張居正的整頓吏治，實際上是陽明學“知行合一”的加強版。一個人良知不被遮蔽，知道了就必會去行。但張居正認為所有官員的良知都被遮蔽了，隻知不行，所以他把“知”作為命令，我的命令就是你的“知”，命令一下，你必須去行。你不必在我的命令上致良知，不要想是對是錯，按照命令去行就是對的。這固然能大大提高效率，然而他的很多命令被許多人當成是外物，也就是不能自得於心的東西，這就導致執行命令的人心不甘情不願。忍受嚴刑峻法的逼迫隻好去行，可一旦張居正去世，嚴刑峻法消失，這些人會馬上恢複本心，不再去行。
劉一儒的擔心正在於此：看似每個人都兢兢業業，實際上是受心外的法律壓製，法律消失時，就是他們的強烈反彈之日。到那時，張居正規劃的一切都會“成也蕭何，敗也蕭何”。
道理人人會講，張居正也有他的道理：亂世用重典，急病用猛藥。麵對濫局麵，必須要以雷霆之力迅速糾正它，其他一切方法都是空談。如果他真的聽從劉一儒的意見，改弦易轍，必能收回大部分人的心，但他不可能聽從，因為他是張居正。他從坐上首輔的椅子那天起，就深刻知道什麼才是真的知行合一，如何去知行合一。這麼多年來，他始終堅持自己的做法，原因隻有一個：他認為自己是在致良知。
也許，正是有官員們的強烈反對，張居正才大踏步走到今天。在他看來，隻有艱難險阻才是實學，人隻有在障礙中才能學到貨真價實的東西，才能鍛造強大的心力。碌碌無為，永不可能實現人生的價值!
孫海、客用事件
最初，張居正的障礙是些別有用心的官員，1579年則是想錢想瘋了的朱翊鈞，到了1580年後，張居正發現，朱翊鈞已不僅是障礙，而早已是一顆定時炸彈。
國家有張居正，朱翊鈞不必為政事煩憂。對於十六七歲的年輕人，無事可做，充沛的精力隻好浪費到玩樂上。年紀小時自有年紀小的玩法，年紀稍大也有成熟的玩法。似乎沒有人注意到，不知從何時起，朱翊鈞迷戀上了各種娛樂活動。
1580年最後一個月，朱翊鈞和他的太監玩伴孫海、客用常到西城玩耍。喝酒是難免的，但朱翊鈞很少喝得人事不省，所以喝酒之後總有別的娛樂。某天，他突然起了雅興，要侍立一旁的小內監唱小曲。小內監按馮保的命令隻管站著，唱小曲不是他的工作內容，所以他不唱。
朱翊鈞勸了半天，小內監就是不為所動。朱翊鈞暴跳如雷，抽出身邊孫海的佩刀，直奔小內監。小內監嚇得癱軟在地，直叫“馮公公”。
不叫還不打緊，這一叫，朱翊鈞更是怒火中燒，小內監竟然用馮保來壓他，於是上去就是一刀。由於大醉，沒有準頭，小內監隻受了皮肉傷。孫海等人一見要出人命，慌忙上前拉住朱翊鈞。朱翊鈞餘怒未消，吩咐孫海等人把小內監狠狠地踢了一頓。小內監被踢得奄奄一息，朱翊鈞還不罷休，割了小內監的頭發，權當斬腦袋。
胡鬧完畢，朱翊鈞醉醺醺地回宮，昏昏睡去。天明時分，在宿醉中他被人叫醒，正是孫海與客用二人。二人臉色煞白，神情緊張地告訴他：“太後要見您。”
朱翊鈞驚得翻身而起，問道：“可知何事？”
孫海說：“那個小內監把昨天發生的事告訴了馮公公，大概正是此事。”
客用幫腔說：“據說馮公公也發了火。”
朱翊鈞騰地站到地上：“馮保有什麼資格發火，豈有此理!”
馮保不是他所怕的，他最怕的是馮保在他母親麵前告狀。他猶豫焦慮起來，孫海與客用催促他：“皇上，還是趕緊去吧。去晚了，李太後更生氣。”
朱翊鈞膽戰心驚地來到李太後宮裏。李太後臉色鐵青，像是塗了一層鉛，一見朱翊鈞便大喝道：“跪下。”
朱翊鈞身不由己地撲通一聲，跪到地上。李太後拍案而起，聲音尖利：“你知道你的罪過嗎？”
朱翊鈞不敢回話，渾身如篩糠。李太後開始一五一十地數落他的罪過，越數落越生氣，最後居然掉下眼淚。朱翊鈞也是哭得眼淚如斷了線的珠子。
李太後擦去眼淚，冷冰冰地問朱翊鈞：“你知錯嗎？”
朱翊鈞叩頭如搗蒜說：“兒知錯了。”
這情景連站在一旁的馮保都於心不忍。李太後見到兒子的狼狽相，歎息一聲，要朱翊鈞站起來，去書櫥上找來《漢書》，讓他翻到第六十八卷。朱翊鈞輕聲念出口：“霍光傳。”
“讀!”李太後口氣威嚴。
朱翊鈞開始讀，當讀到“光即與群臣俱見，白太後，具陳昌邑王不可以承宗廟狀”時，眼淚再度流下，這眼淚半是恐懼半是委屈。霍光廢昌邑王乃中國曆史上重大的政治事件，朱翊鈞當然讀出了其中意思。他明白，現在的霍光就是張居正，他母親看上去就是張居正的幫凶，還有那個馮保，則是張居正的內線。他的一舉一動，都受馮保的監視，馮保知道了，李太後就知道了，張居正更知道了。
他沒有讀完《霍光傳》，雙腿一軟跪到地上。李太後聲色俱厲：“不是隻有你才能當皇帝!”
這無疑是晴天霹靂，朱翊鈞魂不附體，恐懼得一言不發。李太後吩咐：“去請張先生來，看看我大明朝的這個皇帝，還留不留!”
張居正早就得到朱翊鈞痛毆小內監的消息，他也知道李太後會過問，但沒有想到問題會這樣嚴重。連他都認為李太後有些小題大做，他對李太後說：“皇上固然有錯，隻是道德瑕疵，沒有到廢立的地步。”
李太後餘怒未消：“張先生不必維護他，他現在就如此，將來真的親政了，還不毀了大明朝!”
張居正望了一眼跪在身旁的如同被主人狠揍的死狗似的朱翊鈞：“皇上本性不壞，隻是一時糊塗，要他痛改前非就好。”
李太後追問：“他還能改嗎？”
“能!”張居正說完，用眼神示意跪在地上的狼狽不堪的朱翊鈞。朱翊鈞倒很機靈，叩頭向李太後哭訴，他一定痛改。
李太後態度緩和下來，說：“既然要改，那就讓天下臣民皆知。張先生，你幫皇上寫兩道罪己手詔，一份給內廷，一份給內閣。”張居正遵旨。
說是幫皇上，其實張居正根本就未和朱翊鈞商量一句。他回到內閣，不假思索，鋪開紙張，以朱翊鈞的口吻先寫給內廷：“孫海、客用凡事引誘朕，無所不為，貶到南京孝陵(朱元璋的陵墓)去當菜農。你們司禮監的所有人既受朝廷爵祿，朕偶爾昏迷，犯下錯誤，你們就該勸諫朕，可你們卻圖朕一時歡愉，盡情放縱朕，真是該死!今後如果還有奸邪小人引誘朕，你們司禮監任何人都要舉報，並發外廷知道。”朱翊鈞看了這道罪己手詔，咀嚼著無聲的怨恨，也隻能同意。
再看發給內閣的那道詔書：“孫海、客用已被朕發配南京。先生和諸位大臣既為輔臣，見朕犯錯怎能坐視不管？先生既知此事就該諫朕，讓朕成為堯舜那樣的君王，先生也就成了堯舜的臣子。從今而後，無論朕在宮中有何過失，先生都要勸諫，不可姑息朕!”這就是授人以柄，朱翊鈞的屈辱怨恨可想而知。
朱翊鈞憤怒悲傷，馮保卻歡欣起來。他對張居正說：“司禮監最近有幾個混賬，總和我過不去，趁此良機，張先生幫我把他們一並除了吧。”
這是順水人情，張居正很樂意做。在他眼中，內監就沒有幾個好人，除一個是一個。於是，朱翊鈞又收到張居正的奏疏。張居正說：“司禮監太監孫德秀、溫泰，兵仗局掌印周海都有引誘您的潛力，所以都應被懲處。”
朱翊鈞看著這道奏疏，咬牙切齒，但也隻能同意。恨一個人，很多時候並非是此人做了多麼傷天害理的事，而隻是因為他傷到了自己的自尊。孫海、客用事件是朱翊鈞和李太後、馮保、張居正的一次鬥爭，結果他慘敗。這種羞辱始終埋在心底，直到幾年後才被他以複仇形式釋放。
張居正卻絲毫未察覺朱翊鈞的心理，他憂心忡忡，決定趁這件事再做文章，把朱翊鈞牢牢固定在準聖君的軌道上。
但在1580年時，張居正再想這樣做已有相當的難度。朱翊鈞已從之前的唯唯諾諾變得有主見，這就如同一匹脫韁的野馬，非經強大力量，不可能回到正軌一樣。
但張居正的力量已經用盡，確切地說，他仍是新瓶裝舊酒。他把當初的《帝鑒圖說》思路重新拿出，把曆朝曆代的寶訓、實錄集結成冊，向朱翊鈞呈上了一本《謨訓類編》。他對朱翊鈞語重心長地說：“希望皇上能以史為鑒，念念警惕，事事遵成憲。在深宮中的心就應該是上朝理政時的心，在朝理政時的心就應該是在深宮中的心；靜時的心就應該是動時的心，動時的心就應該是靜時的心。”
這就叫知行合一，朱翊鈞不是不懂，而是懂得太多。他對張居正說：“古人都是說一套做一套，比如孔子，說為政要仁，可他一掌握政權，就不分青紅皂白地殺了少正卯，這是知行合一嗎？這簡直是虛偽得要命!”
換作任何一位大儒，都會對朱翊鈞這種看法驚愕失措。但張居正不是腐儒，他懂得變通，心中的偶像隻有自己的良心。他對朱翊鈞說：“孔子縱然是聖人，心中也有私欲。他做錯的事，我們不要重蹈；他做對的事，我們要借鑒。不必論他的是非，隻要我們自己心中有個是非。”
這種話，朱翊鈞隻是一聽，他也並不認為孔子冤殺少正卯是錯的，他隻是看不慣張居正總喜歡用文化育人，想要給張居正難堪罷了。
君臣二人已經離心，二人的心思已無法走到一起。出事，便是遲早的了。