站在伊犁城瞭望塔裏的科爾帕科夫斯基，見伊犁周邊一連多日濃煙翻滾，心下不由一陣慌亂，尤其是得知劉錦棠已經來到北疆，正在對伊犁周邊地形進行視察時，他更是全身顫抖，額頭冒出冷汗。
他一麵派人騎快馬給國內送信，一麵傳令緊急備戰；他本人，則在反複思考逃跑的各條便捷路線。考夫曼此時正在國內參與對大清國的談判，他一接到科爾帕科夫斯基的信，馬上便轉呈沙皇亞曆山大二世。
沙皇看過信後，考夫曼又憂心忡忡地對沙皇說道：“稟陛下，臣竊以為，如果我們停止談判，中國肯定要動用武力收複伊犁。如果那樣，我們不僅要失去伊犁，可能連以前我們在新疆得到的土地也要不保。據科爾帕科夫斯基說，左宗棠離開新疆時，曾再三向新任欽差大臣劉錦棠交代，如果談判決裂，中國不僅要武力收複伊犁，連以前他們失去的土地，也要收回來。左宗棠這個好戰分子，他是我大俄帝國的克星啊！”
沙皇一聽這話，嗷地便蹦起身來，大叫道：“左宗棠不是好戰嗎？我們就和他打上一仗！”
考夫曼一見沙皇失去理智，急忙奏道：“陛下，發動一場毫無勝利希望的戰爭，是不劃算的！陛下一定要三思啊！”
沙皇一屁股坐下去，極不情願地說了一句：“曾紀澤這個人，也不好對付啊！”
考夫曼不失時機地說道：“稟陛下，臣竊以為，比起毫無勝算的戰爭來，我們在談判中所得的利益，相對會更大些。”
亞曆山大二世痛苦地閉上眼睛。
趕往蘭州的途中，左宗棠接到聖旨：命張曜署理幫辦軍務；實授曾國荃為陝甘總督，曾國荃未到任前，陝甘總督著甘肅布政使楊昌浚署理。左宗棠回到蘭州，楊昌浚率蘭州的大小官員出郭三十裏迎接。
見禮畢，楊昌浚挽住左宗棠的那雙因激動而顫抖的手，小聲吟誦了一首他自撰的七絕：“大將籌邊尚未還，湖湘子弟滿天山。新栽楊柳三千裏，引得春風度玉關。”
楊昌浚吟完最後一個字，左宗棠已是淚流滿麵，泣不成聲。
許久，左宗棠的情緒才有些穩定，他拍著楊昌浚的手說道：“石泉哪，你的詩好是好，隻是還不太貼切。‘大將籌邊尚未還’，就不該現在說，現在應該改作‘大將籌邊已回還’。”
楊昌浚含淚笑道：“季高，我寫這首詩的時候，南疆八城剛剛收複，你還正在肅州，尚無歸期呀。”楊昌浚話畢，把左宗棠重新扶進轎裏。
到蘭州後，左宗棠又把陝甘的事情向楊昌浚交割了一番，這才安排進京事宜。其間，接到福建船政局提調吳大廷的來信。吳大廷主要是向左宗棠索詩。
吳大廷字彤雲，是湖南沅陵人，與左宗棠是老相識。老相識來函索詩，左宗棠不好拒絕，於是作了兩首絕句交差。一首曰：“浩蕩風塵使節邊，敵巢回首意茫然。五年一覺清涼夢，茶半香初海國天。”二首曰：“雙清心跡擬名臣，朔雪炎風見在身。且蹴昆侖令西倒，再勤詩酒老湘濱。”
其間，得知左宗棠即將離甘，甘肅書畫家顧超作《秋山無盡圖》一幅，請左宗棠題詩留念。左宗棠趁著病情稍緩，題詩一首：“行盡秋山路幾重？故山回首白雲封。阿超知我歸心急，為畫江南千萬峰。”
其間，大清國立國以來第一家機械化毛紡廠——甘肅織呢局正式在蘭州開工生產。左宗棠聞訊之下，抱病出席了開工儀式並題寫了匾額。
升任兩江總督
光緒六年（公元1880年）十二月初四，左宗棠將陝甘及新疆各事料理完畢，正式離開蘭州總督衙門赴京。
左宗棠一行人由西安再抵潼關，由潼關渡黃河入晉北上，曆經五十幾天的顛簸，終於轉年正月二十七日從崇文門進京，當晚住進湖南善化會館。
左宗棠到京後，駐英、法兩國公使兼駐俄公使伊犁事件交涉欽差大臣曾紀澤，代表本國政府，在俄國都城聖彼得堡，與俄國外交大臣吉爾斯重新簽訂了震驚世界的《中俄伊犁條約》（又稱《中俄改訂條約》）。該條約雖未將崇厚原訂之約全盤推翻，但總算爭回了以前劃失的伊犁南境特克斯河流域，把損失降到了最低點。這也是晚清曆史上，最讓國人揚眉吐氣的一個條約。
左宗棠當即給劉錦棠書函一封，通報《中俄改訂條約》的簽訂情況：“此次劼剛所議俄事尚無不協，畫押後仍返英都，而令邵小村參讚持所議新約先歸複命。”又說：“栽桑、種樹、養蠶、學織、畜牧、溝洫，均新疆當務之急，各局司事務求曉事之人，明者自己鑒及。”
左宗棠人雖已到京師，最放心不下的還是新疆。左宗棠在善化會館住了五日，感覺精神略可支持，這才依例移住賢良寺，安排進宮麵聖的事。五月二十八日，左宗棠抱病隨文武大臣進宮麵聖。兩宮太後照例是簾內端坐，前麵坐著的是年僅十一歲的小皇帝光緒。
問話自然都是慈禧太後發起，不過是新疆以前怎麼樣，現在怎麼樣，一路是否還安靜等話。左宗棠一一作答。
慈禧太後最後才道：“左宗棠啊，你在外麵待久了，現在來到京城，每天上朝都要起得很早，你又有病，想必多有不便吧？”
左宗棠忙答道：“回太後話，臣自到陝甘，身體一直不怎麼好，但每天隻睡到五更必起床視事；大軍出關以後，臣每日睡得更少，有時三更天起床，有時四更起床，那才真叫早啊！”
慈禧太後忙笑道：“你能這樣就好。你很能辦事，我們和皇上都知道，你跪安吧。”
左宗棠下來不久，聖旨便頒下：“大學士左宗棠，管理兵部事務，在軍機大臣上行走，並在總理各國事務衙門行走。”
左宗棠接旨的當日就上折以“宿恙舉發，手足拘急痛楚，頭暈耳聾”為由，懇請開缺各差回籍養疾。上自然不準，但賞假三個月在京師調理。
左宗棠在賢良寺養病期間，大內總管、慈禧太後身邊最得寵的太監李蓮英，來看望他。
李蓮英為了能給左宗棠留個好印象，特命人從江南運來野山茭一竹筐，又在京城命人精選上等紅辣椒兩串，作為給左宗棠的見麵禮。
但左宗棠並沒有見李蓮英，他讓身邊的侍衛傳話給李蓮英：“老夫此次患的是羞症，不能見生人，更不能吃山茭和辣椒。李總管的心意老夫心領了。”
李蓮英離去許久，左宗棠仍大罵閹奴不止。但李蓮英畢竟不是安德海，他自有對付左宗棠的辦法。
李蓮英是直隸河間人，綽號皮硝李，鹹豐時自閹為宦。李生來性狡黠，最會見風使舵，又梳得一手好發髻，頗得慈禧太後歡心。安德海被丁寶楨誅殺後，慈禧把他從梳頭房太監拔擢為總管太監，漸漸開始紅起來。他從此以後便仗著慈禧的後台，開始廣植私黨，賣官鬻爵，並時不時地在慈禧太後麵前幹預國政，竟能累累得逞，連恭親王都要敬著他。
一日，李蓮英看慈禧太後心情不是很好，便借機說道：“老佛爺，奴才聽外麵的人說，左宗棠自打進京，整日戴著個黑黑的洋玻璃鏡子，逼著京官請他吃飯、看戲，還讓人送銀子給他花。奴才聽了這話，私下就想，這姓左的，不是要辜負老佛爺對他的那片心嗎？”
慈禧太後聽了這話，當時一句話也沒說，但私下裏，卻把恭親王傳進宮來，問道：“左宗棠究竟病得怎麼樣了？我聽人說，他進京以後，一直戴著個黑黑的洋玻璃鏡子，是不是真的呀？恭親王啊，你有時間去勸勸他。京官非比外任，做事啊，不能太跋扈。他對大清的功勞，自己不說，朝廷都記著呐。”
恭親王一時不知如何回答，隻能連連稱是。
三個月後，左宗棠病情雖見好轉，但仍不能理事，奏請續假繼續養病，上準。左宗棠養病期間，慈安太後因病歿於宮中。
同年五月十二日，左宗棠頭暈減輕，自恃可以當差，遂銷假到軍機處當值。哪知當值的第二天，就奉命出都到涿州，沿永定河上下，察看水利工程，整整一月方還。
這是左宗棠自到京後首次辦差，興致頗高。回京不久，竟然就不顧年邁體衰，連上《前赴涿州履勘水利工程商定修浚事宜》和《複陳涿州工作已可就緒情形》二折，算是複命。
但兩折遞上後便沒了下文，顯然是遭了留中不發的命運。左宗棠納罕了多日，卻又不能問，真正把他急得不行。
還有一點也讓左宗棠不解：每逢上朝，慈禧太後竟與以前大不相同，竟然不再給他好臉子，也不再向他問話、討主意，分明是把他當成了一個閑臣、庸臣來對待。
左宗棠愈發不解，終於又一次病倒在賢良寺裏。這一病，竟病到農曆九月份，仍不見減輕；偏巧這時，兩江總督劉坤一任滿，上折奏請入京覲見。
慈禧太後於是就把恭親王召進來，吩咐道：“左宗棠從打進京，就一直鬧意氣，許多大臣都對他有成見，他這京官是不能再做了。好在劉坤一任滿，就把他放到兩江去吧，順便讓他整理一下沿江防務，練練兵。”
恭親王明知道這麼做對左宗棠大是不公，但沒敢反駁。
說起來，這都是閹奴的可恨，慈禧太後把左宗棠有病說成是鬧意氣。聖旨當晚便下到賢良寺：“大學士左宗棠，著補授兩江總督，兼充辦理南洋通商事務大臣。”
說也煞是作怪，聖旨到前，左宗棠尚頭痛胸悶不止，接旨後，倒忽然有些輕鬆起來，當晚就睡得極其安穩；五日後，竟然能下床走路了。
左宗棠於是先上《病痊銷假》一折，隨後又上《懇賞假回籍省墓並查閱長江水師會商上遊布置事宜》一折。折子遞進宮去，慈禧太後冷笑了兩聲，提筆照準。在太後的心裏，這左宗棠在京裏鬧意氣，已是鐵案如山了。這件事，不僅左宗棠蒙在鼓裏，連恭親王也始終蒙在鼓裏。
事隔八天後，左宗棠陛辭出京，取道直隸、河南、湖北，過洞庭湖，順利抵達一別二十一年的湘陰。
沿途自有各省督撫與當地地方官接送，次子孝寬率兩個弟弟孝勳、孝同，親到湖南省城長沙迎候。
一見到齊齊跪在自己麵前的三個兒子，左宗棠一下子想起了長子孝威，眼裏不由自主便流出淚來。
左宗棠此次榮歸故裏，雖是衣錦還鄉，但內心的傷感卻大於喜悅。昔時老友，如今隻剩郭嵩燾一個，也是皓首銀眉、滿目滄桑。
郭嵩燾是大清國的第一位駐外公使，也是第一位受人彈劾最多的公使。他駐外不足一年，便被迫回國，退居故裏，每日與青山綠水為伴。
一妻兩妾原本是左宗棠的驕傲，如今隻剩了一妾，卻又有病在床多時，眼見也是去日無多了。一妾的壽材早已備好，左宗棠本人的壽材，也在他離開肅州前便已運了回來。
左宗棠省墓之後，沒有在家多耽擱，便包租了一艘大商船，帶上一家大小，趕往兩江任所。湘陰的田產房屋等物，隻委了幾名下人照料。
左宗棠已到垂暮之年，他是應該好好享受一下天倫之樂了。郭嵩燾扶杖趕到碼頭為左宗棠一家送行。
左宗棠到江寧的當天就拜印視事。一個月後，又出省城到瓜州、揚州、清江、高郵等地閱兵，並查看南運河、淮河水利，提出“引淮歸海”的治水方案。
光緒八年（公元1882年）四月十一日，左宗棠身體恢複如常，遂決定乘船東下，在鎮江、常州、福山、蘇州、太湖、吳淞等地，視察一下江海防務。
左宗棠的官船在通過上海租界時，各國軍、商兩界人物為睹左爵相風采，都持中國龍旗迎接，一時觀者如堵。
六月初十，七十歲的左宗棠乘船到江北閱兵後，不期在南行途中舊病複發，且愈演愈烈，回省後不僅連連咯血，頭目亦開始腫爛。
但他身躺在病榻之上，心卻仍係新疆。他把文案傳到床前，為劉錦棠口述一函，提出：“新疆改設行省，冀可長治久安，否則邊地多於腹地，武官多於文官，轉瞬不堪設想。文卿、和甫諸公隻顧目前，敷衍完事，以無暇謀及久長。都中人士能深知此事原委者少，恐無複議論及之者矣。麾下所處頗難，唯有靜聽廷論一法，然隨眾畫諾，卻似不可。弟上年在樞垣，曾以伊犁複後必須置省，機不可失，為賢王誦之，不知仍能記憶否？遇有機會，或當補牘。”
劉錦棠接到左宗棠的書信不久，即向朝廷遞上一折，提出新疆建省的具體方案。
遭太監戲弄
病中的左宗棠得知劉錦棠就新疆建省一事拿出了具體的方案，也急忙把起稿師爺傳到榻前，口授《新疆行省急宜議設，關外防軍難以遽裁》一折。
該折這樣寫道：“查新疆地周兩萬裏，與陝甘督臣、陝西撫臣治所均相距甚遠。從前分設將軍、都統、參讚、辦事、領隊、幫辦、協辦大臣，換防總兵各員，布置不為不密。然治兵之官多，治民之官少，已有偏重之勢。”又說：“夫福建之台灣，僅海外一島耳。由省垣至彼，輪船一晝夜可達，其地延袤千有餘裏，較之新疆十分之一耳。其文職有道、有府、有廳、有縣。而日本事宜，議者尚有移駐巡撫之請。況新疆為陝甘、山西各邊及京師屏蔽，關係綦重，非僅台灣之比。且地大物博，承平時牛羊、麥麵、蔬果之賤，澆植、貿易之利，金礦、銅礦之旺，徭役、賦稅之簡，哈薩克茶馬、布匹、絲緞互市之利，又皆什伯內地，逐漸經理，可望與腹省腴地齊觀，於度支亦非有所耗也。”
折子拜發，左宗棠因連日勞累病勢增劇，不得不奏懇開缺回籍。聖旨下，照例不準，隻賞假三個月，命其在任所調理。
左宗棠此次發病卻大異於前，竟一直調理到光緒九年（公元1883年）三月份，仍未見好轉，於是不得不再次陳情於上，奏懇開缺回籍。
但朝廷此次並未依例賞假，而是下旨就海防一事詢問布置機宜，蓋因此時法國正對大清屬國越南實行大肆侵犯，並逼迫越南與之訂立了《順化條約》，獲得對越南的“保護權”。此時的大清國朝廷，眼見自己的屬國硬被法國奪走，卻並未派出重兵去與法國在越南軍隊交戰，但又擔心法國趁勢在海上對大清國實行攻擊，故有此一議。
左宗棠接旨不久，即抱病上了《籌辦海防會商布置機宜》一折，對南洋海防提出自己的看法，認為“將白茅沙視為長江總要門戶，在此安設堅船大炮，力扼此津，並在江陰加強防守”“自古談邊防者，不外守、戰與和，而就三者言之，亦有次第，必能守而後能戰，能戰而後能和。和局可暫不可常，其不得已而出於戰，乃意中必有之事。”
左宗棠上此折時已年高七十有一，又累受病痛折磨，但仍頭腦清醒，反應敏捷。這大概也正是朝廷不肯輕易放他回籍的原因。
左宗棠隨後又給李鴻章急函一封，指出：“法國侵略越南，其意並不在越南，實欲通過越南，進窺我滇粵矣。”函後又讚揚劉永福“在河內大捷，足寒賊膽而快人心”。
信函發走，左宗棠開始全身心地關注起法越戰事，不知不覺中，病勢竟然減輕，竟很快能下地走路了。病魔一撤，精神自然就好，他馬上又給朝廷拜發了《敬籌南洋應辦邊務機宜》一折。
在折中，左宗棠堅稱：“唯越若不存，剝床以膚，將成西南巨患；劉永福一失，越南全境無與支持，倘為法人所用，更貽滇、粵之患。事機紛乘，間不容發。及今為之，已苦其緩；若再置之不理，西南之禍豈有窮期？”又向朝廷表示：“臣當於巡勘崇、寶海後，率新募各營回湘繼進，以赴戎機，斷不敢置身局外，致負恩知也。”左宗棠的豪氣再次衝天而起。
折子拜發後，左宗棠不顧家人及屬員的勸阻，第再次乘船東下，巡視江海防務，直至崇明、寶山。船過上海租界，左宗棠為示自己身體健康，仍能督兵再戰，竟下船與各國領事見麵。各國領事見左宗棠談起戰事來神采飛揚，無不稱奇，皆曰大清之左爵相，真乃戰神轉世也。一時觀者如堵，紛紛傳頌。
左宗棠乘船南返途中，不期突遇特大暴風。一時間，舟在浪尖上跳躍，似野馬脫韁，好像在空中飛舞。船上一幹人眾無不東倒西歪，無法把持，左宗棠亦暈倒過去，風息後方醒。醒來後，左宗棠不僅舊患悉數盡發，左眼亦從此失明。
左宗棠回到督署，連夜上折，向朝廷彙報自己的病情及左目失明的情況；在奏懇準予開缺回籍的同時，又附片請擇裕祿、楊昌浚、曾國荃三人中一人出任江督。
光緒十年（公元1884年）正月十二，聖旨遞進兩江總督衙門：“左宗棠著準其開缺，賞假四個月，回籍安心調理。曾國荃署理兩江總督，兼辦理通商事務大臣。”
越六日，左宗棠又接一旨：“內閣學士周德潤奏勳臣不宜引退，請旨責以大義，令其在任調理等語。左宗棠勤勞懋著，朝廷倚任方殷。當此時局艱難，尤賴二三勳舊之臣竭誠幹濟，豈肯任其功成身退，遽賦歸田？隻因該大學士目疾增劇，而兩江地大物博，政務殷煩，又難靜心調攝，是以降旨準其開總督之缺，仍賞假四個月回籍。原欲其安心調理，俾得早日就痊，出膺重寄。該大學士素著公忠，諒不至稍耽安逸，著即趕緊調治，一俟稍愈，不必拘定日期，即行銷假，以副委任。”聖旨隻給左宗棠賞假四個月回籍養病，仍不準開缺。
左宗棠於是讓孝寬督促家人打點行裝，料理回籍各事宜。曾國荃很快來到江寧接印。
從鹹豐十一年（公元1861年）十二月左宗棠署理浙江巡撫算起，左宗棠與曾國荃已經二十三年沒有見麵了。相見之下，兩個人竟然抱在一起，許久不肯放手。
曾國荃抱著左宗棠，一邊流淚一邊說道：“好哥哥，沅甫一直想著您啊！”
左宗棠哽咽著說道：“九弟，您要對我還有氣，就罵我一頓吧。有些事情，我不是有意的呀！我三年前回籍省墓，特意到滌生的墓前磕了三個響頭。我對滌生說，我左宗棠能有今天，全是他一手托起來的。可他臨走的時候，我竟然沒有和他說上一句話！九弟，我左宗棠對不住你曾家兄弟呀！”
曾國荃一邊替左宗棠擦眼淚，一邊說：“我們是兄弟！我們永遠都是兄弟！過去的事，就不要再想了。您的身子骨可不能大意呀。您哪，聽我一句勸，先不要忙著回籍。我明兒找個好些的洋醫生給您瞧瞧。等病好了以後啊，您再回籍也不遲。”
左宗棠鬆開手，讓人給曾國荃放了座，這才說道：“在京期間，我發現，得罪誰也不要得罪小人！否則他們會絞盡腦汁使壞，像蒼蠅一樣煩人。現在，我已經病入膏肓了，熬不幾天。九弟，我離開後，您也要注意自己的身子骨啊。我聽說，劼剛賢侄的身子骨不大強壯？”
曾國荃答道：“都是讓俄國人氣的！”
當晚，有消息紛傳，說法國遠東艦隊有可能襲擊南洋水師。鑒於這種情況，左宗棠第二天便抱病與曾國荃辦了交接，並就南洋海防的情形，對曾國荃做了一番交代。
交印的第五天，左宗棠即率家人抬著棺櫬乘船南返，曾國荃率一應僚屬親自護送至碼頭方回。船行中途，左宗棠忽接一旨，言稱越事愈棘，命左宗棠快速入京覲見。
左宗棠隻得與家人分手，改道進京，仍居賢良寺。左宗棠的棺櫬單放進寺裏的一間空屋子裏。
稍事歇息便陛見，陛見的當天便有旨下來：“左宗棠仍在軍機大臣上行走。該大學士卓著勳績，年逾七旬，加恩毋庸常川入直，遇有緊要事件，豫備傳問，並管理神機營事務。所有應派各項差使，均毋庸開列，以示體恤。”
左宗棠接旨以後，認為朝廷是準備讓其終老京師了，許多王公大臣也有此觀點。但李蓮英卻還沒有把左宗棠戲耍夠。
閏五月初七，左宗棠因用內閣印行文讓提督黃少春率所部赴鎮南關抗法，遭禦史參劾。
慈禧太後本打算把禦史的折子留中不發，但李蓮英卻對慈禧太後說：“奴才聽外間傳說，左宗棠此次是藐抗祖製，不重處無以服人。外間還說，左宗棠在陝甘的時候啊，就是想怎麼著就怎麼著。奴才有時就想啊，左宗棠功勞是大，但他功勞再大，還能大過曾國藩嗎？曾國藩就從來不做違製的事。奴才是真怕外間誤解朝廷啊！左宗棠也真是的，他怎麼就不知道朝廷對他的好呢？”
慈禧太後思慮再三，第二天就頒下懿旨，將左宗棠以違製罪被降二級留用。
十日後，在奉旨保薦人才時，左宗棠因保薦曾紀澤出任兩江總督，魏光燾亦堪任督撫重任，再次被人以體製不合參劾，折子雖被留中不發，但再次被降調二級。
同年七月初六，是光緒壽誕，依例京師大小臣工均須進宮參拜。
左宗棠因為三日前法軍襲擊馬尾，福建船政局悉被轟毀而舊病複發，臥床不起，未往參拜，又一次被參劾。朝廷下旨將其交部議處，並比照禦門大典不到罰俸一年例，罰俸一年。這都是李蓮英的“功勞”。
同時，大清國頒詔四海，被迫對法國宣戰。
這時，李蓮英又抓住機會對慈禧太後進言道：“老佛爺，奴才上日聽去賢良寺給左宗棠瞧病的太醫講，左宗棠臥房的門旁貼了一副對子，挺有意思，奴才就問他是什麼對子，他一說，奴才一聽，還當真挺有意思，奴才就記下來了。”
慈禧太後就問：“什麼對子值得你記下來呀？你說說看。”
李蓮英便道：“這副對子的上聯是‘天下衣冠京邑盛’。”
慈禧太後便笑道：“他這對子說得不差，這沒什麼大驚小怪。京師是我大清的都城，原本就該京邑盛。他的下聯呢？”
李蓮英忙道：“這意思就在這下聯裏頭，是：中興人物楚材多。聽太醫講，左宗棠那日跟他解釋說，他這副對子的前一句，是說京城裏皇親國戚都是衣裳架子，什麼大事都辦不了，隻是擺設。後一句是說，隻有湖南才出國家的棟梁之材。”
李蓮英未及把話說完，慈禧太後就一愣道：“他怎麼這麼說呀？他眼睛裏還有誰呀？看樣子，京師還是太小，裝不下他呀！”
見自己杜撰出來的這則故事，竟當真把慈禧太後惹惱了，李蓮英的內心自是歡喜異常。就是當晚，病中的左宗棠接到聖旨：“大學士左宗棠，著授為欽差大臣，督辦福建軍務。”
左宗棠知道如今法艦縱橫南洋海麵，福建、台灣勢危，遂不敢以病辭，隻得在接旨的第二日早上，抱病扶杖進宮請訓，很快抬著棺櫬由通州、德州、濟寧南下赴福建。
恭親王早在中法交戰之初便以“用人不當，委靡因循”，被慈禧太後罷去一切職務，回家賦閑。軍機處領班此時是禮親王世鐸，總理衙門領班則由慶郡王奕劻出任。這兩個人都對左宗棠不懷好感，自然不可能上折去為他講話。
同年九月三十日，大清國頒詔中外，宣布新疆正式設立行省，詔賞劉錦棠頭品頂戴兵部尚書銜出任首任巡撫，魏光燾出任首任布政使。
眾所周知，大清國的一省巡撫一般都例兼二品兵部侍郎，隻有總督才例兼一品兵部尚書。劉錦棠是截止到目前為止，唯一的一個兼署一品兵部尚書的巡撫。
一個月後，左宗棠抵達福州，當日即抱病在福州將軍穆圖善、署福建浙總督楊昌浚的陪同下，赴馬尾查看船政局被毀情況。福建浙總督何璟因“臨事昏庸”被革職勒令休致，已離開福州回籍。
法艦開炮
轎至馬尾，船政局房倒屋塌，一片狼藉。
眼望著殘垣斷壁和滿地的瓦礫，左宗棠心疼萬分地問楊昌浚：“何子峨呢？張幼樵呢？他們兩個怎麼不來見我？”
楊昌浚小聲答道：“自打法艦宣戰的那一刻起，他們兩個就沒了蹤影。何製軍派人找過，沒找著；我護理督篆後，也一直在找他們，至今還無下落。昨兒聖諭還在詢問他們兩個的去處呢。”
穆圖善氣憤地說道：“船政局生生讓他們兩個給毀了！”左宗棠沒有言語。
何子峨和張幼樵是兩個什麼人物呢？福州船政局明明是讓孤拔率領的法國軍艦摧毀的，穆圖善怎麼說是讓他們兩個給毀的呢？
從馬尾回到欽差行轅，左宗棠把穆圖善、楊昌浚請過來，詳細詢問張佩綸到福建後的所作所為，以及法國遠東艦隊正式與福建水師交火後，張佩綸、何如璋都采取了哪些防禦措施。因為這也是朝廷交給他的任務之一。
翌日，左宗棠又抱病找了福建船政局和巡撫衙門的其他在事官員了解情況，當時情形才基本清楚。
何子峨原名何如璋，時年四十七歲，是督辦福建船政大臣；張幼樵原名張佩綸，時年三十七歲，本是都察院的署理左副都禦史，是有名的清流派。中、法兩國軍隊在越南北圻交火後，為加強海上防務，被慈禧太後臨時派到福建，會辦海疆事務。
哪知張佩綸一到福建，便總攬了福建的所有海上防務，後來連船政局也被他攬入懷中。
這是為什麼呢？因為張佩綸這個人不光八股文寫得好，口才也十分了得。加之人長得俊美，高高的個子，白淨的麵皮，一根油光錚亮的辮子，配著三撇很傲氣的短胡子，散發出一種蒸蒸日上的朝氣，很得慈禧太後的歡心。
張佩綸居京時，每次遞的折子，慈禧太後不看上三遍絕不罷手；每次召見，沒有半個時辰，張佩綸休想出宮。有慈禧太後這麼一個重量級的人物為他造勢，張佩綸毫不費力便成了大名流、大明星。他的許多翰林同年都嫉妒得直哭。張佩綸的成名過程，左宗棠都知道。
你想，太後麵前這麼紅的一個人到了福建，哪個敢惹他呢？
當時的福建浙總督是何璟，福州將軍是穆圖善，福建巡撫是張兆棟，督辦福建船政大臣是何如璋。但穆圖善所管轄的陸路防務卻不準張佩綸染指，張佩綸也懶得去理穆圖善。
張佩綸很快便開始大刀闊斧地按照他的設想，重新布置起防務來。他把何璟、張兆棟、何如璋三人費了九牛二虎的力氣才布置好的防務，統統廢除，另起爐灶。他以沿江各炮台設置不當為由，飭令防軍按著他畫好的圖形另築炮台；營盤更不許亂紮，全要按著圖形辦理。稍有差池，他對水師官兵非打即罵，表現得很是瘋狂。
法國與大清正式失和前夕，法國海軍上將孤拔已奉國內指令，帶領他的遠東艦隊進入福州江麵，與福建兵船同泊。
眼見開戰在即，鑒於中法海上實力相差太過懸殊，對張佩綸比較了解的李鴻章，飛速給福建浙總督何璟和督辦福建船政大臣何如璋各致電一封，稱：“我自度兵輪不敵，莫如全調他往，騰出一座空廠，彼即暫據，事定必原物歸還。否則一經轟毀，從此海防根本掃盡，力難複興。”請何璟與何如璋“密圖之”。李鴻章唯恐何璟等看不清形勢，又致電總理衙門，建議：“兩害相形取其輕，事急莫如騰空船廠，撤全軍，以顧省城根本為第一要義。”“總以勿呆守馬尾，避其銳氣，伺隙而為方妙。”李鴻章發電報這件事，左宗棠也知道。因為海上防禦是李鴻章的管轄範圍，左宗棠沒有多言語。左宗棠當時想，李鴻章所提將船廠設備轉移或許是個好辦法，中法海上實力的確相差懸殊。
但何璟與何如璋卻不敢做主，反倒讓張佩綸拿主意。
張佩綸哈哈大笑道：“兵法雲：兩軍相逢勇者勝。上頭命本部院是來對付法酋的，不是來看風景的。法酋孤拔若敢開戰，本部院便演一出赤壁大戰給幾位看。隻要本部院略施手段，法艦定然灰飛煙滅。”
有了張佩綸這話壯膽，船局不但未搬離馬尾，而且照常開工。不久，張佩綸又把福建分泊在各處的大小船隻，全部調到福州江麵，與福建水師兵船泊在一起，有的甚至與法國鐵甲艦首尾相接。孤拔見此大喜。張佩綸的理論是：船多勢眾。
當時，福建水師有艦七艘，船政局造好剛剛下水的艦船兩艘，已造好尚未下水的艦船兩艘，艦隻共十五艘。
一時間，福建馬尾江麵船來艦往，好不熱鬧。
張佩綸手搖扇子站在旗艦甲板上，意氣風發，一會兒吟詩一首，一會兒填詞一首，又頗自負地放大聲音，對著身邊的一班馬屁隨員說道：“想那三國周郎赤壁，也不過如此！”
隨員中有腦筋快的急忙回應道：“三國周郎焉敢和大人您比！周郎使用的是什麼船？您老指揮的又是什麼船？大人也太自謙了！”
張佩綸愈發高興，忙命人去請張撫台與何船政，一同來船上看操，免得二人心裏不舒服。
張兆棟因有事纏身沒有前來，何如璋到後，卻把張佩綸拉到一邊，小聲說道：“欽差大人，老哥至今尚在疑惑，您老把船局造好的四艘漕運船隻調來，莫非是想改成戰船？”
張佩綸一聽這話，忙又把水師以外的四隻大船看了看，見上麵果然沒有安裝炮具，這才知道，是自己為了熱鬧，做了件極其荒唐的事。但他偏嘴硬，口裏說道：“漕運船隻調度適宜，照樣可以打人。”
何如璋見張佩綸如此說，便不再言語，任著張佩綸胡鬧。
張佩綸當晚又急電朝廷，稱：“彼深入，非戰外海；敵船多敵勝，我船多我勝；促南北速以船入口，勿失機養患。”張佩綸還嫌船少。