不久，趙煦就將元祐九年改為紹聖元年，正式打出了繼承宋神宗事業的旗號，從此國事大變。十幾日間，變法派分子很快回到了朝廷。範祖禹由於反對用章惇，被罷免翰林學士職，右相範純仁辭官出知潁昌。章悼為相，蔡卞、蔡京、林希、黃履、來之劭等都入朝任要職。呂惠卿知大名府，又轉知延安府備西夏。變法派在哲宗趙煦的支持下，再度掌握政權，展開對保守派的反擊。
公元1094年7月，禦史中丞黃履、張商英、來之劭等上疏，論司馬光擅自更改先朝之法，實屬叛道逆理，罪名昭著。於是，趙煦就追奪司馬光、呂公著死後所贈諡號，毀壞了為他們立的碑；而同屬保守派的呂大防、劉摯、蘇轍、梁燾等人也被貶官。隨後，趙煦下詔：“大臣朋黨司馬光以下，各以輕重議罪，布告天下。”章惇列舉了文彥博以下三十人，揭榜朝堂。次年8月，趙煦又下詔：呂大防等永遠不得任用及恩赦。範純仁上疏，請將呂大防等原放。趙煦非常生氣，範純仁因此落職，徙知隨州。
1097年，趙煦再次追貶司馬光、呂公著及王岩叟等已死諸官。呂大防、劉摯、蘇轍、梁燾、範純仁等流放到嶺南，文彥博由太師貶為太子少保。
元祐時史官範祖禹、黃庭堅等修神宗實錄，有意篡改事實，隨意詆毀新法。趙煦命蔡卞（王安石的女婿）重修神宗實錄。蔡卞依據王安石的《日錄》和有關紀錄核對，查出篡改誣陷內容。範祖禹、黃庭堅因此降官，遣外州安置。
以章惇為首的變法派再度執政後，在排擠保守派的同時，逐步恢複新法。公元1094年4月，依據神宗元豐八年條例，恢複了募役法，並改定募役法剩錢不得超過一分（元豐時限二分）。公元1095年，恢複青苗法，董遵等大臣建議，青苗禁止胡亂的攤派，隻收一分息。公元1097年，恢複置市易務，用現錢交易，收息不過二分，不許賒欠；同時複行保甲法。公元1098年，章惇主持編定常平免役敕令成書，頒行全國。大抵在此幾年間，新法隻是恢複到王安石罷相後元豐時的程度。變法派雖然再起，但並沒有能夠朝著打擊大地主、大商人的方向再向前進。而且募役法恢複時，規定各地豪強地主大戶出募役錢在一百貫以上者，每一百貫減三分。像這樣的變動，便對大地主有利了。
就像保守派一樣，當共同的政敵沒有了的時候，變法派內部也出現了分裂。宰相章惇原先主張將文彥博以下三十人都流放到嶺外，但中書侍郎李清臣對此卻持異議，以為流放累朝元老，將使輿論震動，不利於朝廷和社會的安定。趙煦采納了李清臣的建議，重罪數人，其餘不再問罪。這樣，章悖和李清臣就開始不和了。
公元1097年，李清臣被彈劾，出知河南府。此外，張商英與來之劭也不和，開封府官說張商英曾派人謀害來之劭，張商英因此貶官外出。楊畏在元豐時是變法派，元祐時曾一度依附呂大防，高太後死，他最先主張複新法。右正言孫諤說楊畏是“楊三變”，楊畏因此落職。孫諤論募役法，主張兼采元豐、元祐時期的政策。蔡京說孫諤想要給元祐大臣申辯，孫諤又因此罷職。
曾布在王安石初次罷相時，即上疏攻擊市易，與呂惠卿、章悖分裂。公元1094年6月，曾布被任為同知樞密院事後，向趙煦攻擊呂惠卿，說呂惠卿不能在朝，呂惠卿因此始終任外官。曾布又攻擊章惇引用小人，“專恣弄權，日甚一日”，並攻擊章惇任用呂升卿、周秩、林希等變法派。
公元1099年，曾布更進而指責章惇、蔡京對元祐黨人處理過分，是“報私怨”。曾布在哲宗朝雖屬變法派，卻反複無常，攻訐朝廷眾臣，所起的破壞作用是極為嚴重的。變法派再起，力量本來就薄弱，內部一分裂，影響就更小了。所以，這個時期的變法派並沒有真正起到對宋朝有利的作用。
高太後聽政時，一手包攬政務，趙煦備受冷落，形同影子。趙煦親政後，努力擺脫高太後的陰影，施展自己的抱負，卻在25歲時早逝，留下了許多遺憾。哲宗趙煦在位隻有16年時間，但這短短的16年，卻使北宋黨爭達到了最激烈最殘酷的極點，無論是元祐更化，還是紹聖親政，從神宗時起就支持變法和反對變法的大臣們互相攻擊，甚至將普通的政見之爭上升為意氣之爭，從而使北宋的政治走入了歧途，於國無益，於民無益，成為後世之鑒。
5.哲宗孟皇後的悲喜一生
封建家族的婚姻向來離不開利益的支撐，擁有至高無上權力的皇帝的婚姻更是如此。趙煦與孟皇後的婚姻由高太後一手包辦，夫妻關係可想而知。孟皇後的悲喜兩重天，實際上是不同勢力爭鬥的犧牲者和受益者的體現。
冊立哲宗孟皇後，是高太後與元祐大臣們綜合各方麵的因素、反複權衡後的結果。孟氏端莊幽嫻、性情溫和，頗得高太後和向太後的喜愛，兩人還親自教她宮中禮儀，甚至連倒著走、側著走都手把手教她。而孟皇後侍奉高太後與向太後周到備至，且能友好地對待其他嬪妃，對宮女也十分關心和照顧，所以，孟皇後受到了皇宮上下一致的尊敬和愛戴。
趙煦與孟皇後的婚姻是高太後一手包辦的，因此，兩人的關係一直不太融洽，後來趙煦另有所愛，與孟皇後就更加疏遠了。趙煦寵愛的是一個姓劉的禦侍宮女，此女姿色超群，明豔冠於後宮，並且能詩善文，才藝出眾，整天在趙煦身邊侍候起居，奉承備至，遂得專房之寵。劉氏得寵，少不了有些趨炎附勢的朝廷大臣前來拍馬，蔡京就是其中之一。宦官郝隨也成了劉氏的心腹。劉氏恃寵成驕，連皇後也不放在眼裏，但性情溫柔的孟皇後從不與她計較。
恰在這時，福慶公主生起病來，孟皇後的姐姐頗懂醫道，她給公主連用幾藥，均不見起色，一急之下便拿來了道士的治病符水。孟皇後吃驚地說：“姐姐不知道宮中禁嚴，與外麵不同嗎？”連忙命人收藏起來。等趙煦來後，孟皇後向他詳細解釋了事情的原委，趙煦說：“這也是人之常情，不必大驚小怪。”孟皇後當著趙煦的麵把符子燒掉，認為不會有何後患。哪知紹聖三年（1096年）九月，趙煦卻以這件事為借口，將孟皇後打入冷宮。
孟皇後被廢，看似由妖魅之術所致，實質上與哲宗趙煦親政後的“紹述政治”有關。哲宗紹述初年，力逐元祐舊黨，早已鬱結於心的對高太後的憤怒情緒也頓時爆發。孟皇後母儀天下，雖為國人景仰，但她是高太後所立，頗為高太後喜歡，日後若涉及政治，難免會導致元祐舊黨勢力卷土重來。而趙煦本來就不滿這樁婚姻，且又在“紹述”時期，凡是與高太後有關的事情都有可能觸發趙煦對祖母不滿的那根神經，這樣，孟皇後就很不幸地成為了政治犧牲品。
孟皇後被廢，不少大臣上書勸諫，因為此時高太後雖死，但影響仍在。大臣陳次升直言斷案不公，恐為天下譏笑。甚至連董敦逸也說孟皇後的案子有內情，惹得趙煦怒不可遏，要貶董敦逸的官，經曾布勸阻才作罷。
元符二年（1099年）八月，劉氏生子，趙煦大喜過望，即在九月詔立劉氏為皇後。豈料樂極生悲，皇子趙茂剛出生兩個月就不幸夭折了，趙煦遭此打擊，悲痛萬分，竟也生起病來。多方醫治無效，元符三年（1100年）正月初八，趙煦駕崩於福寧殿，終年25歲，葬於永泰陵。其弟端王趙佶繼位，是為宋徽宗。
徽宗即位後，神宗向皇後垂簾。向太後在政治上是追隨高太後的，她起用了一些元祐大臣，並恢複了孟皇後的名分，稱她為元祐皇後。
徽宗親政後，改元崇寧，表示尊崇神宗，並提拔了善於鑽營的蔡京。蔡京在郝隨的建議下又廢了孟皇後，甚至還進一步加以迫害，規定孟皇後死後不能列入趙宋宗廟祭祀。同時，蔡京等人又趁機對元祐勢力進行了空前規模的清算和根除，這場殘酷的黨爭直到崇寧三年（1104年）的“元祐奸黨碑”樹立才算劃上一個句號。
孟皇後在瑤華宮中度過了冷寂的20餘年後，再次被推向了政治的前台。靖康二年（1127年），金兵攻占汴京，擄走徽、欽二帝及宗室大臣和後宮嬪妃。孟皇後因為是先朝廢後，被留了下來。金人扶持張邦昌本人的偽政權來統治占領地區，當時，徽宗之子康王趙構正以天下兵馬大元帥的身份在外抗金。金人北撤後，張氏政權中的宋朝大臣們對張邦昌施加壓力，認為“大元帥在外，元祐皇後在內，此為天意”。張邦昌本人也知道自己難得民心，便請孟皇後接受百官朝拜，稱她為宋太後，請她垂簾聽政，表示還政於趙宋皇室。
孟皇後執政後，以皇太後的身份冊立趙構為帝。建炎元年（1127年）五月，趙構即位，即宋高宗，孟皇後撤簾。從靖康之難到高宗即位，孟皇後實際上已被視為宋朝君權的象征，她的存在及她的垂簾，在一定程度上減少了從北宋到南宋過渡的阻力。
建炎三年三月，將領苗傅和劉正彥不滿高宗趙構消極抗金，發動兵變，要求高宗讓位給皇子趙敷，由孟皇後垂簾聽政。危急中，孟皇後再次垂簾。她一邊對苗、劉二人“曲加慰撫”，穩住叛兵，一邊與大臣商議聯絡在外的韓世忠等人平叛。苗、劉兵變平定後，孟皇後還政高宗。
孟皇後在兵變中沉著冷靜，不僅再次保住了趙宋的江山，也為自己贏得了穩固的政治地位。高宗趙構也充分認識到了孟皇後在朝政中的政治地位和號召力，因此，在後來的歲月中，他一直十分尊重孟皇後。據記載，高宗“事太後極孝，雖幃帳皆親視：或得時果，必先獻太後，然後敢嚐”。由於當時欽宗尚在人世，高宗帝位的合法性便被人用來作文章。大臣範燾與孟皇後侄子孟忠厚有過節，曾誣陷孟皇後密養欽宗子，於高宗不利，高宗卻說：“朕於太後如母子，安得有此？”便將範燾治罪。孟皇後患風疾，高宗旦暮不離左右，侍候得非常周到。
紹興五年（1135年）四月，伴隨著哲、徽兩朝黨爭而浮沉一生的孟皇後去世，她的神主牌位不僅放在趙煦祀室中，還居於劉皇後之上。早在元祐七年冊立孟皇後時，高太後雖然對自己操辦的婚事很滿意，但卻歎息：皇後賢淑，可惜福薄，將來國家有事，她怕是要擔當其禍的。高太後的這些話後來果然應驗。而孟皇後被打入冷宮數十年，其精神和肉體承受的痛苦可想而知，但卻因此未被金人擄走，應該是不幸中的大幸。此後，孟皇後雖經曆磨難，卻得以安享晚年，壽終正寢，這似乎與趙煦之短命形成了鮮明對比。