左宗棠決定密參成祿，以穩高台民心。他很快將參折寫完，正要拜發的時候，聖旨卻遞了進來。聖諭先講俄國占據伊犁後，到處要挾當地百姓加入俄國國籍，如果不馬上收複烏魯木齊，不知俄人又耍什麼花招。但據穆圖善、成祿二人奏稱，出關所需采辦不到，左宗棠又不配合。左宗棠這麼做良心何在？
聖旨最後告誡左宗棠：“官軍出關已刻不容緩，成祿既未籌辦妥當，左宗棠即飭徐占彪圍肅各營，先期出關，另派別路官軍攻剿肅州。成祿出關各項置辦妥當後，亦當迅速出關，不得觀望徘徊！左宗棠當顧全大局，將出關馬步各隊糧餉隨時源源籌濟，並嚴飭經過地方官妥為照料，俾利師行，毋得稍分畛域。”
左宗棠未及聖旨宣完，已是氣得渾身抖個不住，口裏大罵道：“成祿個烏龜王八蛋，他竟然串通穆圖善，來個惡人先告狀！”
左宗棠於是連日附折擬了個《肅州不複，出關各軍無法接濟糧餉》一片，連同奏參成祿的折子一起，火速拜往京師。
這時，在西寧的劉錦棠，經過幾次交戰，逼迫回兵頭目崔偉、禹得彥、畢大才三將繳械。劉錦棠將西寧合圍後，馬桂源、馬真源兄弟二人，知大勢已去，亦自縛雙臂到劉錦棠帳前請罪投降。
白彥虎趁官軍鬆懈的空當，丟下脅裹來的百姓，率本部兩萬餘人馬，突破官軍封鎖，再次向肅州殺來。
白彥虎沿途大肆搶掠牛馬駝羊和糧銀無數，又一路武力脅裹青壯年回民百姓近萬隨行，以張聲勢。劉錦棠快速委員辦理西寧善後，隨後督軍追剿。
左宗棠得知白彥虎來到肅州，亦不敢怠慢，抱病率親兵十營離開蘭州，親赴肅州督戰。在途中，左宗棠接到聖旨，得知同治帝已於正月二十六日舉行親政大典，於是上《慶賀親政典》一折。
折子拜發，左宗棠在心裏長出一口大氣道：“皇帝親政，大清國牝雞司晨的時候過去了！”
左宗棠趕到肅州徐占彪大營的當晚，逮問成祿的聖旨亦遞進軍營，並命管笙一同進京對證。聖旨最後再次飭命左宗棠：“軍糧關係緊要，左宗棠務當隨時妥籌接濟，毋令缺乏，一切運送軍糧軍火，並檄飭地方官勿得稍分畛域。”
左宗棠接旨時，金順已經奉密諭先赴高台逮捕成祿；左宗棠接旨畢，又打發隨行的兩名道員，帶了一營兵勇，趕赴高台配合金順辦案，又劄飭其中的一名道員，接替進京的管笙暫署知縣一缺，料理安撫高台受害的生員、回紳。
成祿被解京問罪，後果怎麼樣，就不是左宗棠所能管得了的。
左宗棠到肅州的第二日，白彥虎率人馬亦呼嘯而至。徐占彪繼續圍城，自己則親統親兵營及金順部分人馬，擺陣迎敵。
白彥虎狡詐多端，並不與官軍交戰，而是快速繞開左宗棠與徐占彪兩座大營，直奔嘉峪關而去。左宗棠提軍來追，白彥虎仍不與之交戰，而是快速穿過嘉峪關，一路西行，直奔新疆哈密。左宗棠隻截獲大量的牛羊及少許車駝。
越五日，劉錦棠統軍殺到。
左宗棠心大安，遂重新布置兵力，劄委劉錦棠節製圍肅各路人馬。在肅州軍營，左宗棠百病齊發，力不能支，不得不上《請特簡賢能接任陝甘總督並欽差大臣》一折。
折後，左宗棠秘薦在籍養病的一等伯爵曾國荃出任陝甘總督，現在西安幫辦陝西軍務的譚鍾麟為陝西巡撫，署浙江巡撫現在寧波籌辦海防的楊昌浚幫辦陝甘軍務。左宗棠舉薦的這三個人，都是能獨當一麵的邊務老臣，而且與自己都熟。
折子剛剛拜發，聖諭又火速遞進，卻原來是白彥虎狂奔出關，朝廷責令金順接統成祿所部，快速出關追剿。聖旨以不容商量的口吻寫道：“金順著克期出關，接統成祿所部，掃蕩妖氛，不得遲誤機宜，致負委任。至關外米糧缺乏，兵食維艱，金順所部軍糧，著左宗棠妥籌兼顧，檄令地方官設法采買轉運，源源接濟，以資飽騰，毋稍膜視。”
金順接旨後，拉長著一張老臉來見左宗棠，請左宗棠代為奏明朝廷，因軍糧采辦艱難，實難克期出關。
左宗棠也知，大軍孤懸塞外，非辦齊三五月糧草，未可輕行。現在陝甘各軍，大多欠餉半年以上，糧草也隻夠一個月食用，非有大量的財力、人力，時間也應有三個月左右，否則根本籌措不到金順全軍三五個月的用糧。
很顯然，朝廷一心想盡快派軍出關去接應景廉，穩定烏魯木齊的局勢，卻忘了新疆的特殊地理環境及位置。
左宗棠一邊苦笑，一邊吩咐文案起草《金軍未能迅速出關》一折。
在折中，左宗棠先向朝廷詳細稟報了新疆轉運的種種困難：“關外轉運，向本專用駱駝，不宜車馱。以地多戈壁，水草缺乏，非騾馬所宜，亦非民車木輪所便，轉運一次，損耗必多，非若駝隻之可以負重耐久，而又不擇水草也。”又講了金順不能迅速出關的原因：“金順原帶駱駝，據稱僅隻剩二百餘隻，又疲乏不堪。此外，各軍雖有奪獲，然各私為己有，搬運柴薪糧料，亦難責其借供出關之需。金順疏稱出關數營，計每月需糧一千石，料三百石，以甘郡、肅州鬥斛合計斤重，糧一千石，重三十餘萬斤，料三百石，重九萬餘斤。以一月運糧料赴玉門之數計之，每駝一隻，每月僅能兩次往返，負運止五百斤，非共用駝八百隻不敷周轉，而負運軍裝、軍火不與焉。”
向新疆轉運糧餉，的確千難萬難。不僅天氣變化無常，且沙漠無涯，道路崎嶇，戈壁險灘眾生。左宗棠向朝廷講述的都是實情，毫無誇張之處。
拜相
左宗棠所上《金軍未能迅速出關折》拜發不久，聖旨開始陸續抵達肅州。
第一道聖旨：不準左宗棠開缺回籍，但賞左宗棠一個月病假，安心調理，軍情可隨時奏報。
第二道聖旨：考慮到新疆的實際情況，朝廷同意金順一軍暫緩出關，但卻命令左宗棠“金順需要糧食、車駝等項，仍命左宗棠飭令該地方官速為預備，毋稍延誤”。
接旨的當日，肅州回目馬文祿，自縛雙臂，出城赴大營請罪乞降，請免全城回兵一死。左宗棠允之，轉飭馬文祿命城內回兵次第出城，繳械受撫。馬文祿不敢抗命，一切照辦。
劉錦棠統軍從四門進入肅州接防，料理善後。越五日，馬文祿眷屬及麾下得力大小頭目一千五百七十三人，被秘密斬殺，一部回眾被遣往蘭州擇地安插，一部回眾被送往涼州，一部留肅州。
至此，除新疆外，陝甘兩省全境平定。左宗棠在向朝廷拜發紅旗捷報的同時，又附《請敕張曜、額爾慶額帶所部出關並簡重臣總司糧台》一片，奏請嵩武軍張曜所部、涼州副都統額爾慶額所部，先金順一步出關，用於加強新疆的兵力。
左宗棠在該片的最後這樣寫道：“如蒙俞允，張曜、額爾慶額應請敕幫辦金順軍務，俾盡其讚畫之長，庶期共濟。”
左宗棠隨後又給總理衙門急函一封，談了自己對新疆用兵的看法。
在函後，左宗棠又向總理衙門提出：“餉項奇絀，請仍準以四成洋稅提拔甘餉。”
以後的一個月，為了能使張曜、額爾慶額兩部人馬，接旨後順利出關，左宗棠不得不派幾路委員，趕赴內地緊急采購軍食，又飛函上海采運局的胡雪岩，速借洋款五十萬兩以應急。
金順，字和甫，滿洲鑲藍旗人，伊爾根覺羅氏。初授驍騎校尉，隨多隆阿在湖北、安徽同太平軍作戰，因巴結有方，得多隆阿保舉晉協領。陝甘回民起義，被穆圖善奏調至陝甘作戰，卻累戰累敗。穆圖善卻稱其不屈不撓，英勇善戰，被朝廷升授鑲黃旗漢軍副都統。就是這樣一個作戰無方、冒功有術的庸員，同治五年（公元1866年）竟然出任寧夏副都統，同治八年（公元1869年）暫代寧夏將軍，同治十年（公元1871年）擢烏裏雅蘇台將軍，發達得連他自己都不敢相信。
張曜又是何許人呢？張曜字亮臣，號朗齋，直隸大興人，初不通文墨，卻很會打仗。先在河南固始參與辦團練，後自募一軍，在汝寧擊敗陳大喜、張鳳林所部撚軍，被任為河南布政使。同治初，禦史劉毓楠參劾其目不識丁，將其由文官改為武職，以總兵加提督銜，被降格使用。張曜從此發憤讀書，始通文墨。同治五年（公元1866年），為與撚軍交戰，河南巡撫李鶴年募軍兩支，一為豫軍，一為嵩武軍。其中豫軍由宋慶統率，嵩武軍則交由張曜統率。同治七年（公元1868年），率嵩武軍赴直隸、山東剿撚。撚平，授廣東陸路提督，派往陝西攻回，現駐鎮番一帶休整。
額爾慶額，字藹堂，滿洲鑲白旗人，格何恩氏，以驍勇聞名於世。被穆圖善調入陝，因收複狄道賜號法福靈阿巴圖魯，授黑龍江馬隊副總管，旋被穆圖善保舉為涼州副都統，仍統帶所部馬隊，現在涼州休整。
左宗棠密舉張曜、額爾慶額先期出關，去配合景廉收複烏魯木齊，是因為二軍都已經經過長時間的休整，能夠一鼓作氣開抵烏魯木齊，不致貽誤軍機。
就當時的陝甘兵力而言，除張曜、額爾慶額二軍，能在最短的時間內開出關外，其他各部如無長時間的休整，很難擔負起長途跋涉的任務。左宗棠不愧為兵事大家。
左宗棠的折子遞進京師，朝廷很快下旨照準。
接旨的當日，左宗棠即派出快馬轉飭張曜、額爾慶額二人，命其快速出關，馳赴烏魯木齊。二將接命，很快傳命各營打點行裝，並於十日後，各率所部行抵肅州領取三個月的軍糧，便由嘉峪關出關西行。二將走後不久，金順亦統帶本部二十營一萬餘馬步兵勇，浩浩蕩蕩出關。左宗棠酌派精悍兵勇，押護運糧駝隊跟進。
送走駝隊，左宗棠猛然鬆一口大氣，隻感覺渾身些絲力氣皆無，再次癱倒在床。隨侍的侍衛慌作一團，一麵請軍醫診病，一麵飛跑著去向劉錦棠報信。
劉錦棠飛馬趕到大營，見左宗棠腿腫臉膀，沉沉昏睡，兩名軍醫正在開方下藥，忙個不休。劉錦棠一邊落淚，一邊向軍醫小聲探問左宗棠病情。
軍醫把劉錦棠拉到外麵，小聲道：“老爵帥病已很深，不好好調理一下是不行了。他老病未痊愈，到肅州後，竟連一日都不得安歇，這不是在賭命嗎？以往發病，身邊還有個香姨娘精心照料，可此次……劉大人，爵帥醒後，您老務必勸他回蘭州吧。他老若再不好好歇上一陣，恐怕就算把聖手華佗請到，怕也要束手無策了！”
劉錦棠淚流滿麵道：“新疆事急，您讓他老如何能靜得下心去歇呀！”劉錦棠連夜派出快馬，向穆圖善通報左宗棠病重的消息。穆圖善接報一陣狂喜，馬上便讓文案擬折，奏請朝廷速派大員赴蘭州接替左宗棠料理陝甘事務。
折子拜發後的一連幾日，陝甘總督的關防總在穆圖善的眼前晃動。
同治十二年（公元1873年）十月初七這一天，是左宗棠六十一歲壽誕。六十一年前的這一天，左宗棠在湖南湘陰文家局左家塅降生；六十一年後的今天，恐怕連他自己都沒有想到，他會在這裏過生日。
時令已是深秋，肅州一帶已連降了十幾天的大雨。但這一天，陽光卻出奇地好，既無雨，也無風。
劉錦棠為使左宗棠能過一個熱鬧的生日，不僅讓屬員采購了許多的時鮮菜蔬，又特意從山西購買了一頭大肥豬運到肅州，著人秘密殺掉，為左宗棠擺壽宴時食用。左宗棠原本最喜食豬肉，但到陝甘後，因風俗等因，陝甘一帶無豬可買，左宗棠隻好入鄉隨俗，改吃牛羊肉；但每逢有大的戰績，在慶功宴上，左宗棠卻總要私下同劉錦棠等將領講上一句：“這時能吃上一口豬肉，那是再好不過的了。”
劉錦棠知道左宗棠入陝以來，一直想吃頓豬肉，所以就在一個月前背著左宗棠，秘密派遣了一名守備，趕赴山西去采購肥豬，想在左宗棠過生日的時候，給左宗棠一個驚喜。
朝廷原本對有功大員的生辰都記錄在案，按遠近推算，在大員的生日之前，吏部或兵部就要奏明軍機處，由軍機處上報朝廷，由朝廷派出快馬向大員頒賜賞物，以示體恤；朝廷頒賜的賞物，無論遠近，都要趕在大員生日的這一天上午送到。大清立國至今，一直如此，從無更改。
左宗棠生日的這一天雖在生病，但為了接領賞物，一大早，他還是勉強起床，由親兵服侍著，換上簇新的官服、頂戴，坐進大帳裏。一為迎接來祝壽的文武官員，一為接旨。
劉錦棠已著人置辦了十幾桌酒席，隻等左宗棠接領賞物後，便開席暢飲。
各路將領開始陸續到達肅州，見過劉錦棠後，便在劉錦棠的帶領下，一起來到大帳，向左宗棠祝壽。各州縣原本也打算在這一天到肅州給左宗棠祝壽的，但因左宗棠提前幾天發了函文，不許地方官員擅離衙門，否則嚴參，這才不得不作罷；但心裏還是歡喜的，畢竟省了一項花費。
各路統兵將領卻又與地方官員不同，一則他們在這一天不僅不用花費，反倒可以為自己所部各營領到一個月餉銀，還能飽餐一頓。他們畢竟與左宗棠出生入死了幾年，交情自然要比地方官員厚上許多。
各路將領見過左宗棠後，自然分坐兩邊，一邊喝茶，一邊說些閑話，其實是陪著左宗棠在等著朝廷的賞物到達。
但這一天卻煞是作怪，眼看日到中天，賞物仍未到達，左宗棠有些沉不住氣了。他苦笑一聲起身道：“毅齋呀，我們開席吧。各位統領趕了一路，想來早已餓壞了。本部堂活到今兒，整整是六十一歲，我們大家要盡興才是。”
劉錦棠搶前一步扶住左宗棠，小聲道：“世叔，不差這一刻，再等等吧。說不定，差官已到轅門了。”
左宗棠搖頭道：“不等了。不能因我一個，誤了大家開飯。毅齋，扶我去飯廳。”
劉錦棠拗不過，隻好扶著神情落寞的左宗棠當先走出大帳。到了飯廳，各將領依座次入席。左宗棠因病不能飲酒，麵前隻擺了一杯濃茶。
劉錦棠見全部入座，便站起身，手舉酒杯，正想對左宗棠說幾句“福如東海，壽比南山”的祝壽話，傳旨差官卻偏在這時，風塵仆仆大步闖了進來。
隨著一聲“聖旨到，左宗棠接旨！”的喊聲，左宗棠帶著所有人急忙跪倒，恭聽聖諭。
傳旨差官讀道：“內閣奉上諭：昨因肅州克複，已降旨將在事出力之劉錦棠、徐占彪等分別優獎。因思陝、甘逆回擾亂十有餘載，勢極狓猖。自簡任左宗棠總督陝甘，數年以來，不辭艱苦，次第剿除。此次親臨前敵，督飭將士，克複堅城，關內一律肅清，朕心實深嘉悅，自應特沛殊恩，用昭懋賞。經禮部會議，恭親王奏請，欽賜左宗棠進士出身，賞加翰林。左宗棠著以陝甘總督協辦大學士。該大臣前經賞給騎都尉世職，並著改為一等輕車都尉世職。欽此。”
差官宣旨畢，大廳一片寂靜，人們仿佛傻了一般。差官不得不走到左宗棠的跟前，小聲說道：“老爵相，您老怎麼不領旨謝恩啊？”
一句“老爵相”，使左宗棠猛然清醒，他至此才真正地意識到，一榜出身的他，真的被朝廷破格拜相了！他雙手接過聖旨，連連麵北叩頭謝恩不止，起身時已然淚流滿麵。左宗棠此時內心的激動充溢著全身，根本無法掩飾。
送走傳旨差官，劉錦棠帶著眾將領重新跪倒，向拜相的左宗棠祝賀。左宗棠嘶啞著嗓子邊哭邊道：“都起來吧，都起來吧。朝廷如此破格加恩於老夫，全是各位的功勞啊！老夫何德何能受此殊恩哪！”
劉錦棠替左宗棠扶起各位將領後，又對左宗棠說道：“老爵相啊，我大清立國百年，區區鄉間舉人拜相的，可就您老一個呀！朝廷這是破了祖宗立的家法呀！”
一聞此言，剛剛平靜下來的左宗棠，再次激動得渾身顫抖，淚流滿麵。大清官製，不僅一榜不能拜相，未被欽點翰林院庶吉士的普通進士，也不準拜相。為了能使功高蓋世的左宗棠入閣拜相，又能堵住百官的嘴，朝廷隻得用了個障眼法：欽賜左宗棠進士出身，賞加翰林。這樣一來，別人就不好再說什麼了。