鹹豐皇帝一聽這樣，同意曾國藩留下來與胡林翼合軍一處，修複湘軍戰鬥力，共謀恢複安徽。
曾國藩為了防止朝廷大臣再使絆子，秘密讓人送了一批財物給皇帝身邊的紅人肅順，還有懿貴妃。他並不知道，這時候的懿貴妃，已經在鹹豐皇帝的寵愛之下，幫忙處理一些國事了。
此時，李鴻章也投奔曾國藩門下，曾國藩很是高興，因為他知道李鴻章的才華和謀略。在李鴻章的出謀劃策之下，鹹豐九年(1859年) 九月，曾國藩和胡林翼製訂了向安徽進軍的計劃:兵分三路，第一路由都興阿、多隆阿、鮑超及楊載福圍攻安慶:第二路由曾國藩率兵攻太湖、潛山、桐城;第三路由胡林翼率兵取道英山、舒城、六安，之後曾國藩又親自率領第一路軍隊進攻安慶。
早在創建湘軍之初，曾國藩就把平定太平軍的重點放在四個城市:武昌、九江、安慶、南京。他的總體計劃是穩紮穩打，沿著長江，一個個地拔釘子。現在，武昌、九江已下，下一個重點自然就成了安慶。
安慶是長江邊上的重鎮，決定著長江上的航運安全，南京之所以能一直保障安全和糧餉供給，就是因為太平軍掌握了安慶，掌握了長江的運輸線。
此時天下戰局中，國家正規軍即江南大營和湘軍的競爭態勢更加鮮明。李秀成、陳玉成雖然用計徹底掃滅了江北大營，但是江南大營卻沒有受到影響。江南大營在和春與何桂清的合力經營下，戰果相當喜人。特別是進入鹹豐九年後，江南大營攻下了南京城外的重鎮浦口，對南京形成了合圍之勢。按江南大營方麵的估計，南京城有可能在一年多的時間內被攻陷。
但是曾國藩和胡林翼話卻不這麼認為，因為他們對江南大營太了解了。
江南大營典型地體現了清代國家軍隊的所有缺點。首先是兵源。前文講過，曾國藩招兵，以“樸實而有農夫土氣者為上。其油頭滑麵，有市井氣者，有衙門氣者，概不收用”。而江南大營多數士兵皆募自沿海地區的城市遊民，尤以廣東潮勇為多，這些人恰恰正是湘軍堅決不用的市井無賴之徒。這樣募來的士兵實際上隻能是一群“烏合之眾，漫無紀律，無事則虛糜糧餉，有事則臨陣潰逃”。
其次是管理。湘軍強調兵為將有，利用門生故吏宗族鄉黨等關係，對全軍官兵將弁逐層逐級加以控製，因此如臂使指，非常團結。江南大營的兵丁則是抽自各省，派係眾多，心誌不一。兵丁籍貫南達兩廣，西及川、楚，東到江、浙，北抵山東。各省部隊間矛盾重重。士兵不團結，將領之間芥蒂更深。江南大營早期，向榮和下屬中的滿族將領和春、蘇布通阿、福興均不和。和春繼任之後，因“權勢既大，矜驕不免，喜諛惡直，是其素性”目，與主將張國梁的矛盾非常突出。
最後是軍紀。曾國藩對軍中廉政建設抓得很緊，一旦發現貪汙中飽私囊行為，曾國藩嚴懲不貸，從不姑息。副將楊複成、彭得勝因克扣軍餉，曾國藩上奏朝廷正法處之。
而江南大營卻極為腐敗。和春、張國梁除了互相鬥爭外，還各自任用私人，培植親信，腐敗不堪。
江南大營之所以能夠打幾場所謂的勝仗，勸都是依仗著湘軍拖住了太平軍的精銳，使李秀成和陳玉成無暇對付江南大營，這才讓江南大營得了一點贏頭。遠在北京的鹹豐皇帝看不到問題的關鍵，曾國藩和胡林翼是很明白的。
對於鹹豐皇帝的偏心，胡林翼也有些氣憤，但是他沒有辦法。
胡林翼沒有辦法，但曾國藩有法子。（預知後事，請看下一節）