炎熱及其導致的瘟疫在1862年的夏季嚴重幹擾了清軍的進程。在安徽、浙江與金陵，大批官兵死亡，還有無數的官兵病倒，身體虛弱。於是，在太平天國周邊的作戰實際上被擱置起來。[1]
然而，在北方，分散的造反部隊，主要是撚軍，卻是非同尋常的活躍。已經動身回家為雙親守喪的李續宜被任命為欽差大臣（奉令在守喪期間以代理巡撫的職銜服務），而山東、河南、直隸與山西的軍事當局奉命與他協商如何聯合行動，以對付太平軍和撚軍。勝保也被任命為欽差大臣派往陝西。這麼多的欽差大臣分布在各地，表明清政府認為形勢十分嚴峻。由於采取了謹慎的措施，來自北方的危險大大降低了。
瘟疫延續了很長時間。到了10月份，它造成的破壞在寧國一帶格外嚴重，金陵、湖州與池州的情況幾乎同樣嚴重。將領中有鮑超與張運蘭得了重病。曾國藩對前景悲觀，催促北京另派一名高級官員來分擔他的責任，但北京拒絕了他的請求，並對曾國藩在華中的作戰安排表示滿意。[2]
[1] 《年譜》：卷八，第 17 頁下欄；《奏議》：卷十六，第 53 頁以下（8 月 16 日），以及卷十六第 75 頁及以下（9 月 22 日），曾國藩在其中報告幾位將領病倒了，左宗棠所部大半官兵失去戰鬥力，他弟弟在金陵的軍營中有 1 萬人病倒。
[2] 《年譜》：卷八，第 21 頁；《奏議》：卷十六，第 81 頁以下（10 月 5 日）。
曾國藩得到情報：太平軍打算利用敵軍的困境。他們將部隊分成3支大軍，其中之一由侍王指揮，將要在金陵城外的雨花台攻擊曾國荃。但實際情況比傳言更糟。10月13日，忠王本人率部攻擊曾國荃，而其他將領在新河莊擊敗鮑超，攻占了寧國縣（10月28日）。鑒於這些失利與危險，曾國藩於11月3日上奏北京，列數他麵臨的困難：[1]（1）其弟在雨花台遭到激烈的反複攻擊；（2）擔心太平軍從寧國開進江西，威脅他的後方；（3）小丹陽的太平軍有可能開往長江，與他爭奪對長江的控製權；（4）據報，撚軍將從河南通過湖北殺到安徽，與太平軍合作，為金陵解圍。他還報告說，由於江西厘金財政收入減少，他缺乏資金，不得不采取緊急措施來滿足職責所求。[2]他在奏疏結尾時請求朝廷派多隆阿駐紮在安慶以北，防衛鄂皖邊界地區。
就連曾國藩也開始動搖了。但是，他和孔夫子時代的遠古祖先一樣，具有哲人的頭腦，他撰寫了題為《三字箴》的勸誡性對偶句，以清、慎、勤三字自勉：[3]
清字箴：名利兩淡，寡欲清心，一介不苟，鬼伏神欽。
慎字箴：戰戰兢兢，死而後已，行有不得，反求諸己。
勤字箴：手眼具到，心力交瘁，困知勉行，夜以繼日。
[1] 《年譜》：卷八，第 22 頁下欄；《奏議》：卷十七，第 7 頁及第 9~12 頁。
[2] 《奏議》：卷十七，第 9~12、14~17 頁。
[3] 《年譜》：卷八，第 24 頁下欄。
曾國藩在他那份悲觀奏疏中概述的最擔心的事情其實並沒有發生。小丹陽的太平軍的確試圖突圍而出，但於11月9日在金柱關被曾國藩的艦隊在陸軍協助下擊敗了。長江上仍然沒有敵軍的蹤跡。
曾國荃在雨花台遭到了46天幾乎連續不斷的攻擊，受到了可怕的折磨，而忠王和從城內增援的其他13位王爺企圖將他粉碎。他們不再滿足於使用到那時為止一直流行的老式武器，而是用迫擊炮發射外國炮彈。它們在清軍中爆炸，發出雷鳴般的轟響。他們在湘軍的胸牆下埋雷，將之炸垮。盡管如此，曾國荃巋然不動，他的兄長則維持著糧路的暢通。
在那些危急的日子裏，曾國藩急得快發瘋了。他急得放棄了原則，同意白齊文及其“常勝軍”代替程學啟將軍趕來援助，後者是他借給李鴻章的將領，當時李鴻章需要他留在江蘇戰場，無法將他抽調出去。由於種種原因，白齊文未能趕來。[1]於是，曾國藩為了避免湘軍的潰敗，避免全部努力付諸東流，催促曾國荃撤到蕪湖，因為他認為勝敗的可能性相等，清廷的整個大業危如累卵。但是曾國荃決定冒險，而且打贏了。[2]在46天緊張的戰事結束時，雙方血戰一場，傷亡數千人，他終於在11月26日將太平軍擊退了。忠王隨即撤到了江北。[3]
這場持久戰的勝利者獲得了賞穿“黃馬褂”及賜予其他殊榮的重獎，其弟曾貞幹被賜予知府官銜，這是他未能活著享受的榮譽，因為就在獎賞的消息送達的那一天，他便離開了人世。於是他得到了身後的榮銜，被授予按察使銜，還得到了一個諡號。[4]
[1] 見第十二章。
[2] 在這個焦慮的時期，曾國藩幾乎每天給他寫信，以資鼓勵，然後提醒他警惕危險，最後懇求他撤退。
[3] 《年譜》：卷八，第 24 頁及以下；《奏議》：卷十七，第 27、33 頁。
[4] 《年譜》：卷八，第 28 頁上欄、第 30 頁下欄。這些名號通常是皇帝對有功高級官員的賞賜。對於曾貞幹而言，接受這樣的名號是一種殊榮，因為他剛剛升到知府的級別。
太平軍對雨花台的攻擊停止以後，曾國藩覺得他有了足夠的力量，決定派出一些部隊去廬州，到那裏抵抗太平軍的攻擊，或在必要時打擊苗沛霖。這個姓苗的官員先前是一名撚軍，後來跟太平軍混了一段時間，接著叛變，出賣了驍勇的英王，將之交給清軍。此後他的行為令人懷疑，曾國藩認為對他要小心戒備，提防他造反。[1]曾國藩還派安徽新兵與湖南老兵駐防金陵對麵和上遊的各個要點。在金陵城以南，太平軍的勢力仍然強大。他們於1862年12月27日向西滲透，遠達祁門，隻是無法守住該城。[2]在東南麵，左宗棠於1863年年初攻占了嚴州，而李鴻章則占領了常熟。
遠在四川的翼王石達開於1863年1月31日在蜀州吃了敗仗，做了俘虜。有一段時間，他任意遊走於這個大省，在許多次遭遇戰中擊敗了官軍。後來官軍動員了將近10萬兵力來對付他，其中主要是民兵（兵力幾乎與他的部眾相等），他被擊敗了，撤入了雲南。他出現在雲南內地的許多地方，甚至到過貴州的若幹地區。1863年1月9日，據報他率五六千人的親兵出現在鬆林。官軍迅速地將他包圍，發起攻擊。石達開負傷了，最終被俘。清軍凱旋，將他押到四川省會成都，他在這裏撰寫了“日記”，一個月後與兩千名部眾一起被官府處死。於是，跟隨天王從廣西殺出的最後一個元勳王爺也消亡了。他脫離太平軍主體已有幾年，成了一個流浪的冒險家，但在那個時代的英雄人物中，他的名字猶如鶴立雞群，圍繞著這位遊俠騎士湧現出大量的故事與傳奇。[3]
[1] 《年譜》：卷八，第 26 頁。
[2] 《年譜》：卷八，第 27 頁；《奏議》：卷十八，第 39~42 頁、第 46 頁上欄。
[3] 《年譜》：卷八，第 32 頁。《發賊亂誌》：第 101~106 頁多處。最近有一本書出版，聲稱是石達開的日記，但其中存在大量現代用語，致使人們懷疑它是偽造品，至少被隨意地“編輯”過。
1863年年初，清廷一方的形勢略有改善。江西、安徽與湖北的各支部隊都在防止太平軍退向華中，同時隔離撚軍與北上的太平軍；“常勝軍”正在戈登將軍指揮下進行重組，使之成為平定江蘇的一個因素。在這一時期，稍微遜色的英法聯軍正在浙江援助左宗棠。通商口岸的外國觀察家們每周都能收到這兩支部隊其中特別是“常勝軍”的捷報。他們追蹤著這支軍隊在整個江蘇順利進展的行動，得到的印象是：戈登及其部隊承擔著積極對敵作戰的主要任務。然而，我們不能抹殺坐鎮安慶的那位總司令應得的榮譽，他的目光注視著戰場，動用其一切權力來排除我們現在已經能夠評估的嚴重障礙。西方的著作家們從他頭上摘走了桂冠，他們對曾國藩克服的巨大困難知之甚少，而隻了解江浙的作戰記錄。[1]
1863年3月，曾國藩決定從安慶出發，去巡視金陵城外的戰場，盡管太平軍的活動使他的此行要冒風險。[2]他在17日離開安慶，在蕪湖對彭玉麟進行了短暫的拜訪，於24日抵達雨花台。他在這裏待到29日。
在這次巡視中，曾國藩既看到了失望，也看到了希望，他在報告中記述了其中的理由。一方麵：（1）江邊可憐的村民們已被迫到島上逃生，許多人在島上死去；（2）浙江與江蘇的田地荒蕪處處可見，太平軍麵臨著供給短缺，這使他們考慮向江西大撤退，如果此事成真，將是非常嚴重的情況；[3]（3）安徽與浙江已克複的地區仍然遭到太平軍遊擊部隊的侵擾（如果流行的報道是正確的，那麼太平軍對這些地區的控製甚至超過了官軍），還不能進行耕種；（4）李世忠打了敗仗——浦口與其他小地方剛剛陷落，他落敗的原因有可能是叛變，必須將他革職。
另一方麵，有希望的因素是：（1）農業的缺乏雖然帶來了太平軍向內地大撤退的危險，也削弱了太平軍的力量，使他們無法長久支撐下去；（2）金陵以東和以南的大多數堡壘及戰略要點都在政府手中；（3）盡管有許多令人失望之處，盡管存在許多困難，但軍隊的士氣仍然高昂。他未聽到任何離心離德的牢騷。[4]
曾國藩巡視期間，幾股太平軍被趕進了江西的鄱陽地區，另有一些太平軍進入徽州與祁門地區。這時候，左宗棠已經攻占了金華（3月1日）和紹興（3月13日），以及浙江東部的其他幾個地區，[5]覺得自己有足夠的力量抽調兵力增援徽州。在農曆三月（4月18日—5月17日），他被任命為閩浙總督，代理浙江巡撫。在稍後的一份上諭中，曾國荃被委任為掛名的浙江巡撫。鮑超的部隊與左宗棠供餉的部隊向徽州城外的官軍提供了足夠的力量，他們於5月12日在那裏趕走了太平軍。
[1] H.B.莫爾斯的《中華帝國的國際關係》第2卷、第4章和第5章中，有關於“常勝軍”及其征戰的最近記述。它幾乎完全取材於英語資料。
[2] 《奏議》：卷十八，第 23~25 頁。
[3] 忠王極力推進此事，但天王否決了。
[4] 《年譜》：卷九，第 3 頁；《奏議》：卷十八，第 23~25 頁。
[5] 《年譜》：卷九，第 1 頁下欄、第 2 頁上欄；《平定粵匪紀略》，卷十五，第 1頁下欄至第 3 頁上欄。《發賊亂誌》略去了這些內容，因為這些城鎮實際上是由於難以防禦都被放棄了，並未被占領。
在靠近浙江的徽州與休寧的轄區內也傳來了捷報。但在北麵又出了麻煩，已經投降的前造反派苗沛霖似乎通過交出英王之舉證明了他的忠誠，但他在壽州再次反水。曾國藩對他觀察了一段，現在開始圍攻這一地區，他在壽州與池州都有強大的兵力。盡管官軍保持著警覺，但撚軍還是與太平軍開始聯手，於5月11日到達了安慶以北的廬州城下，加重了那邊的危險與混亂。[1]
在相隔很遠的各個地區進行的這些活動，很像忠王與英王在安慶遭到圍攻的那些危急的日子裏所采取的策略，曾國藩相信太平軍又在試圖引誘他將圍攻金陵的部隊調走。[2]和上次一樣，他意識到了這些邊遠重鎮中有些地方可能受到嚴重的威脅，但是也跟上次一樣，他不願將部隊撤下來用於湖北，以免使他自己過於虛弱，無法達成全部努力的主要目標，並拖垮他的整個作戰。他認為，聰明的辦法是守住這些地方，防止太平軍在左宗棠攻取富陽、取得攻克杭州的有利態勢之前獲勝，同時保證李鴻章能夠奪取昆山，以確保拿下蘇州。他的目標是讓金陵、杭州、蘇州成為三角形的3個頂點，將太平軍限製在這個三角之內，直到將他們徹底粉碎。這個戰略是明智的。由於他的麾下缺乏兵力，這個戰略目標不可能迅速達到。
不過，在江蘇取得的進展是看得到的，李鴻章的部隊聯合戈登將軍所部攻下了太倉（5月2日），[3]由此打通了前往昆山的道路，於是在5月31日攻占了昆山。[4]現在可以集中兵力攻打蘇州了。