為了避免暴露目標，梁啟超蟄伏於船艙的最下層，在鍋爐旁拓一室，吃飯睡覺都在裏麵，溽悶難耐。舟行多暇，梁啟超抓緊時間起草通牒、檄告、宣言、公電等文件，間以讀書。3月7日上午11時，船抵香港。當時，香港方麵是替袁世凱出力的，梁啟超一行離開上海後，袁世凱即致電兩廣及香港政府嚴加盤查。所以，香港各旅館偵探甚多，警吏搜查也很嚴。
由於轉乘的輪船尚未到，梁啟超隻得留在船艙。連續4天不能離船艙一步。更有甚者，到了香港護照又成了問題。本來外國人旅行越南不需要護照，中國人在香港花幾個錢也能搞到護照。可是到了香港，梁啟超他們才得知，駐港法國領事近期有新規定：不管是外國人還是中國人，領護照去越南，“須本人親到法領事館驗照相，且印手模”。梁啟超無法上岸拍照領護照，繞道海防入廣西的計劃將成泡影。
此時又傳來前方戰事吃緊的壞消息，梁啟超心急如焚，“力主直越省城衝梧州”，以赴南寧。同行的人皆激烈反對，說這樣無異於白白送死，梁啟超隻好作罷。經過兩天的商量，最後決定：湯覺頓、唐紹慧帶著梁啟超為廣西獨立草擬的通電，先期出發，經三山、肇慶到梧州上南寧；梁啟超由黃溯初陪同，偷渡海防，從越南入鎮南關到龍州轉南寧；吳貫因、藍誌先、黃孟曦則暫留香港，等待時機再由梧州入廣西。
3月12日，黃溯初陪同梁啟超登上日本三井洋行赴安南洪崖運煤的“妙義山丸”號貨船，準備偷渡海防以入廣西。經過3天的航行，15日晨抵達洪崖。洪崖距海防尚有半日行程，白天偷渡極為困難。在日本友人的精心安排下，日本駐海防名譽領事橫山偕家人乘遊船至洪崖，將梁啟超和黃溯初接上船，裝作遊覽的樣子，在海上遊來逛去，拖延時間，16日晚8時許，在海防悄然登陸。
梁啟超在海防一住進橫山的家，就和廣西方麵派來的秘密代表會麵了，得知廣西方麵已做好迎接他入廣西的準備，橫山覺得自己家裏也不安全，便在17日晨用汽車把梁啟超和黃溯初送到他在山中經營的帽溪牧場。因時間緊迫，尚有許多事情要與唐繼堯商量，梁啟超遂派黃溯初為其代表，先赴雲南晤唐，辦完事再回來與他一起入桂。此後10天，梁啟超孑身在萬山之中，深居簡出，以待桂使。此間煙已吸盡，書也讀完，且茶水俱絕，身染重病，生活備極艱苦。然而，梁啟超以高度的責任心對待生活，則雖苦猶樂。他在如此惡劣的環境中，尚抖擻精神，著成《從軍日記》和《國民淺訓》兩書。
3月26日，梁啟超與桂使一同乘汽車離開帽溪牧場，由海防經河內、諒山以達鎮南關。車行兩日，每站皆有特務等著暗殺梁啟超，他們以為梁啟超決無飛渡之理。然而，梁啟超忍饑兩日，露宿一宵，於27日下午3時到達鎮南關。此時的鎮南關大懸國旗，列隊肅肅，梁啟超在車站軍樂爆竹聲中，被歡迎的人群簇擁著步入國門。
在鎮南關住了一夜，第二天拂曉，梁啟超又趕赴南寧。一路上所經過的市鎮村落，都懸掛旗幟燃放爆竹以示歡迎。到達龍州時，早已有六七個歡迎團體等著他發表演說。29日晨，梁啟超接見了當地軍政官員後，發表了演說，隨即乘船趕赴南寧。此時，他已經連續38個小時不眠不休了。4月4日，梁啟超終手抵達南寧。陸榮廷親至江口率水軍全隊出迎，南寧人民也以萬人空巷之勢來歡迎梁啟超的到來。當晚，陸榮廷設宴為梁啟超洗塵，梁啟超身著長衫入席。散席後，稍事休息，陸與梁便進行會談，至深夜始散。
從3月4日由上海出發，至4月4日到達南寧，曆時整整一個月。在這南下廣西、萬裏從軍的一個月行程中，梁啟超曆盡艱辛，其中的曲折顛簸，如同一部冒險小說。他藏身船底，隱匿牧場，揮汗起草文件，抱病趕寫著作，皆為爭取廣西早日獨立；他穿山越水，忍饑挨餓，擬冒險入梧州，又無護照而偷渡海防，皆急欲為雲貴謀得援軍。隨行者之一吳貫因不由地讚曰：“隻身孤行，奔走萬裏，任公之大勇，於此可見矣。”
冒死說龍
1916年3月14日，就在梁啟超由香港赴海防的途中，湯覺頓已經到了南寧。陸榮廷看到梁啟超起草的電文，得知梁已在赴桂途中，遂於次日宣告廣西獨立，以陸、梁兩人的名義發出《廣西致北京最後通牒電》《廣西致各省通電》。本來，廣西準備在3月21日宣布獨立，因為12日在百色發生了令龍覲光軍(廣東派往廣西幹預護國戰爭的軍隊)繳械的事，不能再拖延，所以湯覺頓到後，陸榮廷便決定提前起義。
廣西宣布獨立後，陸榮廷被推舉為都督，在南寧設立廣西都督府，並成立兩廣護國軍總司令部，陸榮廷任總司令，梁啟超任總參謀。廣西獨立後，接下來就要解決廣東問題。廣東、廣西唇齒相依，關係甚切；在廣東掌權的龍濟光與在廣西掌權的陸榮廷在政治上雖有不同見解，但畢竟是兒女親家。所以，陸榮廷不忍對龍濟光加兵，而是派心腹要人赴廣東，勸說龍響應起義。但是，龍被袁世凱封為親王，是袁的忠實走狗，豈能輕易宣布廣東獨立。他一麵派重兵駐守兩廣交界之地(封開與梧州)，加強防禦；一麵電告袁世凱，請海軍部派艦來粵駐防。袁世凱立即派江貞、永車、楚月、瑞應、肇和、飛霆等7艦南下，在汕頭和黃浦聯台駐守。
陸榮廷知道和平解決廣東問題無望，遂率三十營大軍東征廣東。部隊下柳江，入潯江，於22日抵梧州。24日，以兩廣護國軍總司令陸榮廷、總參謀梁啟超的名義，發表了《檄告廣東軍民文》，對龍濟光下了最後通牒。此時，廣東省內響應起義的運動一浪高過一浪，潮汕、欽廉(原屬廣東，在今廣西欽州)、高雷(廣東省已撤銷的行政區)相繼宣布獨立，同時還有一支數千人的隊伍，準備攻打廣州城，而城內據傳將有數千警衛軍將接應。省外有陸榮廷的東征大軍，省內除廣州城外各處紛紛獨立，龍濟光知道大勢已去，洪憲郡王的頭銜是保不住了，隻好於4月6日宣布廣東獨立。然而，龍濟光宣布獨立純因形勢壓迫，想借此拖延時間，緩和局麵，保住自己的都督位置，而不是誠心討袁。
梁啟超到達南寧後的第三天就得悉廣東獨立的消息，他和陸榮廷都為廣東問題出現和平轉機而高興。龍宣布獨立後，不斷致電廣西，請廣西方麵派人到廣東商量有關事宜。陸、梁遂派湯覺頓為先行代表直接赴廣東，他們兩人也於8日由南寧東下，準備從梧州進入廣東，協助龍解決廣東問題。然而，13日陸、梁抵達梧州時，忽聞“海珠慘案”，廣東之行不得不中止。原來，4月12日，龍濟光以廣東各界代表的名義在海珠島水上警署召集聯席會議，商討廣東獨立的善後問題。參加會議的龍軍代表有統領顏啟漢、江防司令蔡春華等人，廣西方麵的代表則是湯覺頓，另有陸、梁在廣東共事的好朋友警察廳長王廣齡、陸軍少將譚學夔等。在討論民軍與龍軍合作問題時，雙方發生爭執，顏啟漢等拔出手槍亂打，當場將湯覺頓、王廣齡、譚學夔、岑伯鑄等人打死，釀成震驚一時的“海珠慘案”。
“海珠慘案”發生後，龍濟光知道闖了大禍，立即派張鳴岐趕赴梧州，解釋慘案與他無關，並請陸、梁赴廣州商討兩廣合作之事。慘案對陸、梁的刺激都很大，因為湯既是作為陸的代表出席會議的，又是梁最親密的朋友。梁啟超說：“我們在廣西得著凶報，痛憤自不待言，便連日連夜帶著大兵，從梧州順流而下，到了肇慶。”
此時，廣東民軍積極要求殺龍濟光，桂軍將士也表示“非打廣東不可”。但是，陸、梁經過反複考慮，認為還是和平解決廣東問題為好。因為廣西獨立原是想出兵湖南，牽製敵勢以助蔡鍔，若是桂粵開戰，不要說無必勝的把握，就令得勝，也需要好些時日，且部隊損傷慘重，還拿什麼力量去討袁呢？所以，梁啟超主張“要忍著仇恨和龍濟光聯和”。
到肇慶後，陸、梁立即電勸龍濟光率軍北伐，將都督一職讓與岑春煊。4月19日，岑春煊由香港啟程來肇慶，龍濟光也到肇慶與陸、梁會談。經過討價還價，最終達成協議：一、龍同意在肇慶成立兩廣都司令部；二、龍仍暫為廣東都督；三、槍斃蔡春華；四、即日出兵北伐；五、民軍由岑春煊處理，岑未到前，暫定三水為防區界線。廣東問題初步解決，陸榮廷返回廣西，率師北伐，梁啟超暫留肇慶，等廣東穩定後再做去向的考慮。
5月1日，兩廣都司令部成立，推岑春煊為都司令，梁啟超為都參謀，李根源為副都參謀。都司令部的職權主要是統轄兩廣軍隊，利用岑春煊節製龍濟光。此後，龍濟光雖與南方護國軍貌合神離，但在名義上畢竟處於都司令部節製之下。都司令部之編製，在都司令之下設有參謀部、秘書廳、外交局、財政廳、鹽務局、餉械局、參議廳等機關，它為後來軍務院的成立奠定了基礎。
龍濟光效忠袁世凱，對北伐討袁之事毫無興趣。陸榮廷走後，他見肇慶隻留數千桂軍，便一再食言，拒不履行協議內容，時有取消獨立之心。對此反複無常之人，肇慶軍人及民黨皆主張討袁必先去龍。梁啟超也認為廣東問題不生不死，頗礙於大局，非想個辦法叫龍濟光徹底明白利害，死心塌地地討袁護國。他想了一天一夜，最後決定親自出馬靠血誠去感動龍。梁啟超的這個決定使跟著他在肇慶的朋友和學生“個個大驚失色”，有幾位甚至跪下來勸阻。梁啟超說：“我那時候，天天接著蔡公電報，形勢危在旦夕。我覺得我為國家為朋友都有絕大的責任，萬萬不能躲避。”決心已定，無論何人也攔不住他。
5月5日，梁啟超偕李根源、張鳴岐、黃孟曦赴廣州。一到廣州，梁啟超就與龍濟光在觀音山會晤，苦口婆心地與他談了十幾個小時，好像說得他心悅誠服。第二天晚上，龍把他的幾十個軍官聚集起來，給梁開歡迎會。這些軍官個個都拖槍帶劍，如狼似虎，分明是“鴻門宴”。歡迎會開始還是客客氣氣的，酒過三巡，示威動作便漸漸來了。坐在龍濟光身邊的一員大將胡令萱，借助酒興在那裏大發議論，先是罵廣東民軍，繼之罵廣西義軍，接著又罵蔡鍔和護國軍，並鼓起兩隻血紅的眼睛盯著梁啟超，像是就要動手的樣子。
梁啟超毫不畏懼，他站起來說：龍都督，我昨夜和你講的什麼話，你到底跟他們說過沒有？我所為何來？我在海珠事變發生過後才來，並不是不知道你這裏會殺人。我單人獨馬手無寸鐵跑到你千軍萬馬裏頭，我本來並不打算帶命回去。我一來為中華民國前途來求你們幫忙，二來也因為我是廣東人不願意廣東糜爛。所以我拚著一條命來換廣州城裏幾十萬人的安寧，來爭全國四萬萬人的人格。既已到這裏，自然是隨你們要怎樣便怎樣……
當時，梁啟超意氣橫厲，聲大如雷，一麵說一麵不停地拍桌子，把滿座的玻璃杯都打得叮當作響，和平時完全判若兩人。梁啟超正是以這種凜然正氣把那些軍官的威風殺氣壓了下去。那位胡令萱悄悄逃走，其他人若有所感，跑過來和梁啟超握手道歉。7日，梁啟超返回肇慶。從此，廣東獨立沒有發生什麼大問題。
梁啟超親赴廣州，冒死說龍，從大的方麵說，進一步穩定了廣東獨立後的局勢；從具體事項講，則是謀得龍濟光同意成立軍務院。軍務院之由來，醞釀於天津籌劃起義之時，至3月梁啟超南下，又複議此事。梁啟超在《從軍日記》中還就軍務院的性質、組織、作用作了說明，他希望在軍政時代設一軍務院，施行開明專製。軍務院由數人組成，協商處理軍國大事，作為臨時政府存在。
到廣西後，梁啟超又先後與雲南的唐繼堯、蔡鍔，貴州的劉顯世、戴戡，廣西的陸榮廷、岑春煊等人商議此事，得到了諸公的一致讚成。然而，滇、黔、桂三省交通不便，軍務院行署所在地宜設在廣東。為此，梁啟超親赴廣州與龍濟光商量，得其同意後馬上回肇慶落實此事。
5月8日，軍務院在廣東肇慶宣告成立。唐繼堯以首義省都督身份任撫軍長，岑春煊因與西南各省都有相當關係被推為副撫軍長攝撫軍長事(唐因留雲南不能駐院)，梁啟超、劉顯世、陸榮廷、龍濟光、蔡鍔、李烈鈞、陳炳焜、戴戡等人任撫軍，章士釗任秘書長，唐紹儀為外交專使。梁啟超本來不想擔任撫軍一職，但是眾人卻極力推薦，而且滇、黔、桂、粵四省重要人物都認為，隻有梁啟超才能聚攏各省民心。所以梁啟超隻好以政務委員長的資格兼任撫軍。
軍務院是由獨立各省組成的統一聯合機構，其編製除撫軍之外，尚有部附、參謀、參議、部員、秘書、編纂委員、糧秣委員等等，具有臨時政府的性質。軍務院成立後，連續發出了五號宣言、六號布告、三次致公使團領事團電，除第三、四、五號布告外，其餘均出自梁啟超之手。這些宣言、布告、通電不僅對軍務院的性質、作用、組織條例作了詳細說明，而且對一些重大的政治問題作出了決定，具有重要的意義。
例如，第一號宣言決定：“前大總統袁世凱因犯謀叛大罪，自民國四年十二月十三日下令稱帝以後，所有民國大總統之資格，當然消滅。”第二號宣言決定：“恭承現任副總統黎公元洪為中華民國大總統，領海陸軍大元帥。”
廢除袁世凱的總統資格，確定新總統人選，實為當時政治上的緊迫要事。雲、貴起義後，最引人關注的就是總統問題。上海民黨謂馮國璋可為總統，南方民黨謂岑春煊可為總統，還有謂唐繼堯或蔡鍔可為總統。梁啟超主張遵照國法，推黎元洪為總統，一則可以息爭，二則可以表明護國軍之興為保衛共和而非爭奪權利。推黎元洪繼任本是梁啟超南下時就有的主張，現以軍務院宣言的名義發表，政治上意義更大。“其後此事成為輿論，舉國皆言推黎繼任，而首倡此議者，則為梁任公也。”
軍務院的成立，使護國運動有了一個統一的組織領導機構，它在政治、軍事、外交等方麵都發揮了積極的作用，標誌著護國運動進入高潮階段。軍務院從醞釀、成立、運作到最後解散，梁啟超始終起著關鍵性作用。誠如吳貫因所說：“軍務院之曆史，梁任公實與相終始。”
迫袁退位
廣西的獨立給正在四川作戰的護國軍以極大的鼓舞，1916年3月17日，護國軍全線發起總攻，形勢急轉直下。3月20日，馮國璋又聯合江西、浙江、山東、湖南幾省將軍致電袁世凱，要求他取消帝製。麵對各方麵的壓力，袁世凱被迫於3月22日發布取消帝製令，23日宣布廢止“洪憲”年號，83天的“洪憲皇帝”就這樣被釘在曆史的恥辱柱上。皇帝夢剛剛醒來，袁世凱又進入總統的夢鄉，想在帝製取消後繼續當他的大總統。為此，他一邊令在四川作戰的張敬堯、陳宦，向蔡鍔求和說情；一邊請廣東的龍濟光、張鳴岐與陸榮廷商談，企圖調停南北，保住大總統的職位。
梁啟超在進入鎮南關後才得悉袁取消帝製的消息，他立即於3月28日在龍州致電各方，請勿言調和，堅持袁必須退位的方針。在《複陸都督電》中，梁啟超強調，袁世凱言而無信，他如要義軍罷兵，不僅要取消帝製，還要退出政壇，如若不然，袁世凱定會清算義軍。《致湯覺頓電》《致各都督各總司令電》又強調，袁世凱必須退位，取消帝製是不夠的。
袁世凱看到以梁啟超為首的進步黨人反袁甚烈，便故伎重演，任命段祺瑞為國務卿，代替徐世昌出麵組閣，提出以進步黨人梁啟超、熊希齡、湯化龍、張謇、戴戡分任司法、財政、教育、農商、內務五總長的六人內閣名單，企圖以此為籌碼，挽救危局，繼續擔任總統之職。同時，袁世凱又派梁士詒、張國淦、莊縕寬等人，以舊交身份致電梁啟超，希望他能支持仍以袁為總統。
梁啟超早就看透了袁世凱的虛偽本質，他籌劃發動護國戰爭，就是要推翻其專製統治。現在袁要停戰和談，就必須要懲罰戰犯，且要袁世凱退位。也就是說，隻有袁退位，才有和談的餘地。此時，各方麵倡調停，主擁袁者頗多。有人擔心此局久懸，難免引起外國幹涉；有人認為各省軍人多係袁舊部，非袁不能統馭；有人指出當今人士除袁外，無人能為繼任總統。對此，梁啟超一一予以駁斥，堅持非袁退位不可。
5月3日，他在肇慶發出《致黎大總統及各都督各總司令電》，再次強調，事到如今，除非袁世凱退位，否則絕無停戰的希望。他還借蔡鍔的話，說袁仍繼任總統，就像個再嫁的寡婦，是不能入前夫家的宗廟的，否則，於情於理都說不過去。梁啟超認為，北洋派係各將領都是豪傑人士，像馮國璋、張勳、段祺瑞、王士珍等，都足以擔當鎮撫北方的重任，並非隻有袁世凱才能統馭北方軍隊。在這些將領中，梁啟超對段祺瑞更是寄予厚望，希望段能出來幫助黎元洪收拾殘局。
5月4日，他在《致段國務卿電》中表示，如今隻有段祺瑞最適合出來收拾殘局，就像當初逼清帝退位時袁世凱做的那樣，隻有段祺瑞出來逼袁世凱退位，中國才有希望。日後梁啟超入主段閣，扶段治國，此時已初露意向。
梁啟超與袁世凱打了十幾年交道，又在其政府做過幾年官，對其性格品質了如指掌，而他本人又是輿論界的大旗，文筆犀利，寫得一手好文章。所以，他在通電迫袁退位的同時，還在輿論上對袁進行口誅筆伐，寫了《在軍中敬告國人》《袁政府偽造民意密電書後》《袁世凱之解剖》等一係列文章，揭露其專製獨裁罪行，抨擊其卑鄙惡劣行徑，剖析其性情品格缺點，淋漓盡致地刻劃了袁氏反複無常、陰險奸詐的醜惡嘴臉，使國人進一步認清了他的本來麵目。
5月6日，馮國璋、張勳、倪嗣衝三人聯電未獨立的15省軍民長官各派代表一人，於15日前赴南京開會，商討總統去留問題。18日正式開會時，由於各省代表意見不一致，沒有形成任何決議。最後商定，請已獨立的5省選派代表與未獨立的17省代表，到南京另行開會，以決定總統去留問題。此間，梁啟超已離開廣東取道香港轉赴上海，到南京與馮國璋商討國事。5月30日，其弟梁啟勳由港來滬，告訴他父親已於3月14日病逝的消息，當時他正在南下的途中。梁啟超聞訊後悲慟欲絕，立即致電廣東軍務院，辭去一切職務，在上海居喪，決心不再參與國事。
6月6日，袁世凱在內外交攻、眾叛親離的情況下，絕望地死去。因取消帝製而南北熄火的護國戰爭，至袁世凱死後已完全停止。梁啟超認為這是局勢有所進展的大好機會，他不顧居喪的悲痛，又站出來為結束南北對峙、恢複約法、召開國會、重建民國而操勞。他先是致電黎元洪、段祺瑞、馮國璋及各都督總司令，促請黎元洪依法就任大總統，接著又草擬了南方五省的和談條件：一、複舊民約；二、召集國會；三、懲治禍首；四、南省北軍撤還；五、廢將軍巡按官製，一律改稱都督；六、雙方要人在南京或武昌開善後會議，直接晤商。6月底，政府明令恢複約法，召集國會，黎元洪也依法繼任大總統，段祺瑞被任命為國務總理並負責組織新內閣。梁啟超看到這一切便以為大功告成，馬上致電獨立各省，主張撤銷軍務院。7月14日，發布了由梁啟超起草，全體撫軍署名的《軍務院撤銷通電》。至此，護國運動完全落下了帷幕。
護國運動是一次由廣大群眾參加的資產階級民主革命運動，它發生在辛亥革命之後，五四運動之前，在中國近代曆史的發展進程中具有承前啟後的進步意義。護國戰爭的直接結果是推翻了“洪憲”帝製，拯救了中華民國，使辛亥革命的勝利果實《臨時約法》和國會得以恢複，避免了一次大的曆史倒退，為舊民主主義革命向新民主主義革命過渡創造了條件。
梁啟超作為這場戰爭的主要發起人和決策人，理應受到高度的重視。遺憾的是，由於種種原因，長期以來，人們總是貶低梁啟超在護國戰爭中的重要作用，無視梁啟超在護國戰爭中的曆史地位，淡化梁啟超在護國戰爭中的巨大貢獻，或說他爭奪護國桂冠，否認廣大人民群眾的作用和功績；或說他自居護國英雄，其實隻有一點運籌之功而已。
事實究竟怎樣呢？前麵的敘述已經表明，護國戰爭中的一係列重大事件，如雲貴起義、兩廣獨立、四川戰事、迫袁退位、南北和談以及組建軍務院、運動馮國璋等等，無處不有梁啟超的智慧和汗水，無事不見梁啟超的勇氣和膽略。從身先士卒，在戰場上指揮千軍、英勇殺敵的方麵看，蔡鍔是當之無愧的護國英雄；從運籌帷幄，在戰爭中不顧生死、履危蹈險的角度講，梁啟超也堪稱護國英雄，並不存在什麼“自居”。
至於人民群眾在護國戰爭中的作用，梁啟超不僅沒有否定，而且予以充分的肯定，他在兩篇有關護國戰爭的回憶文章中分別指出：“今共和國體之所以複能維持，實賴全國各部分人戮力擁護，非一手一足之為烈也。”“護國成功，原來是全國民心理所造成，並不是靠一部分幾個人之力。”當然，進步黨人在護國戰爭中走在革命黨人的前麵，梁啟超在整個戰爭過程中始終起著重要的領導作用，這也是無可否認的曆史事實。戰爭之前，他籌劃奔波、尋求合作，促使護國反袁聯合戰線的形成；戰爭之中，他千裏南下，冒死說龍，保證了軍務院的及時成立；戰爭之後，他迫袁退位，運動馮、段，為南北和談，國家統一奠定了基礎。正因為有了這些，曾是梁啟超論戰對手的章太炎才不得不說：“共和再造賴斯人。”