曾國藩在長沙待了十幾天之後，趕到武昌。在武昌，曾國藩也像在長沙那樣，和湖北的官員打成一片，建立了良好的關係。接著，曾國藩坐船趕到了黃州府下遊五十裏處的巴河，與彭玉麟、楊載福、李續賓、鮑超等人會合。
幾番問候之後，大家共商軍機要事。經過一番分析，曾國藩做出了如下方案，由曾國荃率領吉字營圍攻吉安；由李續賓、彭玉麟、曾國華、鮑超等營在安慶落足，進入安徽戰場，配合胡林翼作戰；由曾國藩親率領剩下的蕭啟江、張運蘭、吳國佐各部，前去支援浙江。
為保險起見，李續賓從自己的部隊裏撥出千餘人作為曾國藩的親兵護衛營。曾國藩路過九江的時候，想起江西巡撫還沒去拜會，於是來到了江西巡撫衙門，見到了時任江西巡撫的耆齡。耆齡不像陳啟邁、文俊那樣故意刁難曾國藩，而是表示全力支持湘軍，為湘軍提供一切需要。曾國藩很是高興，因為一直以來困擾他的軍餉大事終於解訣了。
曾國藩再度出山重掌湘軍大權後，但是他的身份仍是一個賦閑在家的兵部侍郎，因為皇帝仍然不想給他督撫之權，隻是拿他救急，讓他當抵擋石達開的遊擊之師。
鹹豐八年( 1858 )九月，曾國藩到達江西時，石達開已經轉赴福建，曾國藩遂計劃追隨入閩，卻傳來了一個噩耗——他弟弟曾國華戰死三河鎮。
原來，石達開出走之後，洪秀全放手起用陳玉成、李秀成等一批年輕有為的天才將領，解決了失去楊秀清、石達開導致的人才危機。由於江北江南兩個大營的作戰不利，給了瀕死的太平天國喘氣的機會。太平天國居然又漸漸恢複活力，李秀成、陳玉成為了解天京之圍，施圍魏救趙之計，進軍安徽，攻下了廬州(就是曾國藩的好友和親家殉國的地方)，把江北大營的清軍調動出來，破了江北大營。這一勝利使李秀成、陳玉成威名遠揚，太平軍又重新嘚瑟起來了，前鋒直指廬州。
安慶失陷後，廬州就成了安徽的省府，省會失陷當然是大事，所以鹹豐皇帝命令正準備進攻安徽他處的湘軍名將、羅澤南的接班人李續賓，立即移師奪回廬州。李續賓十天之內七奉鹹豐皇帝的嚴命，於是不得不前往攻城。其實鹹豐這又是一次瞎指揮，李續賓部隻有八千人，並且正當連續作戰之後，讓他們奔襲數百裏，破太平軍重重防線，再攻下廬州，是一個幾乎不可能完成的任務。但是鹹豐一再嚴命，李續賓也隻能盡力而為，他二十天內連下桐城、舒城，九月底進紮廬州城南七十裏的三河鎮。
三河城小而堅，地當要道，又是太平軍的屯糧之所，太平軍在此堅固設防，駐紮重兵，使李續賓寸步難行。
李續賓連年苦戰未得休整，進入安徽後又孤軍深入，屢犯兵家大忌。太平軍抓住機會發起圍攻，李續賓六千精銳被全殲，李續賓及曾國藩的親弟弟曾國華皆死於軍中。
李續賓是羅澤南之後湘軍最重要的骨幹，也是湘軍最精銳的核心。曾國藩得信“中夜以思，淚如雨下”。他說:“三河之大變，全局破壞，與鹹豐四年冬間相似，情懷難堪。”胡林翼聞訊也“大慟仆地，嘔血不能起。”此時胡林翼正因母喪丁憂，接到曾國藩的信之後，急忙複出。
就在曾國藩和胡林翼商議如何重振湘軍，替李續賓和曾國華報仇雪恨的時候，瞎指揮的鹹豐皇帝又下旨了，讓曾國藩去追剿石達開。
原來石達開在福建廣東江西折騰一陣之後，由於沒有固定的根據地，又被各路清軍追著打，所以一路向西入了川。
曾國藩報仇心切，他哪裏願意去追石達開呢？可是麵對皇上的旨意，他有不能不執行，於是，他暗示胡林翼上了折子，陳訴安徽匪情的厲害以及清軍的戰況，另外，他還慫恿湖廣總督官文上奏，建議不要讓曾國藩入蜀，而是留下來圖皖。
曾國藩雖然不願奉命入川，但也不再像以前那樣公開抗旨，而是連上數折，或托詞所部正攻打景德鎮，無法分身，或者講可以滅敵於湖南而不必入蜀，或托言江西、安徽當守，多方周旋，剛柔相濟。他還在折子中提到一旦讓太平軍坐大，勢必像上次那樣威脅京城，而四川乃蠻荒之地，石達開往那邊走，等於自尋死路。