他不團結同僚，而且居功自傲。有一次馬援生病，梁統子梁鬆前來看望他，拜在床下，馬援竟不搭理。梁鬆走後，馬援家人問他：“梁統是皇帝女婿，貴重朝廷，在公卿中很有地位，大人為何如此無禮。”馬援卻說：“我是梁鬆父親之友，他雖貴為帝婿，我怎能失其序乎?”這一點讓梁鬆記恨在心。在平常的時候，馬援也常倚老賣老，常常正色教訓梁鬆、竇固等，告訴他們“凡人為貴，當使可賤”,要“居高自持”,才能免禍。
建武二十四年(公元48),馬武、耿舒等十二郡將士由馬援率領出征時，馬援又對他的朋友表示最害怕那些權要子弟跟在左右，“殊難得調，介介獨惡是耳”。“介介”是“耿耿於懷”的意思。心中懷著這樣的心情出征，必然要與諸將部下發生矛盾，以致最後終於遭到這些貴戚權要們的中傷。所以馬援之敗，從這些事看也是意料中事。除了這些以外，馬援還常常自作聰明，鋒芒畢露，史稱他“為人明須發，眉目如畫。閑於進對，尤善述前世行事。每言及三輔長者，下至閭裏少年，皆可觀聽。自皇太子、諸王侍聞者，莫不屬耳忘倦”。
建武二十年(公元44),馬援在平定二征之亂後班師回朝，又將一麵交恥銅鼓鑄為馬式，獻給光武帝，並為此上表說“馬者甲兵之本，國之大用”,建議以此馬為法，選擇好馬。光武帝雖然表麵上同意將此銅馬置於殿前，以為名馬之式。但對馬援好戰興兵的言論，在內心中定是不以為然的。建武二十四年，馬援年已六十二歲，仍請兵征五溪蠻。這時光武帝對馬援已經有些生厭，表麵裝作“湣其老，未許之”。但是，馬援依然不知趣地自請曰“臣尚能披甲上馬”“帝令試之。援據鞍顧眄，以示可用”。光武帝見到這種情況不得不誇獎說“嬰鑠哉是翁也”!結果正因為是此戰失利，使東漢南征軍傷亡慘重。馬援最後的幾次戰爭，都使東漢兵力大受損傷。他在征羌戰爭中，已因年老而顯得指揮不力，自己中了敵矢。
羌戰耗費多年，很多朝臣都建議放棄羌地。後來幸馬援建議在當地“開導水田，勸以耕改”,才使湟中問題得以解決。平定交恥戰役，馬援所部軍“經瘴疫死者十四五”,那一仗也算損失慘重。最後征武陵五溪蠻，馬援雖老年壯誌未衰，無奈畢竟年老精力所限，指揮作戰時已經大受影響。耿舒等告他“伏波類西域商胡，到一處輒止”,馬援固執己見，不聽諸將勸告，終致敗績。
最後，馬援子侄們的不檢點，惹是生非，這些也使光武對馬援失去恩寵。史稱，馬援的“兄子嚴、敦並喜譏議，而輕通俠客”,因此得罪了許多貴戚高官。馬援征平二征後，特地從交趾帶回一車當地特產薏苡仁，本來想在內地種植，以勝瘴氣。可是結果“時人以為南土珍怪，權貴皆望之”,有人上書譖之為“所載還皆明珠文犀”,惹得光武帝對馬援不滿總爆發。
以上種種可以看出，光武帝對馬援的芥蒂是由來已久，最後對他罷官追爵，並非一事一言之因。這種事可以看作是封建社會中央集權製度下君與臣複雜關係的一個縮影，可以說是封建皇朝不可避免的悲劇。
光武帝的功臣貴戚政策，他的處理君臣關係，雖是以優容柔道為主，給予高位，厚其賞賜，結以姻親，使他們晚年大部能頤養安度。但此政策不是無條件的，其條件就是一方麵要求他們交出大權，讓他們去適應新建王朝的形勢，習儒術以和國策相容，務儉養廉以保持晚節；在另一方麵則絕不容許妨礙中央集權的強化和皇權的加強，若有違背，則不管官高位隆，也絕不寬待。
光武帝對待功臣貴戚的總方針還是養起來的政策，也就是王夫之所謂的“恩至渥”的政策，“位以察，身以安，名以不損”。他的大部分功臣最終結局都是這樣的。但是有一條重要原則是，絕不“授以權”。這是光武帝所特意注意的，帝方以吏事責三公，故功臣並不用，朱浮所向光武帝上疏所說的：“即位以來，不用舊典，信刺舉之官，黜鼎輔之任”“覆案不關三府，罪譴不蒙澄察”,政權決策愈歸於下層百石之吏，這樣做才能讓光武帝劉秀放心。這方是光武帝建立新朝、大力強化皇權的本意。所以即使功臣與三公中有十分聰明幹練可以治國的重臣大吏，光武帝也並不重用，王夫之分析得甚為透徹：
任為將帥而明於治道者，古今鮮矣。而光武帝獨多得之。來歙刺傷，口占遺表而不及軍事，而亟薦段襄，曰：理國以得賢為本。此豈武臣之所及哉!歙也，祭遵也，吳漢也，皆出可為能吏，入可為大臣者也。然而光武終不任將帥以宰輔，諸將亦各安，而不欲於鼎鉉。嗚呼，意深遠矣。故三代以下，君臣交盡其美，唯東漢為盛焉。