魏徵在秘書監的位子上待了三年時間，隨後又被提拔為檢校侍中，成為帝國宰相班子中的重要一員。唐代的秘書省，實際上是一個分管國家重要文件的機構。這一機構雖然是帝國的權力核心部門，但是對朝政並沒有直接的幹預權。李世民與魏徵將近二十年的君臣際遇，是一個相互成全的過程。兩個人都是當世絕頂聰明之人，他們心裏明白，彼此都是對方的一麵鏡子，碎了其中一麵，也同樣會碎了另一麵。李世民需要魏徵這麵鏡子，能夠在朝堂之上眾口一詞的背景下與自己唱唱反調，以顯示帝國政治體係裏民主的一麵；而魏徵同樣需要李世民做這麵鏡子，為自己照亮通往千古良臣之路。
他們用自己的表現成就了對方，同時也成就了自己。他們的表現就像是舞台上的雙簧演員。一個在台前比畫，一個在幕後發聲；一個進諫，一個納諫。曆史早已為他們編好了腳本，他們隻需要盡好一個演員的本分就可以了。李世民看到了魏徵的背後有龐大的山東集團做後盾，而自己又“即位日淺，國家未安”，必須協調各種政治力量之間的關係，使自己時時處於一種居安思危的狀態，保持清醒的頭腦，因而接受魏徵的“犯顏”進諫也就變得容易理解了。魏徵摸透了李世民的心思，一個試圖用聖君虛名稀釋內心負罪感的君王，需要一場宏大的政治秀，而魏徵就是秀場上與他共舞的那個人。
貞觀元年（627年），有官員告發魏徵，誣其結黨營私。李世民就命人去查證此事，結果證明有人在背後搗鬼。禦史大夫溫彥博認為，魏徵雖然沒有結黨營私，但是既然有人告發了他，肯定是因為他在某一方麵的言行有所不妥造成的。就連他平日裏和陛下說話的口氣和神態，都讓人覺得有些僭越禮數。這雖然不是什麼原則性的錯誤，但也應該受到責罰。
李世民令人轉告魏徵：“你的直言進諫是一種愛國表現，這麼多年，你為帝國做出了巨大貢獻。希望不要再因為一些小事，折損了自己的好名聲。希望自今以後，要時刻檢點自己的言行。”
李世民借此向魏徵傳遞出一個信號，那就是魏徵還沒有真正度過他的信用度考察期。東宮殘餘勢力並沒有消亡，像魏徵這樣個性鮮明之人，並不排除重新結黨的可能性。僅僅過了幾天，李世民又一次試探魏徵。魏徵道：“臣聞君臣協契，義同一體。不存公道，唯事形跡，若君臣上下，同遵此路，則邦之興喪，或未可知。”
魏徵在這裏告訴李世民：君臣本為一體，不可違背公道，而隻在乎言行。如果君臣上下，都以此為原則，那麼對國家的興衰是極為不利的！在一個過於看重人際關係的政治環境裏，人們往往為了表麵上的一團和氣而收斂自己的形跡，隱藏自己的個性，甚至不顧原則而說一些違心的話，做一些違心的事。魏徵最擔心的是帝國的官員們為了取悅皇帝而違背原則，曲意逢迎。這樣的話，朝堂就會成為一潭死水，帝國也會逐步走向衰亡。魏徵的性格以及身上所具有的責任感，決定了他不可能去扮演老好人的角色，他就是要讓自己放出不一樣的光芒。魏徵是幸運的，因為他遇上的是李世民。如若不然，個人的命運將會如何，還真就不好預測。
魏徵曾經就忠臣與良臣的問題和李世民有過探討，魏徵說：“但願陛下使臣為良臣，勿使臣為忠臣。”
太宗問：“忠、良之間有差異嗎？”
魏徵進一步解釋道：“良臣不僅可以自身獲得美名，還能使君主受到萬世景仰。自己的子孫世代相傳，享受榮華，福祿無疆。而忠臣卻不僅令自己和家人死於非命，還令君主背上殺直臣的惡名，家國並喪。單單有個好名聲而已。以此對比而言，相差實在太遠了。”
所謂的忠臣是一個難以描述清楚的概念，站在不同的立場有著不同的衡量標準。老子認為，“國家昏亂有忠臣”。也就是說，忠臣與昏君是相伴而生的。打開中國曆史畫卷，人們就會看到一幕幕活生生的悲劇演繹麵前，人們還會看到一串長長的冒死諫言的忠臣名單陳列眼前：殷商末期的比幹被剖心，楚國的屈原逼迫投江，明朝的海瑞被打入死牢……他們都是不說真話毋寧死的硬漢子。儒家的理論強調“君使臣以禮，臣事君以忠”。也就是說，作為帝國官員有義務匡正君王的失誤，但良臣遇到明君則仍為良臣，如果遇到昏君則隻好去做忠臣。在忠臣與良臣之間，魏徵寧願選擇做一個輔佐明君的活良臣，也不願意去做一個以身殉國的死忠臣。
魏徵沒有失信於唐太宗，大大小小共向唐太宗獻上兩百多條進諫。態度決定一切，對於唐太宗來說，接受進諫的形式，要遠遠大於接受進諫的內容。魏徵懂得君臣攻守之道，或直白，或婉轉，大部分時候還是會做到把意思表達到位還不傷唐太宗的麵子。他深知“自古上書，不急切，不能動人主之心，所謂狂夫之語，聖人擇焉”。
進諫與納諫是兩個概念，而納諫與執行又是另一回事。其實魏徵也清楚，自己的進諫並沒有被唐太宗完全接收，更沒有轉化為具體的施政藍圖。李世民追求的不過是一種明君的範兒。當他在朝堂之上充分展示出自己虛懷若穀的君王風度，當他對犯顏直諫的寬容被史官們載入實錄之中後，諫言的具體內容已經變得不再重要。
對於儒家知識分子，尤其是那些文職官員們而言，最在乎的是君王納諫的一種態度。在他們看來，一個脾氣暴虐的皇帝遠遠比不上一個性情平和的君王來得合乎天道。在儒家政治理想中，明君聖主存在的意義，就是為了去完成他們心中“內聖外王”的烏托邦。所謂的盛世，拋去那些“神化”的虛幻外衣，也不過就是一場完美的形式主義表演。魏徵獻給李世民的二百多條諫言，洋洋數十萬言，還不包括那些沒有落在筆端的口頭諫言，其內容除了國家大事，更多是匡正君王的言行和道德操守。君臣二人唱和相酬，成就了帝國政治舞台上的千古絕唱。
在魏徵的政治觀裏，一個合格的天命的代表，首先應該以自己的道德做天下人的楷模。帝國的大小臣僚們希望皇帝能夠以自己的德行而不是權力對帝國做出貢獻。儒學臣僚們希望“皇帝”並不僅僅隻是一個職位、一份職業，這是政治理想中最低級的追求，一種完全物化的政治觀念。帝國權力秩序的建立依靠的是社會製度。而製度的核心價值所在就是道德。道德的外在表現形式，是每天在帝國的任何一個角落裏都會迎麵撞上的各種各樣抽象化了的禮儀。
玄武門前無法散去的血腥，成為李世民無論如何也繞不過去的道德難題。曾有許多暴君都曾麵臨過類似的道德難題，不同的是，他們都沒有像李世民這般迫切地想要去解決這一難題。古代有一種傳說，說在龍的咽喉部位“有逆鱗徑尺，人有攖之，則必殺人”。其實意思就是說絕大多數帝王都容不得臣子進諫。所以，曆朝曆代因犯顏直諫、觸逆龍鱗而被帝王誅殺的臣子不計其數。
李世民擔心的是，李建成的殘餘勢力仍然沒有消除，這股隱勢力一旦被激活，還是很麻煩的事。另一方麵，李世民所獲得的輿論支持，主要來自於儒家知識分子。他早年所設立的文學館，網羅了四方名流賢達，其中的“十八學士”更是享譽海內。
為了能夠贏得這些儒家知識分子們所把持的社會輿論的支持，李世民需要想盡一切辦法去解開這個道德難題。李世民最初的動力並不是因為想要成為“內聖”，而是為了向世人證明自己的非正統的“正統”地位，以獲取盡可能多的支持。正因為如此，他才會處心積慮地大造社會輿論，將自己裝扮成太原起兵的首倡者，以抹殺高祖李淵作為創業之主的地位；極力抹殺兄長李建成在創業過程中的功績，以證明自己才是最有資格擁有這個帝國的王者。
歐陽修曾經說過一件曆史段子：有一次李世民、魏徵、長孫無忌三人一起喝酒，可能喝高了，氣氛比較曖昧，說話也就有點兒越界。長孫無忌跟魏徵抱怨說：“你能夠混到今天這份兒上，實現自我價值，有我一份推薦的功勞吧，怎麼我現在在你這兒說話就這麼不管用呢？”
長孫無忌把話匣子一打開，三人就這個話題耍開了嘴皮子。最後魏徵仗著酒勁兒，半開玩笑半認真地對李世民說：“我知道你這個皇帝需要我進諫，要不然我哪裏來的膽量？要不是你有需求，借我這個做臣子的十個膽子也不敢，除非我不想活了。”
我們且不論歐陽修說的這件事真實與否，但是有一點可以肯定，那就是魏徵和李世民的政治雙簧秀是真實存在的。一個願打，一個願挨。儒家知識分子希望用道德改造君王，君王有兩種選擇。一是相互排斥，水火不容；二是像李世民這樣和諧相處，配合默契。當然這個過程和夫妻相處之道有異曲同工之妙，需要的是磨合。
唐太宗善於納諫和勇於改過的事跡史不絕書，其“鏡鑒理論”和“水舟關係論”更是深入人心，看起來是很符合寡私欲而好仁德的標準。不過讓一個活生生的人，嚴格按照某種既定的模板運作，顯然也不是一件容易的事情。
在個體的欲望與儒家知識分子寄希望於自己的仁德這二者之間，李世民一直處在一種痛苦的煎熬之中。比如他下詔大興土木，營建東都洛陽的皇宮。在此之前，他曾經在官員們麵前表態：“大造宮殿、池苑、台閣，是帝王所喜歡的，同時也是老百姓所不喜歡的。朕尊為帝王，富有四海，凡是都取決於朕。但朕確實是能夠自我控製的，隻要百姓們不喜歡，朕一定會順從他們的意願。”
事實上李世民並不是一個真正能夠自我控製的人。就拿修築洛陽宮這件事來說，整個過程讓人糾結萬分。為了換取天下臣民稱頌的仁德，他屢次接受大臣們的勸諫，放棄修築。當他屈從於個體的私欲而不顧一切把洛陽宮華麗麗地修築起來後，他似乎又受不了滿朝士大夫們打量他的目光，總感覺如芒在背。洛陽宮問題在糾結之中演變成了一場鬧劇。他把負責工程的官員找來當著滿朝文武的麵痛罵一頓，指責他營造得過於奢華，免了他的官，然後下令把剛剛落成的宮殿又給拆毀了。
類似的煎熬一直伴隨著李世民。在貞觀年間漫長的進諫與納諫遊戲中，李世民與他的臣僚們變得越來越形式主義。官員們極力想要壓抑太宗的私欲，將他納入“內聖外王”的正確軌道，所以才會沒完沒了地進諫。而太宗逢諫必納，對進諫者無不大加賞賜。口頭上都是好好好，但在行動上卻幾乎沒有什麼改觀。獎賞過諫臣之後，太宗想去遊獵，仍然會去；想修築新的別宮，仍然也會修築。工作是工作，生活是生活，皇帝也是懂得享受的人啊！
魏徵的諫言並不都是委婉的。如果每次進諫都拐彎抹角，那最後就算不流於阿諛諂媚，也會變得庸庸碌碌。倘若如此，魏徵也就不可能被李世民所倚重，更不可能以“諍臣”之名享譽後世。魏徵“犯顏苦諫”的時候，“或逢上怒甚，徵神色不移，上亦為之霽威”。也就是說，該據理力爭的時候，魏徵也絕不含糊。
每當李世民被魏徵的諫言刺激得怒不可遏的時候，魏徵總是毫無懼色。李世民到最後也不得不收起帝王的威風，把自己的怒火強壓下去。魏徵的直言進諫雖然得到李世民的鼓勵，但有些時候還是傷及了帝王的自尊心。怒火難抑的時候，李世民看魏徵也是很不順眼，“嫵媚”之臣也讓人心生厭惡。有一天，魏徵觸怒了太宗。散朝之後，李世民怒氣衝天地回到宮中，咬牙切齒地說：“找個機會一定要殺了這個鄉巴佬！”
長孫皇後在旁邊聽了，一聲不響地退回寢殿，然後一身鳳冠霞帔來到皇帝麵前。李世民大吃一驚，問她怎麼回事。長孫皇後說：“臣妾聽說，君王英明，臣子一定正直。如今魏徵之所以敢直諫，正是由於陛下的英明，臣妾怎麼能不道賀！”
李世民本來也沒想殺魏徵，他這麼說其實隻是發泄發泄而已。現在皇後又給了他這麼大一頂高帽，他當然更沒有理由生氣了，於是就把連日來的不愉快全都拋到了九霄雲外。也正是在這一年，魏徵敏感地覺察出了太宗心理上的微妙變化。他直言不諱地對李世民說：“陛下如今不再喜歡直言了。雖然還勉強接受，但早已沒有了往日的豁達。”
同樣是在這段時間，魏徵開始以自己的“目疾”為借口，屢屢“求為散官”。按照儒家經典教義來改造皇帝，自王莽死於亂刃以後，就成了儒家知識分子們退而求其次的理想。明君唐太宗，正是這種理想的產物。追溯起來，這種改造與被改造，其實是從玄武門事變後開始的。事變後的太宗，急於獲得社會輿論的認可，自然就和懷有“內聖外王”理想的儒家知識分子們一拍即合。
這種結合，一開始就有著形式主義和功利主義的特征。與王莽當年對“內聖”的主動追求，是不可同日而語的。所以，王莽即便是逼死自己的兒子，也仍然可以感受到道德潔癖所帶來的強烈快感。但對唐太宗來說則完全相反，在對“內聖”的偽追求過程中，他無時無刻不感受到物欲所帶來的煎熬。
所以，改造唐太宗的活動，最終演變成了單純的進諫和納諫活動，而且完全流於形式主義。太宗不斷地納諫，不斷地獎賞進諫者，但對於執行進諫的內容，卻一直都興趣索然。
這種形式主義的遊戲玩久了，有時候也會令人感到厭倦。貞觀十一年（637年），李世民就對魏徵發牢騷說：“進諫的人都指責朕遊獵過於頻繁。如今天下無事，但武備是不能鬆弛的，朕時而與左右之人在後苑狩獵，又沒有勞民傷財，這又有什麼錯？”
魏徵很少有這樣無奈的回答：“陛下既然讓大家進諫，就應該讓大家暢所欲言。如果說得對，陛下采納了，對國家自然有好處；如果說得不對，陛下不予理會，也沒什麼損失。”
魏徵的回答裏流露出了強烈的悲觀情緒。從唐太宗的牢騷裏，可以清晰地感受到一種發自內心深處的抗拒情緒。魏徵在進諫的時候說道：“陛下這些年來，一直濫用民力。而且還振振有詞，說什麼‘百姓無事則驕逸，勞役則易使’。”
貞觀十六年（640年），魏徵染病臥床，李世民下令把為自己修建小殿的材料，全部為魏徵營構大房屋。隨後，李世民親自去看魏徵。魏徵叩拜後正想講話，太宗就搶先對魏徵說：“朕知道你又要來勸諫朕不要花費這些錢財幫你蓋房子。朕告訴你，這些東西都沒有另外花錢，因為這些材料本來就是要替宮中添一座小殿用的，朕現在停止蓋小殿，把這些材料送過來給你蓋正寢，並沒有多耗一分國家的錢，所以你不用操心了。”
魏徵聽了這話，當然感動地磕頭如搗蒜。過了幾天，魏徵病重，唐太宗又來到魏徵家中，撫著魏徵的手臂，痛哭流涕，並問魏徵想要什麼東西？魏徵回答說：“臣不要任何的東西與撫恤，臣隻擔憂國家的興亡。”不久，魏徵病逝家中。
隨後的日子，李世民一直沉浸在綿長的哀思之中。魏徵的離世不僅讓李世民失去了一個臣子，更是讓他失去了生命中最重要的一位良師益友。
在一種難以排遣的寥落和寂寞中，李世民不禁對侍臣發出了一番感歎：“夫以銅為鏡，可以正衣冠；以古為鏡，可以知興替；以人為鏡，可以明得失。朕常保此三鏡，以防己過。今魏徵殂逝，遂亡一鏡矣！”
魏徵死後半年，李世民就開始懷疑魏徵在朝廷內有結黨營私的嫌疑。後來，李世民又得知消息：魏徵曾把自己給皇帝提建議的書稿給當時記錄曆史的官員褚遂良翻閱。李世民懷疑魏徵是故意靠自己來博取清正之名，心裏很不高興。先前李世民已經同意把衡山公主許配給魏徵的長子魏叔玉，這時也後悔了，甚至下旨解除了婚約。到後來他越想越惱火，便下令推倒了魏徵的墓碑。
為什麼李世民對魏徵的態度會有如此大的轉變？在李世民的心目中，魏徵的身份既尷尬又重要。他是貞觀之治這盤棋局上最為重要的一顆棋子。魏徵既不是山東貴族，又不是山東武人，他的責任也不僅僅是用來聯絡山東豪傑，更重要的是監視山東貴族及關隴集團，同時分合操縱帝國的政治派別，讓他們既相互團結，又相互掣肘，形成分而不裂、合而不黏的局麵。如果魏徵的行動越過李世民賦予的這種權力，就可能會觸犯到君王的政治底線。魏徵推薦杜正倫為相。杜正倫的出身是山東豪門，所以李世民賦予魏徵監視山東貴族的作用就有可能消失，反而落了個聯合山東集團文武兩大勢力的嫌疑。魏徵又舉薦侯君集。侯君集與李世民都屬於關隴集團，如此一來就等於聯合了東西文武三大勢力。魏徵作為三大勢力的樞紐人物，這是李世民最不能容忍的地方。侯君集後來還牽涉太子李承乾謀反被殺，而這時候魏徵已經不在這個世界上。
貞觀十八年（642年）初，李世民東征高句麗失敗後，有感而發：“如果魏徵在，決不會讓我有今天的失敗。”他一邊承認錯誤，一邊又下令重修了魏徵墓，並且讓魏徵的兒子承襲了國公的爵位。李世民的真正用意是修複自己的麵子，重塑自己納諫惜臣的光輝形象。