考古學與金石學或古器物學之間最重要的區別，就是前者能用科學的方法尋找和獲取到準確可靠的實物資料。曹操墓得到確認的根據之一，即帶有“魏武王”文字的石牌、兵器等，是否可能是有人故意藏在裏麵的？這一疑問就直接關係到考古學是怎樣進行發掘的問題。如果了解考古學，就會知道這種可能即便有，也騙不了考古學家。
考古學基本理論方法中的地層學，正是為了能科學地獲取地下埋藏的遺物，保證遺物的真實可靠性而出現的方法。所謂地層學，就是在進行發掘時，根據土質、土色等確定不同的層位。舉個例子：在一個遺址中，漢代人活動留下了堆積，以後唐朝人活動又留下一些堆積，再後來宋朝人也留下一些堆積。考古發掘時，根據土質、土色和包含物可以清楚地發現不同地層，不同的地層也分別代表著不同的時代。人們在參觀考古工地或者看到考古報告的圖片時，經常會看到遺跡剖麵畫出不同的線，就是表示不同的層位，這在考古發掘中非常重要，也是最基本的常識。按照這個規程進行考古發掘，不存在某人能夠把一件東西放到遺跡中而辨認不出來的。墓葬也是一樣，即便被盜擾過的墓，考古發掘完全可以把不同時期被擾亂的堆積和原來的狀態區別開來，據此分析遺跡反映的曆史信息。在曹操墓的發掘中，有三件石牌是在一個漆器下麵發現的，古代的漆木件隻要一動，就會蕩然無存了，因此三件石牌沒有移位。
如果假設某人把一個造假的文物埋到遺址或墓葬中，如同上麵的例子，要把一件物品埋到東漢的文化層中，隻有挖開宋、唐文化層，而埋入後再回填必然留下痕跡，土質、土色都會有變化，這種情況在考古學上叫做“打破關係”，即後來的人為活動打破了宋、唐地層，考古學家不會因為這件物品在東漢文化層的深度而認為它就是東漢的遺物，因為打破的開口會在唐、宋、現代土層之上，這件物品應該屬於現代，這在考古學來說是基本常識。
考古發掘獲得的正是第一手資料，對發現的遺存可以有不同解釋，但不必懷疑考古學獲取材料的科學性和準確性。考古學與挖寶、盜墓有天壤之別。掌握發掘技術需要嚴格的訓練和科學的頭腦。科學發掘出土的文物和傳世收藏品不同，有地層學依據，不存在真假問題。因此，不能以傳世文物為標準來確定科學發掘出土文物的真偽，相反，傳世文物的真偽鑒定，通常要靠發掘出土品來比較鑒定。
也許會有發掘時出現失誤，以及出土文物的年代沒有直接證明的情況，這時，考古學的另一個方法“類型學”就顯得重要了。簡單地說，“類型學”是研究物品樣式、特征的學問。因為任何物品都具有造型、紋樣、顏色、材質、工藝等特點，很多物品是沿著一定的軌道演化的，“類型學”就是在器物演變序列中判別物品的年代。考古“類型學”並非僅僅是研究個體器物的方法，它是通過對包括遺跡、遺物、遺痕在內的“遺存”形態加以排比，來確定遺存的時間與空間關係。即便某件出土文物是前所未有的發現，缺乏以往演變序列的標尺，但由於是科學發掘，出土文物都有載體和環境，還經常與其他遺物具有共存關係，大量信息的綜合，仍然會保證考古學家正確判定遺存性質的概率。
如果了解了“類型學”方法，就會知道曹操墓出土墓誌銘的可能性極小，甚至可以說不會有墓誌銘。中國古代喪葬活動中，西漢到東漢的高級貴族一般是在墓前立碑，魏晉時期開始嚴禁，後來有的人將墓前所立的碑，改換形態後埋入墓中，再後來變成了方形、石質、帶盝頂蓋的墓誌銘，這已經是南北朝以後的事了。至於刻有“黃豆二升”、“刀尺一”等文字的石牌，當然不是倉庫裏的說明牌，而是漢代墓葬中常見的“遣冊”，即隨葬物品清單，上麵書寫著物品的名稱及數量，有時可以與實物對照，有時是象征性的，這在以往發掘的漢代墓葬中不止一次發現。
曹操墓發現之後，人們聯想到了曆史上關於曹操“疑塚”的傳說，懷疑這座墓是否就是曹操的疑塚。這個問題就涉及史料學或史源學了。首先應該看到，在早期正史記載中，曹操是東漢丞相、魏國國王，死後的安葬並沒有秘密進行，曹操的兒子曹丕在其《武帝哀策文》一文中對出殯情景有生動描寫，曹操第三子曹植的《誄文》也能看出曹操的喪葬活動是公開的。直到唐代，太宗李世民路過鄴城曹操墓，曾作《祭魏太祖文》，唐代《元和郡縣誌》也記載了曹操墓的位置。十分明確的是，唐代之前對曹操墓的地點認定很清楚。所謂“疑塚”，起自北宋王安石《將次相州》詩：“青山如浪入漳州，銅雀台西八九丘。螻蟻往還空壟畝，騏麟埋沒幾春秋。功名蓋世知誰是，氣力回天到此休。何必地中餘故物，魏公諸子分衣裘。”此後的人們疊加演繹，元人楊渙《山陵雜記》雲：“曹操沒，恐人發其塚，乃設疑塚七十二，在漳河之上。”到了明代，李賢等撰《明一統誌》在“彰德府”記“曹操疑塚”條：“在講武城外，凡七十二處，森然彌望。高者如小山布列，直至磁州而止。”可以看出，宋代以後，“疑塚”之說才在詩文傳說中出現，曆史學不會把“疑塚”說當成真正的史實，“疑塚”說不過是後來的、靠不住的民間故事或野史傳說。另外，考古學針對傳說中漳河岸邊的疑塚或七十二疑塚進行過實地考察，查明是北朝的大型古墓群，已經發掘的都是實實在在的北朝墓。曹操“疑塚”之說純屬無稽之談。
三、“啞巴證據”如何說明曹操墓的真實性曆史和現實社會中的挖寶、鑒寶活動等，常常衍生出很多似是而非的傳奇故事。在考古學家眼中的“珍寶”，無非是研究曆史的實物史料。挖寶、鑒寶者不屑的“破爛”也許具有很高的學術價值。
曹操墓發現後，“疑塚”之說重新提起，顯然也是人們對考古學作為現代學科的出現缺乏了解。早在20世紀初，中國史學界出現了以顧頡剛為首的“疑古派”，他們懷疑大量先秦古籍記載的真實可靠性，把古史理解為一個“層累地造成”的過程。顧頡剛作出了如下概括：第一，時代愈後，傳說中的古史越長。第二，時代愈後，傳說中的中心人物愈放愈大。越是早出的文獻，所涉及的古史越短。越是晚出的文獻，它所構造的曆史便越長。從邏輯上說，後時代的人，不應詳盡地記敘前代人尚未提及的人物和事件，因此，這種記敘是後人一層一層疊加上去的，因而是靠不住的。顧頡剛還列舉了很多實例，如《詩經》、《尚書》、《論語》對堯、舜、禹的記載，《詩經·商頌》中，禹被視為開天辟地的神，《詩經·魯頌》中，禹開始被看做是最早的人王，在《論語》中禹更具體地被描繪成一個耕稼的人王。堯、舜在《詩經》和《尚書》中沒有提到，《論語》開始論及他們語焉不詳，而在更後起的《堯典》中，他們的事跡才逐漸具體化。“層累地造成”是一種曆史觀，又是一種研究方法，它指出了史學研究中即使不能知道某些曆史事件的真實，但可以知道在傳說中的最早的狀況。曆史研究應該把每一件史事的記載，依先後出現的次序排列起來，疏通源流，研究這件史事的漸漸演進及其原因。