在吳三桂與另兩位活著的藩王領導下，雲南、廣東和福建在1673年爆發了叛亂。他們取得了暫時的勝利，控製了華南和華西，以及華北的部分地區。但是他們遇到了勁敵——年輕而強大的康熙（1654—1722），他注定要置身於中國最偉大的統治者之列。在強悍的吳將軍與這位強有力的皇帝之間，進行了一場長久的戰爭，直到1678年吳三桂在圍攻湖南永興時死去，這場反叛才漸漸平息。但它留下了嚴重的後果，滿族人從此改革了他們在漢人區域的政府構架，在一個省內將權力分散交給文官和武官，而在同一組官員中又分散交給不同級別的官員。[3]
[1] 《中國文庫》：第 20 卷，第 252 頁及以下；皇家亞洲協會北華分會《學報》，新版，第 22 卷，第 3~5 頁。
[2] 李翁兵：《中國史綱》，第 358~368 頁 , 比較 J. 羅斯的《滿族人》第 453 頁。廣西藩王死得早，自殺身亡，隻留下一個女兒，無法繼承王位。不過，她嫁給了該省的韃靼將軍，於是保留了一定的控製手段。
[3] 李翁兵：《中國史綱》，第 368 頁及以下。
在康熙及其後繼皇帝們的治下，這種策略得到了發展，在任何省份都將文武大權分別交給至少2到3個權力中心，多則分解為8至10個權力中心。在軍事方麵，督撫通過對本省財政的控製，對該省的所有部隊都有間接的控製權，但他們每人隻能直接指揮5000到6000名護衛他的士兵。
韃靼將軍駐紮在總督駐節的省會城市，或者駐紮在其附近，以大致相等的兵力來製約他，並在國都中居於比他更高的職位。同樣，巡撫受到省級最高軍事長官提督的製約，此人主要是指揮全省的武裝力量，而在軍隊的等級組織中，他與巡撫同級。提督偶爾也會駐節於省會城市，但更多的情況是駐節於該省其他地區的一座大城市。這3個獨立的指揮係統，即督撫係、韃靼將軍係和提督係，便是3大組織體係。
但實際上，就連提督也會覺得他的權力受到了下級軍官總兵即師長們的牽掣。盡管後者隻有通過提督才能與北京的兵部進行溝通，並在理論上要接受提督的命令，但他們實際上受到的隻是督促而非指令。他們實際上已經形成了獨立的單位，駐紮在不同的地方，很難把他們從那裏調開，因為他們通常會與相應級別的文官道台打交道，而他們的部隊分布在各個戰略要地，駐紮在主要的城鎮和商業中心。這些小部隊對於低級文官而言具有很大的價值，但任何將之收攏集結為大部隊的企圖，都會令常規的當局感到孤立無助，麵臨從1847年到1850年廣西盜匪蜂起時遇到的困境。因此，這些當局會極不情願把駐軍放走，不想讓他們離開其駐紮的四麵圍牆的城市，對調令故意拖延不辦。
在中部省份，綠營部隊還有其他糾紛。糧運總指揮控製著大運河，而河督則控製著黃河與長江，他們麾下都有綠營兵。
從康熙的角度看來，這是一個理想的體製。實際上，它隻有在各位文武指揮官完全協調一致的情況下才有可能正常運轉。但這違反了人的天性，各位指揮官絕不可能和衷共濟。實際上，康熙已經下達指令，使他們絕對無法合謀反對北京，從這個目標來看，這個體製是效果極佳的。
因此，綠營事實上比旗營好不了多少。我們必須放棄一個想法：巡撫或提督在出現任何緊急狀況時能夠集結一支大部隊。指揮體係隔膜而分散，至多隻能保住省會和重要城市。綠營在駐守防禦時比在野戰中有用得多。他們可能有助於撲滅其他指揮體係的兵變，例如總督的部隊有助於防止提督或總兵體係的叛變。他們也可能被用於鎮壓鄉村地區的小規模動亂。至於對付大批的造反派，就很難集結一支足夠強大的兵力，甚至完全沒有可能做到這一點，除非招募新兵。即便大部隊集結起來了，不同軍官之間的合作也很難得到保證。
步兵、騎兵和駐防部隊的比例，各省互不相同，但在14個省份內，駐防部隊超過了其他兩種兵力的總和。1850年中國的綠營總兵力為：騎兵87100人，步兵194815人，駐防軍336185人，總計618100人。各省的分布情況如下：
按照重要性來排列，騎兵的位置最高，士兵經常調動。[1]
[1] 此表摘自《中國文庫》第 20 卷，總結可見於第 365 頁。我們必須記住，這隻代表支付薪俸的人數，其中肯定有不少空額。
軍官的招募辦法和文官一樣，陸軍和水軍沒有區別。除了通過考試招收以外，軍事師匠與醫生可以任命，還有4條途徑可以得到軍銜：自公爵以下含五品官階的貴族世襲職位；軍官之子因其父顯貴的名譽晉升；軍官之子因其父為國效勞而暴亡的名譽晉升；因功而從低位得到拔擢。[1]
然而，獲得官銜與實際任命是兩碼事情。有3條途徑可以得到任命。有幾個軍階的軍官，尤其是從中尉直到中校的官位——那些通過正規途徑選拔的軍官會被派往各省等候出缺。在某些省份[2]實行第2種辦法，由總督、巡撫或提督從現役軍人名單中推薦人選升職，實際上是論資排輩。在這些省份，人們都明白，每次用此種辦法提拔軍官，那麼在下一次提拔之前就要采用另外那種辦法。第3種辦法就是用僅僅根據能力和功勞來提拔的方式批準任命。對於中校以下軍階的人選，可由省級政府的首腦確定，較高級別的軍官要由北京根據對他們的舉薦來任命。有時候，在與戰爭相關的人事決定中，提拔或提拔的許諾會作為特殊的獎賞賜予戰場上的勇士。
軍官的等級劃分與其文官同僚們完全一致，但與同級的文武官員相比，武官會被視為級別較低，因為它們僅僅標誌著身體的勇武，而並非學識與文化。下表列出了官名、級別及其指揮的人數。[3]
[1] 《中國文庫》第 20 卷，第 294 頁及以下。
[2] 湖南、陝西、甘肅、四川、廣東、廣西、雲南、貴州、福建。
[3] 表格中的對應名稱取自《中國文庫》，第20卷，第366~390頁威妥瑪的論文。梅耶斯的《中國政府》，第59~61頁開列了不同的對應名稱，從旅長以下，各級軍銜都降低了一級。
現在我們把考察的範圍縮小到太平天國運動興起的廣東和廣西兩省，我們發現這裏有14個師的軍隊，分布在142個軍營，總兵力為3688名騎兵，30330名步兵，以及55421名駐防軍。但是，由於師與軍營太多，每個軍營的騎兵與步兵平均不足240人，駐防兵平均不足300名。這些小營，每營兵力不足650人，分散部署在兩省各地，實際上是無法調動的部隊，不過是地區警察武裝而已，難怪造反武裝能有機會在山野之間發展壯大起來。
當需要大部隊來應對的緊急狀態出現時，它的缺點就大致上暴露出來了。於是官員們都舍不得放走手中的那點可憐的兵力，而他們的上司則盡可能地加緊擺脫請求援兵或填補缺額所需的龐大財政支出。每個知縣通常都很難保住自己的官位，會盡量向巡撫瞞報轄境內發生的任何動亂，直到事態無法控製。他采用的手段有兩種：一是隱瞞事態的嚴重性；二是買通叛匪，或用某種方式勸說他們轉移到其他縣境。同樣，巡撫也會向北京隱瞞事態的嚴重性，心存僥幸地寄望於用某種方式平息動亂，或者將匪幫趕出本省，驅入別人的轄境。
他們之所以要隱瞞，是因為擔心朝廷指責他們聽任動亂在自己眼皮子底下發生而未能製止，而將他們革職，同時也擔心財政上的損失。每個官員，不論文武，都要為自己的職務任命和續任大把地花錢。他自然地會將這種開銷視為投資，他必須在任期內確保其盈利。因緊急事件導致的革職與重金打點，會危及他一生的財政，有時會令他一蹶不振。
在軍中，指揮員們最流行的貪汙辦法就是向省政府索要全額人馬的薪俸與津貼，而實際上隻維持全額之一部分的人馬服役，又將實際人馬的合法津貼盡可能削減到最低點。因此，3類部隊都是長期兵額不足，並且大部分由老弱構成。當閱兵臨近時，或者當需要大部隊應付的情況發生時，部隊會臨時征召強壯的農民或勞工。他們未經充分的訓練，便補充到軍中，充當實際的戰鬥兵員。[1]
[1]威妥瑪的論文引用了幾名禦史有關此事的言論，本節概述了他們的指控。見《中國文庫》，第 20 卷，第 419 頁及以下。
中國的批評家們提出的指控，向中央政府說明了他們的軍人為什麼既打不過太平軍，也勝不了外國軍隊。下麵就是他們陳述的理由。首先，部隊兵額不足，軍官們向上級報告的是人數，而非名冊上的士兵姓名，這就使得上級無法查驗核實。於是政府要為並不存在的軍人支付薪酬。其次是疏於訓練，使實際服役的兵員極為缺乏戰鬥力。再次是軍官們將現役士兵當仆從使喚，盜竊了士兵們部分應得的薪俸與津貼，迫使他們與盜匪勾結。從次，經常從流氓無賴中招募兵員，形成一種環境，其效果等同於剝奪他們的薪俸，或至少加重了他們的腐敗與無能。最後，由於許多士兵缺乏訓練，缺乏射箭或使用火器的知識，沒有一般的作戰技能，於是臨戰怯懦，遇敵即逃。[1]此外，還有士兵雇人替代，這些替代者更無責任感，一有機會就開小差。
這幅圖景並不誇張，卻已是夠黑暗了。抵抗英國人的那場戰爭暴露了清軍致命的缺陷，卻未見清廷采取明顯的措施剔除體製的弊端。就連1839—1842年在廣州為擴軍而增招的編外兵員也被遣散了，政府已經沒有可靠的部隊來鎮壓訓練有素但裝備窳劣的太平軍。當欽差大臣趕到戰場去當實際獨裁者的時候（但他無權收稅，因此被剝奪了獨裁者的一個首要功能），或者當韃靼將軍奉命去廣州親臨戰場的時候，他們手中都沒有足夠的兵力。清廷一方必須創建一支全新的軍隊，而這就是由曾國藩完成的工作。
2.民政
如果說清廷的軍事組織在危機中如此滿足不了需求，那麼其民政也比軍事強不了絲毫。因為它的組建也是遵循將權力分散到許多人手中的原則，而非讓權力集中在少數人手中。
在首都，有兩大機關分掌管理的職責。在明朝居於百官之首的內閣，如今在兩者中居於次位，轉換成了朝廷的檔案館，其中有4名大學士——2滿2漢，2名協辦大學士——1滿1漢，以及10名學士。其職責是獲取全中國所有事件的信息，使國家首腦可以通過它接觸下麵的管理層。[2]
內閣之上的機關是軍機處。起初它隻是軍事委員會，後來發展成為皇帝私人的樞密院，淩駕於內閣之上。[3]每天早晨4點到6點之間，軍機處開會處理國務，其成員通常包括5位部長，他們是若幹執行部門的尚書。內閣隻是溝通的工具，而這個機構才是皇帝之下的最高當局。
[1] 在太平天國運動初期，周天爵寫給湖北巡撫的信中提到了這一點。此信可見於第6章。
[2] 梅耶斯：《中國政府》，第14頁及以下；威廉斯：《中央王國》，第1卷，第417頁、第 419 頁。
[3] 梅耶斯：《中國政府》，第 12 頁及以下。
和以前各個朝代一樣，執行部門包括6部，每部都有2名尚書和6名侍郎，一半滿族人一半漢人。此外，戶部、兵部與刑部還有督察官員。這6部分別為：（1）吏部，下設4司，領導帝國的文職官員；（2）戶部，下設14司，控製各地行政與稅收；（3）禮部，下設4司，附設樂局；（4）兵部，下設4司，領導軍務，直到19世紀末為止，經營水軍及驛傳服務；（5）刑部，與都察院和大理寺合作，審核各省的裁判結果；（6）工部，下設4司，總管全國的公共設施。[1]
上麵的名單還要添加兩個特殊的部門。其一是為了處理中國與蒙古的關係，叫作蒙古衙門。在專門組建外交部之前，它除了處理蒙古、西藏、新疆與境外朝貢國的事務以外，還處理中國與俄國的關係[2]
其二便是都察院，它與刑部和大理寺合作，審核刑事案件，受理上訴。但它更重要的職能是其作為監察委員會的工作，禦史們嚴密監視首都和各省官員們的品行。它向皇帝建議對被彈劾者應予何種處罰，指名道姓要將效率低下的官員及腐敗官員降級甚至革職。[3]革除弊端的建議也是由這個部門提出。
直到與英法聯軍的戰爭結束之後，清廷才感到了建立專門外交機構的必要。他們那時被迫打開國門，開展對外交往，於是組建了一個特別委員會，而不是一個部門，這個機構名叫總理衙門。其成員起初有10位，都是各部的尚書或侍郎，包括軍機處的多數大臣。因此，在某種程度上，可以視之為一個首腦人物的委員會。常務工作由一個秘書班子來執行，他們起初是從軍機處借來的。在這個外交委員會之下，直隸與金陵的總督被指派為通商大臣。[4]