在為期31天的圍攻無果之後，太平軍離開桂林，向湖南進發，後麵有和春的7000人跟追。他們攻占興安（5月22日）和全州（6月3日）。江忠源認為太平軍會從全州航行於湘江，直下長沙；他火速趕到距離全州不遠的蓑衣渡，那裏江麵狹窄，岸邊林木蔥鬱。江忠源決定用樹木而非用土石來阻擋太平軍通過。如他所料，太平軍乘小船順湘江而下，抵達這個地點時，不得不與江忠源及其楚勇小部隊較量。戰鬥進行了兩個晝夜，1000名太平軍陣亡，其中包括馮雲山。他們的船隻全被這位勇敢的官軍將領燒毀，太平軍被迫登陸行軍，前往永州和道州，並於6月12日攻占道州。[1]
[1] 《湘軍誌》：卷一，第 9 頁。《平定粵匪紀略》聲稱馮雲山是在全州陣亡，但可能是指全州地區，而非全州城。
他們在道州逗留了1個多月，吸收了成千上萬的追隨者，組織中注入了新鮮血液。他們增強了兵力，得以成功地進軍金陵。但是，這個有利的因素被蓑衣渡戰役的深遠影響所抵消了。馮雲山之死使這場運動失去了最後一位較為能幹和冷靜的領袖，他生前一直把真正的目標擺在洪秀全及其合作者麵前。他的去世與洪大全的被殺損失幾乎同樣嚴重。馮雲山曾與後者攜手共建會黨，也許和他一樣具有寬廣的視野，而且站在洪秀全一邊。從後來發生的情況看來，北王韋昌輝，或許還有翼王石達開，具有同樣的素質，但其力量還不足以與楊秀清和蕭朝貴爭奪控製權。於是在馮雲山去世後，天平就完全偏向了宗教狂熱派的方向。他們傳播一種對多數國民而言顯得陌生而不合口味的宗教，最終給這場運動帶來了反作用力，領著它走向了滅亡。
此戰的第二大效果是打開了清政府的眼界，使他們找到了一條鎮壓太平軍更好的新途徑。高官們曾有兩次率領大部隊包圍了這支人數不多的造反武裝，唯一的結果是讓他們再次逃脫。但是，在蓑衣渡戰役中，一支根本不起眼的民兵隊伍堅守陣地，趕走了正在乘勝前進的太平大軍，為湖南省會的防禦爭取了時間。[1]正是這類軍隊在曾國藩的領導下得到了發展，最終給清政府帶來了勝利。唯有乘勝進軍，或者出現有能力的領袖來取代天德與馮雲山，才能使太平天國的事業免遭不可避免的災難。清政府現在擁有了一個法寶，可以用來克服現存體製的致命弱點。
這時候，官軍在道州集結，迫使太平軍向郴州轉移。這座重要的城市位於廣州通往北方的大道上。太平軍於8月16日攻克郴州，這是攻陷桂陽的第二天。[2]天王與主力留在郴州，而西王蕭朝貴率領一支小分隊即“敢死隊”繼續推進，企圖襲占長沙。他認為該城沒有設防，容易攻破。[3]
太平軍在長沙城外待了81天，未能得手。西王蕭朝貴被城牆上的炮火擊中陣亡，他的早夭使得洪楊不得不率全軍趕到長沙。這裏有一個奇怪的巧合：在太平軍圍攻末期，保衛長沙的巡撫駱秉章和天王一樣，也是花縣人。官軍陸續沿江而下，又有了擊潰太平軍的機會，隻要他們擁有能夠像江忠源的楚軍一樣善戰的軍人。11月份，太平軍3次（10日、13日和29日）引爆地雷，兩次炸垮了城牆，但在試圖衝入缺口時被守軍擊退。
他們的鹽與油的供應已經斷絕了，陷入敵軍的包圍，隻有解圍而去。在離開長沙之前，“天王在長沙南門製造玉璽，呼稱萬歲[4]，妻稱娘娘[5]，封東、西、南、北、翼王，封王在前，天王呼萬歲在後。
[1] 《平定粵匪紀略》：卷一，第 15 頁。
[2] 《湘軍誌》：卷一，第 10 頁；《平定粵匪紀略》：卷一，第 19 頁。
[3] 據說當局對於他們的行動一無所知，隻是因為太平軍誤將該城東南角上的高塔認作城門，才使長沙在城門關閉之前免遭攻破。
[4] “萬歲”是隻能用於皇帝的稱呼。
[5] 即皇後。
製造璽成，攻城未下，計及移營，欲由益陽縣欲靠洞庭湖邊而到常德，欲取湖南為家”。[1]
太平軍的一支小部隊奉令向湘潭開進，然後繞過山嶺與主力會合。主力於11月30日夜晚從浮橋上渡過湘江，西進益陽。他們這個小小的計謀騙得官軍沿東岸火速奔向湘潭，太平軍得以順利地脫逃。從9月10日起，他們一直圍攻長沙。
他們在益陽的江水中找到了幾千艘船，便從水上推進，通過臨資口，越過洞庭湖，抵達嶽州。這座城中有康熙時代三藩之亂的首領吳三桂留下來的大批軍火。他們在抵達嶽州幾天後，於12月13日占領了該城，大多數守軍在他們到達之前就溜走了。[2]吳三桂的軍火充實了他們的裝備，他們還得到了另外5000艘船隻，於是揚帆直下長江，抵達漢陽，於1852年12月19日攻克該城。他們燒毀大商埠漢口之後，渡江攻打武昌。總督借口保衛湖南，未到湖北。巡撫盡了最大的力量，向榮指揮的部隊從湖南趕到，距城牆僅3裏之遙，太平軍夾在官軍與城牆之間。守軍和向榮所部都不願與太平軍交戰，冬雨給了他們無所作為的口實。於是太平軍得以及時炸垮城牆。爆破發生於1月13日黎明。巡撫勇敢地捍衛城池，但他與其他省級高官一起，都被太平軍擊敗，死於戰場。
賽尚阿已被革職，由徐廣縉接任，但後者在太平軍離開後方才抵達長沙，當太平軍攻占武昌時才抵達嶽州。朝廷將他罷黜，令向榮出任欽差大臣。
武漢三鎮事實上未經戰爭而陷落，再次震撼了清政府。1840年在危急時刻於廣州取代林則徐出任欽差大臣的琦善，現在被朝廷起用，奉令統帥從直隸、陝西與黑龍江挑選的騎步精兵防禦河南，以防太平軍向北京挺進。[3]
[1] 摘自中文版的《忠王自述》，見《中國秘史》第128頁。比較雷的譯文第5頁、第6頁。
[2] 《湘軍誌》：卷一，第13頁；《平定粵匪紀略》：卷一，第17頁下欄、第18頁上欄。
[3] 《平定粵匪紀略》：卷二，第 1 頁下欄。此處稱太平軍打算通過襄陽北上，但意識到河南防禦森嚴，進軍不便。
向榮升官之後，變得積極起來。如果他早是如此活躍，就能救下武昌。太平軍自認為沒有足夠的力量長久防守武漢，於是征集幾千艘船隻，於1853年2月8日登船起航，沿長江而下。據說他們此時的人數為50萬[1]，包括男女老幼。他們的氣勢一定把向榮嚇住了，因為他眼睜睜地看著太平軍由1萬多艘船組成的艦隊揚帆而去，前往金陵去建立天國。
這支大軍[2]沿長江兩岸推進，搶掠行經的所有城鎮。金陵的總督正在武穴附近等待他們，這裏是他轄區的邊界。他突然覺得自己必須返回金陵。做這個決定部分是因為他害怕了，部分是因為他手中兵力太少。他派出了一名總兵前去阻擊太平軍，但那位將領很快就被擊敗，於是總督與江西巡撫各自逃之夭夭。[3]由於他們的怯懦，九江沒有設防，於2月17日陷落。在安慶，安徽巡撫突然去世，留下布政使守城，但他未能守住。2月24日安慶失陷，布政使退守一座小城。一周以後，該城失陷。於是一城接一城落入太平軍之手，北京的高官們又懼又惱。坐鎮金陵的巡撫在總督出外的情況下，本來可以采取措施防禦該城，但連他也借口戰略轉移而跑去了鎮江。太平軍於3月8日便已來到金陵的外圍工事之前，當月19日便攻陷了該城。清政府說滿族人駐軍頑強地保衛了內城，但太平軍不久之後告訴密迪樂先生，滿族人駐軍下跪求饒，像哀鳴的綿羊一般死去。