權力欲望很強的慈禧不會輕易放權，坐冷板凳的奕訢不會善罷甘休，大清已有先例，像鼇拜那樣的權臣，都能輕易被拿下，對付沒有兵權的幾個人，還不是手到擒來？
胡林翼的預測是準確的。果然，就在鹹豐去世後不過兩個多月，太後慈禧和恭親王奕訢就聯手發動了宮廷政變，肅順等三位讚襄大臣被誅。
雖然曾國藩一生的原則是不攀附權貴，和肅順的個人關係並不親密，但是誰都知道，曾國藩是“肅順這條線”上的人。肅順已倒，很多人都擔心他會不會受到牽連？
出乎意料的是，曾國藩的權位在政變後不但沒有受到任何影響，反而還進一步提升。鹹豐十年( 1861)十月十八日，政變後不到二十天，朝廷就發布諭旨（其實就是慈禧的意思）:“欽差大臣兩江總督曾國藩，著統轄江蘇、安徽、江西三省，並浙江全省軍務，所有四省巡撫、提鎮以下各官，悉歸節製。浙江軍務，著杭州將軍瑞昌幫辦。
據說肅順被誅後，“籍其家，搜出私信箱，內唯曾文正無一字。太後歎息，褒為第一正人”。慈禧認為曾國藩與肅順並沒有什麼真正的勾結，但實際上，早在兩年前，曾國藩就以書法的名義，把自己寫給肅順的信給全部要了回來，而他與肅順的交往，都是讓親信口頭去交流的。
薑還是老的辣，曾國藩很早就預防到了這一點，所以事到臨頭，他一點問題都沒有。他已經把握住了朝廷的命脈，要想對付太平軍，非他還真不行，所以加官進爵是意料當中的事。但是他非常清楚樹大招風的道理，慈禧是個疑心病很重的女人，和這女人打交道，還需鬥智鬥勇。
對於朝廷的恩賜，曾國藩則表露出一副誠惶誠恐的樣子，上疏辭謝節製四省，並且說“臣一人權位太重，恐開斯世爭權競勢之風，兼防他日外重內輕之漸”。也就是說，我怕我一個人手中權力太重，以後會導致地方尾大不掉，影響中央的權威。
新班子回複了一段頗帶感情色彩的朱批：“具見謙卑遜順，慮遠思深，得古大臣之體。在曾國藩遠避權勢，自應如此存心，方不至起驕矜之漸。而國家優待重臣，假以事權，從前本有實例。曾國藩曉暢戎機，公忠體國，中外鹹知。當此江浙軍務吃緊生民塗炭，我兩宮皇太後孜孜求治，南望增憂，若非曾國藩之悃忱真摯，亦豈能輕假事權？”
盡管曾國藩這麼謙虛，不想讓人落下口實，說他擁兵自重，向朝廷要權。不得不說，慈禧和奕訢這一對叔嫂聯合，在政治上比鹹豐強了許多。慈禧行事果斷，對待大臣剛柔並濟，使得朝綱為之一振。
宮內嫂子說了算，宮外他做主，與當皇帝沒什麼兩樣了。不過他知道如何尊敬嫂子，有些事情還得與嫂子商量著辦。
和肅順一樣，奕訢也看好曾國藩，心知大清的八旗軍隊確實不行，要是行的話，也用不著他整日和洋人們混在一起，和洋人打交道，一個字：累。
但是為了大清的長治久安，隻有忍。
他知道洋人欺軟怕硬，可洋人的武器好啊，大清軍隊積弱已久，根本不是人家的對手，要不然，他也不會這麼低三下氣的了。
按他和嫂子商量出的辦法，先給曾國藩一點好處，讓湘軍剿滅了太平軍，然後設法割掉曾國藩這條尾巴，朝廷收攏和整頓軍隊，購買洋人的新武器，一旦時機成熟，再與洋人抗衡，隻要大清軍隊管用，大清仍是帝國。
這個方案其實真的很好，用不了幾年，大清真的能夠中興。
為了安撫曾國藩，奕訢又在嫂子的監督下，給曾國藩去了一封私信：我知道你是一個軍事天才，隻要你聽話，幫忙我剿滅太平軍，朝廷不會虧待你的。
哄孩子的時候，要給一塊糖，奕訢就是這麼想的，可是他忘記了，曾國藩不是孩子，是一隻老狐狸。
請辭的表麵功夫做足了，朝廷給與的權力和榮譽，當然要收下。接下來，曾國藩要祭起朝廷這把大刀，除掉一個令他痛恨不已的家夥——前任兩江總督何桂清。（預知後事，請看下一節）