落井下石
恭親王收到左宗棠《截剿南竄逆回迭勝，首逆馬正和伏誅》的同時，收到三口通商大臣崇厚奏《曾國藩病重請另簡派重臣來津辦理教案》折和曾國藩所上的《複陳津事各情》折及《複陳津事各情》片。
恭親王讀了左宗棠的折子，知陝甘局麵已漸趨好轉，於是連夜進宮麵見慈禧太後。恭親王在遞折片的同時，又向太後建議，可否調李鴻章到天津，接替病重的曾國藩續辦津案。
慈禧太後沉默了許久才說了一句：“你先下去吧。”
恭親王無奈，又不能深問，隻能默默地退出來。
不久，又一篇折子遞進軍機處。恭親王展讀之下，不由顏麵俱變。原來是兩江總督馬新貽，在赴署西箭道閱射返回途中，被一個叫張汶祥的人用刀刺死了！折子是江寧將軍魁玉發來的，言稱張汶祥已被捕獲收監，請朝廷速派大員來辦理此案。
總督被刺身亡，大清立國百年還是首次發生，一時朝野震動。魁玉的折子被恭親王火速遞進宮去。很快，刑部尚書張之萬，奉命趕往江寧辦理馬新貽被刺案。同日，兩道聖旨也由快馬遞出京師。
一旨曰：“武英殿大學士曾國藩調補兩江總督，未到任以前，派魁玉暫時護理督篆。”
二旨曰：“協辦大學士湖廣總督李鴻章著調補直隸總督。李鴻章現在陝西督軍，接旨日起，即統帶入陝舊部馳赴天津，接替曾國藩續辦津案，不得延誤。”
李鴻章其時剛抵潼關，接旨的當日，便給左宗棠發了封辭別函，就連夜拔營起寨，向天津趕去。這時，被左宗棠派往西安，密查袁保恒上折起因的候補道祝塏，也回到平涼向左宗棠交差。
左宗棠這才知道袁保恒上折請歸並老湘、卓勝兩軍的真正原因。
原來，就在旨令李鴻章入陝督軍的同時，袁保恒也想趁機將父親袁甲三以前招募的安徽、豫兩地舊部，引入陝境。袁甲三死後，他奉命接統，不久便因私役兵勇被召回京，舊部亦命別人統帶。但袁保恒統兵之心未死，一直尋機崛起。他背著左宗棠上折，虛張聲勢陳述西路軍情緊急，北山賊勢狓猖，又說劉鬆山戰死，老湘、卓勝兩軍受此大創，兵額僅存十之五六，請求兩軍並成一軍。袁保恒如此謊報軍情，是想給自己招引舊部入陝找個理由，後麵請將兩軍並成一軍，無非是想給自己進陝的舊部，擠出些餉糧。
其實，蔣誌章一到西安便將劉典擠走，也是想讓袁保恒召回舊部達到取而代之的目的。
蔣誌章與袁保恒二人，為了各自的目的，沆瀣一氣，雙雙在左宗棠的背後舉起了石頭。祝塏入陝行至潼關，便從潼商道的口中得知，有豫軍銳字五營即將入關，潼商道稱，已接袁保恒劄函，著潼商道為銳字營籌糧餉若幹，以備豫軍進於潼關時取用。劄函最後特別注明，後續還有十營豫軍、五營皖軍入陝。
祝塏到西安不久，果然得到確報，安徽、豫各軍已開始陸續進陝；袁保恒已從西征糧台為兩軍劃撥了一定數量的糧餉。祝塏知事情緊急，不敢在西安再住下去，急速登程返甘。
蔣誌章怎麼做左宗棠都不覺意外，但袁保恒的做法，卻讓左宗棠大感傷心。袁保恒是在京師混不下去的情況下被左宗棠帶到西安的，且委以要缺，授以權柄，奏許他單獨上折言事，並引為心腹。
左宗棠做夢都不會想到，在他左宗棠最需要別人伸手幫一把的時候，袁保恒卻在背後舉起了石頭！
袁保恒之舉，讓左宗棠一連幾夜不得安枕。他感歎大清官場的險惡，感歎人心的叵測。他先是氣憤，繼而便是偷偷落淚，一個月之後，才漸漸平靜下來。
左宗棠終於想明白了，與其說是袁保恒忘恩負義，不如說是他自己有眼無珠，錯在薦人者而非被薦者。如果他像李鴻章那樣，無論你袁保恒把話說得多麼感人，仍舊把你一腳踢開，今天的事就不會發生了。
同治九年（公元1870年）三月初七，左宗棠收到蔣誌章公函，稱陝西定邊、安定兩郡，相繼被回兵攻破，他正在盡全力組織撫、提各標伺機收複。
左宗棠依據蔣誌章的函報，連夜拜發《複陳定邊、安定失陷情形》折，折後，又附《袁保恒奏湘、皖兩軍多有缺額核實查複》一片。
左宗棠在該片中逐項駁斥了袁保恒：一、袁保恒係謊報軍情，老湘軍及卓勝兩軍早已將缺額補充，並無冒濫；二、袁保恒欲調何軍沒有與我商量；三、據潼商道稟報，有豫軍銳營入關，聽說後續人馬也即將動身。現在，陝西已無回軍蹤影。如果豫軍係袁保恒所調，我不明白，他到底想幹什麼？這些部隊的糧餉從哪裏出？我準備給袁保恒發函，如這些人馬到了西安，請飭赴平涼，由我挑選安插，餘皆遣散。陝甘糧餉奇缺，以後沒有我的命令，一概不準調軍入關。
左宗棠決定對袁保恒痛下狠手，不僅準備將其已入陝之舊部進行分解，還將其已募未到之勇就地撤遣，永絕其重新統帶兵勇之念！
折片拜發的第二天，左宗棠準備帶上一應隨員，到早已荒廢的鄭白渠去考察一下，擬將該渠重新修複，築壩以引涇水灌田。
左宗棠更衣的時候，侍衛進來稟報：“老爵帥，大少爺來了。”
左宗棠聞言一愣，忙道一句：“你是說孝威？他怎麼來了？快把他領進來！”
一身素白的孝威帶著兩名年輕的家人，風塵仆仆地闖進門來。孝威對著發愣的左宗棠雙膝跪倒，大放悲聲。兩名家人也在孝威的身後跪下，對著左宗棠叩頭。
左孝威一邊流淚，一邊哽咽著說道：“爹，兒子向您老請罪來了！兒子不孝，沒有照顧好娘，娘不在了！”
左宗棠一聽這話，臉色陡然一變，口裏跟著問出一句：“什麼？你是說你娘她……”
一名家人這時道：“老爺，老奶奶她走了！大少爺是特意入關來給老爺報信的。”
孝威這時已站起身來，跨前一步扶住左宗棠道：“爹，您老千萬不要著急啊。”
左宗棠愣了許久，眼裏才慢慢流出淚來。
一連幾天，左宗棠在肚裏為夫人構思墓誌銘，終於醞釀成熟，遂含毫命簡，一揮而就。該墓誌銘先從“夫人湘潭周氏，名詒端，字筠心”寫起，然後便敘述自己入贅經過以及夫人如何幫著操持家務不厭累，生兒育女又如何不辭辛苦，最後才不無痛心地寫道：“珍禽雙飛失其儷，繞樹悲鳴淒以厲。人不如鳥翔空際，側身南望徒侘傺。往事叢尋淚盈袂，不獲憑棺俯幽竁。人生塵界無百歲，百歲過半非早逝，況有名德垂世世。玉池山旁汨之澨，岡陵膴膴堪久憩。赦兒卜壤容雙槥，虛穴遲我他年瘞。”墓誌銘是寫給活人看的，無一例外全是歌功頌德的話。
左宗棠將墓誌銘用楷書謄寫清楚，交孝威帶回。孝威離去後，左宗棠很快又投入繁忙的軍務之中。
聖旨分別遞到西安西征糧台與平涼陝甘總督行轅。聖旨先痛斥袁保恒“招募各軍，何以不與左宗棠相商？”並明令各省“就地撤遣”，最後向袁保恒發出警告：“袁保恒不得再輕率行事，如其不然，定當重處。”
袁保恒未及聖旨宣完，已是汗流滿麵，渾身抖個不住，那原本白白淨淨的一張臉，也馬上變成泥土色。他這次敗得比以前還慘。
左宗棠接旨後，則開始對陸續開到平涼的袁保恒舊部，分解成若幹哨，補充各營之缺額；同時，又上折密保候補道祝塏出任西安製造局總辦、西征糧台幫辦，以此分解袁保恒現有之權勢，旨準。袁保恒成了陝甘乃至京師人人唾罵的小人。
蔣誌章見大勢已去，隻好收起覬覦總督關防的野心，開始老老實實地做他的陝西巡撫。
喪子
同治九年（公元1870年）九月十八日，曆經幾個月的奮戰，劉錦棠、雷正綰、黃鼎各軍，從東西兩麵進逼金積堡，實現了戰略合圍；同日，侵入新疆占踞吐魯番的阿古柏，率軍向北深入，很快占領烏魯木齊及周邊大片領土。
消息傳到平涼，左宗棠心急如焚，想盡快將甘肅平定，好騰出手來集中兵力，去對付霸占新疆的阿古柏侵略軍。
為事權歸一，盡快收複金積堡，左宗棠劄委三品京卿老湘軍總統劉錦棠，節製圍困金積堡之各路人馬。年輕的劉錦棠受命於決戰之時，自然不敢有絲毫的懈怠之心。
劉錦棠經過慎重考慮，決定采用剿撫並舉的策略來對付馬化龍，以期逐步減弱馬化龍的兵力，達到一戰功成的目的。劉錦棠開始組織當地百姓對金積堡喊話，又設就撫營多座。左宗棠對劉錦棠的戰略方針給予肯定。
一個月後，馬化龍麾下陳林、閻興春二將率部眾一萬三千人，主動到就撫營繳械。劉錦棠對陳林、閻興春二人好言安慰，然後派員將其就撫部眾分三批送往平涼。
左宗棠將就撫回眾分發甘肅各州縣安插，並給土地、賑糧、籽種、牛驢、農具，以使其安心耕墾，不生反心。
左宗棠此舉，在金積堡產生極大影響。事不過一月，又有三萬餘人陸陸續續就撫。劉錦棠見決戰的時機已到，於是傳命各軍縮小包圍圈，決定發起總攻擊。
馬化龍見敗局已定，再次故伎重演，派人帶著美女、白銀、黃金以及二百餘支槍械，舉著白旗來見劉錦棠，請求招撫。
劉錦棠將白銀、黃金交糧台保管，又將二十幾名美女送往就撫局安置，卻將來人打發回去給馬化龍送信。
劉錦棠在信中稱：“馬總戎若真心請撫，可自縛雙臂，親來大營請罪，本官可從寬發落也。”
送信的人被送出大營後，劉錦棠傳命各軍繼續向金積堡推進，並讓各軍將火炮營俱調到前頭，以期轟擊得力。一連幾日，金積堡上空戰雲翻滾，大戰隨時爆發。
馬化龍終於在總攻的前一刻，自縛雙臂，硬起頭皮來見劉錦棠。劉錦棠對馬化龍自然又是一番好言安慰，然後便讓馬化龍傳命堡內所有回眾，分期分批出堡就撫。就撫整整進行了三天，獨不見白彥虎。
劉錦棠隻好向馬化龍詢問白彥虎的下落，被告知，早在官軍對金積堡合圍前，白彥虎便帶著三萬餘回眾，離開金積堡，撤到肅州一帶去了。劉錦棠氣得連連跺足，口稱遺憾。
年底，左宗棠在平涼拜發《平毀馬家灘王洪各堡，陝回就撫，馬化龍就擒》一折，折後，又附《密陳馬化龍暫緩伏誅》一片。
馬化龍暫緩伏誅的理由是：一、“關隴安危，機括全在金積。金積一克，全局已在掌中。現在首逆就擒，勒其繳械平堡，而官軍鎖圍如故”。二、“馬化龍稔惡三世，謀逆已久，蓄機甚深，縱有後效，不蔽前罪，暫若從寬，必滋後患。臣早知為國家必討之賊，而此時議暫緩其誅者，王家疃堡牆高厚，存糧極多，非猛攻不可驟得，金積既克，其勢已孤，以馬化龍徇之，宜可速下，若先誅馬化龍，回酋或懷疑懼，必滯戎機”。
該折片拜發的當日，左宗棠即檄飭總統南路諸軍道員周開錫，由鞏郡東赴伏羌，就近調度。周開錫見到檄文，即命提督王銘忠，總兵敖天印，副將張廷秀、李文彪諸將，統率本部人馬向前推進，對王家疃形成包圍之勢。為使王家疃免招戰火焚毀，劉錦棠又命馬化龍派員趕赴王家疃，逼迫所有王家疃一帶回眾就撫。馬化龍隻得派遣麾下元帥馬殿魁，持了自己的手諭，連夜奔赴王家疃。
官軍於是未費一槍一彈，便順利收複了王家疃。
收複王家疃的當日，左宗棠密飭劉錦棠，以藏匿槍械為借口，將馬化龍及其親屬一千二百人，與六百名原回兵大小頭目，共一千八百人，全部逮捕，秘密斬首。
令到自然功成，劉錦棠將馬化龍首級親自送到平涼劉鬆山的棺柩前哭祭，左宗棠則連夜上折向朝廷彙報戰果。
這時，由湘陰左府遞送的一封家書輾轉來到平涼。
左宗棠展讀之下，不由大叫一聲：“痛殺我也！”口吐鮮血，昏倒在地。侍衛慌忙把他抬進上房搶救。左宗棠醒來之後，又是一頓呼天搶地，不僅軍醫莫名其妙，連香姑娘也摸不著門道。
香姑娘一邊好言相勸，一邊慢慢動問情由，這才知道，原來卻是大少爺孝威，由平涼返回途中，竟然染了瘟疫，於上月去世了！人生的三大不幸，幼年喪母，中年喪妻，老年喪子，左宗棠攤上了兩個。
年近花甲的左宗棠，無法經受喪子的打擊，在平涼再次病倒。
到甘肅後，左宗棠因水土不服，一直患有腹瀉、全身浮腫等症；雖經軍醫多方醫治，時輕時重，但總不能痊愈。此次發病，不僅腹瀉、浮腫加重，且又添了足麻臉腫、眼痛三症。其中臉腫尤甚，已有幾處明顯潰爛。消息傳開，胡雪岩再次在上海請了洋醫，火速趕赴平涼為左宗棠治病。
左宗棠病重的消息傳進兩江後，同樣重病纏身的曾國藩，為使左宗棠早日康複，竟將正在為自己治病的一名老中醫打發了過來。而直隸總督李鴻章得知左宗棠病重後，也在天津請了兩名英國醫生，緊急趕往平涼來為左宗棠治病。
聖旨飛遞進平涼。左宗棠在香姑娘的攙扶下，抱病到官廳接旨。聖旨自然又是頒發獎賞令：一、陝甘總督、一等伯左宗棠，運籌決勝，調度有方，加恩開複降三級留任處分並賞加一等騎都尉世職；二、穆圖善著交部從優議敘；三、蔣誌章著交部議敘；四、道員劉錦棠，接統湘軍，克平巨憝，著加恩賞給雲騎尉世職，並賞穿黃馬褂。
朝廷獎賞的雖大多是些空頂戴、黃馬褂以及勇號，但也是人人有份，無一疏漏。
聖旨到後不久，劉錦棠由金積堡大營趕回平涼，拜倒在左宗棠的榻前，哭請左宗棠代為向朝廷告假，想送劉鬆山靈柩回籍安葬，以慰亡靈。左宗棠於是傳文案於榻前，讓文案起稿。
奏折很快由平涼拜往京師。
聖旨馬上頒下：“遵照所請，準劉錦棠護送劉鬆山靈柩回籍安葬，並賞賜祭一壇，賞劉錦棠假六個月，命沿途地方官妥為照料。”聖旨最後又道：“劉錦棠現在請假回籍，並將傷病弁勇撤遣，另行募補。著飭令到籍後認真挑選，假滿即行回甘，以資得力。”
旨抵平涼不多幾日，劉錦棠統帶因傷病遣撤回籍的弁勇，扶著劉鬆山靈柩，登程趕往湖南湘鄉。
左宗棠則檄飭各路官軍，就地休整，加緊籌糧籌餉，為攻打肅州做準備。
左宗棠此後一連多日，一邊在平涼養病，一邊派員奔赴各地，料理安插回眾的事，並飭西安、蘭州兩地設立書局，刊刻經籍，散發府、廳、州、縣，同時在陝甘遍修府、縣各學堂館，所有經費由其養廉項下撥付，不足部分派員籌措。
明眼人一眼就可看出，左宗棠是在用繁重的事務，來弭消自己心靈深處的喪子之痛。
同治十年（公元1871年）五月十七日，俄國趁新疆形勢混亂之機，悍然出兵強占了新疆伊犁九城，並欲東侵。新疆的形勢愈加危急。
消息傳進平涼，左宗棠連夜拜發《敬陳進兵事宜》一折，稱：“蘭州東、西、南三麵均緊連河州，而河州此時正屯有大量的回兵；河州不靖，蘭州不能解嚴。”左宗棠隨後提出：“據各路稟報，浮橋、渡船已辦，各營芻糧軍用粗備，道路修治已平。乃檄各將領克期會師而進，進窺河州。”“臣俟諸路布置略定，即率親兵由平涼而隆德，從隆德趕往靜寧、安定督剿；俟河州大定，乃圖西寧也。”
因尚未接到正式官報，左宗棠在折中沒有提及新疆。
左宗棠隨後親提大軍離開平涼趕往隆德，又從隆德漸次趕到靜寧。在靜寧，左宗棠收到聖旨，正是關於伊犁的。
聖旨說：俄國地方官給俄國駐華公使發電報稱，俄國七河省省長鄂爾帕鄂夫斯基已率軍將伊犁九城替大清國代為收複，俄國還要去代收烏魯木齊。朝廷已命令榮全去接收伊犁，命景廉帶兵去收複烏魯木齊，著左宗棠轉飭烏魯木齊提督成祿，從速出關去與景廉會合；著左宗棠迅速收複肅州，為成祿出關掃除障礙。聖旨又說，已命劉銘傳所部繞蘭州北路節節前進，即將出關去收複新疆各城。
左宗棠接旨後不敢怠慢，當日即飛飭記名提督、哈西巴巴圖魯、賞穿黃馬褂徐占彪，統所部馬、步十二營，由靖遠防所快速拔營，取道蘭州，逾涼、甘兩郡，趕往肅州，以期收複肅州，為成祿出關打開通道；又谘商淮軍將領、正在原籍養病的提督劉銘傳，商酌進兵道路，以備沿途餉需。