馬新貽先是不理，見袁保恒不依不饒連連檄催，隻得回函一封，稱年內無款撥解。再以後，隨袁保恒發多少道公函，他竟一個字也不回了。袁保恒急得無法，隻好據實向左宗棠稟告。
左宗棠雖氣得胡子撅起老高，仍隻能讓袁保恒繼續檄催，除此之外，也無好辦法可想。偏偏這時，左宗棠由京師動身前派到四川各州縣辦理捐輸的幾名委員，又被吳棠飭退了回來，言稱幾人帶入蜀地的五千張貢、監各執照，已被吳棠奏請歸並成都、重慶兩局辦理，不僅將各照全部沒收，辦捐的人也一個不剩地被他全部飭退出境，否則便按擾民處治。吳棠不留情麵地給左宗棠來了個釜底抽薪，讓左宗棠啞巴吃黃連，有苦說不出。吳棠已抱定主意，隨你左宗棠怎麼到上麵告狀，我就是不理，你想在我的轄區裏勸捐搞銀子，朝廷答應你，我卻不能答應你！
兩江是餉源的主要輸出地，左宗棠最初的援浙、援福建，甚至設立船政局，大部分的餉需都是出自兩江及所屬的江海關。但馬新貽到兩江後，不僅把曾國藩製定的章程統統改掉，而且還累累奏請朝廷，言稱兩江有許多事情要辦，江海關每月能出的稅額，自給尚略顯不足，若再分出一些提作西征用款，兩江正在辦理的事情就隻能中止，比如江南製造總局、金陵製造局以及設在江寧、蘇州兩地的皇家織造，也勢必受到影響。一句話，兩江正用著的款子，不能撥給左宗棠。馬新貽已經公開和左宗棠唱起了對台戲。
眼看著新年將至，許多兵勇都盼著年前能補發些欠餉寄回家中，將領們也都盯著西征糧台的進賬，每日都向袁保恒打探進餉的消息。
左宗棠愁得整日在行轅裏走來走去，他的精神已是接近崩潰的邊緣了。他派出快馬趕往直隸省城保定向曾國藩求援，又飛檄設在漢口的陝甘後路糧台，著糧台委員速找湖廣總督協辦大學士李鴻章想辦法，還分別給在籍的劉蓉和郭嵩燾寫信托他們籌措些款子應急；同時，他又不得不再次向朝廷緊急拜發了《軍餉匱絕，請敕籌撥實餉急救危疆》一折。左宗棠是含著兩眼熱淚來寫這篇奏折的。
折後，左宗棠有意又附《彭玉麟撥助陝餉》一片，向朝廷奏報兵部侍郎湘軍水師統領彭玉麟，得知西征糧餉無繼，把自己節省的兩萬兩餉銀捐贈出來，請朝廷給予獎勵。
奏折拜發的當晚，左宗棠愁容滿麵地對香姑娘說道：“西征勢成騎虎，各督撫之冷漠，實出某之意料之外也！若此時雪岩商借洋款之事定議，或可挽救。”
左宗棠不得不把全部的希望都寄托到胡雪岩的身上。
其實，胡雪岩此時已與有利銀行達成借款合約，未簽字畫押的合約正在由專人送往西安的途中。此次借款總數為關平銀一百二十萬兩，月息七厘，付款坐扣。銀行實際得息四厘，胡雪岩個人得息三厘，有利銀行同胡雪岩暗中結算。胡雪岩已料定，此時的左宗棠，隻有靠借洋款才能渡過危機，他大撈銀子的時候到了。
祝塏、李耀南二人也回西安交差了，兩個人此次清點各營勇丁的結果，讓左宗棠大吃一驚。
祝塏向左宗棠稟報說，撫標劉典各營有兩營缺額，一營缺二十二人，一營缺四十八人。不過，兩營正在就地募勇補充。
李耀南向左宗棠報告說，提標高連升所部也有缺額出現，有三營情形比較嚴重，最多的一營缺額竟達六十人之多；親軍各營也均不足額，丁太洋一營就缺一百四十餘名之多，且毫無補足缺額的跡象。李耀南稱，曾私下問過一名哨長，據哨長講，營官丁太洋吃缺餉的時間已達半年之久，累計冒餉額近萬兩，實不多見。
左宗棠把花名冊放過一邊，秘囑二人不可張揚此事。
祝、李二人退下後，左宗棠急召劉典、高連升到署，言稱明日看操，讓二人去各營布置。劉典與高連升很有些莫名其妙，卻又不敢不去布置。
左宗棠決定利用看操的機會，認真核對一下各營現有的勇丁數。
轉天，左宗棠乘轎出城，在劉典、林壽圖的陪同下，到各營看操。
兩天下來，左宗棠已經心中有數：視嵦、李耀南所清點的人數可信，各營果有多少不等之缺額，尤其是親軍丁太洋一營，足額當是五百人，現在出操的竟隻有三百五十二人，缺額高達一百四十八名！丁太洋原是太平軍李世賢舊部，自福建汀州投誠後，隨左宗棠征戰福建、粵，積功得保升都司。左宗棠於同治六年（公元1867年）入陝時，因見其勇猛，便撥一營歸其統帶，累功至從三品遊擊銜，並賞戴了花翎，進入武職大員行列。
左宗棠思慮再三，決定先摘其頂戴，然後再請旨將其革職留任，飭其將缺額勇丁補足，並命其將冒領之萬餘兩餉額退還給糧台；但祝塏的一句話，又讓左宗棠打消了這種從寬辦理的念頭，下定決心要借丁太洋的腦袋一用。
祝塏在看操回城的當夜向左宗棠秘報：“據丁太洋營裏的一名守備講，丁太洋因見西征餉源中斷，認為此次西征功成無望，正在密謀離陝入甘，向兩河大總戎馬化龍投降。”
祝塏話未說完，左宗棠臉色已嚇成灰白。他當即決定，以召丁太洋進城議事為由，先將其擒拿斬首，並將該營分解補充進缺額的營裏。
丁太洋做夢都沒有想到，左宗棠敢對一名三品武官痛下殺手。
他奉命進城時，同以往一樣，帶了十幾名親兵，進城門以後，親兵便被攔截，隻準他一人進城，他才發現情況與以往有些異樣，但已來不及了。他被左宗棠派來的親兵協裹著前行，一直到了行轅才捆翻了押進去，不久又從城裏被軍兵押出城外斬首示眾，罪名是“冒餉、謀反”。
左宗棠隨後傳諭各營，速將缺額補足，但有冒領餉額者，定斬不饒。丁太洋其人此後便不複存在，其營也很快被分解化為烏有。
左宗棠這才從容拜折請旨，其實卻是先斬後奏。軍興以來，先斬後奏早已是經朝廷默許了的規矩，不僅左宗棠如此，許多督撫都這樣辦過。
曾國藩收到左宗棠的告急信函後，馬上便發動身邊僚屬籌了九萬兩銀子，他自己又從養廉裏提了一萬，湊成十萬兩的整數，然後派員火速送到設在漢口的陝甘後路糧台那裏，著糧台速解西安。
曾國藩在給左宗棠的信中稱：“杯水車薪，非借洋款不能以繼。”
郭嵩燾、劉蓉二人，見到左宗棠的信後，馬上飛函從前故舊，替左宗棠西征募款。
李鴻章亦是統兵大員，他深知道大軍斷餉將會發生的種種後果。他接到陝甘後路糧台送來的告急函件後，馬上便委派身邊一名候補道連夜趕往江漢關衙門，將預留在那裏的二十萬兩用於湖廣修繕書院的款項，從中提了十萬兩，暫借給陝甘後路糧台。糧台不敢延誤半刻，收款的當日便派快馬解往西安。
有識之士均向西征大軍伸出了援助之手。但一場比較大的鬧餉嘩變，還是不可避免地發生了。
內部動亂
這場嘩變發生在甘肅提督高連升的營裏。事情的起因，須從劉鬆山入陝進攻董福祥說起。
初始，劉鬆山見董福祥擁軍達十餘萬人，懼其勢大，未敢貿然進攻，後經過詳細打探，得知董軍雖人眾，但器械不精，兵卒手裏多持長矛、大刀作戰，洋槍極少，洋炮更無一尊。劉鬆山這才放下心來，開始率軍逼近董軍，並放洋槍掃射。
董福祥率隊出迎，先遭遇官軍一頓猛烈的火槍射擊，陣腳不由大亂。這時，偏巧一發炮彈射來，將董福祥的中軍大旗轟倒。董軍於是疑其主帥已歿，便開始四散奔逃。董福祥阻飭不住，也被協裹起來奔跑，導致漫山遍野都是奔逃的回民義軍。劉鬆山先是命令各營包圍廝殺，後又親自騎馬率兩營親兵，衝入董軍大營裏麵去作戰。也是事有湊巧，該著劉鬆山立此大功。劉鬆山衝進董軍大營不一刻，偏偏就和董福祥走了個滿懷。董福祥當時身穿龍袍，頭戴皇冠，極其顯眼。
劉鬆山一見，料定必是董軍主帥自稱大皇帝的董福祥無疑，便策馬近前，大喝一聲：“董福祥！劉鬆山在此，你還不下馬受降，還要等到什麼時候！”
董福祥見劉鬆山到此，還道全軍已然覆滅，加之官軍火槍火炮極多，自忖不敵，便就勢雙膝跪倒在劉鬆山的馬前，口稱：“敗軍之將不言勇，福祥願降也。”
劉鬆山一聽這話，自是喜從天降，當即讓身邊的親兵將董福祥身上的槍械拿下，隨後令董福祥作速傳命下去，讓所部放下器械，聽候官軍發落。劉鬆山入陝第一戰，便創造了天大的奇跡。
左宗棠接報大喜，當天即派人急赴劉鬆山大營，幫同料理善後事宜，又讓劉鬆山轉飭董福祥，從回民義軍舊部挑選出三營兵勇，交由董福祥統帶。
左宗棠素知董福祥作戰勇猛，加之該人在這裏土生土長，對這裏一草一木及回軍各營情況都熟，不想浪費了這個人。
左宗棠隨後著令劉典、高連升兩路人馬，連夜向董誌原、寧州一帶進發，與劉鬆山、劉錦棠，從三個方向對進，圍剿白彥虎。
就在高連升率軍離開西安的第五日，所部九營發生鬧餉嘩變事件。
後據劉典派人向左宗棠報稱：那日晚，高連升中軍大帳設在楊店。約在子夜時分，親兵營哨長丁玉龍，會同左營管軍裝差弁鄔宏勝、左營哨長蔣宏高、前哨什長石文科等，突至大帳，聲稱與高軍門計議餉事。哨兵聲稱軍門已歇，欲加攔截，被鄔宏勝揮刀斬殺，旋突入大帳，摸黑尋至高連升榻前。
高連升業已驚醒，喝問何事。鄔宏勝答稱：索還欠餉，欲另投他處。高連升大怒，反問一句：“伊欲反耶？”鄔宏勝就一步跨前，揮刀亂剁，曰：“就是要反！”
鄔等戕殺高連升後，將高連升首級割拿在手，出營呼曰：“軍門欠餉，不顧我等死活，已斬殺矣！我等欲投他處，願往者隨之。”各營從者甚眾，竟有八營之多；有不想反者，因怕性命不保，也隻得隨行。大營營官、總兵銜副將賀茂林、提督銜總兵黃毓馥二人，挺身勸阻，被眾兵勇殺死。
劉典聞變之後，立派記名提督丁賢發親率所部，進耀州，扼其南竄，然後親提所部各營向楊店進發，準備用武力平叛。嘩變各營見大軍趕到，於是拚死抵抗，終因無人指揮，很快向後敗退。
劉典一麵追擊，一麵招撫，很快便有五營人馬受撫，有四營在奔逃過程中被趕來的官軍斬殺。兵變終被平息。
此次兵勇嘩變，給左宗棠造成的損失頗大，不僅四個營的番號被取消，還折損了高連升、賀茂林、黃毓馥三員大將，這倒正應了那句古話：“屋漏偏逢連天雨，故知又是討債人。”
西安糧台在高連升大營嘩變的當夜，便收到曾國藩緊急籌助的十萬兩餉銀，隨後又有李鴻章的十萬兩到賬；尤其是胡雪岩派人送到的有利銀行借款合約到左宗棠之手後，左宗棠才算徹底地鬆了一口大氣，知道西征的危機是真正地過去了。
白彥虎在各路官軍抵達寧州之前，便已將所部分成四路人馬，分由白彥虎、馬正和、崔偉、於得彥四人統帶，擬趁官軍尚未合圍前，退往金積堡一帶與馬化龍會合。
白彥虎的如意算盤被劉錦棠識破。劉錦棠親赴老湘軍大營相商於叔父劉鬆山，想提前發起對白彥虎的攻擊。
劉鬆山卻說道：“白賊不同於董福祥。白賊久居董誌原一帶地方，又幾次從洋人手裏購得洋槍洋炮，逆眾騎、步各半，頗有戰力，不可輕攻。毅齋，你意如何？”
劉錦棠說道：“叔父大人容稟。暗探已打探明白，白賊已把部眾一分為四，分路退往金積堡，想賴馬化龍之力，長久與我抗衡。愚侄以為，金積堡一帶地方，地形險惡，若任由白賊竄去，恐成不了之局，莫不如在白賊退往途中半路擊之。暗探又報稱，白賊此次退往金積堡，並非真心想和馬化龍會合，他不過是想通過金積堡而到達肅州（今甘肅酒泉），由肅州而出關外。”
劉鬆山大驚道：“毅齋，你是說，白賊是想出關，去與那個洋犢子阿古柏會合？”
劉錦棠答道：“暗探稱，白賊正是此意。”
劉鬆山低頭想了想，道：“毅齋，你我兩路人馬，不過兩萬人，白賊卻有十餘萬眾。據說，白賊光火槍營就達二十營，騎勇也有三十營，還有兩個炮營，若攻之不利，必被其所害。我以為，還是等劉撫台、老爵帥等各營到後，再計議進擊為上策。毅齋，殺敵最忌心急，心急必露破綻。這是曾相國常講的話，你可細細揣摩。”
劉錦棠答道：“叔父大人所言極是，愚侄可隻對白賊監視，若有軍情，隨時稟報吧。”
劉鬆山道：“毅齋呀，董福祥所降人眾，尚未辦理遣散事宜，都是因為沒有糧餉啊。董部不辦理明白，任由這些人反投到白賊那裏去，其禍大矣！”
劉錦棠點頭稱是。劉錦棠離去的當夜，劉鬆山所部兩營兵勇發動嘩變，因劉鬆山發現及時，出兵過快，沒有造成損失。兩名營官被劉鬆山就地處斬，兵變平息。
左宗棠此時正在同著劉典、袁保恒等人，籌辦在西安設立西安製造局的事。
對西安設立製造局的事，寧夏將軍署陝甘總督穆圖善卻持有異議。為了阻撓這件事，他兩次上奏朝廷，認為左宗棠在西安設立製造局，是好名之舉，除了徒費餉銀，不會對西征有絲毫幫助。為此，朝廷曾兩次給曾國藩、李鴻章下旨，征詢對此事的態度。
曾、李二人卻都持讚成態度，認為設立西安製造局，是鞏固西征的根本舉措，有百益而無一害。朝廷於是詔準。西安製造局總算趕在同治八年（公元1869年）的新年到來之前宣告成立。
左宗棠委西征糧台督辦袁保恒兼西安製造局督辦。為防大軍進甘後布政使林壽圖掣肘，左宗棠又奏請準袁保恒專折奏事。
林壽圖萬沒料到自己身為一省藩台，在西征糧台與西安製造局成立之際，竟然被左宗棠排除於事務之外，一氣之下，橫下一條心來，要同左宗棠鬧上一鬧，把長久憋在心裏的那幾口惡氣出一出，也讓左宗棠見識一下他的手段。
這一天，他借著給西安將軍庫克吉泰送禮的由頭，到將軍府來拜望庫克吉泰。
庫克吉泰與寧夏將軍穆圖善是兒女親家，林壽圖素來都對庫克吉泰高看一眼，何況將軍並不受地方督撫節製，直接歸朝廷調遣，這就更讓林壽圖把庫克吉泰當成了一座靠山。
庫克吉泰對林壽圖的到來是極其歡迎的，林壽圖奉上年敬之後，庫克吉泰更是熱情異常。庫克吉泰雖是位將軍，但在貧困的陝西地麵，能給他送上份像樣年敬的人並不多，尤其是左宗棠到西安以後，除了布政使林壽圖以及自己的屬官逢年過節還記著他，給他送禮的人幾乎就更少了。
劉典是署撫，又是京卿銜，他現在在西安，除左宗棠外，幾乎不買任何人的賬，庫克吉泰休想從劉典手裏撈到任何好處。但林壽圖有林壽圖自己的算盤。
一杯熱奶未喝完，林壽圖便神秘地說道：“庫大帥，您老沒有發現嗎？這陝西自從左季高來了之後，不僅司裏這藩司成了皇上家的擺設，連您老這堂堂的西安大將軍，也快成了擺設了。這左季高想幹什麼呀？”
庫克吉泰不知林壽圖這話裏藏著的意思，反倒哈哈笑道：“我大清立國至今，從來都是講究‘能者多勞’這四個字。左季高能耐大，又賜封了伯爵，他自己原本就是該多幹些事情，才不負上頭對他的期望。本官老了，在西安多年，不僅腰眼子常酸，老寒腿也是每到這個季節便發作。本官是不想再做什麼功勞了。有功勞，本官都留給他左季高去幹。無論怎麼講，本官辛苦了這麼多年，該享幾天清福了！”
林壽圖一見庫克吉泰說出這等話來，便知這位西安將軍，是不想再有所作為了，於是也就住了口。
林壽圖回到府邸後，又整整思慮了兩天，便忽然向劉典寫了篇告假的快函，提出要回原籍去省墓。劉典當時正在和劉鬆山會在一處，他原本已和劉鬆山、劉錦棠等前敵將領約好，想在大年底下再回西安去過年，今見林壽圖忽然要告假，便隻得把大營的事料理了一下，同劉鬆山、劉錦棠以及各路人馬中總兵銜以上的武職大員，提前趕回西安。衙門每逢年底都比較忙碌，藩、臬二司更忙，衙門有許多事情要趕在大年之前辦理完結。林壽圖在這個時候要告假回籍省墓，這的確是在給劉典這個署撫出難題。
劉典回到巡撫衙門的當日，便急傳林壽圖來見，送信的親兵卻回稱：藩台大人正在府裏打點行裝，不得空閑。林壽圖等於是在同劉典叫板。
劉典無奈，隻好來見左宗棠。
左宗棠卻笑道：“我大清素來以孝治國，林藩司此時回籍省墓不僅該準假，還應當奏請上頭表彰於他。克庵哪，給朝廷的這個折子本部堂來寫，你會銜。”
劉典笑笑沒言語，他是被林壽圖、左宗棠二人給弄糊塗了。
左宗棠當日交代劉典，暫委袁保恒到布政使司衙門，去接辦林壽圖未竟事務，然後便把自己關在書房裏，開始給朝廷擬折子。
左宗棠先說林壽圖肯於任事，是陝甘兩省不可多見的能員。又說劉典統兵離開西安期間，巡撫衙門一應事務，俱由該員代為料理等，然後才話鋒一轉寫道：“奈該員體弱多病，不堪繁劇，每每在人前陳述諸多苦處，往往涕淚俱下，又多次陳情開缺回籍休養之因由，實屬迫不得已。”折子最後才道出真意：“懇請朝廷體恤該員苦處，準予回籍休養有年，待身體複原後，再圖報答。臣查二品頂戴、西征糧台督辦、西安製造局總辦袁保恒，於錢糧事務比較熟悉，可勝任陝西藩司一職。”
大年一過，左宗棠就要同劉典等人統兵離開西安，他隻是不放心林壽圖這個人。為免除後顧之憂，也為事權歸一，他決定讓林壽圖回籍休養，以便袁保恒能放開手腳做事。左宗棠這麼做，不僅林壽圖沒有想到，連西安將軍庫克吉泰和寧夏將軍署陝甘總督穆圖善也沒有想到。
新年尚未過去，已回原籍的林壽圖，便收到陝西巡撫衙門轉來的聖諭：朝廷為體恤臣子，準予林壽圖以原品休致。林壽圖未及把聖諭讀完，便覺眼前一黑，一頭便栽倒在地。
正想在官場有番作為的林壽圖，就這樣糊裏糊塗地被朝廷準予休致了。清朝官員所謂的休致，按現在的話講，就是退休。本不想退休的人你讓他退休了，換誰都要一頭栽倒。