張居正知道事已不濟，便對科道官們說：“此事我當為處，隻不妨礙高老便了，你們不必上本了吧！”
到了二月二十日夜裏，把王大臣送法司審訊時，不知為何，王大臣已中毒而啞，不能說話了。二十一日，三法司同審，並不提問，當即宣判處決，草草了事。
經過以上這些幕後活動，王大臣匆匆處死，此案不了了之。後來，事隔十年，到了萬曆十一年（1583年），張居正已死，馮保已下台，皇帝朱翊鈞對當年的王大臣案發生疑問，便命刑部錄進王大臣招供，詳加審閱，然後發出諭旨：“此事如何這就了了，查問官與馮保質對！”當時的內閣元輔張四維是了解內情的，便委婉地勸告皇上：“事經十年，今罪犯已決，希孝又死。”那意思說，此案追查不清了。朱翊鈞這才放棄了重新追查的想法。
此案對高拱來說，可算是因禍得福。因這次誣陷失敗，張居正與馮保後來一直未再向高拱下手，高拱因此得以享受一個平安晚年，在故鄉整理和寫作了大量著作，給後世留下了一些頗有價值的文獻。
高層明爭暗鬥的結果是使大權最終歸於張居正一人之手。從此，張居正開始實施他的改革計劃，朱家王朝最後的鼎盛時期終於來到了。
3.清算張居正，斂財害天下
明神宗朱翊鈞把“國家”這個大家當成了“皇帝的小家”，把國家這個大家的財產聚斂到了皇帝的小家裏。國家這個大家衰敗了，皇帝的小家還能存在嗎？朱氏家族的江山還會存在嗎？
萬曆十年（1582年），一代名臣張居正去世，終年58歲。朱翊鈞為張居正輟朝一天，並給予崇高的待遇：諡文忠，贈上柱國銜，蔭一子為尚寶司丞，賞喪銀500兩。然而，兩年之後的萬曆十二年（1584年），朱翊鈞的態度卻發生了180度的大轉變：生前“忠貞不貳”的“元輔張先生”，死後反而變成了“謀國不忠”的“大奸臣”。原因何在？由於張居正為人非常正直，得罪了不少大臣，而他所推行的改革也觸動了不少守舊勢力。在他死後，一些變法期間失勢的守舊派大臣乘機反撲，紛紛上奏朱翊鈞，要求彈劾張居正和他的支持者馮保。也許是隨著年齡的增長，朱翊鈞對昔日威柄震主的張居正日益不滿，也許是在張居正的嚴格管理下有些厭倦了。當守舊派大臣提出這些要求時，朱翊鈞覺得自己真的應該這樣做。
朱翊鈞也深知，要想樹立自己的權威，就必須擺脫張居正的影響；而要徹底擺脫張居正的影響，就必須清算張居正，推倒張居正。隻有這樣，才能為自己開始親政、獨攬朝中大權打下牢固的基礎，因而清算已死的張居正成為朱翊鈞親政之後所做的第一件大事。但朱翊鈞心裏明白，張居正在世時，自己曾重用張居正，並許下了許多諾言，而今要實現這個轉變，必須尋找時機，找到借口，而且要有計劃，有步驟。可從哪裏下手呢？經過權衡利害得失，他決定先拿馮保開刀。
萬曆十年（1582年）十二月，朱翊鈞以欺君蠹國之罪，免去馮保東廠提督之職，抄沒其家產。張居正在世時，與馮保互為依存，誰也離不開誰。馮保垮台，張居正必然在劫難逃。果然不出所料，朱翊鈞隨後將張居正重用的人統統罷免，同時為從前反對張居正的人一一恢複名譽或官職。不久又詔奪了張居正所封官職、諡號，其家產被查抄，家人被謫戍。
全麵否定張居正改革，是朱翊鈞本人由勤變懶、全麵廢棄勵精圖治的標誌。當朱翊鈞徹底擺脫了張居正的束縛之後，就開始了他的獨裁統治。從此以後，朱翊鈞完全變成了另一個人：昔日少年天子的氣派與風采，已經不複存在，取而代之的是長年深居禁宮，嗜酒、戀色、貪財，私欲膨脹，恣意妄為。
獨裁統治的背後，必然隱藏著嚴重的危機。萬曆二十年（1592年）二月，寧夏副總兵起兵反叛；五月，日本發動侵朝戰爭；同時大明的西南地區又發生叛亂。朱翊鈞被迫三路出征，史稱“萬曆三大征”，曆時十餘年。雖然最終取得全麵勝利，但也喪師數十萬，耗銀千萬兩，致使國庫空虛，百姓遭難。自此開始，明朝一步一步由盛轉衰。
在朱翊鈞親政的後20年，他基本上是一個不理朝政的皇帝。而這時，東北的後金卻迅速崛起，努爾哈赤以30年時間統一了滿洲女真各部落，並於萬曆四十四年（1616年）建立了後金政權，形成了與明王朝相對立的地方政權。朱翊鈞為了應付遼東戰事，先後三次下令加派全國田賦，時稱“遼餉”。此舉非但無濟於事，反而使民不聊生，階級矛盾進一步激化，明王朝滅亡的危機已然形成。因此後人評論：“明之亡，不亡於崇禎之失德，而亡於神宗之怠惰。”
同時，朱翊鈞親政的晚期不僅僅是“怠於臨朝，勇於斂財”，更重要的表現是過度縱情於酒色財氣之中。朱翊鈞的貪財在明代諸帝中可謂最有名了。關於他貪財的事例極多：在親政以後，他查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配；為了掠奪錢財，他曾以采木、燒造、織造、采辦為名搜刮民財。萬曆十九年（1591年），僅景德鎮禦窯廠燒造的瓷器就達23萬多件；他還曾多次派遣宦官為礦監稅使，四處搜刮人民，而且征稅的項目千奇百怪，無物不稅，無地不稅，使百姓怨聲載道。官逼民反，因此起義不斷，動搖了朱家統治的基礎。
4.神宗昏庸，黨爭亂國
黨爭是曆朝曆代封建統治集團內司空見慣的現象。是黨爭亂國嗎？恐怕不是。應該是統治者昏庸無能。
明神宗貪婪無止境，一部分內閣大學士和官吏又委容轉圜其間；另一部分中下級官吏，在政治上受到排斥，他們看到明朝政治日趨腐敗，社會危機日益加深，要求改良政治，挽救危機。前者是當時統治階級中的主流派，後者是非主流派。主流派與非主流派之間進行了長期的較量，史稱為“東林黨議”。神宗反對臣下結黨，一再強調“不許借言奸黨攻訐爭辯”，對無止無休的黨爭更是深表厭惡，殊不知黨爭的總根源恰恰是他自己。
萬曆二十一年（1593年），論幹支則為癸巳，這是明朝規定對京官進行考察的年份。明朝中葉以來，內閣權勢上升，每逢考察，主持計典的人總要先向內閣打招呼，當時人稱“請教”。內閣信任的人，即使是不肖者也必留用；內閣厭惡的人，雖然有才幹也必罷黜。張居正以後的內閣，對皇帝因循苟且，但幹預考察的權力卻不肯放棄。這一年，主持京察的是吏部孫金龍、左都禦史李世達和考功司郎中趙南星。他們一心奉公，銳意澄清吏治，決定廢去“請教”的慣例。考察一開始，他們先罷免了自己的親屬，割情捐愛，毫不徇私。他們之所以這樣做，目的就是希望以自身的廉潔奉公給當時的官吏做個榜樣。接著他們罷黜了一批貪官汙吏，降調了一批碌碌無為的平庸官吏，其中包括內閣大學士趙誌皋的弟弟趙誌做，以及內閣大學士王錫爵、張位的親信。趙南星等嚴於自身、嚴於要津、貪吏必察的做法，受到許多朝野人士的讚許，癸巳京察被稱為明朝二百多年來搞得最好的一次計典。而內閣大學士們卻向神宗上疏指責說“抑揚太過”。
昏聵的明神宗竟然是非不辨，黑白不分，把趙南星貶官三級，並停止孫金龍俸祿。這就理所當然地激起朝中一切有正義感的官吏的不平，他們紛紛上疏為趙南星等人伸冤。神宗又以臣下結黨為由，把趙南星革職為民。孫金龍無奈，隻得告老還鄉。為趙南星抱不平的官員接著陸續遭到謫遣。
這些有正義感的官吏，為了澄清吏治，雖然紛紛被神宗驅逐出政府，卻於暗中逐漸形成了一股政治力量。顧憲成回到家鄉無錫後，與高攀龍、錢一車、顧允成、安希範、劉元珍、葉茂才、薛敷教等人開始了講學活動。萬曆三十二年（1604年），在常州知府歐陽東風的支持下，他們重新修複了無錫東門的東林書院。從此，顧憲成等人講學其中。顧憲成認為：“官輦轂，誌不在君父；官封疆，誌不在民生；居水邊林下，誌不在世道。君子無取焉。”因此他們在講習之餘，往往“諷議朝政，裁量人物”，抨擊當權派。一時“士大夫抱道忤時者，率退林野，聞風響附”。東林之名於是大振。與此同時，馮從吾在關中書院講學，鄒元標在江右書院講學，餘懋衡在衡州書院講學。四大書院之間聯係密切，彼此支持，相互聲援，與在朝的李三才等人“遙相應和”。這些人，後來就被朝中主流派稱為東林黨。