那波尼德的巴比倫就這樣滅亡了。世界上最大的城邦如“紙牌壘成的城堡”一般轟然倒塌，幾乎沒經過什麼戰鬥就落到了居魯士的手中。通過這一領土的並入，他締造了人類曆史上第一個世界帝國。
十七天後，即馬西班月三日（10月3日），在民眾已經恢複日常生活、俘虜得到釋放、無人遭受一絲冒犯的情況下，居魯士舉行了盛大隆重的進城儀式。他與兒子岡比西對巴比倫的保護神以及王國其他城邦的神祇完成了祭拜大典，以此安撫馬爾杜克和其他神祇的祭司。死去的那波尼德日後也得到了厚葬。對居魯士來說，這是一個體現他全新管理模式的機會：沒有征服者，也沒有被征服者，有的隻是建立在不同族群互尊互敬基礎之上的持久聯合，而他將是這一切的象征和保人。
正是古人給我們留下的這些仁慈寬厚的形象鑄造了“解放者”居魯士的傳奇。一些史實很可能融合了早期的傳奇，又由希羅多德和其他編年史作者轉述出來。對此皮埃爾·布裏昂做出了相當中肯的評價：“以這些文本為基礎，構建出一個具有模範形象的居魯士，這非常符合猶太文學的做法。在古希臘的傳統文學中也可以看到類似的現象，特別是在色諾芬的作品中，被征服的族群都對居魯士的統治‘心悅誠服’（《居魯士的教育》第1卷，第1章，第4段；參照狄奧多羅斯史書第9卷，第24段）。因那波尼德對神不敬而群情激憤，巴比倫人甚至會在他們祭司的帶領下自願向有道義的國王居魯士打開城門，接受這位‘解放者’的統治。這種傳統的表述與波斯的官方宣傳想要塑造的形象如此吻合，令人不禁生疑。[17]”
誠然，居魯士公元前539年的閃電勝利有賴於他果敢的個性、快速的決策、急切的求勝心態和敢於冒險的風格，這一切使他成為一個朝氣蓬勃、目光遠大（即將放眼世界）的年輕君主。然而，正如皮埃爾·布裏昂指出的：“公元前540至公元前539年的戰爭恐怕隻是一係列敵對行為的最後階段，而我們卻很遺憾地對這一係列敵對行為的細節一無所知。這也意味著，公元前539年巴比倫一役的速戰速決或許隻是一種幻景。”逃避職責、對神不敬的那波尼德與虔誠的居魯士之間的對比，至少與翹首期盼“解放者”並很快臣服的民眾一樣令人難以置信。“波斯國王居魯士在盛大的慶典中進入巴比倫這一事實並不意味著巴比倫人對他的歸順毫無保留；在其形式和方式上——與亞曆山大公元前331年進駐巴比倫十分相似——更像是被征服的城市被迫履行對新主人表忠心的義務。”
上述的所有論點當然都隻是一些假設。但鑒於對居魯士的描述趨向聖徒傳記，而民族認同感通常建立在聖徒傳記的基礎上，所以這些假設似乎是站得住腳的。龍塞斯瓦列斯隘口戰役中的羅蘭難道不是整個法蘭西民族眼中英勇無畏的象征？拿破侖的武功對於榮軍院的擁戴者是如此偉大光輝，但對被征服甚至被消滅的民族來說，他們是否能有同感呢？對於居魯士，民族的功勳使他在一片遼闊疆域上實行的霸權成為正當，同時使他得以弘揚一種世界主義和我們後來所說的“人文主義”精神。而這種精神被很多評論家竭力強調。
盡管如此，上述觀點並無意掩蓋那些理應歸功於居魯士的大膽創新和造福社會的決策的曆史事實。
但在巴比倫，居魯士沒有做任何改變。“巴比倫的整套係統（在他看來）過於複雜、脆弱，使他無法在眼下嚐試任何結構上的改革。[18]”將戈比亞斯任命為巴比倫總督後，他下令將那波尼德逐出的本地神祇都請回他們各自的神位，並在這些城市恢複原有的宗教。他想要向被征服的民眾表明外國的神並不比他們自己的神更好，他們有權繼續崇拜自己的神。這些使宗教聖地免受搗毀的原則被刻在泥版上，並將指導建立一套在尊重信仰和保護聖地基礎上的帝國宗教政策。
隨後，居魯士封兒子岡比西為巴比倫國王，其統治疆域涵蓋敘利亞、巴勒斯坦和腓尼基。這一帶有象征性的政治舉措使他自己得以自稱“四方之王”，這一四方到當前為止包括美索不達米亞、波斯、米底、埃蘭、呂底亞、敘利亞和猶太。戈比亞斯去世後，另一位曾在那波尼德手下任職的巴比倫人被授予這個城市的總督職位。
居魯士此刻本可以把目光放得更遠，投向埃及。但他選擇先解決希伯來人的生存問題，這些人自公元前597年、公元前586年和公元前581年三次被流放到巴比倫後一直期待著他們的先知預言的解放者[19]。事實上，巴比倫被居魯士征服後，壓迫猶太族群的規定已經被取消。他們已經自由了。他們中的一些人已經通過手工勞動和商貿活動成功致富，並不願放棄自己在這裏精心建立的商業網絡。而另一些人的心中卻隻有一個渴望：回到祖先的土地，他們的家鄉，重建耶路撒冷聖殿。新政權賦予每個人選擇自己命運的權利。選擇離開的人用了兩年時間準備重返聖地之旅。到了商定好的出發日期，大篷車隊朝著同在阿契美尼德統治之下的猶太方向浩浩蕩蕩地駛去。根據伊朗史學家羅昌嘉爾的敘述，返鄉隊伍中包括四萬兩千三百六十名希伯來人，另有七千三百三十七名男女仆從和奴隸。熱拉爾·以色列在這一基礎上補充有八百三十六匹馬、二百四十五頭騾子、四百三十五頭駱駝和六千七百二十頭驢，用於馱運富人的行囊。此外，遵照居魯士（從此以後被希伯來人稱為耶和華的“受膏人”[20]）的命令，洗劫耶路撒冷時搶掠的那些金銀餐具將一律歸還。他還向他們發放了足以維持到迦南的食物。最後，居魯士下令重建耶路撒冷聖殿，且費用由他承擔。這一工程於公元前536年啟動，直到公元前515年3月12日大流士大帝統治期間方才竣工。
這一時期開啟了伊朗人與希伯來人之間的長久同盟，一直持續到7世紀薩珊王朝被穆斯林軍隊推翻，隨後其友誼多次重建，直到巴列維王朝。
結束了大型征服戰，居魯士決定返回埃克巴坦那，鑒於由不同語言、文化、傳統、宗教的國家組成的這個帝國內部實在是千差萬別，多元複雜，他急需將帝國的組織架構落實到位。他所麵臨的最大挑戰是要將多元的族群融合到一種後來所謂“共同體”（Koine）[21]中來。如此，他將國土以行省劃分。在此之前，岡比西獲封巴比倫尼亞及其附屬地區國王，許斯塔斯普被任命為包含希爾卡尼亞和安息的東方“雅利安人”之地的管理者，帝國的其他區域都保留了原有的君王。居魯士作為“四方”之王、“萬王之王（Shah-in-shah）”，負責整體的協調統一。每個省、每個君王都擁有自己的宮廷、自己的行政秘書處、自己的財政部和自己的軍隊，不過統帥軍隊的將軍需要居魯士的首肯方可得到任命。鑒於這些官職都不是世襲的，每人都需要憑自己的才能贏得他的信任。所以這可以看作帝國的一種量材錄用體製。一些監察禦史，作為“國王的耳目”每年進行巡視，然後向居魯士彙報，以確保總督們都恪盡職守。一套由日夜兼程接力傳書的信使組成的極其高效的通信網絡保證了各個區域與中央權力之間的溝通。
為尊重帝國內的語言多樣性，亞拉姆語被指定為官方語言。鑒於地方政府有權用本地語言起草報告，因此帝國選派了一些“中間人”，負責翻譯和傳達這些報告和居魯士下達的命令。
在軍力方麵，帝國擁有五萬正規軍，在“四方之王”的征召下，帝國各個民族都有義務向中央政府增補足夠的新兵。
整個帝國是在將多元化與實地情況統籌考慮的情況下精心建立起來的。伊朗帝國就此誕生，鑒於居魯士本來是波斯國王，其他國家便將之稱為波斯帝國。它將存續到7世紀阿拉伯入侵，並在隨後的日子以各種形式再度崛起。
當前是將征服巴比倫和解放希伯來人時所宣布的治國方針製度化的最佳時機。人們可以在居魯士圓柱上讀到這一內容，這件長23厘米的黏土文物在曆史上具有無與倫比的重要性[22]，其上的楔形文字撰寫於公元前538年。圓柱是大英博物館組織在馬爾杜克主神廟原址上進行挖掘時，由英籍的亞述後裔考古學家霍爾木茲德·拉薩姆於1879年3月發現的。於是，它至今仍收藏於大英博物館。
圓柱上的文字部分首先介紹了居魯士的家譜，接著是對巴比倫征服戰的簡要敘述，其中暗示了對希伯來人的解放[23]，但對於這一點考古界存在爭議。圓柱上特別突出了幾條政治方針和道德準則：所有人生而平等，每個人都有崇拜任何東西的自由，自然因此擁有信仰自由。他還在文字中宣布對私有財產的尊重：“我命令，任何房屋都不得被拆毀，任何居民都不得被掠奪。”居魯士為他和平維護者的身份而自豪：“我使天下四方得以生活在安定和平之中……”
它是像伊朗主流觀念認為的和伊朗國家領導人常常提起的曆史上“第一份人權宣言”嗎？誕生於二十五個世紀以前，其上宣示的原則在那個對這些理念頗為陌生的古老年代，以其創新精神獨樹一幟。有些人將《漢穆拉比法典》[24]與之相提並論，但這一以282個法條彙編為主要內容的典籍卻與之相去甚遠。居魯士圓柱上的內容主要集中在政治和道德層麵。撇除那些顯而易見的聖徒傳記性質的敘述，它所包含的反奴役、尊重人民信仰和生命財產安全的宣言所表達的立場堅定而又罕見。