就在形勢對太平天國極為不利的情況下，第二次鴉片戰爭爆發，給太平天國以緩和之機。洪秀全提拔了陳玉成、李秀成等一批傑出的青年軍事將領。在他們的配合下，1858年9月太平軍再次擊垮江北大營並在兩個月後取得三河鎮大捷，1860年初掃平江南大營。太平軍雖然在軍事上取得不小的勝利，但在政治上卻仍缺乏領導核心。1859年4月，洪仁玕到達天京，被洪秀全提拔為“幹王”，總領朝政。不久，他頒布《資政新篇》，主張學習西方發展資本主義。雖然在當時具有積極意義，但終究與農民戰爭的實際不符，未能實現。太平天國內部也越來越上下離心，軍心渙散。而另一方麵，清政府開始重用曾國藩的湘軍，並且開始與外國侵略勢力相勾結，共同圍剿太平軍。1864年7月19日，湘軍攻破天京，標誌著轟轟烈烈的太平天國運動的終結。太平天國運動雖然失敗了，但它卻沉重打擊了清王朝以及外國侵略者，作為中國曆史上規模最大的一次農民起義，留下了不可磨滅的功績。
3.義和團運動
19世紀末列強掀起了瓜分中國的狂潮，資本主義經濟滲入的深入給中國人民帶來了深重的災難。在帝國主義侵略中國的過程中，傳教士往往充當先鋒的角色。而且隨著列強侵略的加深，傳教士的活動也越來越猖獗，激起了中國人民的強烈不滿，全國各地的反洋教鬥爭此起彼伏，以爆發於山東、直隸一帶的義和團運動影響最大。
義和團由山東、直隸一帶的民間秘密結社發展而來，原名義和拳。1899年夏，時任山東巡撫的毓賢將義和拳改稱義和團。甲午中日戰爭後，外國的教會勢力在山東急劇膨脹，與中國人民的矛盾日益尖銳。1898年10月24日，梅花拳首領趙三多與冠縣村民閻書勤在冠縣蔣家莊打出“助洋滅清”（後改為“扶清滅洋”）的旗幟，率眾攻打教堂，義和團運動由此展開。義和團運動的展開引起列強的不安，他們紛紛要求清政府對其進行鎮壓。迫於壓力，清政府派毓賢任山東巡撫前往鎮壓。但毓賢對義和團采取以招撫為主的政策，效果不佳，於是清政府又改任袁世凱為山東巡撫，率新建陸軍前往鎮壓。迫於此，山東一帶的義和團運動開始轉入低潮，一部分到了直隸，在直隸迅速發展起來。規模越來越大的義和團運動也引起了清廷的不安。早在義和團運動之初，就有部分官員主張鎮壓，但此時清政府與列強之間存有矛盾。列強反對慈禧廢除光緒帝致使慈禧不滿，而隨後國外要求慈禧歸政的輿論更是引起了清政府內部頑固派的反感。於是清政府內部對義和團的態度有了轉變，招撫逐漸占據了上風。在經過商議後，清政府默許了義和團的合法地位。1900年6月，義和團大量湧進北京，在北京城內毀壞教堂、示威遊行、打擊外國侵略勢力。在天津的義和團甚至還在城內劃界管轄，津京地區迅速發展的義和團運動極大地鼓舞了全國各地的人們。陝西、山西、東北、河南以及南方諸省的反帝鬥爭不斷，義和團的排外運動在這一時期達到高潮。
在中國的義和團運動如火如荼地進行之時，列強照會清政府，要求對義和團加以鎮壓。1900年3月到4月，大沽口外集聚了外國軍艦24艘。1900年6月10日，英國海軍中將西摩率英、俄、日、美、德、法、意、奧八國聯軍2000多人，從天津出發，進犯北京。但沿途遭到義和團誌士的阻擊，最終被迫退回天津。麵對義和團運動的不斷高漲和八國聯軍的進犯，清政府在怎樣對待義和團的問題上產生了分歧，有的主張鎮壓義和團，有的則主張對其進行招撫，利用義和團來對抗列強。6月17日，大沽炮台陷落，消息傳到北京後，清政府認為與列強之戰已無可避免，於是清廷於6月21日正式對外宣戰。清政府在宣戰之後，一方麵對義和團進行招撫，企圖控製義和團；另一方麵又暗中向帝國主義妥協。宣戰後僅四天，慈禧太後就下令停止攻打各國使館，並派人前往議和。1900年6月26日，反對宣戰、主張鎮壓義和團的張之洞、劉士申等人通過盛宣懷和餘聯源與上海各國領事製定了《中外互保章程》和《保護上海租界城廂內外章程》，規定“上海租界歸各國共同保護，長江及蘇杭內地均歸各督撫保護，兩不相擾”。不久，李鴻章、袁世凱、劉樹棠等人都對此章程表示支持，章程的製定實際上破壞了東南各省人民的反帝鬥爭。
清政府的妥協並未換來列強的停戰。1900年7月14日，天津陷落，列強於8月4日向北京進犯，14日，北京陷落，慈禧太後和光緒皇帝逃往西安。在西逃中，慈禧下令“鏟除”義和團。在清軍和八國聯軍的聯合鎮壓下，義和團傷亡慘重，轉戰各地，最後失敗。但義和團誌士以其英勇無畏的犧牲精神和鬥爭精神向世界昭示了中國人民的強大力量，以及不屈壓迫的反抗精神。