這些恐怖的場景在雷伊、庫姆、洛雷斯坦省的霍拉馬巴德、阿塞拜疆的各大城市不斷上演，隻有大不裏士的政府通過談判，為其居民爭取到了特赦不死的和平結果。
成吉思汗這時隻剩下一個主要目標：生擒花剌子模沙王阿拉烏丁·摩訶末。他將這一任務交予他的三萬大軍，後者在摧殘了呼羅珊的多座城市後抵達了內沙布爾。攜家眷隨從龜縮於此的國王聞聽蒙古大軍正在逼近，於是在將自己的母親、總理大臣和後宮送到另一個堡壘後再次躲避戰鬥，慌忙出逃。從此，他開始了逃亡生涯。他越發孤立無援，沒了主意，最終隻身逃到裏海的一座小島上，以為在這裏他便脫離危險了。
與此同時，蒙古大軍發現了他家人的蹤跡，並將其團團包圍。在斷水斷糧的情況下，國王的家人最終無奈投降，並連同堡壘內藏匿的珍寶一同被遣送至成吉思汗麵前。堡壘隨後被夷為平地，王室家庭也在成吉思汗的命令下被全部屠殺。
數日之後，一名為阿拉烏丁·摩訶末送飯的侍從向他告知了這一噩耗。不久以後，他的三名軍官在河邊發現了他已被野獸和蟲子啃噬殆盡的赤裸遺體。他們中的一人將他的衣服撕扯後包裹了這位生前不可一世的國王的遺體，然後將其掩埋。他的“墳墓”沒有在世間留下任何遺跡。
當時已經疾病纏身的沙王可能死於悲傷過度，但無論如何，1220年他的離世沒有結束成吉思汗的燒殺擄掠。如此，曾經熱鬧繁華的內沙布爾連一條狗都沒有剩下。
從1219年征戰伊朗開始，到1227年成吉思汗在其帝國東部對西夏[3]作戰並多次取勝後去世，蒙古軍隊讓阿拉烏丁·摩訶末帝國的大片地區和周邊鄰國變成了一片廢墟。他們進行了大屠殺，數千公頃農作物被燒毀，極具價值的建築瑰寶和一座座圖書館化為灰燼。“他們來了，他們殺人放火，他們走了”，當時的一位編年史作家如此總結道。
誠然，國王的卑怯理應受到指責，而被圍之城居民們的勇氣也令人欽佩！但在亞洲有誰能夠抵擋蒙古大軍的鐵蹄呢？
當然，在阿拉烏丁·摩訶末死後，他的兒子——王儲劄蘭丁終於開始組織抵抗。他甚至有幾次擊敗了蒙古軍隊，但他手上的軍力比他父親初時的軍力大大縮減，且國土也遭到極大侵蝕，甚至從地圖上被直接抹去。他的百折不撓，他的英勇無畏，他取得的數次勝利，他為逃避蒙古追兵騎馬穿越印度河的壯舉，他於1231年在庫爾德斯坦山中孤獨死去，這一切都使他成為一名為抵禦外敵殉難的烈士。但拋開那些光環與榮耀，他的努力卻是徒勞的。
隨他一起消失的是花剌子模的沙王家族——伊朗第三大後伊斯蘭突厥王朝。它於一個多世紀內逐漸發展成形，並在阿拉烏丁·摩訶末的統治下達到鼎盛。據稱他曾意圖征服巴格達，因阿拔斯王朝雖日漸衰敗，巴格達卻依然十分富有。如果信使沒有被殺，成吉思汗很有可能不會或不敢輕易入侵伊朗領土。阿拉烏丁·摩訶末的怯懦和逃避使他成為後來這場悲劇的罪魁禍首。
正如伊朗薩珊帝國7世紀起被阿拉伯入侵徹底摧毀一樣，這一次，一個世界在蒙古入侵下土崩瓦解，一個時代也就此終結。除上述原因以外，其他方麵的因素也同樣不可忽視。
在這些因素中，包括阿拉烏丁·摩訶末與巴格達的哈裏發之間的仇視或對立。哈裏發很可能沒有充分估計到這一危險最終會對他造成的威脅，於是讓他的對手獨自應付困局。巴格達僅將成吉思汗視作那個可以削弱甚至可以消滅他的敵人的敵人。不幸的是，劄蘭丁在他父親去世後才開始掌權，這時已經太遲，他成為一個已經四分五裂的帝國的君主，而他也絲毫指望不上哈裏發的支援。
在這一內部衝突之中還要加上遜尼派與什葉派從未間斷的鬥爭，其中巴格達的什葉派作為少數派，時常被排除在權力階層之外，並遭到民眾的歧視，甚至欺淩。整個伊斯蘭世界因此受到嚴重的動搖，令人不禁聯想起之前正是瑣羅亞斯德教徒與基督徒的明爭暗鬥給了阿拉伯入侵者可乘之機。
遜尼派內部的分裂也對大局上的混亂有推波助瀾的作用。事實上，哈乃斐派與沙斐儀派[4]相互憎惡。而且，哈乃斐派有時儼然就是蒙古軍名副其實的第五縱隊，但這並沒有讓蒙古軍在獲得勝利後，提供給他們高於其他教派的待遇。
最後，伊斯瑪儀派的實力盡管今非昔比，卻仍不可小覷。而他們因在蒙古入侵時保持中立，隨後也付出了代價。
要完成這幅預示著災難的圖畫，還應該加上勇敢的劄蘭丁在抗擊蒙古軍隊的同時，不得不應付的克爾曼、阿塞拜疆和格魯吉亞的起義。
因此，伊朗穆斯林世界麵對蒙古災禍時全麵崩潰具有諸多原因，任何將這一災難進行簡化的視角就算有某些曆史學家的支持，卻都不可能與現實情況相符，因為所有大帝國的覆滅均由多個極其複雜的因素而非單一因素所導致。本情況也不例外。
無論如何，劄蘭丁的死標誌著伊朗國土上又一個時代的終結，正如伊嗣俟三世的死之於薩珊帝國一樣。
在1231年劄蘭丁離世與標誌伊朗帝國重生的薩非王朝掌權之間有將近三個世紀，那是一段混亂而血腥的時期。
成吉思汗在1227年8月去世，在此之前他曾召集了他的幾個兒子，向他們分封帝國領土。伊朗部分被劃給長子朮赤。如此，當劄蘭丁尚且在世並持續戰鬥時，朮赤已經接替了他的父親，繼續征伐劫掠。他於1227年2月在成吉思汗去世數月前死去，並由其弟窩闊台繼任，後者於1241年離世。隨後窩闊台的妻子臨朝稱製，直到1251年，在圍繞疆土分配的諸多紛爭之後，他的侄子旭烈兀掌權。旭烈兀在一位伊朗大維齊爾和傑出作家納西爾丁·圖西的輔佐下，在前進道路上發現了兩個主要障礙：圍繞阿剌模忒存在的伊斯瑪儀派的殘餘勢力——我們已經知道他們後來的命運[5]——和巴格達的哈裏發，他決意將後者推翻。他選擇即刻進軍阿拔斯王朝都城，圍城長達兩個月之久，並最終逼迫阿拔斯王朝的末代哈裏發穆斯塔欣投降。進入巴格達時，見到奢華的宮殿和堆積如山的財富，他不禁對穆斯塔欣說道：“為什麼聚斂這麼多財富，卻不用它來建立一支像樣的軍隊，以保衛你和你的領地呢？[6]”
雖然哈裏發會被處死已是毫無懸念，但旭烈兀遲遲沒有動手。盡管他不是穆斯林[7]，但他十分迷信，他聽說先知穆罕默德後繼者的血會令厄運降臨在使它灑出的那個人身上。在他親信的建議下（他的總理大臣以反阿拉伯聞名），他命人將哈裏發全身包裹起來，再在上麵碾軋、踩踏，使之最終窒息而死。於是，阿拔斯哈裏發國以這種屈辱的方式於1258年宣告終結[8]。
將這一“障礙”清除後，旭烈兀率軍繼續挺進至地中海沿岸。他顯然沒有料到會遭到埃及馬穆魯克王朝的抵抗，並於1260年在阿音劄魯特被後者擊敗。這一失利令蒙古軍對近東的征服戰戛然而止。
旭烈兀於1265年在伊朗西北部的馬拉蓋逝世。他的墳墓大概位於阿塞拜疆，烏爾米亞湖的一個島上。他的兒子隨後繼承了他的王位，並在伊朗建立了伊兒汗國，該國統治將持續至1337年。
旭烈兀死後的一個世紀見證了作為成吉思汗和旭烈兀後代子孫的蒙古君主們相互殘殺、日趨伊斯蘭化的過程。他們中比較知名的君主合讚也逐漸融入伊朗文化，並曾試圖重建一個有序的國家。合讚的總理大臣拉施德丁不僅是位大文人和史學家，還是一位改革家，他的多項改革措施具有驚人的現代性。在行政與司法方麵，他建立了一套法律文書和契約的登記係統，規定司法判決必須得到書麵記錄並存檔，並確立了民事、商事和刑事文書保有三十年時效的原則。
在財政方麵，合讚與他的總理大臣廢除了各省總督或進貢的諸侯向國庫競標稅務價格的係統，指出這正是令納稅人遭受不公正待遇的根源，因為這些權貴在向國家繳納稅金以後便對他們的子民橫征暴斂。改革後，國家按照新政策派出國庫特派員，對每位國民的財產進行估價，確定他可以合理支付的稅費金額。以這種方式確定的名單都由大不裏士集中管理，以杜絕地方官員中飽私囊，而國家將以此確保個人最終支付的稅款不會超過預估的金額。這種適應於當代的稅收係統在某種程度上不正是我們後來所謂稅收公正和累進所得稅的鼻祖嗎？