魏忠賢的屍身最初被草草埋葬在阜城，後來為了昭示國法，他的屍體又被挖了出來處以淩遲之刑，剁成了碎片，頭顱還被割下來掛在河間府城的高杆上示眾。客氏和崔呈秀也分別被斬首於京師和薊州。魏、客、崔三家的主要成員也都迅速受到懲辦，魏忠賢的侄子魏良卿、客氏的兒子侯國興不久後都被處死，其他的兄弟子侄如魏誌德、魏希聖、崔鐸、崔凝秀等十餘人，被發往西南煙瘴地方終生充軍，隻有魏忠賢的侄子魏良棟、侄孫魏鵬翼和崔呈秀的兒子崔鏜、崔鑰都還隻是三五歲的孩子，有旨恩準釋放，以示法外之仁。
朱由檢能除去魏忠賢，說明了明代皇帝的至高無上地位，再有權勢的宦官，也隻能是借助皇權為惡罷了，很難動皇權分毫。然而，思宗在除去魏忠賢的過程中所表現出來的膽略，還是令人欽佩。緊接著欽定逆案，無疑更進一步肅清了魏忠賢的政治影響。這些都體現了朱由檢的遠見卓識。除掉魏忠賢之後，大權重新又回到了皇帝手中。
2.巧借天意，重新組閣
明思宗朱由檢靠“枚卜”組成了內閣。大明江山的將來是不是也可以“枚卜”呢？但他不知道，謀事在天，而成事卻在人啊！
新政是從調整內閣班子開始的。明代內閣由內閣大學士數人組成，設立於成祖永樂年間，最初隻是皇帝個人的一個秘書班子，在皇帝身邊掌管文書，起草文件。內閣大學士的職位也不高，最高隻有五品，與翰林院學士的品級相同。但自宣德時期起，朱家的龍子龍孫們日漸退化，厭倦政務，懶於同閣臣們共同處理國務，內閣也就不再是皇帝的貼身秘書和助手，而成為國家的一個特殊官僚機構。內閣在同皇帝分離的過程中，帶走了一部分原先屬於皇帝的職能，主要體現在票擬聖旨這個方麵，權力日益加強，地位也日益提高。後來入閣的大學士差不多都要兼尚書或是侍郎銜，一向被認為是朝廷中最重要的大臣，稱作“輔臣”。許多人都認為，明朝雖無宰相之名，內閣大學士卻有宰相之實。在明朝中後期，官場中私下裏也確實把內閣成員們稱作相國、相爺，把被任命進入內閣稱作“大拜”（就是拜相）。在一個文官官僚的政治生涯中，由入閣充任輔臣，往往是終身追求的最高理想和最高境界。
內閣是朝廷的中樞，對於政策的製定與執行關係極大，而崇禎帝在即位之初繼承下來的卻是一個閹黨充斥的內閣。主持內閣工作的首席大學士被稱為首輔，地位尊貴，權勢極重，是龐大的官僚集團中第一位的角色，而當時的首輔黃立極卻是在魏忠賢專權時期由禮部侍郎迅速升上來的，對魏忠賢和他的心腹唯命是從。內閣中的另外幾位大學士施鳳來、張瑞圖和李國槽，情況都差不多。魏忠賢被鏟除後不久，浙江山陰（今紹興）監生胡煥猷上疏，對內閣4位成員進行了一番集體攻擊，說他們“在魏忠賢專權之時，不能有所匡正，反而揣摩意旨，專事逢迎”，都應該被罷免。
崇禎帝為了充實內閣，也為了早日建立起一個完全屬於自己的班底，依慣例共同推舉新閣員。大臣們一共推舉了12人，一般說來，依照慣例，皇帝隻要按照廷推的順序畫定最前麵的三四個人就可以了。但崇禎帝卻不是可等閑視之的皇帝。他對於君主獨裁的理解，就是要獨自裁定，處處顯示出自己的特點來，不願意按照老一套的程式陷入朝臣們設定的圈套。可是他也有自己的困難，就是還根本摸不清楚朝中大臣的基本情況，誰賢誰劣，僅憑書麵上官樣文章的履曆材料是無法判定的。既不能自己判斷，又不願讓朝臣們代為判斷，最後他想出了一個聽天由命的辦法，舉行了多年沒有實施過的所謂“枚卜”大典，就是通過抽簽的方式來確定哪個人入選。
在調整內閣班子的同時，崇禎帝對於朝廷中地位僅次內閣大學士的六部尚書和都察院左都禦史（在明代被合稱為“七卿”），以及侍郎、副都禦史等，也進行了幾次調整，主要是清除閹黨餘遺。如吏部尚書，被人叫做魏忠賢手下“十狗”之首的周應秋，靠無恥吹捧魏忠賢被提拔起來的刑部尚書薛貞，都是在天啟七年（1627年）末就被罷官。在他們的位置上換上一些比較老成持重，在魏忠賢專權時期沒有什麼明顯劣跡的大臣。
韓爌被召還朝複用，經過了曲折的過程。朱由檢即皇帝位不久，言官即乞請恢複被魏忠賢擅權罷官的韓爌。直到崇禎元年正月，朱由檢才下令施行。此時，又有言官請求令韓爌還朝理事，而逆黨餘孽楊維垣等則從中作梗，朱由檢僅賜敕慰問，官其一子而已。至同年五月，李國槽“得請歸裏，薦韓爌、孫承宗自代”。朱由檢“始遣行人召之”。韓爌入朝，李標“讓為首輔”。李標、錢龍錫等悉心協理，輔佐朝政，當時被稱作東林內閣。然而，其執掌朝政的時間極為短促。
身為內閣首輔的韓爌，“先後作相，老成慎重。引正人，抑邪黨，天下稱其賢。”事實正是如此，他與閣臣一起處處從穩固封建統治的宗旨出發，在複雜多變的時局裏，沉穩地處理著繁重的政務。
急於事功的朱由檢，因有以老成持重的內閣首輔韓爌及其群輔的輔佐，在一些重大政務的處理上，還算妥當，保持朝政的相對穩定。不料，在後金兵臨城下的非常時期，本來就輕信的朱由檢卻中了後金反間之計，更加重了他的猜疑之心，於同年十二月初四日，逮袁崇煥入獄；二十二日，以議和後金事及殺毛文龍事，放歸錢龍錫；二十七日，天性警敏，又善於窺伺皇帝旨意的周延儒等入閣。次年正月，首輔韓爌亦因“崇煥座主”被劾致仕；三月，李標得請家居。所謂的東林內閣，也隨之解體。隻有正直的成基命，還在盡心盡力地維持著。
崇禎一朝先後任用過整整50位內閣大學士，人稱“崇禎五十相”。這在曆史上都創下了最高紀錄。六部、都察院的首長更換也同樣頻繁，在整個崇禎時期，七卿的平均在任時間隻有一年零兩個半月。
頻繁地換臣，一方麵反映了朱由檢十分重視用人問題，但也暴露了其任免官員的輕率。
3.勤於政務，無力回天徒枉然
明思宗朱由檢勤於政務是值得肯定的。但他的自負和多疑，卻是其致命的弱點。他的這種性格，也決定了大明王朝最終衰敗的結局。
朱由檢一生勤政，好讀經、史之書，在明代諸帝中是少有的。朱由檢以為，作為封建王朝的最高統治者，事事以身作則，將對百官大臣是一個無聲的鞭策和激勵，尤其是諸種矛盾相互交錯，諸種難題需要立即解決之時，更應如此。朱由檢是這樣思考的，也是這樣做的。
在君主專製的政治體製中，君主在法理上絕對掌握著全部的國家權力，這種至高無上的權力，也決定了君主具有不同尋常的責任和義務。在中國古代，一個真正稱職的皇帝應該遵守一係列呆板嚴苛的皇帝守則（實際上很少有皇帝去遵守那些守則），而且應該是勤政的模範。從理論上講，國家政務的各個方麵，事無巨細，都應當由皇帝親自過問，親自定奪。但僅以明代而言，除了開國的朱元璋以及靠“靖難”奪得政權的永樂帝之外，很少有幾個皇帝對於政務真正感興趣。在這些對於自己的責任不那麼感興趣的皇帝中，有的幹脆埋頭深宮或沉湎於遊樂，很少理或者根本不理朝政；有的則是勉強進行一些象征性的朝事活動。
為了適應這種情況，在明代的政治運作中就逐漸形成了由內閣擬旨和由司禮監批朱等一套由臣仆為皇帝代勞的製度。據說這是為了貫徹自古聖賢們製定的“君逸臣勞”的原則。有了這套切實可行的製度，懶漢皇帝們就更能夠偷懶而不至於給國家機器的運行帶來什麼損失，因而大多數明代皇帝也就變得懶上加懶。
在一般情況下，朝臣們表麵上總是希望皇帝能夠親政、勤政，經常請求天子認真批閱本章，定期召見群臣。但如果皇帝真的勤起政來，真的對於各種政務顯出過度關心，臣子們也會非常不習慣，甚至會產生出極大的反抗情緒。因為皇帝一旦親自理政，勢必會把多年來已經分劃給朝臣的那一部分君主權力又重新拿回去。崇禎年間的朝臣麵臨的正是這樣一種君臣局麵。