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數小時後，梁啟超乘坐的日本軍艦便越過大沽口，馳進了浩渺無垠的渤海之中。如果說維新變法的失敗客觀上改變了梁啟超的人生道路，那麼這趟東逃日本的征程主觀上埋下了思想轉變的種子。此時的梁啟超，心裏稍稍平穩了一些。幾天來，理想的慘敗、逃亡的恐慌、師友的落難、家人的消息未卜……已弄得梁啟超憔悴不堪。他走出船艙，望著眼前的大海，在大海那深厚的內蘊中找到了靈感，於是他欣然命筆，寫下了著名的《去國行》。“割慈忍淚出國門，掉頭不顧吾其東”。梁啟超懷著悲壯激越的心情，帶著“君恩友仇兩未報”的遺憾，割慈忍淚、去國離家，踏上了東去日本的征程。這一年，梁啟超25歲。在這首詩裏，他形象深刻地表達了彼時彼境的心情：有激憤、有眷戀、有震醒，洋溢著一股敗不氣餒，奮發進取的精神。
梁啟超抵達日本後，住進了東京牛込區馬場下町。幾天後，康有為依賴英國人的幫助，也自香港轉至日本。師生相見，百感交集，各自訴說著“逃亡”經曆。政變失敗，康有為逃到香港，便以“更生”為號，並且表示要遊曆各國，向全世界道明中國的苦難，尋找可以救助光緒帝的力量，他要效仿申包胥哭秦廷之舉。梁啟超深受感動，也表示一切從頭開始。於是，人們又看到了梁啟超那躊躇滿誌、奮發圖強的身影。
精通外文，乃梁啟超的夙願。逃亡日本，為梁啟超創造了學習外文的環境。梁啟超決定先學日文。他認為，中國與日本有唇亡齒寒的關係，中國變法強國要靠日本的幫助，日本自明治維新後經濟發達，國力強盛，是學習西學取得成功的典型。
梁啟超學習日文是極其勤奮的，他盡可能地利用那裏的條件。他廣交日本朋友，並給自己起了個“吉田晉”的日本名字(康有為也化名叫“夏木森”)。他交的日本朋友中如犬養毅、高田早苗、柏原文太郎等，還是當時日本外務大臣大隈重信的親信。這些人與梁啟超來往頻繁，每次來，梁啟超便請他們為自己講解日本文法。
為了更好地安心讀書，到日本的第二年春天，梁啟超便攜羅孝高到了日本著名風景區箱根。這裏春光明媚、環境幽雅，有溫泉、瀑布、火山、雪峰，景色宜人。梁啟超在這裏度過了一段極其愉快的讀書生活。知識的汲取填補了羈旅的空虛，也帶來了日文的飛快進步。他半年後就能讀日文書報，並且找到了一條適合自己的日文學習方法，最終與羅孝高合著的《和文漢讀法》問世了。
值得一提的是，學習日文，讀日文書報給梁啟超的思想帶來了深刻的變化。梁啟超一直津津樂道此事。如他在《論學日本文之益》一文中激動地表示過，他在日期間，通過讀日本的文章書籍，極大地開闊了自己的眼界，接觸到了更多新式思想，有幽室見日、枯腹得酒的感覺，為此他“沾沾自喜”。
因為逃亡，梁啟超到了日本；因為學習日文，梁啟超開辟了一條新的求知途徑。自此，他越發興奮，也越發自信。
梁啟超一生與報刊、學校有著不解之緣。1898年冬在橫濱，梁啟超創辦了《清議報》。《清議報》為旬刊，每期40頁。資金主要是旅日華商馮鏡如提供的。《清議報》曆時3年，共出100期。停刊後，梁啟超召開了隆重的100期慶典大會，反響極為熱烈。
梁啟超創辦《清議報》的直接動因是“為國民之耳目，作維新之喉舌”，繼續彰揚“維新”大旗。具體地說，《清議報》的宗旨有四點：一是維持支那之清議，激發國民之正氣。二是增長支那人之學識。三是交通支那日本兩國之聲氣，聯其情誼。四是發明東亞學術以保存亞粹。
在欄目安排上，《清議報》設置了支那人論說、日本及泰西人論說、支那近事、萬國近事、支那哲學、政治小說等重要欄目。這些欄目鮮明地反映了該報的“維新”宗旨。
在內容上，《清議報》更是豐富詳實、自由活潑，不僅首次發表了譚嗣同的《仁學》、章太炎的《儒術新論》等文，而且梁啟超本人也發表了《飲冰室自由書》《國家論政治學案》《戊戌政變記》《瓜分危言》《亡羊錄》《少年中國說》《過渡時代論》等100多篇文章。這些文字，或“以精銳之筆，說微妙之理”，或“養吾人國家思想”，或“陳宇內之大勢，喚東方之頑夢”，或“開文章之新體，激民氣之暗潮”，等等，無不令“聞者足興”、“一讀擊節”。
正因為這樣，盡管清政府一再強壓抵製該報，但《清議報》還是通過各種渠道，大批輸入國內，甚至在世界範圍內也產生了影響。
雖然《清議報》在中國乃滄海一粟，在世界乃大千一塵，但在梁啟超的生命中卻有著極其重要的位置。梁啟超一直視《清議報》為一生的驕傲，他曾不止一次激動地稱那個時期為“清議報時代”。
《清議報》不僅集中體現了當時梁啟超的思想風貌，而且也是維新派人士的精神家園。“清議報時代”的梁啟超思想激進，對清政府頑固派更是恨之入骨，他時時撰文，旗幟鮮明，大肆攻擊清廷頑固派。這種激烈程度幾乎與孫中山的革命主張相差無幾。
馮自由曾說當時的梁啟超及《清議報》“除歌頌光緒聖德及攻擊西太後、榮祿、袁世凱諸人外，幾無文字”。這話雖然有些偏激，但“清議報時代”確實是梁啟超一生中思想最激進的時期。梁啟超當時的言論在客觀上喚醒了一部分人的反清思想，展示了曆史進步色彩。
在創辦《清議報》的同時，梁啟超也在為辦學積極忙碌。他曾擔任橫濱中國大同學校策劃，且先後創辦了神戶同文學校和東京高等大同學校，這些突出體現了他“開民智、振民氣”的辦報宗旨，也反映了他的教育觀念。
橫濱中國大同學校由華僑馮鏡如和鄺汝磐於1897年冬季創辦。梁啟超亡命日本後，被聘為該校教員，同時也成了該校的主謀，以至該校辦學的宗旨、方針等等，皆出自梁啟超之筆。他曾撰《日本橫濱中國大同學校緣起》一文闡述了創辦該校的宗旨，取名“大同”的原由以及教育方針。他希望在教授儒學的基礎上再教授西方新式學科，培養新式人才。總體來說，創辦該校對開化民智、網羅人才、變法維新，意義非同一般。
梁啟超在積極參與橫濱大同學校活動的同時，於1899年夏，往神戶與華商麥少彭等商設華僑教育，受到當地僑民的讚成與歡迎，秋季在神戶創辦學校。1900年春天，校舍落成，正式掛牌“同文學校”，開門招生辦學。
這樣，維新派在日本的華僑教育有了小學和中學，辦高等學校迫在眉睫。於是，梁啟超於1899年9月，聯合華商曾卓軒、鄭席儒等人創立東京高等大同學校。《東京高等大同學校公啟》一文就詳細陳述了建立該校的必要性及深遠意義。該校對吸收日本、南洋和美洲各地華僑學校畢業生，招攬國內英才及留學生，起到了不可替代的作用。它培養了林圭、蔡鍔、秦力山、範源濂等一批優秀人才。
可以看出，梁啟超不僅十分重視教育，而且有著自己的教育設想。他既有審時度勢、高瞻遠矚的辦學氣魄，又有“合群並舉，則聲氣易通，拾級以升，則高才益勸”的教育思想，更有招攬人才、教育人才、重視人才的人才學說。梁啟超這一係列的教育舉措，可以說既擴大了自己的影響，也確實為各地華僑子弟和留學日本的中國青年提供了就學深造的機會，像辦報一樣，塑造了一批新型國民。
在中國近現代史上，孫中山、梁啟超是兩顆耀眼的明星。研究二人的交往史，是件非常有意義的事。
孫中山與梁啟超都是廣東人，梁啟超比孫中山小7歲。在梁啟超剛投身政治活動時，孫中山已是奔走呼喊多年的“老”革命了，已成為不少年輕人心中的偶像而時時引起梁啟超的注意。早在1894年末，梁啟超給汪康年的信裏就提到了孫中山，說孫中山懂西學、憂國家。梁啟超如此關注孫中山，也是因為當時正值甲午中日戰爭起，他“惋憤時局”，卻苦於人微言輕，時有吐露無人喝彩。他隻好勤奮讀書，廣求同誌，開倡風氣，心裏自然渴慕著去認識孫中山這樣的革命者。隻是這份渴望、這份期待一直伴隨梁啟超到日本才得以實現。
孫、梁二人如此艱難的相見，阻力主要來自康有為。其實，孫中山早在廣州掛牌行醫、從事反清活動時，就想與康、梁結交。1896年正月，孫中山派謝（左亻右讚）泰與康、梁的代表康廣仁在香港品芳酒樓見麵。席間，謝（左亻右讚）泰痛言時弊，力陳兩黨聯合救國的必要性，康廣仁極首肯。但是，是年10月，謝（左亻右讚）泰與康有為會晤於惠升茶行，因宗旨不合，所談不得要領而散。自此，康有為便絕意兩黨聯合之事。不過，孫中山仍然沒有放棄。
是年冬，華僑馮鏡如、鄺汝磐等在日本橫濱倡辦華僑子弟學校。孫中山考慮到興中會會員中從事教育的比較少，而康有為講學多年，生徒甚多，於是便極力推薦梁啟超到該校從事校務。此事遭到康有為的強烈反對，以種種理由為梁啟超推辭。維新變法失敗，孫中山曾千方百計營救。康、梁到了日本，孫中山又派人去看望，並轉達自己的問候。可是對這些，康有為並不領情，他依然銘記著光緒帝的“恩遇”，以身奉“衣帶密詔”自命，大有赴湯蹈火、視死如歸之勢，對孫中山的“革命”主張，更是不屑一顧，肆意抵製。所以，當日本友人犬養毅想為兩黨合作幫忙，親自出麵約孫、康、梁等人到他寓所會談時，康有為礙於情麵，隻好派梁啟超前往，自己依然托辭不去。
1899年春，康有為離開日本後，梁啟超與孫中山來往日密。夏秋間，關係已非同一般了。馮自由《中華民國開國前革命史》曾收錄梁啟超當時給孫中山的兩封信，信中言語懇切、感情真摯，可以看出孫中山與梁啟超二人由陌生到熟悉再到日趨密切的關係。
二人的關係發展如此迅猛，這是奠定在他們的情感與思想基礎之上的。當時他們都是清廷通緝的要犯，皆流亡到日本，“同為天涯淪落人”的感慨成為二人相見的情感基礎。變法失敗，“戊戌六君子”血的教訓加深了梁啟超的“反清”情緒，有了接受孫中山“革命”主張的可能性，二人便有了進一步接觸的思想基礎。於是他們往來日趨頻繁，談話內容也就日漸深入。章太炎赴日見到孫中山，就是在梁啟超處，由梁啟超介紹的。唐才常、林圭等人回國實施武裝勤王計劃，梁啟超與孫中山共同舉杯為他們餞行。並且，林圭臨行前又去拜訪孫中山，請求指點。孫中山為他介紹了漢口某俄國商行買辦興中會會員容星橋。其後，林圭在漢口得到了容星橋的大力幫助。
在梁啟超的努力下，他的周圍有了一批要求“排滿”、“革命”的維新派人士，如歐榘甲、唐才常、林圭、羅普、韓文舉、羅伯雅等等。這樣，孫、梁二人的交往就逐漸超越了個人之間的聯係，而使兩黨合作出現了一線光明。因康有為不在日本，組黨計劃進展很快，一致推舉孫中山為兩黨合並後的會長，梁啟超為副會長。至於康有為，孫中山等尊之為師，位置更尊。倘若康有為不答應，梁啟超說：“惟有請康先生閉門著書。由我們出來做去。他要是不答應，隻好聽他，我們也顧不了許多了。”他並且起草了一封上康有為勸退書，足見他當時思想的激進。
可是，事情並非如梁啟超預料的那樣。他與孫中山合作的事，很快就被徐勤、麥孺博等人寫信告訴了康有為。當時康有為在新加坡，接到信，惱羞成怒，立即派葉覺邁攜款赴日，勒令梁啟超即赴檀島辦理保皇會事務，不許稽延。梁啟超不得已，隻好遵命赴檀。不過，梁啟超畢竟受到了孫中山較深的影響。臨行前還約孫中山共商國事，表示“合作到底，至死不渝”。
因檀香山為興中會的發源地，按梁啟超的要求，孫中山修書為他介紹了許多同誌。梁啟超到達後第十天，便給孫中山回信，介紹過基本情況後，還表示既然已經達成了合作意向，那麼日後行動時必然不會再有分歧。
但是，好景不長，康有為並沒有放鬆警惕，不時地寫信遙控梁啟超。“恩師”之言，一語九鼎。在康有為軟硬兼施的攻勢下，梁啟超開始“頗自克勵”、“洗心滌慮”，“悔悟前非”了，那股“革命”熱情也逐漸淡化，與孫中山的關係也日趨疏遠。這在庚子勤王之役中，已有較明顯的表現。
1900年前後，孫中山準備謀劃廣州起義，梁啟超也盯上了這塊地盤。於是，他屢次致書康有為催促他盡快行動，他指出，孫中山等人一直在籌劃謀取廣東，一旦廣東落入孫中山之手，保皇派就沒有機會了，萬萬不能因革命派暫時不成氣候就置之不理。表麵上要合作共創，實則對孫中山暗放冷箭，以圖私利。又致書葉湘南、麥孺博說自己始終不相信孫中山，希望能安排人仔細調查他。這種態度，哪有朋友忠信可言，純然敵對態度，疑心重重。
到1900年4月28日，梁啟超給孫中山的信裏已看出二人觀點已是同少異多，關係瀕臨崩裂了。梁啟超認為，為了減少變革阻力，應該利用時局，擁護希望變革的皇帝，沒必要打倒皇帝重頭開始。反而指責孫中山的不是，希望孫中山改弦易幟，投到他的麾下。當然，這時梁啟超與康有為相比，言行依然比較激進。
直到1903年，梁啟超遊美歸來，才放棄“革命”主張，正式又回到康有為的旗下。孫中山對梁啟超的行為十分氣憤，尤其是梁啟超在檀香山，打著孫中山的旗號，高唱兩黨合作，拉攏了一批興中會成員加入保皇會，變檀香山這塊興中會的發源地為保皇會的基地。1903年冬，孫中山親赴檀島，澄清事實，揭穿了梁啟超的詭計。從此，孫、梁徹底斷交，隨之便仇敵相視，筆墨相抗起來。
孫、梁的斷交，有著曆史的必然，但如果沒有康有為的阻礙，二人的關係也可能會是另一番情形，梁啟超或許會走向新的道路。
解救光緒
變法失敗，光緒帝被幽閉。這一消息對康、梁等維新誌士來說，不啻於五雷轟頂。因為在他們的心中，光緒帝可是“英明仁厚，曠古罕有”的一代聖主呀！梁啟超在《光緒聖德記》中曾動情地描繪過這位“絕代”明主，諸如“上舍位忘身而變法”、“新政無人輔佐而獨斷”、“群僚士民皆許上書”，而且豁達大度、日昃勤政、求才若渴、從善如流、儉德謹行、好學強記、愛民忘位、養晦潛藏等等。可謂一切美德，光緒帝應有盡有。
“戊戌六君子”血的教訓，並沒有讓康、梁等維新人士清醒，他們仍然抱著維新變法的思想，認為中國非變法不能圖強，而變法隻有依賴光緒帝。我們從梁啟超對光緒帝這些溢美言辭裏，完全看到了梁啟超對光緒帝的厚望，隻要光緒帝能重新複位，變法何愁不成？國家又何愁不富強？於是，一場維新派人士解救光緒的運動在國內國外不同層次不同程度不同方式地開展起來，梁啟超更是一馬當先。
在清廷捕快已密布街頭的1898年9月21日，梁啟超就與譚嗣同不顧危難，拜謁英國傳教士李提摩太，期望他通過英國公使使用外交手段，解救光緒於幽閉。此事終因英國公使遠在北戴河療養，沒有進一步發展。但是，梁啟超始終沒有忘記譚嗣同慷慨就義前要“救皇上”的臨終囑托，在亡命東瀛的途中，麵對夕陽，眺望浩渺的大海，解救光緒的念頭始終縈繞其腦際。