三巨頭的羽翼都逐漸壯大，那麼他們之間的戰爭肯定是不可避免的了，我們從現存資料中可以了解到的，最著名的就是兩次大戰：炎帝和黃帝之間的阪泉之戰，以及炎黃聯盟打敗蚩尤的涿鹿之戰。
阪泉之戰其實是新崛起的黃帝部落同往日霸主炎帝部落的爭霸戰。傳說炎黃帶領各自的部族和同盟軍在阪泉之野大戰三場，聽起來應該非常激烈，但史籍中所記載的戰爭過程卻出奇的和諧溫柔。
據說炎帝帶著人在營地裏一蹲就是三年，因為農業技術發達，後勤保障充足，所以消耗戰反而有利。而黃帝就在營地外麵搞軍訓，也是一訓就訓了三年。
炎帝部落的人蹲在一旁看軍事表演，邊吃邊看，後來都看麻木了。沒想到有一天，黃帝的軍隊突然從挖好的地道，衝入城內活捉了炎帝。事情發展得太突然，炎帝猝不及防就變成了黃帝的俘虜。
不過黃帝雖然打敗了炎帝，卻沒有趕盡殺絕，畢竟也算是一家人（《國語》中說他們都是少典的兒子），於是兩個部落開始走向聯合。但是還沒等炎帝部落習慣被人領導，又一個打擊接踵而來，蚩尤打過來了。
據說蚩尤原是炎帝的下屬，所以他和炎帝一樣都是粗獷的牛頭人身造型。
蚩尤進攻原來的老大炎帝，金屬化的武器一上場，戰鬥過程就如同砍瓜切菜一般。
頂不住的炎帝隻好向黃帝求救，接下來就是炎黃組隊和蚩尤在涿鹿展開大戰。
戰鬥的過程異常激烈。蚩尤部落的裝備優勢明顯，炎黃聯軍則人多力量大。
傳說除了當麵互砍之外，雙方還掌握了不少充滿想象力的神器。比如能改變戰場環境的“氣象武器”，傳說中蚩尤請出風伯雨師召喚狂風暴雨，想要用滔滔巨浪把炎黃聯軍一衝而散，而黃帝就找來天女魃抗洪搶險。
戰鬥進行到最關鍵的階段，蚩尤吐出迷霧籠罩整個戰場，打算把聯軍困死其中，因為就算神農氏糧倉充足，糧食也總有吃完的一天。
這場大霧籠罩了戰場三天三夜，結果黃帝發明了指南車，最終辨明方向，突出重圍。這迷霧日夜不散，不像氣象武器的副產品，反而有點像冶煉工業所帶來的空氣汙染。結合蚩尤部落冶煉金屬的傳說，他們能創造出如此濃密的煙霧倒也合乎邏輯。
雙方你來我往，黃帝九戰九敗，最後是靠著神女的幫助才終於獲勝。傳說黃帝將打敗的蚩尤戴上枷栲，砍下他的頭顱，把他的身體和首級分開埋葬。蚩尤死後，他身上的枷栲落在地上，變成了一種樹，每到秋季就葉紅似血，每一片葉子都是蚩尤的血所染成，這種樹就是楓樹。
獲勝之後，黃帝成了真正的天下之主，蚩尤部落大部分融入炎黃集團，少部分南下成為南方黎族、苗族的祖先，我們總說的黎民百姓，黎民就是九黎氏族之民。
因此所謂華夏民族，其實應該是炎帝、黃帝和蚩尤三個部族融合的產物。
後來黃帝尊蚩尤為“兵主”，即戰爭之神。按照《史記·封禪書》所記載，古代君主封禪時要祭祀八個神主，第一是天主，第二是地主，第三是兵主——祭祀的就是蚩尤；而古代華夏的軍旗上，畫的也是蚩尤的畫像。所以長期以來，蚩尤和黃帝、炎帝一樣，都被視作華夏的始祖，是個非常正麵的形象。
【蚩尤旗：傳說中黃帝把蚩尤的形象畫在戰旗上以震懾敵軍，這就是蚩尤旗。但大多數時候，蚩尤旗指的是一種彗星。《晉書·天文誌》記載：“蚩尤旗，類彗而後曲，象旗。”注釋中提到這是一種專屬於“熒惑”的妖星，代表戰爭和殺戮的降臨。熒惑，即火星，古巴比倫認為它是死亡之星，古羅馬神話中火星就是戰爭之神瑪爾斯。可見人類的思維的確是相通的。】