頒獎令
聖旨究竟耽擱在哪兒了呢？其實就耽擱在慈禧太後的手上。
慈禧太後收到伊精阿遞上來的訪查結果後，見左宗棠麾下各軍不僅擾民還奸人妻女、燒百姓房屋等事，不由氣得渾身亂抖起來。她當日把恭親王、寶鋆等人傳來，大罵道：“反了，真是反了！你們總說左宗棠會用兵，他當真會用兵！他教唆出的兵，不僅搶人家糧食，還敢糟蹋人家妻女！連百姓的房屋也敢燒掉！你們都說說，他這是去剿長毛，還是去剿百姓呢？”
慈禧太後啪地把伊精阿遞上來的折子摔出來，道：“你們看看吧！”然後便是呼呼地喘粗氣。她聽政至今，最不能忍受的便是“奸”“糟蹋”等字眼，仿佛是在奸她自己。這大概是她獨守空房過久的緣故，多少有些心理失衡。
恭親王小心地把伊精阿的折子撿起來翻開，一頁一頁地看下去。
恭親王小聲說道：“稟太後，伊精阿的折子臣看完了，這左宗棠實在有負太後和皇上對他的聖恩。臣隻是不明白，伊精阿怎麼沒有說，左宗棠到大埔之後，是怎樣辦理這事的呢？駐紮大埔的官軍滋事是因為糧米無繼，當時左宗棠在琯溪尚未動身。按說，前路各軍鬧出這麼大動靜，他不可能不知道啊，請太後明察。”
寶鋆這時說道：“稟太後，奴才以為，左宗棠驕妄過甚，如今又節製三省軍務，想必他怕朝廷怪他治軍不嚴，有意隱匿不報也是有的。請太後明察！”
慈禧太後想了想，問道：“恭親王啊，你見到瑞麟折子的時候，左宗棠有沒有奏報啊？”
恭親王答道：“回太後的話，瑞麟的折子到後不久，軍機處還當真接到大埔軍營的一封文書，但裏麵卻是空的！不知是何緣故。臣當即便讓軍機處發文，挨站追查，至今未見結果。臣當時收到瑞麟的折子時還想，營裏出了這麼大的事情，左宗棠怎麼一字不提呢？現在回想起來，莫非打大埔沿途遞上來的文書，就是左宗棠的？可不該是空的呀！”
慈禧太後聽後，沉吟了許久才開始講話，但語氣已不似先前的淩厲：“恭親王啊，你先讓軍機處給左宗棠擬道旨過去，問問他兵勇在大埔滋事一事，他如何不奏報？你另外再給曾國藩發道密旨，讓曾國藩派員再到大埔去訪查一番。事關統兵大員治軍不嚴，朝廷慎重些總歸是好。”
一道聖旨很快發往大埔，另一道聖旨則秘密發往曾國藩的剿撚大營。哪知聖旨到的時候，正逢太平軍殘部在嘉應州戰敗，剛巧退到這裏。太平軍打進城池之後，不僅將守城官員全部殺死，還搶掠了上百石糧食以及牛、馬等物，傳旨差官自然也未能保住性命。劉典督軍趕到時，太平軍已撤走多時，留下一片狼藉。
左宗棠沒有接到聖旨，複奏自然也就無從談起。左宗棠收複嘉應州的折子進京的時候，曾國藩的折子尚沒有進京，加之左宗棠遲遲沒有複奏朝廷所要查詢的事情，弄得慈禧太後和一些大軍機們都很有氣。恭親王情知事出有因，但他是幹著急想不出辦法。若非此時官文老病複發，蒙恩在府裏養病，不能出來理事，否則更有左宗棠的難看。
曾國藩複奏的折子進京的時候，兩廣總督瑞麟與廣東巡撫郭嵩燾也相繼有折子送到。曾國藩對兵勇在大埔滋事訪查的結果與伊精阿訪查的基本相同，但隻少了奸人妻女和焚燒房屋兩項。伊精阿所報重在兵勇滋事，而曾國藩所報則側重於左宗棠到大埔後是怎樣辦理的善後。兩個人的側重點不同，產生的效果自然也不相同。曾國藩奏折的後麵，附了張當地衙門配合委員平息此事提供的證詞，以及幾份百姓的口供。
但郭嵩燾與瑞麟所上的折子卻是互相參劾的。
郭嵩燾參了瑞麟大罪兩款：一罪是“總兵卓興、方耀因從前微有勞績，竟至驕怯。而瑞麟仍複遷就優容並不早加參劾，致使兩廣軍務廢弛”；一罪是“兩廣政事不舉，軍務廢弛，蓋因瑞麟重用劣幕徐灝所致”。折子為此列舉了徐灝操縱幕府的五大證據。
瑞麟則參了郭嵩燾大罪四款：一罪是“與洋人拉攏過密”；一罪是“凡事自己做主，不聽規勸”；一罪是“以掣肘為能事”；一罪是“一言不合便意氣用事”。
兩道聖旨終於由軍機處遞出，火速發往嘉應，時間已是嘉應州克複兩月以後的事了。左宗棠聞報聖旨遞到，當即正冠撣衣，率一應文武官員到大廳跪倒聽宣。
這個時候下發的聖旨自然是頒獎令：“福建浙總督左宗棠督辦軍務，調度有方，賞戴雙眼花翎。署兩廣總督、廣州將軍瑞麟，賞還花翎、三品頂戴。署廣東巡撫郭嵩燾，著賞給二品頂戴。江西巡撫劉坤一，著賞給頭品頂戴。浙江提督、一等子爵鮑超，再賞加一雲騎尉世職。二品頂戴前浙江按察使劉典、廣東提督高連升，均著賞給雲騎尉世職，劉典並賞給三代一品封典。記名提督婁雲慶，著以提督遇缺盡先題奏，仍交部從優議敘。提督唐仁廉、譚勝達、曾成武、黃少春、福建布政使王德榜，均著賞穿黃馬褂。浙江候補道按察使銜糧台轉運委員胡雪岩，著賞給二品頂戴布政使銜。”後麵又對大大小小三百餘位立功的員弁予以獎賞。
二旨曰：“本日據劉坤一奏贛軍進逼嘉應獲勝，會同收複州城，並左宗棠、瑞麟、郭嵩燾奏收複嘉應州城，追剿竄匪，全部蕩平詳細情形各一折。覽奏曷勝欣慰。業明降諭旨宣示，分別加恩矣。”聽到此，左宗棠知道，下麵一定是裁軍之事。聖旨果然接著宣道：“所部各軍，自應由左宗棠會同瑞麟、郭嵩燾、劉坤一酌量分別遣留。”
聽宣的所有官員聽到此時，全身均為之一抖，他們最怕的事情終於發生了。
傳旨差官讀到此，有意頓了一下，然後又讀道：“唯現在東南雖已肅清，而撚匪竄擾北路，楚、豫等省到處戒嚴，防剿正當吃緊。鮑超一軍，前本令其馳赴北路助剿，此時粵賊業已辦結，即著左宗棠飭令統帶所部迅速赴楚、豫之交，聽候曾國藩調遣。其江、福建各路得力將弁兵勇，有可調赴楚、豫、江、皖助剿者，並著曾國藩迅速函商左宗棠等酌量調往，以期厚集兵力，早殄逆氛。左宗棠等仍當聽候曾國藩函商調派將士之信，分別遣留，不得先將得力諸軍概行遣撤，以顧全局。”
原來是虛驚一場，蓋因撚軍縱橫數省，朝廷不僅未下裁軍令，還讓左宗棠督飭鮑超等部趕往湖廣、河南一帶堵截撚軍。
聖旨宣完，不僅左宗棠長出一口大氣，所有聽宣的官員均鬆了一口氣。隨後的幾天裏，鮑超、劉典各軍，被左宗棠陸續派往剿撚前線，聽曾國藩調遣，江西、廣東撫、提各標，也都相繼回歸本部。
左宗棠準備在嘉應州過完大年，再由潮州返福建。左宗棠一直不知道聖旨遲到嘉應州的原因，以及大埔兵勇滋事在慈禧太後、京師百官中所造成的震動，乃至負麵影響；而軍機處一直也未追查出左宗棠上奏大埔兵勇滋事的折子究竟丟失在何處，成了不了之局。
如今想來，左宗棠及時發出的折子，同朝廷著左宗棠及時覆奏的聖旨一樣，都是流動的太平軍的功勞。
同治五年（公元1866年）正月十六日，左宗棠正在辦事房裏與兩名文案喝茶談閑話，竟突接一旨。
原來是廣東巡撫郭嵩燾參劾總督瑞麟，任用劣員，導致軍務廢弛。朝廷命左宗棠先不要回福建，就近替朝廷訪查一下。
旨曰：“現三省大局稍定，左宗棠暫勿返福建，即就近將郭嵩燾所陳各節確切訪查，該署督撫因何不協，究竟為公為私？據實複奏。左宗棠秉心公正，諒不肯稍涉偏徇，代人受過。郭嵩燾折片四件，均著抄給閱看。欽此。”顯然，朝廷又把一個燙手山芋交給了左宗棠。
送走傳旨差官，左宗棠對著一班幕僚大聲說道：“這是哪個大老給上頭出的好主意？筠仙與本部堂是同裏又是一榜同年，他與瑞麟不和，本部堂回避猶恐不及，怎麼反倒要本部堂出麵訪查此事？這不是害筠仙嗎？筠仙所陳各件都是事實，若本部堂據實覆奏，瑞麟必誣本部堂以私情廢公論也。其實，廣東之弊端，筠仙已幾次函告於本部堂，本部堂沒想到兩個人鬧到這麼僵！筠仙官運一直不順，總算做到了一省封疆，偏偏又碰著了瑞麟這個死對頭！”
左宗棠連夜擬就《請將訪查事件另派員查辦》一折。
在折中，左宗棠先談了一下自己對郭嵩燾所參瑞麟各款的看法，稱：“郭嵩燾所陳數誤，自係實在情形。”接著又講了一下郭嵩燾的為人：“郭嵩燾勤懇篤實，廉謹有餘，而應變之略非其所長。”最後才道：“臣於郭嵩燾生同裏閈，且與臣胞兄兒女姻親，應請回避。伏懇簡派妥員查辦以昭核實。”
左宗棠無論如何，都不能去趟這渾水。
折子拜發的當日，左宗棠又給郭嵩燾急函一封。
函曰：“至粵東貽誤各節，尊疏已詳，但言之未盡也。督於撫雖有節製之義，然分固等夷，遇有齟齬，應據實直陳，各行其是，唯因爭權勢相傾軋則不可耳。老兄於毛寄耘，心知其非，而不能自達其是，豈不謂委曲以期共濟，而其效已可睹。茲複濡忍出之，迨貽誤已深。而後侃侃有詞，則已晚矣。諭旨敕就近查辦，已將同裏而兼婚姻之故，請旨回避。至貽誤各節，則彰明較著，無待察訪也。計此書到時，必已奉明諭及之，故不必有所隱匿。弟自揣疏狂婞直，久不見諒於人，行當自陳，以避賢路。唯所事未了，不得不婆娑以俟耳。”
朝廷很快下旨照準所請，著左宗棠離粵回任。但左宗棠寄給郭嵩燾的這封書信，卻大大地傷了郭嵩燾的自尊。
郭嵩燾讀罷左宗棠的信後，竟將信猛擲桌麵，隨即拍案而起，對著一班幕僚冷笑道：“本部院的這個同裏，把官做到了總督，竟然也學會教訓人了！”
郭嵩燾當日回到書房後，連夜秉燭給剿撚前線的曾國藩寫信。在信裏，郭嵩燾說了許多對左宗棠不滿的話。曾國藩閱信之後，默然無語。
左宗棠於同治五年（公元1866年）剛出正月即開始班師還福建，途中，收到總理衙門建字第十二號谘文，稱：“以英國阿使欲中國雇借外國輪船緝拿海盜一節，已照會各國允辦，屬即函商李鴻章酌籌購買，一麵先行雇覓，將各口應用輪船若幹，並水手、兵丁、炮械以及控製、訓練、旗號各項，妥議章程具複。”
左宗棠未及將谘文讀完便連連說道：“這個阿禮國，他占不到大便宜是不肯罷休啊！說什麼雇借洋船緝拿海盜，雇哪國的輪？借哪國的船？還不是他英國的！不行！本部堂一定上書總理衙門，勸阻此事！”
左宗棠與徐宗幹函商後，上書總理衙門，指出：“就局勢而言，借不如雇，雇不如買，買不如自造。而自造一層，雖已商議及之，尚未能確有把握，應俟有端緒，再行奏谘辦理。”
開廠造船
同治五年（公元1866年）五月十三日，左宗棠抵達福州；同一天，左宗棠接到官報，雲：“諭準郭嵩燾開缺回籍養疾，實授瑞麟兩廣總督，廣東巡撫著蔣益澧補授。”
左宗棠默然無語，心裏卻極為郭嵩燾鳴不平。很顯然，郭、瑞之爭，瑞是贏家。朝廷論滿漢不論曲直，這讓左宗棠大為不解。
進總督衙門後，左宗棠當天沒有辦公事，而是在上屋與妻妾兒女們說了一天的話，來見的屬員也都被門上擋了駕。
左宗棠統軍入粵不多幾日，老夫人詒端便染病在床，至今不能走動。長子孝威因從京師回福建途中感了瘟疫，加之回來後一直料理母親的身體及府中各事，也已病倒多日。次子威寬因要參加鄉試，不敢多問家事亦不能為長兄分憂。三子孝勳隻有十四歲，四子孝同亦不過十歲，兩人都在塾館讀書，都在需人照料之列。
左宗棠從鹹豐十年九月起募勇離湘，到同治四年止，與家人團聚的時間不過四個月左右，隨後又奉命督師援粵，一走又是近半年的光景。左宗棠此次回任，是已打定主意，無論公事多忙，他也要盡力多抽出一些時間陪陪詒端及二妾，也多過問過問孝寬等四個兒子的學業，享享天倫之樂。左宗棠是大丈夫，但不是神仙，他永遠都斬不斷自己心底的那份兒女私情。三省大定，自己又得封伯爵，詒端已是一品誥命夫人，長子孝威也在一榜之外恩賞了三品蔭生加主事銜。大丈夫該有的功名利祿，封妻蔭子，左宗棠已經全都有了，他是真該享享清福了。
十日後，左宗棠在徐宗幹、胡雪岩等人陪同下，乘轎來到馬尾口岸，視察造船局的進展情況。造船局廠房已蓋起大半，正在加緊建造存放材料用的庫房。日意格已從國外采購了部分機器，並有一些已經裝船起運，大概兩個月後就可抵達碼頭。德克碑已奉了徐宗幹劄委，到法國采購鋼鐵煤炭等物，同時辦理聘請洋技師等事。
左宗棠在馬尾看一路笑一路，對徐宗幹、胡雪岩二人誇獎一路。左宗棠誇胡雪岩籌借洋款有功，讚徐宗幹督辦有方委員得當，全是歌功頌德的話。徐宗幹與胡雪岩二人當日都特別歡喜。
從馬尾回到福州不多幾日，左宗棠便向朝廷上了《擬購機器雇洋匠試造輪船先陳大概情形》一折。
該折主要從海防、地理優勢等方麵論證自造輪船的可行性，接著談到福建設立船局的優勢，然後又談機器的來源，最後說道：“臣前在杭州時，曾覓匠仿造小輪船，形模粗具，試之西湖，駛行不速。以示洋將德克碑、稅務司日意格，據雲大致不差，唯輪機須從西洋購覓，乃臻捷便……日意格聞臣由粵凱旋，擬來福建麵訂一切。臣原擬俟其來福建商妥後，再具折詳陳請旨，因日意格尚未前來，適奉購、雇輪船寄諭，應先將擬造輪船緣由，據實馳陳。”
此折拜後，左宗棠又接到諭旨，諭旨就英國公使館參讚官威妥瑪受公使阿禮國指使，向總理衙門呈遞《新議略論》，旨在阻撓中國造輪船，再次提出雇船勝於造船，並說，英國已與各國達成共見，各國均可為中國提供欲雇之輪船。
左宗棠把《新議略論》反複看了兩遍，於是給朝廷上了《複陳籌議洋務事宜》一折，對威妥瑪所論逐條給予駁複，並說了許多英國人的壞話。左宗棠對英國人討厭至極，福建浙要辦的任何洋務，他隻讓法人參與，而不準英國人染指，更不讓英人得些許之利。英國人始終恨左宗棠，左宗棠到死亦恨英國人。
一個月後，聖諭到達，肯定並允準了左宗棠在馬尾試造輪船之舉。
朝廷允準了左宗棠試造輪船之舉，但對左宗棠第二個折子的觀點，卻持有不同意見。折子被留中不發實等於駁複。
但無論朝廷持何種觀點，其他督撫如何辦理，左宗棠自己已打定主意，他在福建省所辦涉洋之事，就是不準英人染指分毫，當然，借款除外。接旨之後，左宗棠自是滿心歡喜，感覺前路一片光明。
隨著機器的陸續購進，左宗棠開始委員赴各省招募中國工匠和船政學堂的首期生員，又讓胡雪岩在福州辦理選募做工人員。
日意格由法國回到福州後，馬上便被左宗棠劄委為即將設立的船政局正監督，總攬船政局除經費以外的所有事務，權柄頗重。
日意格奉到劄委，登時喜得一蹦多高，他一麵催促胡雪岩加速選募工人，一麵急函在法國尚未動身的德克碑，著其從速統帶已聘之法國匠師登船返福建，不準延誤半刻，唯恐夜長夢多。真正應了古人的那句老話：一朝權在手，便把令來行。日意格不想耽擱過久，其實是怕別國人插手進來分利分肥，他自然要比左宗棠、徐宗幹、胡雪岩等一班中國在事官員都急。
德克碑倒也真是聽話，他接到日意格信時原本正在鄉下度假，他準備假期過後再從容返福建，如今一見日意格發了急，他也就馬上結束假期。當日返回巴黎，並快速召集所有已雇之匠師到巴黎會合，又趕到外務部去請旨，商議動身一事。
三天後，趾高氣揚的德克碑帶著所有人眾，包輪船離開巴黎，向大清國行來。德克碑如此匆忙返福建還有另外一層原因：日意格在信中已答應，在左宗棠麵前保舉他為船政局副監督。這個發財的好機會，德克碑是抵死不肯錯過的。
經過一陣緊鑼密鼓的忙碌，福建福州船政局終於在德克碑一行人眾趕到的第二天，正式掛匾成立。匾額由大學士曾國藩題寫。
創辦該局首期費用為四十七萬兩，除胡雪岩原向英國東亞銀借款三十萬兩白銀外，左宗棠又派員自籌了十七萬兩而成。該局日常所需銀款，自設立之日始，奉旨每月由福建海關撥銀五萬兩使用。該局劄委日意格與德克碑分任正、副監督，工頭亦由法國人擔任。
該局最先隻有二十幾名法國匠師、五十餘名中國匠師，招募本地的做工人員一千七百名，後隨著規模不斷加大，法國匠師陸陸續續增至一百餘名，做工人員也達到兩千三百名。
該局由鐵廠、船廠和船政學堂三部分組成，是當時的大清國唯一的一所專門製造汽輪船的大型製造工業。
船政學堂又稱“求是堂藝局”，招收十六歲以下的學生，分前學堂（造船班）、後學堂（駕馭班），體製悉按法國海軍院校成規。因福州船政局設在馬尾，故又稱馬尾船政局。
調任陝甘總督
同治五年（公元1866年）初，陝甘一帶地方，因連年歉收，加之官府盤剝過甚，爆發了規模更加浩大的回民起義，其聲勢隻在太平天國之上，不在其下。義軍在極短的時間內發展成幾十萬之眾，並很快將陝甘一帶大部分州、縣占據。陝甘總督楊嶽斌會同署陝西巡撫劉蓉，一麵征調大量官兵征剿，一麵緊急向朝廷告急。
恭親王接報，飛速跑進宮去，麵見兩宮太後請示辦法。慈禧太後未及讀完楊嶽斌與劉蓉聯銜發過來的折子，已是嚇得腿軟心慌，臉色也很快由紅潤化作一張白紙。慈禧太後顫抖著雙手喃喃自語道：“這日子是不能過了！”
恭親王這時說道：“稟太後，目前陝甘一帶作戰官軍隻有一萬餘人，楊嶽斌又突發急病，無法理事。劉蓉剛到西安，便被回匪打得暈頭轉向，一再後退。太後，臣反複思慮，不向陝甘增兵是不行了。楊嶽斌也不爭氣，他早不病，晚不病，偏偏選在這個時候病！”