由於進入福建的作戰方案已經被斷然放棄，曾國藩便將其大營遷往撫州，派人去湖南招募新兵，5月有4000人抵達撫州，稍後曾國荃部也過來了。接著，這位將軍率領所有可用的兵力，計約5800人，前往景德鎮，李鴻章隨同他前往。這支部隊的到達，使官軍有足夠的力量攻克該城，但還必須經過艱苦的戰鬥。官軍於1859年7月13日攻占景德鎮，太平軍撤退到安徽。[2]
[1] 《年譜》：卷六，第 3 頁；《奏議》，卷十：第 57~60 頁，第 69~71 頁。
[2] 《奏議》：卷十一，第 1、2 頁。
石達開在湖南穿過了幾個縣，於4月11日攻克了永州府，然後前去圍攻寶慶，他在湖南的存在使該省官員大為驚慌。官員們擔心長沙本身不久便會遭到攻擊，於是在紳士們的協助下做好抵禦攻擊的準備。謠傳石達開率領幾十萬大軍，連營百裏。[1]遠在鄂皖邊界和江西的湘軍奉召火速增援寶慶，正規軍、勇隊與團丁全部加入了這個行列。[2]連日數戰，臨時集結的部隊配合城內被圍的守軍，共同向曾經的翼王發起攻擊，於7月26日將其擊敗。石達開對進兵的方向猶豫了一陣兒，然後撤往廣西。[3]
湖南告急也影響到了曾國藩的部隊。他的很多官兵來自石達開正在行動的地區，或者來自附近的地方，他們自然渴望回家。請求離隊的人太多了，曾國藩不得不采取很多措施來防止湘軍完全解散。該省的官員也很不安：石達開做出了退入四川的態勢，企圖把那裏經營成自己的王國，獨立於中國的其他部分，他們擔心這位勁敵真的采取這一對策。他們的北麵有撚軍，而東部的省份則有太平軍，他們擔心，如果石達開到了四川，湖廣總督的轄地就被包圍起來了。於是，總督官文上奏皇帝，請求派曾國藩前往三峽入口處的夔州府，防止石達開進入四川。[4]
當曾國藩接到命令他前往四川的上諭時，他認為這並非是合理的安排。他奏答說，四川這樣一個富裕的大省應該能夠建立自己的防禦力量，保衛自己的邊界，他還請朝廷注意：他的部隊人數太少。然而，上諭一道又一道送來，接連來了4道，使曾國藩不得不有所行動。於是他部分地服從反複到來的命令，去與官文與胡林翼商議，為此他去了湖北，但沒有將部隊從江西帶走。[5]
[1] 《發賊亂誌》，第 59 頁；《平定粵匪紀略》：卷八，第 11 頁下欄。
[2] 《年譜》：卷六，第 4 頁下欄；《平定粵匪紀略》：卷八，第 6 頁及以下。估計為 3 萬人對付 30 萬人，但是令人懷疑。
[3] 《平定粵匪紀略》：卷八，第 11~13 頁、第 15 頁、第 17 頁下欄、第 18 頁；《發賊亂誌》：第 60 頁。當地百姓中流傳著一個故事（具有許多這類故事的特點），在攻城期間，一個巨神坐在城牆上，把雙腳放在河水中清洗，結果嚇得太平軍撤走了。那個巨神就是張飛，戰神關帝的弟弟。後來當地建了一座廟來紀念他。
[4] 《年譜》：卷六，第 6 頁下欄。
[5] 7 月 28 日、7 月 31 日、8 月 2 日與 8 月 10 日接到的上諭。《奏議》卷六第 16~19 頁。
在前往武昌的路上（在黃州停留與胡林翼商議），他接到了另一道上諭，取消了讓他前往四川的命令。但他仍然將此事拿去與總督商討，得出一個結論：石達開不會從貴州直接前往四川。因為在山區很難為如此大的部隊提供給養，而且那樣一來，他會與其他太平軍部隊離得太遠。[1]萬一他們想錯了，石達開確實翻山越嶺進入了四川，他造成的危險也不比官軍在安徽麵臨的危險更加緊迫，從他們的角度來看，這裏的情況已經惡化到無以複加的地步。該省的大部分地區已經荒廢，百姓失業，田地不是幹裂就是水澇，翁同龢與勝保指揮的兩支官軍相隔甚遠，無法會師。唯一可行的作戰是按照李續賓一年前製定的計劃，從湖北的邊界進攻該省。李續賓當年之所以失敗是因為他的兵力太少。
他在從武昌返回的途中，與胡林翼商討了計劃的細節：南麵分兩路沿江推進，一路由曾國藩指揮，通過宿鬆與石牌抵達安慶；另一路由多隆阿與鮑超指揮，通過太湖與潛山向桐城推進；北麵也分兩路，一路由胡林翼指揮，通過英山與霍山向舒城推進；另一路由李續宜指揮，通過商城與六安向廬州推進。隻有在已經返回湖南的蕭啟江與張運蘭兩部重上前線之後，這個計劃才能執行。[2]
胡林翼與曾國藩的兩路兵力按時達到了他們的目標。太湖與潛山地區的多隆阿與鮑超遭到英王的攻擊，後者與兩位撚軍首領張樂行與龔得樹結成了聯盟，麾下有了10萬人。曾國藩與胡林翼連忙派兵增援，經過2月16日與17日兩天在湖北小池驛的戰鬥，將太平軍擊敗。官軍隨後前去攻打太湖與潛山，最終達到了目標。[3]
在該省北部，已被任命為欽差大臣並奉命鎮壓淮河沿岸撚軍的袁甲三，針對撚軍打了一個勝仗，奪取了臨淮關與鳳陽縣。[4]來自江西的一支湘軍於2月14日攻取了皖南的太平軍老根據地建德。這些勝利令朝廷備受鼓舞，期待著進一步的征服。
[1] 《年譜》：卷十一，第 10 頁上欄；《奏議》，卷六，第 22~24 頁。
[2] 《奏議》：卷十一，第 22 頁。曾國藩也以健康狀況為由請求離開。
[3] 《年譜》：卷六，第 13 頁；《平定粵匪紀略》卷九，第 1、2 頁。
[4] 《平定粵匪紀略》：卷九，第 3 頁。
但是湖南的援兵沒有到來。曾國藩望眼欲穿的蕭啟江接到一份上諭，令他率領所部5000人前往四川，因為安徽的壓力已經減輕了。在這個關鍵時刻，如此急需的一支援兵被派往了西部，可見皇帝的顧問們都是隻顧眼前事，奉行臨時有效的政策。這再一次有助於我們理解為什麼鎮壓太平軍需要這麼長的時間。[1]
到了2月底，舍不得派遣援兵的結果顯露出來了。皖南一係列的敗仗使寧國與徽州的6縣落入了太平軍手中。[2]於是太平軍打開了從金陵至浙江的一條道路，可以從此前往杭州。
[1] 《年譜》：卷六，第 14 頁上欄。從各種資料中獲得的總體印象是：石達開仍在湖南與廣東地區，但《發賊亂誌》第 62 頁聲稱他已進入四川。這更加符合邏輯。
[2] 《年譜》：卷六，第 14 頁；《平定粵匪紀略》：卷九，第 4~10 頁，各處可見。
忠王於3月19日攻陷了那座富庶的城市，不過滿城仍在抵抗。從金陵派來的救兵於24日抵達城門外，第2天克複了該城，但是一場大火燒毀了大半個杭州，奪走了上萬條人命。[1]與此同時，忠王火速趕回天京，與其他將領會商之後，於3月28日包圍並攻擊和春與張國梁，迫使他們退到丹陽，再一次緩解了金陵的壓力。[2]
這是一個出色的謀略。忠王把官軍的一支大部隊調到杭州，然後與天京的所有太平軍大將聯合發起攻擊，讓大家嚐到了甜頭。如果曾國藩足夠強大，放棄了唯有在將麵前之敵全部趕跑時才向前進的謹慎策略；如果金陵的官軍將領們沒有落入忠王通過佯攻杭州而巧妙布下的陷阱，那麼太平軍將領們本來是無法嚐到這個甜頭的。不過，官軍在發現有可能丟失浙江時感到的恐慌是很自然的，因為他們的大多數給養都要依賴於那個富庶的省份，還要依賴江蘇省。何況，他們對於集結起來對付他們的在人數上占壓倒多數的敵軍，一直都缺乏了解。
這一來，北京下達了憤怒的指令，要求曾國藩立即前往金陵。然而曾國藩拒絕執行這個指令，因為他兵力不足，他不願在攻克安慶、讓官軍控製安徽之前再向前推進。他推薦左宗棠來擔負這一任務。[3]左宗棠當時與曾國藩待在一起。在曾國藩1854年第一次落敗後那段飽受屈辱的日子裏，左宗棠為了幫助王錱，在曾國藩圈閱了給皇帝的一份奏疏的草稿以後，對奏稿做了“編輯”，令曾國藩大為惱火。但是，根據一般的說法，通過胡林翼的調停，曾國藩已將左宗棠當成最有潛力的人才之一，認為此人頭腦非常清醒，富有才幹，性格堅強，於是他在此時舉薦左宗棠擔任一支重要部隊的司令官。還沒等到皇帝的意旨到來，曾國藩便與左宗棠商量，一致同意由左宗棠返回湖南組建一支新軍。此後不久，左宗棠得到任命，在活躍分子的名單上有了一席之地，開始投入功勳卓著的事業。
[1] 《平定粵匪紀略》：卷九，第 10 頁上欄；《發賊亂誌》：第 63 頁；《忠王自述》：第 29 頁。最後這份資料說攻占杭州純粹出於偶然，目的隻是為了將官軍從天京引開。當張玉良率領大部隊趕來時，他在故意炫耀武力之後便帶著他的 1250 人撤走了。
[2] 《忠王自述》：第 31 頁及以下；《平定粵匪紀略》：卷九，第 14 頁。
[3] 《年譜》：卷六，第 16 頁；《奏議》：卷十一，第 37 頁及以下（日期為 6 月 2 日）。
天王將忠王的家人當作人質，向他下達不可違拗的命令，忠王不得不向東進軍，攻取常州與蘇州。[1]他的進軍所向無敵。首先，他攻擊了丹陽的官軍軍營，成功地將對手逼入完全不可能逃脫的困境。張國梁淹死了，他的1萬部眾被殲。和春聽到這個壞消息，自盡而亡，把部隊留給了下級將領。官軍退到常州，然後在忠王於5月26日出現在常州城下時，又毫不知恥地放棄該城。太平軍於5月30日攻占了無錫，於6月2日攻占了蘇州。[2]忠王轉向杭州，然後攻占了吳江與嘉興（6月5日）。[3]張玉良在該處圍攻忠王，但是未能取勝。[4]總督的部隊逃亡到上海，總督因此而被革職。巡撫在保衛蘇州時陣亡。
[1] 《忠王自述》：第 32 頁及以下。
[2] 《忠王自述》：第 33 頁及以下；《平定粵匪紀略》：卷九，第 16 頁及以下。後者沒有提到攻克無錫，有關此事的記述見《奏議》：卷十一，第 44 頁上欄。
[3] 《忠王自述》：第 35 頁；《平定粵匪紀略》：卷九，第 20 頁上欄。
[4] 《忠王自述》：第 35 頁。張玉良已被擋在杭州以外，無法將之用作基地，因為他的部隊於 3 月份在此搶掠，隻得停留於曠野之中。
朝廷任命曾國藩為代理兩江總督，賞加兵部尚書銜，催促他首先收複丟失的城市。[1]此前的上諭責成他派部隊前往湖北，倘若英王從安慶攻入該省，便將其從湖北逐出。然而，曾國藩認為催促他向上海進軍的建議是不能接受的。他在6月21日簽署的一份奏疏[2]中概述了他對合理戰略的看法，雖然聽上去根本算不上豪言壯語，但展示了永久性的前景。第一，如果沒有攻克安慶，金陵顯然無法攻克。[3]若要攻克安慶，現在集結於該地的部隊必須原地不動。第二，應有三路兵力攻打皖南，第一路沿江直下蕪湖，由彭玉麟與楊載福的水師配合；第二路從祁門進兵；第三路從廣信進兵。為了在執行這些行動時不損害安徽北部的作戰，需要抽調胡林翼的1萬兵力，以及從湖南添募新兵，同時需要江西、湖南與湖北的支持。第三，安徽、江西與湖北三省容易受到進一步的攻擊，需要兵力來防禦。為了獲得這些部隊所需的資金，曾國藩在全江西建立厘金征收站，像以前一樣，留下李瀚章負責供給。[4]
這些計劃需要在皖南增加1萬兵力。如果張運蘭與左宗棠率領1萬人抵達皖南，曾國藩便會將大營從宿鬆遷往祁門。他還請求朝廷批準在淮河與大運河邊的淮安增加戰船，並且增援長江與江南的湖區，並分別在桐城與寧國建立基地。需要一支淮揚艦隊在那一地區保證糧食與鹽的供應，皖南也需要一支艦隊，因為太湖周邊的平地上水網縱橫。[5]
[1] 《年譜》：卷六，第 17 頁。這些命令全在 6 月 17 日以前送達。
[2] 《奏議》：卷十一，第 43 頁至第 46 頁上欄。
[3] 請注意，另一方麵，太平軍也因同樣的理由得到堅守安慶的指令。忠王在天京自己宮中召開的軍官會議上說道：“今收得蘇、常，下無再困，上困而來，利害難當。前因是六困，乃和、張之帥，七困定是曾帥，利害而來，此軍有中堂之善算願為，統下將言之用命，湖南軍能受苦堅心，此軍常勝，未見敗過，若來困者必嚴。若皖省可保尚未為憂，如皖省不固，京城不保，各速買糧。”（《忠王自述》，第37 頁。）幹王也有同樣的看法。為了警告忠王不要把東部看得太高，他說：“夫長江者古號為長蛇，湖北為頭，安省為中，而江南為尾，今湖北未得，倘安徽有失，則蛇既中折，其尾雖生不久，而殿下之言，非吾所敢共聞也。”（《洪仁玕自述》第 7 頁）。