十二年，莎羅奔起兵攻掠革布什劄和明正兩土司地區。清廷命四川巡撫紀山派兵彈壓，反為所敗，遂命雲貴總督張廣泗為四川總督，統兵3萬分兩路由川西、川南進擊大金川。六月，進屯小金川之美諾（今小金縣城），以澤旺弟良爾吉（實為莎羅奔間諜）為向導，期以是年告捷。莎羅奔對清軍動向了如指掌，固守勒烏圍（今金川縣東），令其侄郎卡居噶爾崖（又作噶拉衣，今金川縣東南），倚山臨河，致清軍師勞無功。張廣泗複請增兵萬人。
十三年春，清廷派大學士訥親為經略，前往督師，並起用嶽鍾琪以提督銜隨行。訥親初至，銳意進取，督軍竭力攻噶爾崖，總兵任舉、參將買國良戰死，軍士多有傷亡；又采取以碉逼碉、逐碉爭奪的戰法與土司相抗。張廣泗輕視訥親不知兵事，故意推諉。清軍株守半載無功。九月，乾隆帝弘曆聞奏，將張廣泗、訥親革職治罪，改授大學士傅恒為經略。
十二月，傅恒赴任，誅良爾吉，增調鄰省精兵3.5萬。十四年初，傅恒采用嶽鍾琪建策，分兵兩路：北路出黨壩（今金川縣北）、瀘河（大金川別名），水陸並進；南路自甲索攻馬牙岡、乃當兩溝，避堅就隙，直逼大金川官寨，連克碉卡，軍聲大振。嶽鍾琪兵至勒烏圍，乘莎羅奔恐懼，親率13騎入營勸降成功。接著，赦免莎羅奔父子，仍命其為土司。第一次金川之戰遂告結束。
此後，兩金川土司仍時起戰亂。至乾隆中期，郎卡繼莎羅奔主持土司事務，日益恣肆，攻掠小金川及革布什劄土司，並拒絕四川總督的調解。為控製各土司，郎卡遂與綽斯甲布土司官和小金川澤旺之子僧格桑結成三部聯姻。不久，郎卡病死，其子索諾木與僧格桑結好益堅。三十六年，索諾木誘殺革布什劄土司官，僧格桑再攻鄂克什和明正土司。四川總督阿爾泰奉命率軍進擊，在打箭爐（今康定縣）半載按兵不進，被治死罪。清廷命大學士溫福為定邊右副將軍，由雲南赴四川督師，以尚書桂林為四川總督，再度率兵征戰。
溫福由汶川出西路，桂林由打箭爐出南路，夾攻小金川。時僧格桑割地向索諾木求援，索諾木遣兵相救。清軍初戰順利，連奪關隘。三十七年五月，桂林遣部將薛琮領兵三千，攜五日糧，進入墨壟溝（今小金縣西南），被土司兵截斷後路。桂林聞警不救，導致全軍覆沒。清廷罷桂林職，授阿桂為參讚大臣，率軍深入，直達小金川河南，以皮船宵渡，連奪險隘，直搗大營。十二月，清軍抵美諾，僧格桑勢窮，輾轉入大金川與索諾木合兵。清軍至底木達，澤旺降，小金川平。乾隆帝命溫福為定邊將軍，阿桂、豐伸額為副將軍，合兵攻大金川，遭索諾木頑強抵抗。溫福又襲用以碉逼碉的戰法，建築碉卡數以千計，將兩萬餘兵四處分散，與索諾木對峙。三十八年夏，溫福以敵扼險不得進，屯兵於大金川東之木果木。索諾木指使小金頭人及諸土司集兵數千，乘機攻陷清軍提督董天弼的底木達營地，切斷清軍糧運，突襲木果木，奪取炮台，四麵突入，擊敗清兵萬餘。溫福中槍死，各碉卡守兵望風逃散，提督馬全、牛三畀戰死，兵士陣歿3000餘人，小金川得而複失。乾隆帝聞敗，命阿桂為定西將軍，明亮、豐伸額為副將軍，舒常為參讚大臣，征調健銳、火器營2000人、吉林索倫兵2000參戰。十月，阿桂統領各地兵數萬，以三路分進合擊小金川：自率主力為西路，攻美諾；明亮為南路，攻美諾西翼門戶僧格宗；豐伸額為西北路，攻宜喜（今金川縣西北），牽製大金川。阿桂督軍轉戰五晝夜，直抵美諾，各路也所向克捷，至十一月初，再次降服小金川。諸將移師進討大金川，大金川多年增碉築壘，防守嚴密。阿桂分兵三路，自率一部自小金川攻其東；豐伸額、明亮先後督兵自黨壩渡大金川上遊攻其西北；領隊大臣富德督兵渡大金川下遊攻其西南。三十九年正月至七月，阿桂又命部將海蘭察率兵五千，與領隊大臣福康安合兵，分路進擊，屢克要寨，直逼勒烏圍屏障遜克宗壘。索諾木震懾，遂鴆殺僧格桑，獻屍乞赦，被阿桂拒絕。清軍攻遜克宗壘不到半年，遂改攻勒烏圍周圍其他山寨。四十年七月，清軍抵勒烏圍。勒烏圍碉堅壘厚，西臨大河，南有轉經樓，與北部官寨互為犄角，設木柵石卡，長裏許，下可暗通，其東部山麓分層立碉，各設重兵把守。阿桂揮軍先擊其要害，破卡柵數十重，斷其犄角，又毀橋梯斷其退路。明亮在河西猛攻，封鎖水上通路。八月十五夜，清軍以火炮轟破勒烏圍，次日黎明，克轉經樓，索諾木與莎羅奔已先期遁走噶爾崖。阿桂轉逼噶爾崖，與富德、明亮會師。十二月，清軍三路集於噶爾崖城下，斷水道圍困，大炮晝夜轟擊。索諾木計窮，於次年二月初四，率眾2000餘人出降。
第二次大小金川之戰結束。此戰，清廷經多次籌劃，曆時數十年，終獲勝利。但屢易將帥，戰法不當，且缺天時、地利、人和，致勞師糜餉。戰後，清廷改土歸流，廢除兩金川土司製，設廳委官，又置重兵鎮守，加強對該地區的管轄。
乾隆先後多次發動對大小金川的征剿，戰事經年，為當地居民帶來極大的災禍，清廷也遭受了重大的損失。戰爭的發動，並非由於藏族居民反抗清廷，隻是因為邊地出現了某些糾紛。這些糾紛原本並不是不可以妥善處理的。乾隆帝輕率出動大兵，又一再拒不接受當地土司首領的投降，務期“盡滅”，以維護所謂的軍威國體，事實上也就是樹立乾隆帝的聲威。乾隆帝橫暴的鎮壓，遭到邊地居民的頑強抵抗。清廷先後處死大學士、總督等滿漢重臣三人，官員多名戰死，傷亡兵士數千。戰爭耗費軍需銀七百七十五萬兩，以致不得不動用各地的後備，使“財用枯窘”。清廷在付出巨大代價後，仍然不得不收兵納降，繼續承認當地土司的統治。軍事上的表麵勝利，並不能掩蓋實質上的失敗。不必要的連年戰爭，不僅衝擊了乾隆初年保持的承平局麵，也為此後的黷武邀功開了端緒。
5.平定叛亂，維護邊境安寧
在統治階級看來，民族矛盾就像一顆炸彈，說不定什麼時候會爆發，而民族的分裂卻是一個國家所不能接受的。該出手時就出手，在愛新覺羅家族的前幾位統治者身上，這一點，是一脈相承的。
天山南部，塔克拉瑪幹大沙漠周圍分布著片片綠洲，當地居民引高山雪水灌溉。早在漢武帝反擊匈奴時，曾派張騫出使西域，清代所稱的回部，即漢代的西域地區。公元7世紀，伊斯蘭教興起於阿拉伯半島，元末傳入南疆，稱為回教，因此，當地被稱為回部。清初“元太祖十九世孫阿布都拉依因為葉爾羌汗，以其弟分長吐魯番、哈密、阿克蘇、庫車、和闐、喀喇沙爾、烏什、喀什八城。惟是時元裔勢衰，回教勢力日益強大，由和卓掌握政柄”。噶爾丹興起後，兼並回部，將其酋長阿布都實特囚禁伊犁。康熙三十五年（1696年）清軍打敗噶爾丹後，阿布都實特從伊犁投奔清朝，受到康熙帝的優遇，派軍護送經哈密返回葉爾羌故地。到其子瑪罕木特，因不服從準噶爾部，又被噶爾丹敕令將瑪罕木特及其二子布拉尼敦（博拉尼都）和霍集占拘禁伊犁，使所率部眾數千人種地交賦。清軍首入伊犁時，瑪罕木特已死，布拉尼敦和霍集占才被放出。由於二人係回部首領，令其仍回天山南麓統率當地回民。
阿睦爾撒納發動叛亂時，布拉尼敦和霍集占卻乘機率領在伊犁種地的回民數千人眾，逃回葉爾羌和喀什噶爾。清政府認為他們此舉是為逃避戰亂，因此，應積極進行招撫。乾隆二十一年，定邊右副將軍兆惠得到此消息，意識到布拉尼敦和霍集占有叛亂跡象，派副都統阿敏道率索倫兵一百、厄魯特兵三千前去招撫。布拉尼敦原本願集合所部歸附清朝，霍集占卻因曾幫助阿睦爾撒納叛亂，並認為清軍初定準噶爾，無力征討，應該在此時獨立，不然將永久受製於人。當時，布拉尼敦對霍集占說：“我家三世為準夷所拘，蒙天朝釋歸，得統所部，此恩何可忘也？”霍集占反對道：“我方久困於準夷，今屬中國，則又為人奴，不如自長一方。”霍集占還反過來煽動布拉尼敦說：“若聽大皇帝諭旨，你我二人中必有一人喚至北京以為質，當與禁錮何異？莫若與中國抗拒，地方險遠，內地兵不能即來，來亦率皆疲憊，糧運難繼，料無奈我何。且準噶爾已滅，近地並無強鄰，收羅各城，可以自立。”布拉尼敦接受了霍集占的蠱惑。當阿敏道率索倫和厄魯特兵行至庫車時，霍集占關閉城門，並欺騙阿敏道說：我們關閉城門，是怕你帶來的厄魯特士兵騷擾，若將厄魯特兵撤回，就開門投降。阿敏道輕信了這種謊言，命隨行的三千厄魯特兵撤退，僅帶百名索倫兵入城，霍集占借機將阿敏道及其所帶士兵逮捕。不久，又殺害了阿敏道，公開舉起叛清的旗幟。
二十二年（1757年）年底，乾隆命兆惠為定邊將軍，車布登紮布為副將軍，負責平定南疆叛亂。當時，兆惠因沙喇伯特地方還有相當一部分的阿睦爾撒納叛軍沒有消滅，便請求乾隆允許他和副將軍車布登劄布徹底解決北路厄魯特叛亂各部，待騰出手以後，再進軍天山南路，解決霍集占兄弟。乾隆遂改派兵部尚書雅爾哈善為靖逆將軍，率上萬清軍先向天山南路進軍。其戡亂過程是十分艱難的。
二十三年五月，雅爾哈善所率清軍前進至庫車時，遭到叛軍的頑強抵抗。庫車叛軍頭目阿卜都克勒木是霍集占的心腹，率一千騎兵，再加上城內回眾，依仗該城倚山而築、地形險要，城牆又用沙土堅實密築，清軍大炮轟擊不倒，因此抗拒不降。雅爾哈善命部下招降無效後，當即命清軍將庫車城四麵包圍，接著，發起攻擊。霍集占聞知庫車被圍後，率八千人馬越阿克蘇戈壁來援，清軍在城南截擊叛軍，殺死援軍上千人，霍集占也被打傷後逃進庫車城。提督馬得勝用挖地道炸城的方法，從城北一裏處開始掘入，快接近城牆時，因雅爾哈善急於成功，竟下令讓士兵連夜點燈挖掘，被城中叛軍發現，用水灌入地道，擔任挖掘地道的士兵全部被淹死。雅爾哈善無計可出，隻好采取長期圍困的辦法，每日唯知飲酒，寄希望將守敵困死城中。新降清的維吾爾人提醒雅爾哈善防敵突圍，主張在城西鄂根河和北山通戈壁處設伏兵擒敵，可惜未被采納。數日後，霍集占果然乘夜黑從城西涉鄂根河逃走，“侍衛噶布舒報知順德訥，而順德訥必俟天曉往追”，喪失了活捉霍集占的極好機會。很快，叛軍頭目阿卜都克勒木也乘夜逃走，最終，僅剩老弱婦稚出城投降。乾隆得知庫車之役的結果，大發雷霆，將縱敵逃跑負主要責任的雅爾哈善、哈寧阿、馬德勝和順德訥四人處死，任定邊將軍兆惠全權指揮平叛。
兆惠接到乾隆的命令後，率所部清軍急速奔赴庫車時，霍集占已退守葉爾羌。因此，兆惠一路順利，經阿克蘇，該城首領頗拉特降；至和闐，其城主霍集斯將以前曾擒獲達瓦齊獻給清軍，當兆惠領兵到來，霍集斯即刻開城迎降，並招降了烏什城。乾隆聞訊，當即宣布封霍集斯公爵，賞戴雙眼孔雀翎。霍集斯之降，使乾隆陷入對平叛前景盲目樂觀的歧途中，以為擒獲霍集占指日可待。他甚至命令定邊右副將軍車布登紮布回遊牧地休息，不必參加平叛。尤其是乾隆得知霍集占率兵撤退時，隨行人馬僅有三千左右，叛軍士氣低落，沿途毀棄軍器，宰殺馬駝，怨聲載道等情形後，更認為“賊黨俱已離心，大功自可立奏”。他竟不顧天氣嚴寒、清兵連續作戰等不利因素，諭兆惠“橋梁雖毀，我兵或浮渡或拴筏無不可者。兆惠宜努力前行，乘回眾離心，渠魁自當就縛”。兆惠所率雖有上萬清軍，由於庫車、和闐、阿克蘇、烏什等城需分兵守衛，兵力已失去大半。乾隆卻鼓勵兆惠驅兵急進，“葉爾羌、喀什噶爾相繼投誠，亦未可定”，甚至幻想會出現維吾爾人擒霍集占來獻的奇跡。在這種急於求勝的思想指導之下，兆惠率四千清軍行至葉爾羌時，最終陷入叛軍重圍之中。
十月初三日，兆惠率清軍至葉爾羌城外。為對抗清軍，叛軍方麵由霍集占守葉爾羌，布拉尼敦守喀什噶爾，以互相支援。霍集占將葉爾羌附近村莊人民的糧草全部移進城中，還欺騙城中維吾爾人說，清軍見人就殺，散布“伯克霍集斯已被殺”等謠言，以煽動叛軍拚死抵抗。叛軍在人數上遠遠超過清軍。葉爾羌城比庫車城大幾倍，四麵有十二個城門，兆惠所帶清軍隻能圍城一麵。清軍從烏什長途行軍一千五百裏，來到葉爾羌，已是人困馬乏。至此，兆惠通過俘虜口中得知霍集占牧群盡在南山，因此，派清軍先奪取牧群。清軍渡喀喇烏蘇（譯名黑水）河，大約過去四百人時，忽然橋斷，大批叛軍向清軍進攻，過河的清軍都拚死戰鬥，並泅水退回。將領高天喜、鄂實、三格、特通額戰死，兆惠所騎戰馬也兩次中槍死，本人臉部及頸脛負傷，隻好被迫收軍退回營地。霍集占率馬步騎萬餘人把清軍團團圍住，清軍紮營在黑水河邊，因此，又稱黑水營之圍。清軍雖被圍困，所幸攜帶軍糧可供兩個月，因此，兆惠掘濠結寨，固守待援。霍集占圍住清軍，布拉尼敦也從喀什噶爾率軍趕來，企圖一舉殲滅清軍。叛軍首先決河水灌清軍營地，兆惠則派兵挖渠，將水引入下流，並因此接著解決了飲水問題，且又掘地得泉水。叛軍一計未成，又生一計，在清軍四麵樹起高台四座，向清軍營地施放巴喇特鳥槍。清軍安營林中，也搭起高台與之對射。叛軍所射槍彈多擊中樹木，清軍伐木做飯，“每斫一木，即墜落無數”，彈藥反而不缺。清軍又在營地中挖出維吾爾人埋藏糧食二十餘處，每處有米數石，軍心較為穩定。霍集占率叛軍久攻不下，就這樣，雙方相持達三個月之久。
乾隆從駐守阿克蘇的辦事大臣舒赫德處得知兆惠被圍的消息，立即命令富德為定邊右副將軍，阿裏袞、愛隆阿、福祿、舒赫德俱授為參讚大臣，“無論何隊兵丁，惟擇馬力有餘者作速前往”，以盡快解兆惠之圍。他把兆惠輕敵深入的失誤算在自己身上，實事求是地作了自我批評。並且，封兆惠武毅謀勇一等公，賜紅寶石帽頂、四團龍補服，以鼓舞士氣。
二十四年（1759年）正月初六，富德率兵至呼爾，途中遇到霍集占和布拉尼敦率五千騎兵的截擊。清軍為解圍而來，勇氣倍增，無不以一當十，布拉尼敦被清軍打傷，抬回喀什噶爾。但清軍遠道奔襲，馬匹乏力，戰鬥到初九逐漸不能追擊。恰巧在這天夜裏，參讚大臣阿裏袞送馬趕到，合軍抵葉爾羌河岸。兆惠在圍中聽到數十裏外槍炮大作，知援軍趕到，趁夜選精兵千名，造雲梯衝出營壘，殺死叛軍上千人，與富德合軍後，率其餘部隊還阿克蘇休整。
清軍抵巴達克山，霍集占授首。兆惠率軍退回阿克蘇，經過休整與補充軍需，乾隆於二十四年（1759年）六月，命令兆惠和富德兩路並進，兆惠領兵由烏什取喀什噶爾，富德由和闐取葉爾羌。兩路清軍合計有兩萬人，在數量上占有一定的優勢。經過葉爾羌之戰，霍集占兄弟對清軍的戰鬥力存有畏懼之心，一聽說大隊清軍前來，慌忙把葉爾羌和喀什噶爾兩城燒毀，脅迫大批人眾逃往巴達克山。乾隆得知霍集占兄弟逃跑的消息，傳諭兆惠令清軍急速追襲。
之後的戰事證明，乾隆的判斷和決策是非常英明的，此時，叛軍已呈土崩瓦解之勢。八月，明瑞率九百清軍在霍斯庫克嶺與叛軍六千相遇，清軍奮勇鏖戰，勇敢向前衝擊，叛軍人無鬥誌，紛紛越嶺逃竄。富德等率清軍，一直追擊到巴達克山部所屬的葉什勒庫勒諾爾山。清軍一麵發起進攻，一麵樹起招降大旗，廣大維吾爾人眾畢竟不甘心流落異國他鄉，因此，便紛紛下山投降。霍集占起初還在山頭攔阻，後來見大勢已去，隻好與布拉尼敦攜餘黨幾百人逃至巴達克山。
乾隆得知霍集占兄弟逃到巴達克山的消息，當即命富德陳兵巴達克山邊界，以武力索取叛軍魁首。這時，霍集占被殺，布拉尼敦被俘，但巴達克山人以“我回部經教，凡派罕帕爾子孫不得執送人為由”，抵製清軍。因而，乾隆敕諭巴達克山汗素勒坦沙，素勒坦沙汗迫於清政府的外交和軍事壓力，於十月份交出霍集占首級，並說布拉尼敦屍首已被人竊走了。至此，清軍平定回部叛亂，宣告取得徹底勝利。
清政府統一了天山南北廣大區域，為開發大西北、促進統一的多民族國家的發展，奠定了必不可少的堅實基礎。但是，事情並沒有就此結束，這一偉大事業才剛剛開始，不能半途而廢。緊接著，乾隆帝又作了長期不懈的努力，花費了大量人力、財力和物力，采取了種種措施，為建設、鞏固大西北做出了極大的貢獻。
6.大興文字獄，禁錮世人的思想
文字獄在雍正、乾隆父子身上，可謂一脈相承、子繼父業，這兩位愛新覺羅氏的掌門人，選擇了同樣的方式去實現同一個目的。然而，從這個政策的效果來說，他們的努力並沒有達到預期的目的。
乾隆繼任皇帝後，為了加強封建專製主義統治，繼承前朝的傳統，大興文字獄，以達到在思想上控製和愚弄人民的目的。
對進步的、敢於抨擊時政的知識分子橫加迫害。首先，從他們的著述入手，字字挑剔，欽定“逆案”，致使許多文人誌士慘死於文字獄之害。其中，發生在乾隆二十年的胡中藻案，是最顯著一例。
胡中藻是江西新建縣人，乾隆元年（1736年）考中進士。曾是乾隆初年輔政大臣鄂爾泰的門下，他先後擔任過翰林、內閣學士，陝西、湖南、廣西學政等官職，在當時文人中享有很高的聲望。在乾隆初年,被卷入統治階級集團內部派係鬥爭之中，因此，引起了乾隆皇帝對他的注意。
乾隆對胡中藻的迫害，最初從查辦他的文章開始。胡中藻是當時著名的詩人，著有《堅磨生詩鈔》四本。於是，乾隆命令協辦大學士、禮部尚書蔣溥秘密查辦此書，從中字字挑剔，以確定其逆反罪行。乾隆二十年（1755年）二月，乾隆命令廣西巡撫衛哲治將胡中藻在任廣西學政時所出的試題與詩文一並嚴行察出，迅速上奏，並令他嚴加保密。衛哲治在接到密旨後，自然不敢怠慢，急忙調查，將胡中藻在乾隆十三年任廣西學政以來一年多時間所出的試題和倡和詩三十六首各抄錄一本，秘密送給乾隆。三月初，乾隆又命令陝甘總督赴甘肅巡撫衙門，將與胡中藻往來書信、詩文嚴行搜查，送往朝中。三月十一日，乾隆命總理王大臣對曾為《堅磨生詩鈔》作序的禮部侍郎，在上書房行走的張開泰“嚴加訊究”。
乾隆經過一係列的準備工作，從胡的詩鈔及書信等文中，字字琢磨，羅列了一係列胡中藻“叛逆”罪狀。在三月十三日，他召集朝中大學士、九卿、翰林、詹事、科道等廷臣麵諭，指責胡中藻有叛逆之心，聲稱他的“悖逆之詞”要比雍正時的查嗣庭、汪景祺、呂留良還要多。並從《堅磨生詩鈔》中摘出一些詩句，逐句加以指剔。比如，詩文中的“一世無日月”，被認為是影射清朝統治的黑暗；“又降一世夏秋冬”，被認為是詛咒清朝將為新的朝代所代替。再如，詩中還有這樣幾句：“南鬥送我南，北鬥送我北”“雖然北風好，難用可如何”“撖雲揭北鬥，怒竊生南風”，乾隆指剔這些詩句中的“北”都是暗指清統治，詩中南北分提，重言反複，這是對清統治的不滿和攻擊。又有“亦天之子亦菜衣”，認為在“天子”句中用兩個“亦”字悖慢已極，是對皇帝的最大不敬；“一世璞誰完，吾身甑恐破”“若能自主張，除是脫韁鎖”“一世眩如鳥在簸”“虱官我曾慚”“直道恐難行”等詩句，都被認為是胡中藻對朝廷發泄不滿。
乾隆一方麵從胡中藻的詩句中摘取一些可疑的字句，進行字字挑剔，羅列他的罪名；另一方麵，還從胡在擔任學政時所出試題中大做文章。如胡中藻在任廣西學政時，曾以“乾隆三爻不象龍說”作為試題。乾隆皇帝認為“乾隆”是他的年號，“龍”與“隆”同音，題中的“乾不象龍”顯然是對他的譏諷與惡意攻擊。此外，乾隆又從試題中挑出許多處，都認為是另有所指，別有用心，與清朝朝廷作對，完全是十足的大逆不道。
乾隆為胡中藻羅列了一大堆“叛逆”的罪狀後，下令將胡中藻交給大學士、九卿、翰林、詹事、科道等廷臣共同嚴審具核。廷臣上承乾隆皇帝的旨意，將胡中藻按著“大逆罪”，“擬以淩遲處死”，其親屬“男十六歲以上皆斬立決”。弘曆接到廷臣的擬判後，又裝出一副仁慈的姿態說：“朕自登基以來，從未因為文字製罪於人，隻是因為胡中藻的詩鈔內連篇累牘的無非卻是誹謗、詆毀朝廷之詞，因此，不得不申明憲典，以儆囂頑。”但對胡又格外開恩，免其“淩遲”，“著即行處斬”，以此儆戒天下後世。另外，與胡中藻詩文唱和的甘肅巡撫鄂昌則被“賜死”。已死的大學士鄂爾泰被撤出賢良祠，不準再入賢良祠。
乾隆從胡中藻的詩文中刻意挑剔，對胡強加叛逆的罪名並予以處死。他自覺很難讓人心服口服，又擔心因此引發事端，於是特命江西巡撫必須嚴密捉拿，並做好防範準備。到此時，乾隆初期著名文字獄——胡中藻案宣告結束，由乾隆帝欽定這場“逆案”，無辜地殺害了許多人。這就是封建專製主義的強製，更加禁錮了人們的思想，讓人民俯首在自己的統治之下。
據《清代文字獄檔》記載，乾隆年間所興文字冤案數超過其父祖，竟達六十餘案，的確是冤獄橫興，濫殺無辜。乾隆實行的這種文化專製政策，帶來了嚴重惡果，不僅窒息了人們的思想，而且破壞了文化學術思想界自由探討、勇於創新的傳統，使許多文人提心吊膽，不但不敢議論時政，也不敢撰寫富有教育性質為前車之鑒的政治曆史書籍，而逃避現實，埋首於故紙堆，煩瑣的學風惡性膨脹，以致後來龔自珍發出了“避席畏聞文字獄，著書都為稻粱謀”“萬馬齊喑究可哀”的歎息。
7.取締“邪教”，維護統治秩序
哪裏有壓迫，哪裏就有反抗。在愛新覺羅氏統治期間，民間的反抗一直沒有停止過。同樣，對反抗的鎮壓也一直在進行。在這一次次反抗與鎮壓的過程中，愛新覺羅氏的統治基礎，也在不知不覺地動搖著。
乾隆前期，社會階級矛盾雖未尖銳化，但人民的反抗鬥爭卻沒有停止。民間秘密宗教成為群眾的反清組織。各地秘密傳播的宗教，有大乘教、羅教、宏陽教、收元教、長生道等。這些秘密宗教，與元末以來的白蓮教相比較，在教旨、信奉對象、教儀、經卷和組織形式上，既有許多相似之處，又各具特征。由於他們的信仰背離了封建正統思想，因此被清朝視為“邪教”。他們的行為和組織更是與封建政權相對立。在各種秘密宗教中，大乘教傳播最廣泛。這自然引起了乾隆的關注，並堅決予以取締。
大乘教的組織最早是在貴州被揭露的。乾隆十一年（1746年）閏三月，貴州總督張廣泗密奏，雍正時雲南大理雞足山“妖人”張保太，“妄刻《皇經注解》及《先後天圖》，惑人入教，行蹤詭秘”，張保太本人雖於雍正十年（1732年）事發，被雲南地方官拿獲，“監斃獄中”，但黨羽流入貴州、四川，傳及各省，要求降諭查緝。
張保太，又作張保泰，原是雲南大理府太和縣秀才。康熙二十年（1681年）間，在雞足山開堂倡教，法號道岸，釋名洪域。他所傳大乘教，又稱無為教，屬於白蓮教的支派。張保太師從48代祖師楊鵬翼，原是雲南騰越州生員。張保太得楊鵬翼傳教，時為第49代收圓祖師。據上述張廣泗奏書，張保太於雍正十年被逮入獄監斃。但是，據直隸總督那蘇圖奏報，乾隆四年（1739年），逮捕的常州府江陰縣長涇鎮西來教首犯夏天佑供稱，乾隆三年，夏天佑曾親往雲南，麵見張保太，年已八十餘歲。也就是說，乾隆初，張保太還活在人間。又據十一年七月乾隆說，“如雲南之張保太因從前遇赦釋放，今日遂至蔓延”。這裏所謂“遇赦”，當指乾隆登基時特赦。再據乾隆十一年九月，雲南總督兼巡撫張允隨奏：“滇省火官會，臣自乾隆六年將張保太拿禁監斃後，即檄令全省通行嚴禁。”可見，張保太不是死於雍正十年，而是死於乾隆六年之後。
作為白蓮教支派的大乘教，與弓長的圓頓教有因果關係。關於弓長，黃育梗《破邪詳辨》卷：“噫，弓長即張，分姓為號，粗俗之至。再查邪經，知弓長飄高等同為明末妖人。”又據方家研究，弓長創立圓頓教時在天啟四年（1624年）。他曾撰《古佛天真考證寶經》，簡稱《龍華經》。《龍華經》分二十四晶，其中《混沌初晶》雲：“有始以來，無天地，無日月，無人物，從真空中化出一尊無極天真古佛來。”又雲：“古佛出現安天地，無生老母先天立。”《龍華真經》是圓頓教的經卷，而古佛天真和無生老母則是圓頓教中二尊最高的男女佛。圓頓教還宣傳末劫思想，而弓長就是領無生老母旨意來拯救末劫中黎庶，渡他們回真空家鄉，赴龍華會的。