捷報令清政府十分欣慰。皇帝賜給曾國藩三品官員的藍頂子。[3]曾國藩恰當地謙辭皇帝的賞賜，聲稱他仍在守哀，不適合接受任何恩賜，他所做的一切，隻是在大局危急時應盡的本分，取得的良好戰果都是塔齊布、羅澤南、楊載福與其他人的功勞。他還說，如果皇帝不強製他接受提拔，他會非常高興。[4]皇帝在對這份奏疏的批複中說，解救危難中的國家是最高形式的孝順，這種行為一定能夠告慰他已故母親的在天之靈。他本人非常讚賞曾國藩的大德，言天下人都會知道。
[1] 《奏議》：卷三，第 13~39 頁。多個日期。
[2] 《奏議》：卷三，第 40~45 頁。日期為 1854 年 9 月 25 日。
[3] 官員有九品，其品級由官帽與官服上的標識表明。最高兩品的頂子是紅色的，第三品的頂子是藍色的。
[4] 《奏議》：卷三，第 46 頁。
曾國藩事業的初始階段現在已經過去。實驗結果是一場決定性的勝利，現在全軍順著大江前往湖北，該省的武漢三鎮已在敵軍手中。盡管曾國藩的部眾人數較少，但他們訓練有素，並有優秀的將領指揮。前方仍有挫折、延擱與黑暗的歲月，但是唯有推廣這種新型的陸軍和水兵，才有希望取得徹底的勝利。在那時候，由幾位老資格的提督與欽差大臣指揮的大軍，如同蝗蟲一樣駐紮在金陵、揚州與鎮江城外。他們有時俘獲了太平軍來去自由的小股部隊，但他們從未麵對太平軍的主力，如果碰上了，就難免落敗。隻要有了足夠多的如同湖南新軍這樣的部隊，就能防止太平軍從江西擴張，或者迅速地在金陵將其鎮壓下去。然而，現在太平軍在那3大堡壘站穩了腳跟，他們的部眾正在實行遊擊戰，從一個縣打到另一個縣，攻陷一個個城鎮，在劫掠之後離去。官軍兵力過於分散，不足以予以重擊。膽小的知縣和知府們逃離職守，勇敢的官員則死在圍城之內，做出悲壯卻無價值的犧牲。
太平天國運動走下坡路了，太平軍沒有了離開廣西時的那支部隊具有的熱情，他們首領的宗教幻想變得越來越古怪，他們自稱天神的企圖越來越固執。然而搶掠和冒險的機會繼續吸引著產生搶匪的社會階層，其掠奪性的部隊，既有大股又有小股，首領身披黃袍或紅袍，自己來去無阻，如同燎原之火。曾國藩13000人的部隊如果是在1850年或1851年，足以輕而易舉地鎮壓這場運動，如今卻隻能做開路先鋒。
曾國藩做好最後的部署之後，湘軍順江而下，奪取武昌。此城於1854年6月被東王攻陷，那時曾國藩正在修複早些時候的失敗造成的創傷。為了防止波及四方，在冬春兩季湖北告急時，朝廷給曾國藩連發火急的上諭，曾國藩在長沙飽受屈辱的那些日子裏，他想到自己的失敗導致了湖北省會的陷落，也是令他痛苦的念頭之一，因為武昌是戰略地帶上的一個戰略要點。6000多公裏的長江，穿過宜昌上遊的三峽，從武昌流向吳淞口，穿過廣袤而肥沃的地區，流經中國的心髒。這條水道最具戰略意義的部分，是從嶽州到鄱陽湖出口處的湖口這一段，距離約為500公裏。嶽州控製著洞庭湖口，從四川奔來的長江與湘黔盆地的河水通過湖口流入洞庭湖。在漢口，長江從漢江接收了鄂北與河南部分地區的泄流，然後通過鄱陽湖這個水口，流向整個江西。至於湖口至金陵的那一段長江，安慶與九江是最重要的城市。
曾國藩分別於9月25日和30日攻占了崇陽與鹹寧，此後才能夠向前推進，但對武昌的圍攻已由羅澤南與塔齊布二部協助官文開始進行（9月22日）。當主力抵達時，攻擊便進入白熱化。在10月12日與13日的總攻擊中，湘軍摧毀了武昌的外部防線，燒毀了1000艘敵船。14日，經幾小時的鏖戰，同時攻占漢陽與武昌。這對太平軍是可怕的一擊，他們曾經強調要守住武漢三鎮，並相信他們的防禦固若金湯，而武昌尤難攻破。因此，漢陽與武昌的收複，對於官軍是歡欣鼓舞的勝利，[1]特別是當太平軍放棄江北靠近安徽邊界的重鎮黃州及其對岸的武昌縣之後，湘軍實際上已將太平軍趕出了湖北。[2]
在奏報這些勝仗的時候，曾國藩不僅按照常規舉薦了他的部屬，還為曾因私生活中的瑕疵或技術性錯誤而被貶謫的官員請求複官。他自己得到的獎賞是賞戴單眼花翎，並被任命為湖北的代理巡撫。[3]他奉命將陸軍與水師分兵順江而下，直取金陵，順路攻複九江與安慶，行動中與湖廣總督楊霈和塔齊布一起協商。[4]
上麵這條命令曾國藩一時無法遵行，因為潰逃的太平軍躲避在漢江及其支流一帶，湘軍必須先將他們肅清。他將幾十艘舢板派往這個地區，於10月15日包圍並燒毀了企圖駛回長江的1000多艘敵船。[5]
[1] 《奏議》：卷三，第 56~62 頁；《年譜》：卷三，第 18 頁。此處的日期是 14 日。《發賊亂誌》沒有提到這些城市的陷落。
[2] 不是湖北省會。
[3] 花翎就像一種現代裝飾品，分為 3 等，即單眼、雙眼和三眼。曾國藩拒絕了代理巡撫的職位，其原因正如他在 11 月 3 日的家書中所說，就任官職會違反他為母親守哀的意誌。組建部隊，協助鎮壓造反軍，是一個帝國官員不可逃避的職責，但在守哀期間必須小心避免接受官職、希圖功名。皇帝準了他的辭呈，但申斥他在辭呈未被批準時沒有使用已經給予他的頭銜。《年譜》：卷三，第 22 頁下欄及第23 頁。
[4] 見《年譜》卷三第 20 頁上欄概述的上諭。
[5] 《年譜》：卷三，第 20 頁；《家書》，1854 年 11 月 3 日。
現在軍事進展十分順利，但軍隊的給養成了更加突出的問題。曾國藩在10月21日的奏疏中抱怨湖北對軍隊的支持非常有限。如果他接受了代理巡撫的任命，這個問題也許會有所改觀。因為那樣一來，他對該省的經費會有直接的控製權，但實際上他多少受到各省官員的製約，他隻能通過皇帝間接地對他們發號施令。他要維護日益延長的交通線，要確保必要的增援與補給，他擔心這些沉重的負擔將他壓垮，使他的事業擱淺。何況，他還害怕財政沒有著落會導致軍心不穩，特別是因為窘迫與不滿的民眾隨時有可能加入太平軍的行列。因此他請求朝廷保證廣東和四川的協餉，以及江西協助的8萬兩銀子。[1]
[1] 《奏議》：卷三，第 67~71 頁。
這清楚地表明了中國的財政疲軟。現代公共財政的實踐在當時這個本質上仍然是中世紀的國度裏遠遠低於水平線。任何戰爭的爆發，都要以各種可能的方式付出代價。這場大運動已經耗盡了幾個豐腴富饒省份的財富，它們已經交不起規定要給北京上繳的稅賦。貨幣貶值了，康熙、乾隆時期製作精美的大銅幣，被鹹豐及其後人所造的劣質貨幣取代了。如果當時有人懂得政府可以通過發行公債將戰爭負擔轉移到下一代的辦法，如果政府有足夠的中央集權，那麼可以肯定，太平天國運動會在其興起後的1年內遭到摧毀。我們從曾國藩的所有奏疏中可以看到，年複一年，他不斷地發明榨取新稅收的方法，竭力排除萬難，獲得足夠的財力來維持他雇用的那支人數不多的部隊。如果他有一個強大的朝廷對他深信不疑，給他撐腰，他就能輕而易舉地召集一支大部隊，人數10倍於他實際招募的數量，很快地將天王殲滅。原因在於，天王在金陵已經感到貧窮的困窘，僅僅靠著分散在各地的部隊不斷的活動，才得以存活下來，因為那些部隊一直從安徽與江西將掠奪的物資送到金陵，有時卻被圍攻部隊擋在金陵之外。如果這還不足以說明問題，那麼在1854年10月19日，他不得不將作為俘虜羈留下來的所有婦女趕出金陵，隻留下特別強壯或漂亮的女子，以便節省糧食，這個事實就更有說服力了。[1]此外，太平軍的士兵比新建的官軍日益遜色，遠遠比不上在廣西一度突破官軍防線、令清政府為之震懾的熱情而勇猛的部隊。
[1] 《平定粵匪紀略》：卷三，第 20 頁下欄及第 21 頁上欄；《發賊亂誌》：第 29 頁。
但是，如若不改革省級與國家當局之間的整個核對與平衡體製，就無法動員全國的財政。太平天國運動本身就是令鹹豐的顧問及行政官員們最為頭痛的問題，所以徹底的行政改革不具有可操作性，恐怕他們連想也不會想。他們必須盡可能地開著這架為另一目標設計的笨機器“混過去”，然而遺憾的是，這架機器隻具有原來設計的那種功能。
這一點是值得注意的，因為隻要全國的力量能夠經受住太平軍的打擊，清政府就能將這場運動鎮壓下去。太平天國除了在其控製了幾年的中部省份中的若幹地區以外，顯然未曾建立任何長期性的文官政府，而且就連受其控製的地區，可能也未能建立這樣的政府。但是，直到這場運動的末期為止，他們靠搶掠獲得大部分的財政收入。[1]隨著朝廷權力的分散，曾國藩的困境是無法改變的，因此太平天國注定要取得許多年的勝利，造成無數的破壞。但是他們現在被清軍從北方趕回來了，因為蒙古部落的軍隊投入了戰鬥；他們在湖北又遭到鄉勇的打擊，這些鄉勇幾乎每戰必勝，以少勝多。就連正規軍也在金陵附近取得了一些優勢，因為其中摻雜了少數的“勇丁”。在安徽，李鴻章率領類似於湘軍的武裝作戰，也有捷報傳出。[2]朝廷花掉了大量的金錢，但多數是浪費於舊式的武裝，而非明智地用於投資有效的新軍。
[1] 米奇給英國駐北京公使布魯斯的報告，講述了他 1861 年在金陵的見聞，見《1862年太平天國藍皮書》，聲稱他們直到那時為止還不是靠稅收和其他正規的收入來源為生，而是主要依靠搶掠。見麥克奈爾《現代中國史選讀》第 348 頁及以下。
[2] 《平定粵匪紀略》：卷三，第 18 頁下欄及第 19 頁上欄。
曾國藩將其陸軍與水師分為3路，於11月初開始向金陵推進。塔齊布沿長江南岸前進，穿過大冶（現在是大鐵礦中心）與興國。與此相對應，魁明率領湖北的官軍沿長江北岸推進，奉命攻打蘄州與廣濟。水師在曾國藩親自指揮下夾在兩岸陸軍中間東下。塔齊布的部隊和曾國藩的水師按計劃抵達了九江上遊約65公裏處的田家鎮。但是魁明的第二路兵力由於指揮官的低能而延擱了，他後來被解除了職務，該部劃歸曾國藩指揮。[1]
與此同時，田家鎮一帶的太平軍建起了非常牢固的防禦工事，在兩岸之間拉起了兩條鐵鏈，固定在浮橋之上，官軍必須占領半壁山，才能斬斷鐵鏈。太平軍在此處兵力強盛，由燕王秦日綱指揮。[2]湘軍經過3天鏖戰，終於在1854年11月24日攻占了半壁山，奏報斬殺守軍1萬人。[3]到了11月底，太平軍全部在田家鎮集結。他們在12月2日的水戰中徹底失敗，4000艘戰船被毀，鐵索已被斬斷。這是湘軍水師至今取得的最大勝利。湘軍從搜獲的敵軍書信中得知，太平軍的幾千名老兵，領著他們的“數萬”追隨者，奉東王之命來此，不惜一切代價堅守此鎮。[4]現在他們被迫撤向九江。
接著，翼王石達開從安徽趕到九江，防止官軍在鄱陽湖地區獲勝。[5]在曾國藩抵達九江城下時，太平軍已加固了防守，而且已采取措施，將船隻停泊在鄱陽湖內。曾國藩做了努力，但他無法在九江前進一步，派往湖內攻打大姑塘的戰船被太平軍封鎖起來，於是太平軍開始用縱火船攻擊曾國藩的大船，迫使它們撤回九江。接著湖口的太平軍在長江對岸活動，推進到九江上遊，用縱火船與火彈攻擊湘軍的主力艦隊，摧毀了曾國藩的幾艘大船，甚至俘獲了他的旗艦，船上有許多有價值的文件，以及皇帝新近賜給他的禮品。曾國藩本人乘一條小船僥幸逃脫。[6]