史家對光武帝薄待馬援，向有議論。光武於功臣恩至渥也，位以崇，身以安，名以不損，而獨於馬援寡恩焉。這是馬援貪功邀名所自取其咎，“抑援自取之乎?宣力以適人之國家，而卒逢罪譴者，或忌其強，或惡其不遜，而援非也，為光武所厭而已矣”。
為什麼遭到光武帝討厭呢?馬援之咎在於“將帥貪功”。天下已定，功名已著，全體膚以報親，安祿位以戴君也就可以了，“奚必馬革裹屍而後為愉快哉”,結果弄得個“身死名辱，家世幾為不保”的下場。
馬援在光武帝一代是有數的名將。他“少有大誌”,原籍和竇融一樣為扶風人，後在王莽時代因不守新朝王法而亡命北地郡，在那裏經營牧畜，成為富豪，“至有牛馬羊數千頭，穀數萬斛”,但馬援並不甘心一生就過這樣的生活，把錢財全都散給昆朋故舊。這一點與竇融同樣有遊俠之風。
王莽末天下大亂時，馬援“避地涼州”,後來就留在西州，為隗囂出謀劃策。此後一直往來觀察遊說於隴、蜀和光武帝政權之間，還向隗囂對比了公孫述和光武帝的優劣，覺得光武帝比當年漢高祖劉邦還要高明，因此勸隗囂向洛陽稱臣。馬援隨隗囂長子隗恂入質洛陽後，便一直在東漢為臣。
在光武帝平定隗囂割據勢力的戰爭中，馬援就憑他在隴中的舊關係，說服了許多隗囂故將“往來遊說囂將高峻、任禹之屬，下及羌豪，為陳禍福，以離囂黨”。隗囂敗後，馬援先後又立下新功，為光武帝先後征討西羌、平定交陸征側、征貳起兵，最後又以年老之體，率軍出征北方烏桓和南方武陵的五溪蠻，最後卒於南征軍中。
如果從軍功方麵看，馬援在東漢初年可謂最著，他東伐西討，南征北戰，為東漢大大開拓了疆土，為鞏固和發展我國統一的多民族國家可以說立下了不朽功勳。前人對馬援的戰功，留下許多讚詩，清人觀保有一首詩說：
漢時勤異域，新息建殊功。銅柱勳名著，辰溪祀享崇。當年讒薏苡，此日蔭梧桐。嶺首雄祠在，依然矍鑠翁。
新息指光武曾封馬援為新息侯，銅柱指在馬援死後給他鑄立的紀功銅柱。至今在兩廣湖南一帶各地，仍存在紀念馬援的伏波廟、伏波祠、伏波墓等遺跡，說明後人對他功績的追念。
但馬援一生的最後結局卻是以悲劇告終的。馬援指揮的最後一次南征五溪蠻的戰役，因指揮失誤，士卒疫死者甚眾。再加上竇融侄竇固和梁統子梁鬆夥同耿食、耿舒兄弟進讒，這一切終激起光武帝大怒，不僅派梁鬆去前線代馬援統兵，撤其職務，而且在馬援死後，又“追收援新息侯印綬”。不但如此，大將馬武和侯昱又誣奏馬援在南征交趾中帶回不少“明珠文犀”,貪為己有，使得光武帝聽到這個消息後愈益震怒。
因為這些原因馬援死後，喪事辦得十分蕭條淒涼，“援妻孥惶懼，不敢以喪還舊塋，裁買城西數畝地槁葬而已。賓客故人莫敢與會”。他的妻子和兒子馬嚴“草索相連，詣闕請罪”。後來幸好雲陽令朱勃仗義執言，為馬援上書鳴冤，最後才給這一代名將平反，得以歸葬故裏，明帝時追封為忠成侯。史家對馬援的冤案議論頗多，最主要的是因為他一生所作所為威脅到了皇權和中央集權。一般封建君主最怕的就是臣下居功自傲，擁兵自樹。
而馬援則在天下既定之後，光武帝已明白暗示功臣交出兵權，提倡偃武息兵的情況下，一而再、再而三地請纓出征，不但如此，而且屢出狂言。在平定二征以後，他大開慶功宴，在慶功宴上對部下說“吾慷慨多大誌”,人生在世，怎麼可以“衣食裁足，乘下澤車”,便“守墳墓，鄉裏稱善人”,自行退伍呢?他躊躇滿誌地說：“今賴士大夫之力，被蒙大恩，猥先諸君紆佩金紫，且喜且慚”。“吏士皆伏稱萬歲”。而在班師洛陽之後，馬援還想再領重兵，北征匈奴、烏桓，自稱“男兒要當死於邊野，以馬革裹屍還葬耳，何能臥床上在兒女子手中邪”。這些豪言壯語應當說還是讓人可敬可佩的，可以為後世有誌男兒的座右銘。但馬援恐怕做夢也不會想到，在封建社會尤其是在皇帝心中，這些全都是犯忌之詞。
當時光武帝正鼓勵各功臣離開軍旅，歸田致仕之際，馬援的這些要求不正給皇帝製造難題嗎?從這一點上可以看出，竇融比馬援聰明，自動數次乞求退休致仕，也正因為這樣在光武帝一朝他才能保爵祿一生，馬援自己卻因為不能“自貴”,終致身敗。
其次，馬援還犯了光武帝的第二忌。在封建中央集權的時代，皇帝最不喜歡的就是臣下結黨營私，因此要求他們在這方麵也要深自檢點。鄧禹、李通全都深通此道，一再“避權勢”“遠名勢”。與之相反，馬援卻“務開恩信，寬以待下，任吏以職，但總大體而已”,都用這樣的手段來收買人心，招致“賓客故人，日滿其門”。