生，萬物與我為一”，由此“泛愛萬物”。馮先生並且指出，莊子的齊物論，是在惠施的基礎上轉進一步，惠施隻說出了知識上的結論，莊子則又有無言、無知、心齋、坐忘等體會萬物一體的修養方法。
對公孫龍，馮先生重點介紹其“白馬非馬”“離堅白”，由此帶出《公孫龍子·指物論》的內容，指出辯者與一般人從常識出發不同，辯者著眼於名。從名上說，“白馬”與“馬”內涵與外延皆不同。一個“名”有指有物。“指”指其共相，“物”指占時間、空間的個體事物。如個體的馬，是物；“白”與“馬”皆共相，皆指。公孫龍立說，多就共相說，故“白馬非馬”。而從常識的觀點看，可視為詭辯。“離堅白”也是從共相著眼，將一塊既白且堅的石塊析為“堅”與“白”兩個共相，因為從經驗獲得此共相的通道不同，如視，得白不得堅；觸，得堅不得白。不得堅、白時，堅、白“藏”。而此藏為“自藏”，即感覺不到。故“堅白離”。這說明一切共相皆分離而有獨立的存在。此所謂“離也者，天下皆獨而正”。
在辯者之後，馮先生還敘述了後期墨家。後期墨家是戰國後期的墨學，著重於知識論與邏輯學，還有一部分關於當時自然科學的討論。這部分史料保存於《墨子》書中，稱為“墨辯”或《墨經》。後期墨家是對辯者的反動，因為辯者從形上學出發，所講的多與常識相反，後期墨家則繼承了墨子的傳統，注重實用，對於事物的看法，多據常識立論，故有較多知識論內容。馮先生將後期墨家的論述分為三類：第一類是關於知識活動的，此類又分三點，一是知識的性質與起源，二是知識的來源，三是知識的種類；第二類是關於辯論的功用與規則的；第三類是關於同異之辯及當時對名家兩派特別是離堅白的批評。這些內容，馮先生用西方邏輯學和知識論的相關理論加以解釋，對國人重新認識和估價中國古代邏輯學和知識論內容，起了很好的作用。後來的《中國哲學簡史》和《中國哲學史新編》，隻是在這些基本內容上的細化和加深，及符合當時哲學潮流的評價，解釋框架和論述範圍並無大的變化。從中更可看出《小史》的可貴之處。
荀子是先秦儒學大師，雖與孟子俱尊孔子，但二人之氣質、學說截然不同。馮先生依照現代西方哲學家威廉·詹姆斯區分柏拉圖和亞裏士多德的方法，判孟子為軟心的哲學家，荀子為硬心的哲學家。因為孟子有唯心論傾向，而荀子有唯物論傾向。在荀子看來，孟子許多有神秘意味的思想，特別是他的修養方法、境界體驗，真可謂“僻違而無類，幽隱而無說，閉約而無解”。但荀子與孟子，就像道學中有程朱、陸王二大派，其不能無，亦不須無。
馮先生首先從宇宙觀著眼，認為孔子所說的天，是主宰之天；孟子所說的天，有時是主宰之天，有時是命運之天，有時是義理之天；而荀子所說的天，主要是自然之天，並認為這是受了老、莊的影響。荀子言自然之天，其中無道德的成分，所以其言人性，主張性惡說。此點與孟子正相反。但人性雖惡，經過後天的教育，可以成為善人，故“途之人可以為禹”。此又與孟子的“人皆可以為堯舜”殊途同歸。荀子強調的是後天的教化、熏習，人皆可以通過積學，久久為功，成為知禮義法度的君子。馮先生特別注目者，在荀子對國家社會的起源與禮義製度的根據的說明。在荀子看來，人生來具有聰明才智，知道人若不組成社會則無法生存，組成社會需一定的群居法則，即道德規範。所以，道德是人生活之必需。同理，人需要製定禮樂來實現社會、道德對人的規範作用，所以有禮；禮的作用在“養人之欲，給人之求”，即滿足人的本能欲求，文飾人的自然情感。這在人的喪祭活動中表現最為明顯。如喪禮是為了滿足人對死者的哀敬之情，同時也是安藏人的肉體生命使之終結。祭禮是為了安頓對死者誌意思慕之情。一方麵鄭重其事，一方麵知其為“無形影之事”，喪祭之禮是人的理智與情感雙重作用的結果，是自然哲學與社會哲學調和的產物。
馮先生對荀子介紹的另一要點是其名學與邏輯學。馮先生指出，孔子、孟子皆欲正名，孔子正名的內容是“君君，臣臣，父父，子子”，孟子正名的內容是使人有人之名所當有之實，重點在倫理方麵，而無邏輯的興趣。即使西方古代大哲，如蘇格拉底的“以歸納法求定義”，也隻有倫理的興趣。柏拉圖講理念，其倫理的興趣也大於邏輯的興趣。至亞裏士多德，才有專講邏輯的著作。而荀子生當辯者正盛之時，他所講的正名，邏輯的興趣甚大。荀子關於名的理論，如“製名之樞要”之類，馮先生皆不介紹，他介紹的是荀子對時人辯論中常出的邏輯錯誤的糾正。荀子把當時常出現的邏輯錯誤歸納為三種，第一種是“惑於用名以亂名”，第二種是“惑於用實以亂名”，第三種是“惑於用名以亂實”。用現在的話說，即偷換概念、以偏概全、以全否認偏。避免這三種邏輯錯誤的方法馮先生沒有說，在兩卷本《中國哲學史》中有較為詳細的論說。《小史》中重在中西對比，故提出與古希臘的不同即夠了。
先秦部分重點介紹的還有五行、八卦。馮先生指出，五行八卦之學之所以重要，首先因為它是中國上古時代注重天人之際，注重天道人事互相影響這一觀念在後代的衍化。五行出於《尚書·洪範》，本義是講構成萬物的五種質素及其功能，如水之潤下，火之炎上，木之可曲可直，金之可保留原狀可熔煉使之改變形狀，土之可以種植作物等性質特點。但自戰國末年始，五行家賦予五行更多性質，使之代表五種天然勢力，每種勢力皆有盛衰之時，並使五行相生相克。特別是漢代五行家將之用於政治，講“五德終始”之說。謂每一朝代皆代表一德，其服色製度，皆受此“德”的支配。代之而起的，必是五行中能克此德者。八卦是馮先生大加發揮的，因為它是影響中國人的思維方式甚為深切的《周易》的來源。《周易》特別是其中的“十翼”，大力彰顯的是“天地絪縕，萬物化醇”的原理：天為萬物的產生者，地為萬物的長養者；闔辟是乾坤的活動方式，“一陰一陽之謂道”是《周易》的基本原理，循環往複是事物運動變化的法則。馮先生還指出，易學中有象數派，其注重數，與希臘之畢達哥拉斯學派多有相同之點。畢氏認為天是一個和聲，在天文與音樂中，最可看出數的功用。中國自漢以後講律呂與曆法者，皆以易之數為本。馮先生講到陰陽家的合理之處時特別提到：“陰陽家之學，雖雜有許多迷信，而中國科學萌芽，則多在其中。蓋陰陽家之主要的動機，在於立一整個的係統，以包羅宇宙之萬象而解釋之。其方法雖誤，其知識雖疏，然其欲將宇宙間諸事物係統化，欲知宇宙間諸事物之所以然，則固有科學之精神也。”並認為這是秦漢在政治上統一中國後，其學術亦欲統一整個宇宙，使之整齊化、係統化的努力。這些論斷，與馮先生一貫的理性精神、一貫地重視格物窮理是一致的。
在《佛教、道教與道學》一節中，馮先生提到一個特別重要的觀點：中國人是天然的唯物論者，他們對於主體之外的客體，皆認為是實有的。說外界事物必依人之認識始存在，中國人多視為非常可怪之論。所以佛教所謂“三法印”中所講，中國人多給予另外的解釋。如三法印中的“涅槃寂靜”，中國人多以動來解釋靜，如僧肇的方法就是“豈釋動以求靜，必求靜於諸動”。佛教所謂“淨心”，也是能“繁興大用”的。印度社會中因種姓製度而有的一部分人無佛性之說，中國人也以“人皆可以為堯舜”“途之人可以為禹”去改變它。對佛教的輪回說，中國人也以“未知生，焉知死”“未能事人，焉能事鬼”將之改造為當世成就理想人格，拒絕來世。至於道教中的長生之術，一般人皆視為迷信，但馮先生所注目的是道教中一部分人欲以其作為戰勝天然的努力。因為道教中有“竊天地之機”“奪取陰陽造化機”等役使萬物以為人用的思想。這實際上表明人注重用科學方法控禦自然。馮先生在當時對科學的一般認識上提出，科學有兩方麵，一方麵注重確切，一方麵注重權力。對事物的確切知識，也即統治自然的權力。道教對於控禦事物，缺乏確切知識，所以對自然事物的解釋多是神話，用以控禦自然事物的方法，多為魔術，而魔術常常是科學的先驅。道教中的“黃白之術”即可視為中國化學的先驅。馮先生這個說法，吸收了西方哲學的觀點，連同上麵的陰陽家學說，欲向當時科學哲學、文化人類學所知甚少的中國人，傳播一點相關知識。