1890年春，康有為移居廣州安徽會館。這時，他晤見了近代經學大師廖平。廖平屬今文經學家，今文經學以講究“微言大義”，主張“通經致用”為特點。康有為覺得這比他原來信奉的陸王心學更“靈活”，更容易與現實聯係起來，為變法維新服務。
在廖平的啟迪下，康有為把今文經學的“知聖”理論作為宣傳資產階級變法維新的思想武器，利用今文經學的“三統說”和“三世說”論證變法維新的必要性。“三統說”早在西漢時的《尚書大傳》裏就有記載，後來董仲舒、班固都對此說作了進一步發揮。大致是說：每一個朝代都有一個“統”，“統”是受之於天的，舊王朝違背天命，便由另一新王朝“承應天命”來代替，新王朝確立後，必須“改正朔，易服色”。把朝代的更迭歸之於“黑統”(“人統”)、“白統”(“地統”)、“赤統”(“天統”)三個“統”的循環，這雖然是一種曆史循環論，但它肯定了各個朝代的製度不是一成不變的，而是各有因革損益的，因而必須“因時製宜”。“三世說”源於公羊學，它將《春秋》時期的曆史，分為孔子所見世、所聞世、所傳聞世，認為孔子關於三世的記敘言辭各異，隱寓著亂世、升平(小康)、太平(大同)之義。“三世說”是一種曆史進化論，它包含著曆史是進化的這一合理內核。“三統說”和“三世說”相結合，就成了要救國、要“太平”，就必須“因革”、“改製”；隻有“因革”、“改製”，才能實現“太平”盛世，進入“大同”世界。這樣，“三統說”和“三世說”就為資產階級改良派的變法維新主張提供了理論依據。
至此，康有為的改良主義思想體係才算最終建立起來。這一思想體係是以今文經學為主幹，對陸王心學、佛學和西學進行綜合改造的結果。它把握了19世紀末中國社會的國情，順應了當時知識界、政治界要求變法維新的思潮，既有曆史的深度，又有時代的高度。
草堂受學
第一次上書變法失敗後，康有為深感輿論的重要和人才的匱乏，而這兩者又都關乎教育，通過聚徒講學的形式，不僅可以宣傳變法維新的理論，而且還能培養維新運動的人才。正像康有為所認為的那樣，要想讓中國人睜開眼看世界，教育是首選。基於這樣的認識，康有為從現實的政治鬥爭中抽出身來，專心於教育，為新的變法運動作理論準備和人才培養工作。
1891年，他應陳千秋和梁啟超邀請，在廣州長興裏萬木草堂開始講學。從此，梁啟超在康有為的直接教導下，在萬木草堂整整度過了四年的讀書生活，他自己認為，一生學問之得力全在於此。
萬木草堂周圍樹木森森，環境優雅，是一個理想的讀書場所。康有為把這裏當作宣傳變法思想、培養維新誌士的大本營。這就使得萬木草堂的辦學指導思想和方針、教學的內容和形式，都不同於當時的其他學校。康有為本著“激勵氣節，發揚精神，廣求智慧”的教旨，著《長興學記》以為學規，提出教育的內容應包括德、智、體三個方麵。這三個方麵內容貫穿於教學活動的各個方麵，梁啟超據《長興學記》的論述，指出康有為的教學內容德育占七成，智育占三成，同時對體育也非常重視。
康有為在中國教育史上第一次提出了德、智、體全麵發展的教學原則，並對傳統的教學內容和形式進行了大膽的改革，使萬木草堂成為一所不同於流俗的新式學堂。對於萬木草堂，梁啟超認為，萬木草堂在組織結構上雖然遠不如西方近代學校，但是它所體現出來的精神卻絲毫不弱於西方近代學校。
萬木草堂的教學形式是大堂會講和學生自學相結合。康有為每天午後升堂開講，每講一學，論一事，都要上下古今，究其沿革得失，並引歐美事例以作比較證明，所講科目中，“學術源流”最受學生歡迎。據《萬木草堂口說》記載：“學術源流”共講七次，對古代儒、道、墨、法等所謂的九流，以及漢代的考證學，宋代的義理學，曆舉其源流派別，縱橫議論，詳加分析，深深地吸引了學生。如講晉代王羲之、王獻之書法，則必講二王之前書法如何成立，二王之後書法如何變法；講唐代李白、杜甫詩歌，亦必講李杜以前詩歌如何發展，李杜以後詩歌如何變革。如此說來，源源本本，縱橫貫通，教學效果十分好。講課以外，主要是學生自己讀書，寫筆記。康有為讓學生先讀《公羊傳》和《春秋繁露》，因為這兩部書是今文經學的重要經典。學生每人有一本功課簿，在讀書過程中有疑問或心得，就記在自己的功課簿上，每半個月呈交一次。康有為根據學生在功課簿上所提出的問題，分別作出詳細批答，這樣有的放矢，因材施教，使學生大受教益。草堂沒有正式的考試製度，主要靠功課簿見出學生功課的優劣、造詣的深淺。
1891年至1894年，風華正茂、思維開闊的梁啟超，在萬木草堂這樣一個彙集新思想、新學問、新風氣的地方，在循循善誘、愛生如子的恩師康有為的直接啟發和教導下，進入了他一生第二個緊張的學習時期。萬木草堂有個圖書館，名曰“書藏”。康有為將他家數代藏書全部運來，又從上海製造局購買了西方社會科學和自然科學各類圖書3000餘冊充實書藏。求知欲旺盛的梁啟超在這裏如魚得水，恣意涉獵，像海綿吸水一樣吸收各科知識。他對先生開設的各門功課都很感興趣，上課認真聽講，勤做筆記，時有心得。課下則閱讀《資治通鑒》《二十四史》《宋元明儒學案》《文獻通考》及先秦諸子等書。此外還有大量經過翻譯的外文書籍。這個時期，梁啟超的閱讀真是古今中外，無所不包。於此，我們也就不難理解梁啟超為什麼能成為中國近代史上學貫中西的通才。
梁啟超在讀書學習過程中，還總結了一些有效的學習方法。首先，他強調讀書要寫讀書筆記，通過讀書筆記來加深理解，鞏固所學的知識。另外，他還指出，讀書要博約結合，有些書要精讀，有些書隻要泛讀或瀏覽一下就可以了。梁啟超本人的讀書治學活動就充分體現了博約結合的特點。他一方麵廣泛涉獵古今中外書籍，對政治、文學、哲學、曆史、新聞、經濟、法學、宗教等各種學科都有著濃厚的興趣和較深的造詣；同時又專精經史，認為經學專求大義，史學在於證經，百史皆經，史學亦即經學。由此形成了他學習上以文化為研究範圍，以史學為專攻方麵的治學特征。
刻苦學習而又善於讀書的梁啟超，像在學海堂一樣，很快脫穎而出，成為萬木草堂的高材生，受到康有為的賞識，被其看作是最得意的門生之一。這從以下幾個方麵可以看出：一是康有為把梁啟超等人當作自己著述的主要助手。他在草堂講學時期編了好幾部書，其中最重要的兩部書是《新學偽經考》和《孔子改製考》，這兩部書的編纂刊行都曾得到梁啟超的幫助。《三十自述》記載，康有為在編《新學偽經考》時，梁啟超參與了校對，編《孔子改製考》時，梁啟超參與了部分內容的編撰。《孔子改製考》的編寫，根據梁啟勳《萬木草堂回憶》所載，由康有為發凡起例，梁啟超等人分別搜集材料，幫助纂訂；關於《新學偽經考》，康有為在《自編年譜》中明確指出，得到過陳千秋、梁啟超的幫助。
二是1893年，康有為讓梁啟超和陳千秋擔任萬木草堂的學長。草堂的學生不分班次，一般是在先入學的學生中選出兩名高材生作為學長，梁啟超能被任命為學長，領導學生讀書，管理草堂事務，可見恩師對他的器重。
三是康有為把梁啟超看作是自己的高足，讓他外出講學，宣傳自己的改良思想。1893年冬，梁啟超前往東莞講學，所講內容都是康有為的變法思想和今文經學的“微言大義”，這些思想在當時的人看來，充滿了不可思議的奇談怪論。當時，有一個叫張篁溪的小夥子從梁啟超受學，他說，梁啟超每次講解的內容都能給他帶來思想上的衝擊，由此他才開始知道什麼是世界公理，國家思想。
通過協助先生編書，指導學生讀書和教館實踐鍛煉，梁啟超的學業突飛猛進，工作能力也日益增強。不久，他就由康門高足成長為與恩師比翼齊飛的維新誌士。對梁啟超來說，萬木草堂時期接受的教育，是其一生學術和事業的重要基礎。
京城完婚
梁啟超17歲中舉人時曾訂下一門親事，如今他在萬木草堂也算是有了一個安身之處，該是拜堂成親的時候了。1891年冬，19歲的梁啟超赴京與李蕙仙完婚。臨行前，草堂的同窗為他送別，恩師康有為還賦詩道賀：
道入天人際，江門風月存。
小心結豪俊，內熱救黎元。
憂國吾豈已，乘雲世易尊。
賈生正年少，（左訁右失）蕩上天門。
詩中寄寓了先生對這位高足的無限期望，鼓勵他此番入京，要多交豪傑之士，以蒼生國事為重。帶著恩師和同學的美好祝願，梁啟超來到北京，在宣南永先寺西街新會會館，與李蕙仙小姐正式成婚。
李蕙仙原籍貴州，1869年(清同治八年)生於永定河署，比梁啟超大4歲。她是京兆公李朝威的幼女，禮部尚書李端棻的堂妹。由於父兄都在京城做官，李蕙仙自幼生活在北京，能講一口漂亮的北京話，直到父親死於任上，她才隨家眷回到貴州老家。李蕙仙以大家閨秀的身份下嫁一農家子弟，這意味著她要放棄以前那種悠閑富裕的貴族生活，擔負起操持家務、教育子女的生活重擔。對此她早有心理準備，一旦事到臨頭便能從容應付。
婚後，梁啟超攜夫人回到家鄉，李蕙仙放下小姐的架子，仿佛變了一個人似的，料理家政，孝敬老人，得到家裏家外人的一致稱讚。她自23歲嫁給梁啟超，至56歲病逝，33年間孝敬父母，撫養兒女，盡心盡責，任勞任怨，成為梁啟超生活上的賢內助，事業上的好幫手，被梁啟超自豪地稱為“閨中良友”。
梁啟超一生或忙於奔走國事，或忙於著書立說，與夫人聚少離多，難得有時間顧及家庭。作為妻子，李蕙仙十分理解丈夫，主動承擔了家庭的重任，不管是子女的教育問題還是日常家事，基本上都是她一人完成，這使得梁啟超可以集中精力從事他自己的事業。在事業方麵，李蕙仙也竭盡全力支持丈夫。梁啟超早年家中貧寒，無書可讀，夫人想幫助他，就用嫁妝換了一套竹簡齋石印《二十四史》送給他。還有，梁啟超的廣東方言很多人聽不懂，這嚴重地妨礙了他的演講宣傳活動，夫人就抽時間教他說官話，使他能夠以官話在全國各地做演講。
後來，梁啟超從事變法護國活動，隨時可能會給家庭帶來危險。對此，夫人則表現出大仁大義的勇敢態度，為丈夫撐腰打氣，排憂解難。戊戌政變後，梁啟超亡命日本，非常惦念家眷的安危。李蕙仙麵對清廷以10萬兩銀子買她丈夫人頭的殘酷現實而毫不畏懼，慷慨從容，詞色不變，率全家老小避難澳門，替丈夫曲盡子職，分憂解愁，令梁啟超大為欽佩。護國戰爭期間，一天深夜，梁啟超要奔赴護國軍而與夫人訣別，夫人告訴他，家中的父母兒女由她一人照顧，不用他費心，他可以全身心投入到為國家的事業中。夫人的慷慨言詞使梁啟超充滿了鬥誌。
由上可見，梁啟超事業上的成功與李蕙仙的無私奉獻是分不開的，在梁啟超的身後站著一位平凡而偉大的中國女性，她默默地用心血和汗水澆灌著梁啟超這棵時代的參天大樹。對夫人為他所做的一切，梁啟超感激不盡，認為他倆是“美滿姻緣，百年相愛”。他後來在檀香山遇到年輕聰慧的華僑女子何蕙珍，盡管兩人情投意合，但他最終還是審時度勢，把何蕙珍視為妹妹，維係了與結發妻子的美好感情。
從有關材料來看，梁啟超與李蕙仙婚後的數十年間，感情一直很好，夫妻之間相敬如賓，幾乎沒有發生過衝突，大的爭吵隻有一次，還令梁啟超追悔莫及。1924年，乳腺癌奪去了李蕙仙的生命，梁啟超痛不欲生，撰《悼啟》一文表達了對夫人的深切懷念和自己悲痛欲絕的心情，發出了“天祐不終，奪我良伴”的悲歎。
梁啟超除了結發妻子李蕙仙外，還有一位第二夫人叫王桂荃，四川人。她原是李蕙仙嫁到梁家時帶過來的傭人，後來由於長期的共同生活，她與梁啟超的關係也變得非同一般了。1903年，她18歲時在李蕙仙的主張下和梁啟超結了婚。她不僅悉心照料梁啟超的生活起居，而且還為他生兒育女。梁啟超共有五男四女，九個子女長大成人，其中思順(女)、思成、思莊(女)為李蕙仙所生，思永、思忠、思達、思懿(女)、思寧(女)、思禮為王桂荃所生。這些子女早年均在國外或國內受過良好的教育，長大成人後，有的成為著名的建築學家、考古學家、經濟學家、火箭控製專家，有的成為圖書管理專家、社會活動家和革命家，在各條戰線上，為社會主義革命和建設事業作出了突出的貢獻。
婚後的梁啟超看到國事日非，社會現實一片漆黑，更加關心國家的前途和民族的命運，強烈的時代使命感和社會責任感驅使他要有所作為、有所行動。1894年春，梁啟超偕夫人再次入京，住進粉坊琉璃街新會邑館。他抱著“廣聯人才，創開風氣”的宗旨，與夏曾佑、麥孟華、江孝通等在京名士，往來頻繁，相互間砥勵學問，縱論時事。30年後他回憶說：“那時候我們的思想真‘浪漫’得可驚，不知從哪裏會有恁麼多問題。一會發生一個，一會又發生一個，我們要把宇宙間所有的問題都解決。”
就在他們指點江山、暢論理想時，頑固派發起了進攻。這年8月，朝廷守舊官僚餘晉珊、安維峻等上書彈劾康有為，說他造謠生事，煽動百姓，誣蔑聖人，請求焚毀《新學偽經考》，並禁止他在廣東講學。慈禧太後立即準奏，詔令當時的兩廣總督李瀚章查辦此事。梁啟超聞迅後，馬上給在廣州的康有為通報信息，要他早作準備，一麵四處奔走，上下活動，聯係一批同情維新派的官員名士，請他們從中斡旋，結果是兩廣總督通知康有為等人，讓他們自己把《新學偽經考》燒掉。這場小規模的政治衝突，使梁啟超他們知道了變法維新的道路還很艱難。
1894年乃多事之秋，春夏之交，中日兩國關係日緊，戰爭如箭在弦上，一觸即發，整個北京城都處在風聲鶴唳之中。然而，就在民族危亡的緊急關頭，朝廷內部卻大興土木、張燈結彩為慈禧太後的六十大壽而上下忙碌。仗還沒有打起來，一幫政府大員又準備妥協投降，或以土地賄賂英、俄，讓他們來幫助清政府抵抗日本。康有為在《自編年譜》中，對當時朝廷的腐敗墮落作了全麵的揭露，他指出，當時，清政府無視中日戰局一觸即發的現實，反而是拿出大量資金給慈禧辦壽禮，官場上貪汙腐敗橫行，隻知道貪圖享樂，無視民生疾苦。麵對如此黑暗的社會現實，梁啟超義憤填膺，他“惋憤時局”，大聲疾呼，希望能把封建統治者從歌舞升平、醉生夢死的狀態中喚醒，以采取緊急措施，抵抗日軍的侵略。無奈人微言輕，沒有產生任何效果。在這樣的情況下，他隻得將一腔悲憤化為詩句，以澆胸中之塊壘：
悵飲且浩歌，血淚忽盈臆。
哀哉衣冠儔，塗炭將何極。
道喪廉恥淪，學敝聰明塞。
豎子安足道，賢士困縛軛。
海上一塵飛，萬馬齊惕息。
江山似舊時，風月慘無色。
帝閽呼不聞，高潭複何益。
詩的末兩句表明，梁啟超已認識到，高談闊論於世無補，呐喊呼籲觸動不了清王朝，隻有通過實際行動才能拯救國家，實現改良主義的理想。這年11月，梁啟超在中日甲午戰爭的隆隆炮聲中，離開北京，回到廣東，準備迎接新的挑戰。