就在他們取樂京西的同時，國民黨在4月8日國會正式選舉中又獲得多數席位，共和黨競選再次失利。國會競選的失敗，種種黨事的紛爭，使梁啟超心灰意冷。他曾一度打算放棄政治生活，杜門養晦。然而，梁啟超強烈的從政熱情又豈是眼前小小的挫折所能澆滅的？保守派黨徒又豈能讓他們的領袖中途隱退去享清福？麵對黨徒的“哀求”、“勸駕”，梁啟超很快就動搖了隱退的決心，他感到“在義在勢皆不能辭”。於是，梁啟超又由津入京，重新卷入政治鬥爭的漩渦。重感情、愛幻想，參政欲極高，又與社會現實不相容，所以梁啟超在政壇上屢進屢退，進得愈前愈感到痛苦，退得愈後愈感到寂寞。這就是他的性格悲劇和人生悲劇。
宋教仁被刺後，全國輿論嘩然。隨著宋案真相的逐漸披露，國民黨人更是義憤填膺，他們利用國會彈劾趙秉鈞，抵製袁世凱的善後大借款，企圖以法律手段來倒袁。袁世凱看到國民黨不僅掌握著國會和他作對，而且還控製著南方數省作為基地，他決定要徹底解決國民黨問題，以除去心頭之病。為此，他雙管齊下。一是向英、法、美、俄、德五國銀行團借款，用於擴充軍備，以武力統一南方各省，此即所謂“善後大借款”；一是組成能與國民黨相抗衡的大黨，以便在國會中多得議席，瓦解國民黨在國會一統天下的局麵，美其名曰兩黨對立。有了袁世凱的支持，保守派三政黨的合並很快成為現實。5月29日，統一黨、民主黨和共和黨正式合並，組成進步黨。黎元洪當選為理事長，梁啟超、張謇、伍廷芳、孫武、那彥圖、湯化龍、王賡、蒲殿俊、王印川9人為理事。
梁啟超不僅是進步黨的理事，而且也是該黨的思想領袖。這從兩方麵可以看出。首先，進步黨的政治大綱是以梁啟超的兩篇文章為理論基礎的。進步黨的政治大綱有三條：一、“采取國家主義，建設強善政府”；二、“尊重人民公意，擁護法賦自由”；三、“順應世界大勢，增進和平實利”。以上三條，第一條是核心，其餘兩條則是陪襯。梁啟超在回國前曾寫過一篇《中國立國大方針》的文章，以指導中國未來的政治建設。在這篇文章中，梁啟超討論了“世界的國家”、“保育政策”、“強有力之政府”和“政黨內閣”四個有機聯係著的問題。他指出，“世界的國家”(即以國家為本位的完全國家)是中國未來建設的最大目標，要使中國成為世界的國家，則必須依靠“保育政策”(即與放任政策相對而言的幹涉政策)，保育政策的實施則依賴於“強有力之政府”，而強有力之政府則建立在政黨內閣的基礎之上。歸國後，梁啟超又寫了《憲法之三大精神》一文，主張“國權與民權調和”、“立法權與行政權調和”、“中央權與地方權調和”。所謂“調和”，實際上就是以後者服從前者，強調“國家主義”和“中央集權”。文中還把“善良”與“強固”作為理想政府的兩個條件。由此不難看出，進步黨政綱的核心完全出自梁啟超的思想。
其次，進步黨的工作方針也多經梁啟超規劃指點。新黨成立不久，就於6月15日開會討論時局問題。梁啟超擔任本次會議的主席，並就國內重大問題發表意見：一、總統問題——建議仍推舉袁世凱為正式大總統候選人，並改組內閣；二、憲法問題——主張先定憲法，後舉總統；三、宋案問題——認為純係法律問題，當依法解決；四、大借款問題——指出最關鍵的是監督款項用途，主張將2500萬鎊借款存放在中國銀行，作為準備金。經過表決，這些意見均被采納，並作為該黨的主張。
進步黨的政綱為袁世凱的專製獨裁統治提供了理論依據，其工作方針也體現了擁袁護袁的精神。這雖然是進步黨人不願承認的，但卻是客觀存在的。
司法總長
在北京的國民黨議員大唱“法律倒袁”的同時，南方一些國民黨領導人正計劃著“武力討袁”。1913年7月12日，已被袁世凱解職的江西都督李烈鈞在湖口宣布獨立，發表討袁通電，黃興於18日趕到南京響應，“二次革命”爆發。由於缺乏群眾基礎和統一領導，“二次革命”變成了一次單純的軍事冒險。袁世凱憑借優勢兵力，很快把討袁軍打敗。8月18日南昌失守，9月1日南京又被攻占，“二次革命”失敗了。進步黨對“二次革命”自始至終都持反對態度，梁啟超認為這是國民黨人的蓄意叛亂，支持袁世凱用暴力予以鎮壓；蔡鍔也認為“討袁悖於理”，“不能不按法懲治”，並炫耀“二次革命”之失敗，“雖以兵力為之，而進步黨之鼓吹社會扶助政府者，其功亦誠不小”。
進步黨支持袁世凱，抵製國民黨，攻擊“二次革命”，目的是要擴大自己的勢力，爭取由該黨出來組閣。這一目的在袁世凱別有用心的安排下終於得以實現，就在“二次革命”的炮火聲中，熊希齡內閣誕生了。當時正式大總統還沒有選舉，各國也沒有正式承認中華民國政府，袁世凱既需要國會來裝潢大選的政治門麵，又需要利用進步黨為其多拉選票。鑒於這樣的考慮，他於7月31日特任進步黨理事熊希齡為國務總理。袁世凱對熊希齡一向很器重，在他擔任臨時大總統前，就推薦熊希齡為東三省鹽運使；唐紹儀組閣時，又以熊為財政總長；唐閣變更後，熊又轉任熱河都統。7月，趙秉鈞內閣在一片唾罵聲中垮台，而此時“進步黨應世界之趨勢，為中央所倚重，社會所歡迎，似已立於健全之地位”(蔡鍔語)，由該黨理事出來組閣也是理所當然。袁世凱首先想到張謇，準備請他出來組閣，張謇則推薦熊希齡，袁世凱覺得也可以接受，於是就這樣定下來。熊希齡得知消息後，認為前途暗淡，遂堅辭不就，梁啟超則認為此乃進步黨發展的大好機會，便積極鼓動熊出麵組閣。幾經折衝，熊閣成員方於9月11日正式公布：梁啟超為司法總長，孫寶琦為外交總長，朱啟鈐為內務總長，汪大燮為教育總長，張謇為工商總長，周自齊為交通總長，段祺瑞為陸軍總長，劉冠雄為海軍總長，熊希齡兼財政總長，這就是進步黨人所謂的“第一流人才和第一流經驗的內閣”。內閣9人中，熊、梁、汪、張、周均係進步黨人，熊閣成了名符其實的進步黨內閣。
熊希齡內閣以梁啟超為靈魂，梁啟超也對這個“人才內閣”寄予厚望。他親自為內閣製定的《政府大政方針宣言書》，經過國會通過後發表，作為內閣的施政方針。這份宣言書詳細討論了國家各項大政方針，全麵體現了梁啟超的施政思想。
外交：梁啟超認為，要確保中國在世界上的地位，外交是重點。今後外交方針，當以兩義為綱領：“一曰開誠布公以敦睦誼”；“二曰審勢相機以結懸案”。在梁啟超看來，當時的中國，內政問題遠比外交問題嚴重，內政問題不解決，外交上也難以有成效。他主張用“親仁善鄰”的外交政策取得友邦的信任、諒解與支持，這樣，“外交上不複有重大問題發生，乃得集全力以整頓內治”。
財政：內政之根本是財政，而當時財政狀況之艱難已到了崩潰的邊緣。素以財政專家自詡的梁啟超認為，隻有治標治本同時下手，才能解決財政問題。所謂治標，是指要控製政府開支，政府收入要如實上報，政府支出則要厲行節儉，以維持收支的基本平衡；所謂治本，一曰改正稅製，二曰整頓金融，三曰改良國庫。金融為財政和國民生計之關鍵，與金融相關的則是幣製。梁啟超認為，我國幣製紊亂，各省濫發紙幣，給國家造成巨大損失，弊害無窮。所以，政府要全力以赴整頓金融，暫時用銀本位統一幣製。此即所謂直接整頓金融而間接補助財政。
軍政：前內閣預算中，軍費開支過大，幾占一般行政費的一半。梁啟超主張通過裁兵減少軍費，他認為，政府在安排軍費時，一方麵要考慮國家財政，另一方麵要考慮國家形勢。現在，各國與中國和平相處，故隻需保留一支能維持國內安寧秩序的軍隊即可。他認為，可以把國家的軍隊分成兩類，一類駐防邊疆，守衛國土；一類充當警察，維持治安。以此可以增強國家軍力。
實業、交通：此二政為富國之本。梁啟超認為，當時的中國工業落後，所以要對民族工業進行保護；但是我國工業基礎薄弱，需要引進資本，因而又需要開放。這就要針對不同產業的特點區別對待。此外，梁啟超還指出，外商在我國境內投資，我國須得利潤之大半；官營事業當擇其性質最適宜者，其餘則委諸民辦，政府對民辦事業可盡指導之責，但不能統得過死；工商業固然要重視，然而要以開墾荒地、改良農業為本，並盡量普及農業銀行，以國力興修水利。交通方麵，梁啟超認為應當培養實務人才，提高經營管理的水平；有願意投資交通事業的外國企業，隻要不摻雜政治問題，則熱烈歡迎。
司法、教育：司法與教育關乎立國之大本。梁啟超身為司法總長，在司法方麵是頗有些計劃和抱負的，他認為，一個憲法至上的國家，司法獨立是第一要務。然而，中國實行立憲製已有幾年，卻未形成法治秩序，人民也不感司法獨立之利。根本原因在於法律不適合國情，法官素質不高。為今之計，隻有依據國情，製定適合本國的法律，同時培養合格的法官，才能真正實現司法獨立。
教育方麵：梁啟超認為，社會之抽象教育更重於學校之具體教育，政府一麵要尊重人民的信教自由，一麵仍當以孔教為風化之本。學校教育大致有兩種：一是對普通國民的教育，使之達到一定的文化水平；二是培養高級人才，成為國家的棟梁。而國民教育要先辦師範教育，人才教育則要注重實業。
上述大政方針，有些是老調重彈，如財政方案基本上是梁啟超在海外從事憲政運動時所鼓吹的那一套。當年他曾寫過一係列論述清政府財政問題的文章，提出了兩個挽救清政府財政危機的方法，一是節省軍政費用，一是增加賦稅收入。現在，梁啟超又企圖用這兩個挽救不了清政府財政危機的方法來挽救民初的財政危機，結果自不待言。
清末民初的財政危機是當時經濟危機和政治危機的直接後果，梁啟超也並不是完全沒有意識到這一點，他也試圖在軍政方麵作一些改革，促進經濟的好轉，以挽救日重一日的財政危機。如他大膽提出裁減軍隊、減少軍費；主張以法治國、司法獨立。然而，這些方案下與地方官僚軍閥的切身利益相衝突，上與袁世凱大總統的專製獨裁相矛盾，其難以實施可想而知。
盡管如此，大政方針還是體現了“人才內閣”迫切要求建立資產階級民主法製國家的美好願望，其中有些方案，如有關實業的建設方針，即使在今天看來，也還是有相當的借鑒意義。
梁啟超既是“人才內閣”的思想領袖，又身居司法總長的位置。以司法專家自居的他，本想發揮自己的專長，在任內大幹一番，做出一些政績來。然而，民初司法界四麵楚歌，積重難返，加之經費短缺，袁世凱采取消極的不合作態度，社會守舊勢力對司法改革又百般刁難。所有這些都使梁啟超如虎落平川，根本無法施展自己的才能，實現自己的理想。
理想無法實現便隻好在維持現狀上下功夫，梁啟超又計劃從以下幾個方麵整頓司法：一、勵行考試，以杜幸進；二、嚴定考績，以汰不職；三、回避本籍，以免瞻徇；四、約束律師，以防朋比；五、委任縣知事兼理司法，以期變通宜民；六、速行編布各種司法法規，以期完善適用。他在極其困難的情況下，任勞任怨，忍辱負重，為維護司法現狀而夜以繼日地工作著、奮鬥著。大到為維護新立法院、保存司法新製度而與袁世凱據理力爭，小到指導地方司法機關工作、製定專律條款，梁啟超無不盡心盡職，費盡心機。就在他因政治原因而決定辭去司法總長的時候，也還不忘上《呈請改良司法文》於袁世凱，提出改革司法的十條建議，希望袁世凱采納施行。
幣製總裁
梁啟超為首的進步黨原來主張先定憲法，後選總統。1913年7月25日，梁啟超在《上袁大總統書》中再次強調：“今最要者，乘此時機，使內閣通過，憲法製定，總統選出，然後國本始固。”袁世凱可不這麼看，他在鎮壓“二次革命”後，便急不可待地要登上正式大總統的寶座。在他的授意與指使下，一些議員紛紛向國會提出先選舉總統案。黎元洪副總統還親自出馬，一麵聯合十四省都督致電國會，要求速選總統；一麵勸說梁啟超等進步黨人，說是先選總統可以穩定人心、強固國本。在這種情況下，梁啟超也隻得委曲求全，讚成先選舉總統。9月初國會通過選舉總統案，10月初開憲法會議，討論通過大總統選舉法，內容包括大總統的選舉程序、任期、缺位、缺職、代理、攝行等，被視為憲法中的一章。
10月6日，國會在眾議院議長湯化龍的主持下，正式投票選舉中華民國大總統。袁世凱派便衣軍警三四千人裝作所謂“公民團”，把設在眾議院的選舉會場團團包圍，並下令不選出大總統不許散會。前兩輪投票結果，袁世凱皆不足法定的四分之三票數。大總統選舉法第二條規定：“兩次投票，無人當選時，就第二次得票較多者二名決選之，以得票過投票人數之半者當選。”這樣，第三輪投票就隻能在袁世凱與黎元洪二人中選擇一人。計票結果，袁世凱當選為中華民國第一屆大總統。7日，選舉副總統，黎元洪一次投票通過，當選為中華民國副總統。
袁世凱看中的東西隻有一樣——權力，什麼政黨、國會他都不感興趣。在他看來，這些東西隻是獲取權力的工具。現在大總統已經選定，權力已經到手，還要那些工具幹什麼呢？通過這次總統選舉，他越發感到國民黨要不得，進步黨也太軟弱，統統靠不住。不過，棋得一步一步地走，操之過急反而得不償失。他決定先利用進步黨除掉國民黨。按規定，大總統命令須經國務總理副署才能執行。當初，袁世凱任命馮國璋為直隸都督的命令未經唐紹儀副署，結果唐紹儀辭職，內閣瓦解。這次，袁世凱要利用熊希齡，挾製熊在解散國民黨的大總統命令上副署。
熊希齡組閣前任熱河都統，就住在避暑山莊辦公。社會上曾風言風雨地傳說熊與避暑山莊古物丟失一事有牽連。熊組閣後，袁世凱派前司法總長許世英赴熱河調查山莊失寶案，收集挾製熊的材料。熊希齡後來親口對人說，11月3日上午，袁世凱約他到總統府議事。他在總統辦公室等候，無意中看到辦公桌上放著許世英查報山莊盜寶案卷。他立即意識到事情關係到自己，馬上臉色蒼白，神情不安起來。袁世凱進來後假惺惺地問：“秉三(熊希齡)，你昨晚別是因公忙沒有睡好覺吧？不然，為什麼臉色這麼不好看，精神很顯疲憊呢？”接著，袁進入正題，嚴肅地說：“國事不好向前推進，都因國民黨凡事故意刁難掣肘，真令人痛心。我國現在是責任內閣，如不將國民黨這個障礙鏟除，內閣既不能順利執行職責，總統的權力也就不能行使了。根據目前形勢，我們要把國家治好，非立即解散國民黨不可，取消國民黨籍的議員資格。秉三，你看怎樣？”熊希齡知道自己的把柄捏在人家手裏，還有什麼話好說，隻能乖乖地在準備好的大總統命令上副署。11月4日，解散國民黨、取消國民黨籍議員資格的大總統命令發表，大批軍警出動，追繳國民黨籍議員的證書及徽章，並勒令他們立即出京。
此時，進步黨雖未被逐，卻已形同虛設；國會因不足法定人數，而名存實亡。但是，袁世凱還嫌不夠。12月，他組織了“中央政治會議”，代行國會職權；次年1月，又下令正式解散國會；2月，解散省議會；3月，約法會議開會，修改元年約法；5月，成立參政院，實行總統製。至此，袁世凱掃除了一切民主政治的殘存形式，完全恢複了專製獨裁統治，為他下一步登基做皇帝做好了前期準備工作。
梁啟超為熊希齡內閣的靈魂，當時政府的實際指揮者，這已是舉國皆知的事實。現在國事弄到這種地步，他自然難辭其咎。當時，不僅國民黨人強烈地攻擊他，指責他為陰謀家、助紂為虐的劊子手，就是進步黨也多有人將現狀歸罪於他。有一位叫劉偉的進步黨議員在給梁啟超的信中直接指責梁啟超，把梁啟超當作解散國會和國民黨的罪魁禍首。由此也可想見當時全國輿論對梁啟超的指責情形。
麵對袁世凱的專權、社會各界的輿論和日益嚴重的財政危機，熊希齡內閣再也無法支撐下去了。梁啟超看到當初製定的大政方針，現在一條也不能兌現，絕望之餘，發出了“理應辭職”的感歎。1914年2月12日，熊希齡辭去國務總理，梁啟超、汪大燮等也連帶辭職。僅存5個月的“人才內閣”，就這樣帶著無限的失望匆匆下台。
梁啟超辭去司法總長後，對袁世凱仍抱有某些幻想；袁世凱欲點綴其專製統治，也對梁啟超優禮有加。2月19日，袁世凱任命梁啟超為幣製局總裁。盡管這是一個閑職，梁啟超還是欣然接受了。因為他想在可能的範圍內有所施展，而幣製又是他所關注的財政改革的關鍵，能在幣製局總裁的位置上有所作為，也不失為救亡圖強的一種有效途徑。
在《銀行製度之建設》一文中，他提出了整頓國家財政、增進國民生計的兩大目標：改革幣製和整頓銀行業，他認為這兩項工作關係到國家的安危存亡。正因為他把幣製金融問題提到了關乎國家興亡盛衰的高度，所以他才不敢怠慢，自3月10日開局就職以來，一直勤勤懇懇，在極其困難的條件下，籌劃幣製改革，整頓金融秩序，草擬條例綱要。
遺憾的是，梁啟超並沒有自覺地認識到袁世凱的專製獨裁統治所造成的政治、經濟危機，才是貨幣製度紊亂、銀行製度不良的根本原因。這就決定了無論他的計劃多麼完善，不管他的理論多麼周至，都不可能挽救岌岌可危的國家財政和國民生計。期望越高，失望越大。就職後，隨著各項計劃一一成為泡影，梁啟超再度陷入絕望的痛苦之中。7月以後，他不斷提出辭呈，至12月27日，袁世凱終於同意他辭職。
辭職前後，梁啟超帶著女兒梁思順和女婿周國賢住進北京西郊的清華學校，在那個寒冷而失意的冬天，他完成了《歐洲戰役史論》一書。書成後，他賦詩一首，流露出對歸國從政的感悔心情：
在昔吾居夷，希與塵客接。
箱根山一月，歸裝稿盈篋。
雖匪周世用，乃實與心愜。
如何歸乎來，兩載投牢莢。
愧俸每顙泚，畏譏動魂懾。
冗材憚享犧，遐想醒夢蝶。
推理悟今吾，乘願理夙業。
郊園美風物，昔遊記攸（左忄右甲）。
願言賃一廡，庶以客孤笈。
恬靜幽雅的清華與險惡齷齪的官場形成了強烈的反差，以至梁啟超旺盛的從政熱情為之驟減。他想遠離政壇，潛心學術研究，致力文化教育。但是，現實不允許他這樣做，隨著袁世凱稱帝活動的猖獗，梁啟超不得不挺身而出，揮淚反袁，再造共和，為其政治生涯書寫了光輝的篇章。