除了東林黨外，還有內閣輔臣沈一貫、方從哲和給事中姚宗文的浙黨，給事中亓詩教為首的齊黨，給事中應震為首的楚黨，以宣城人湯賓尹為首的宣黨，以昆山人顧天峻為首的昆黨。上述各黨，除了東林黨，各黨都在朝廷裏你爭我奪。黨爭涉及的問題很多，但多數都與明神宗有關。神宗懈怠政事，東林黨人則希望他親政，重握紀綱，與天下更始。但是明神宗已經聽不進這些呼聲。東林黨人要求他禦朝的呼聲越高，他就越厭煩，東林黨人也就越遭到排斥。
東林黨人還要求：明神宗克製自己的貪欲。他們反對神宗和大地主集團侵田占土，反對神宗派出礦監稅使四出掠奪。其中以淮撫李三才諫止礦稅的奏疏最為著名。東林黨人曾經推薦李三才進入內閣。李三才，字道甫，通州（今屬北京）人，萬曆二年（1574年）進士，曆官至右僉都禦史總督漕運，並巡撫鳳陽。他做官頗有政績。東林黨人認為，李三才具有“卓識”“大才”，如果進入內閣，可以更新朝政。但是浙黨反對他入閣。圍繞李三才進入內閣的問題，雙方爭論了一年零三個月。明神宗任其爭論，不置一言，實際是不願意李三才入閣。萬曆三十九年（1611年）二月，李三才被迫離職。在他離開鳳陽伍所時，百姓老幼提攜，滿街塞巷，哭泣相送，情景十分感人。李三才回到通州張家灣後，建立雙鶴書院，講學其中。浙黨恐其東山再起，給他捏造了許多罪名，使他懷才不遇，憤恨而死。
朝廷內外激烈的黨爭，讓這些朝廷的重臣們整天著眼於爭權奪利，無心政事，導致朝政荒廢，為朱家王朝的滅亡立下了“汗馬功勞”。
5.國本之爭，遺禍整個家族
“國本之爭”是封建世襲製的朝代都可能出現的現象。但是，像明神宗朱翊鈞朝代長達近30年之久的“國本之爭”，在曆史上卻是空前絕後的。明神宗朱翊鈞既違背祖訓，又優柔寡斷，昏庸無能，致使“國本之爭”持續太久，遺禍整個家族，導致了大明江山從根基上徹底垮塌。
“國本”，就是太子；“爭國本”就是萬曆年間圍繞解決立太子的問題而發生的一場政治鬥爭。從萬曆十四年（1586年）到萬曆四十二年（1614年），萬曆朝圍繞確立太子的“爭國本”鬥爭曆時近30年。
神宗的王皇後無子，王恭妃生子朱常洛（即後來的明光宗），鄭貴妃生子朱常洵（即後來的福王）。朱常洛年長，按立嫡以長不以賢的禮法原則，朱常洛應該被立為太子。但萬曆皇帝極寵愛鄭貴妃，準備立朱常洵為皇太子，甚至和鄭貴妃一起到神殿宣誓，要立她的兒子朱常洵為太子。神宗把誓言寫在紙上，放在玉盒裏，交由鄭貴妃保管。但另一方麵，廢長立幼又是犯忌的事，神宗擔心群臣反對。朝臣果然依據封建王朝太子立嫡，無嫡立長的法綱據理力爭。
首輔申時行於萬曆十四年（1586年）二月，上《請冊立東宮以重國本疏》，拉開了長達近30年的波及整個朝廷的國本之爭的序幕。申時行的奏請立即引起了滿朝文武的共鳴。各部府司道諸衙門都紛紛上章奏請。戶部給事中薑應麟、吏部驗封司員外郎沈璟、刑部山西司主事孫如法、河南道禦史楊紹程等人的奏章言辭尤為激烈。萬曆皇帝一怒之下，將這四人嚴厲降處。
萬曆十七年（1589年）十二月二十一日，申時行、大學士許國、吏部尚書朱纁、禮部尚書於慎行等人除了繼續陳請早行冊立之外，還陳請神宗對朱常洛及早進行“預教”（出閣讀書）。這個“預教”，其實隻是一種形式。這種形式一旦舉行，就等於事實上承認了朱常洛的太子地位。神宗無奈，不得不表態：第二年就舉行建儲典禮。但一年過去了，神宗仍找各種借口拖延，朝廷內外紛紛傳言神宗將廢長立愛。
萬曆二十一年（1593年）正月，神宗詔示大學士王錫爵，擬把皇長子常洛、皇三子常洵和皇五子常浩一並封王，待以後再從三人中選有才能者立為太子。王錫爵遂即疏請令皇後撫育長子朱常洛，則長子即為嫡子。神宗卻告諭禮官，同時將三人封王。這個諭旨一下，立即遭到文武群臣更加激烈的反對，群情激憤，反對“三王並封”的奏章接二連三，總數上百本。當年閏十一月，經過群臣反複執爭，神宗被迫答應皇長子“明春先行出閣講學禮”。次年二月，朱常洛出閣講學，接受教育。至此，群臣等取得初步勝利。神宗迫於群臣的強大壓力，被迫放棄了“三王並封”的諭旨，但又抱著“待嫡”之說不放。後來直至皇太後施加壓力，才在萬曆二十九年（1601年）十月立朱常洛為皇太子，同時也封常洵為福王，藩國洛陽。
按太祖洪武皇帝的遺訓，藩王被封後，必須立即就藩之國。但是，福王被封後十多年，卻一直留在京師。福王不就藩，太子的地位就不穩定。
朱常洛被立為太子後，朝廷大臣奏請福王就藩之國的奏章不斷，萬曆皇帝一直在拖延。直到萬曆四十一年（1613年），萬曆皇帝再也拖延不下去了，才以第二年春天為期，但又同時提出條件，福王莊田要達到四萬頃。然而，當時無法湊足四萬頃之數。朝廷大臣，特別是東林黨人上書反對，萬曆皇帝被迫讓步，減為二萬頃。萬曆四十二年（1614年）二月，皇太後臨死前再度施加壓力，加之皇長孫由校（常洛長子）也已9歲，神宗看廢長立愛的可能性已經不複存在，才將朱常洵封國洛陽，滿朝文武這才如釋重負。
然而，這一切並沒有結束。萬曆四十三年（1615年）五月，發生了一件對太子不利的大事，更證實了大臣們的憂慮。此月初四日深夜，一位名叫張差的男子，竟手持棗木棍，打進皇太子居住的慈慶宮的宮門內，擊傷守門內侍李鑒，衝至前殿簷下，最後被內侍韓本用等人擒獲。
事發後朱常洛驚恐萬狀，而且“舉朝驚駭”。萬曆帝下令審訊。負責審問的為“浙黨”官吏，說張差是個瘋癲病人，企圖糊塗結案。而巴結鄭貴妃的內閣首輔、“浙黨”首領方從哲也不願深究。東林黨人、刑部提牢主事王之宷，通過單獨提審和與刑部官員共審，使張差供出：是鄭貴妃手下太監龐保、劉成“令我打上宮門，打得小爺（指太子），有吃有穿”。朝中東林黨人懷疑是鄭貴妃欲謀害太子，堅決要求追究到底。事情牽連鄭貴妃，朝議洶洶。
鄭貴妃聞知後，對萬曆帝哭泣。萬曆帝說：“外廷語不易解，若須自求太子。”於是，鄭貴妃就找到了皇太子朱常洛。史書記載，鄭貴妃向太子號訴。就是鄭貴妃找到了皇太子朱常洛，嚎啕大哭，訴說事情的原委，請求太子寬恕。二人對話的過程是：貴妃拜，太子也拜，貴妃和太子是且泣且拜，一麵哭一麵拜。萬曆皇帝一看這事情鬧大了，牽連到鄭貴妃不好，又牽扯到太子——兩頭為難，怎麼辦呢？他決定親自來處理這個事。萬曆帝在慈寧宮皇太後靈位幾案前召見太子和百官，令太子降諭處理此案，禁止株連，就是不要牽扯太多人。皇太子朱常洛既不願意得罪父皇，也不願意得罪鄭貴妃，不敢深究此事，也想大事化小，小事化了，息事寧人。萬曆帝因為都是他們家裏頭的事情，也不想深究。最後決定把張差處死，兩個太監龐保和劉成在內廷被秘密打死，草草了結這樁大案。負責此案審理的王之宷遭到反東林黨一派官吏的攻擊，萬曆帝將他削職為民。這就是“梃擊案”。
梃擊案鬥爭的焦點，從表麵上看是鄭貴妃意欲謀害太子朱常洛而未得逞，好像是皇帝的家事，但實質上是國事，反映出朝廷中東林黨與其他派係的政治鬥爭。盡管萬曆帝親自處理結案，但這件事情始終疑雲重重。此後大臣們常以此為題目，“奏章累數千百，由是門戶之禍大起”。
從萬曆十四年（1586年）二月開始，滿朝文武為了使朱常洛能夠冊立為太子，以六七位閣臣的離職，上百名大臣被降處的沉重代價，前後苦爭了15年，護衛了19年，群臣所上奏疏成千上萬，朱常洛才得以被冊立為皇太子，並終於繼承了帝位。但萬曆為躲避國本之爭隱入皇宮，不理國事，不處理天災帶來的後遺症，對邊防缺乏必要的關心和整治，使得國家出現了數以萬計的流民，社會矛盾激化，邊防懈怠。而一代梟雄努爾哈赤卻在不斷地蓄積實力和成長，終成為明王朝大患。
“國本之爭”加快了朱家天下滅亡的步伐。