（1）三個概念的區別
①在時間概念方麵
製度創新一般指在一個確定的不太長的時間內，製度或製度結構的變革；製度變遷則是在一個較長的時期內的製度變化過程，製度演化在時間過程上更接近於製度變遷，甚至更長。
②在新製度與舊製度的關係方麵
製度創新既可以是指在舊製度基礎上形成一種新製度，也可以指在舊的製度或製度結構之外獨立形成一種全新的製度，此時它與舊製度（結構）本身並無內在因素的沿襲和繼承的關係；而製度變遷則往往具有新製度從舊製度演變而來的意思。盡管新製度與舊製度相比已是一個不同的製度，但它往往在一段時間內保留有舊製度的痕跡或某些因素。製度演化在這一點上與製度變遷比較接近。
③在製度集合或製度範圍方麵
製度創新是製度規則改變、重新組合以及新規則產生和舊規則消亡。它考察的是規則的具體變化情況，它是“一時”的動作。而製度變遷是整體性製度的變化，製度安排之間存在“協同效應”，即一項製度變遷的變化，將引起其他製度安排的變化，其他製度安排的變化又會引起該製度安排進一步變化，形成一種循環累積性因果互動關係。製度變遷是製度安排長期、持續地變化。而製度演化，不僅包括製度安排的變化，還包括製度環境的變化。製度變遷更強調特定製度環境下，製度安排是如何變化。從無限的時間維度來看，製度集合中的一切製度，無論指製度安排，還是製度環境都將發生變化，即一切製度都在不斷演化。
（2）關於三者之間的聯係
製度變遷是製度的替代、轉換與變更過程。它考察的是製度的變化過程和結果。它是一個長期的過程。製度創新是製度變遷的方式和手段，製度變遷是製度創新的結果。持續的製度變遷構成了動態的製度演化。
廣義而言，創新是內部矛盾的自我揚棄，實現自我更新的過程。因此，它能促進事物自身的積極發展。在中文語境中，更主要指過程，而不是結果。變遷是指事物變化的狀態或結果，體現了一種變化，可能是積極的，也可能是消極的。而製度演化體現為製度自我發展、自我實施的自組織特性，體現為製度的自組織過程，而製度創新則是實現製度演化自組織過程的動力。
邏輯上，製度創新是製度變遷、製度演化的前提。製度變遷更多的指的是一種曆史的過程，製度變遷是“能使一個社會在對技術和經濟機會或製約作出回應時，形成不斷的製度創新力量的進程。”換句話說我們可以將製度變遷理解為，由一係列製度創新組成的連續性的集合。從這一點上，製度變遷與製度演化是近似的，但製度演化更強調製度的一個自我實施、自我發展的自組織過程，更體現演化經濟學分析範式的特點。
製度創新和製度變遷就像是“破”和“立”的關係，製度創新是“破”的動作，而製度變遷是“立”的過程，具有一定的時間性。製度創新並不一定會導致製度變遷的實現，因為製度創新之後的新製度還要經過社會的選擇和適應，逐漸擴散為大家所接受，隻有這時候才能實現製度的變遷。
1.1.4製度變遷的演化經濟學分析框架
20世紀70年代以來，隨著新古典經濟學的缺陷日益暴露，納爾遜和溫特等學者借鑒生物進化理論的思想，通過對創新過程和機理的深入研究，創立了演化經濟學。演化經濟學繼承了熊彼特將創新作為經濟現象背後的根本力量這一基本觀點，以創新和製度變遷為核心研究對象，以動態的、演化的理論來分析經濟係統的運行與發展。
把複雜科學理論與經濟演化理論結合起來探討創新問題是創新研究領域的新方向。自組織理論乃至複雜科學一開始就是從自然科學中對生命的起源、宇宙的演化的探索中發展起來的，其對事物從無到有、從簡單到複雜、從混沌無序到有序演化過程的探索無疑對理解社會經濟係統演化具有重要意義。
演化理論包含眾多的學術流派，還沒有形成標準、統一的範式。早期的演化經濟思想由於缺乏分析工具，所以隻是一些零星的、不係統的思想，而複雜科學、自組織理論、演化博弈論等理論的發展為演化經濟學的發展提供了有力的科學工具，奠定了演化經濟理論框架的基礎。製度創新與製度變遷領域中，新的組合、新的要素的引入是創新型企業家——可以是國家（政府），可以是企業，也可以是個體，根據內外環境和條件的變化而自組織的過程和結果。因此，製度創新是一個複雜過程。製度創新實現新製度的產生，舊製度的消亡，以及新製度對舊製度的替代，新舊製度替代過程就是製度變遷，新一輪製度創新出現，就帶來新一輪的製度替代，又形成新一輪的製度變遷，如此循環形成了動態的、持續的、複雜的製度演化。製度創新結果的不確定性導致了製度演化的多樣性和不確定性，製度創新可能出現多個結果、多重均衡，致使製度演化存在多個路徑和多個方向。演化經濟學為研究製度創新的過程和製度演化的本質提供了一個科學而有力的分析框架。