慈禧在奕集團的緊密配合下，擊敗了肅順集團，取得了決定性的政變勝利，掌握了國家的最高權力，接下來是如何穩定人心，控製大局，獎勵功臣，懲罰政敵。
控製大局的第一步是盡快組成新的領導班子，以免造成權力真空。新的領導班子的組成和獎勵有功之臣是結合在一起的。
首先要獎勵的是恭親王奕。奕在這次政變中，運籌帷幄，弛張有度，上下聯絡，左右周旋，是個掌握政變進程的核心人物。而慈禧初涉政壇，缺乏經驗，但她慧眼識人，膽略兼備，對奕，她用而不疑，付以重托，使奕放開手腳地去謀劃，終使政變成功。這次政變，慈禧設謀在先，慈安聽命於後，蕭一山評道：“凡此皆那拉氏之謀，而元後但讚成之而已。”慈禧與奕，配合之默契，堪稱珠聯璧合。因之，對奕，十月一日連發兩道諭旨，一是授予議政王兼軍機大臣，一是補授宗人府宗令。十月二日又連發兩道諭旨，一是補授總管內務府大臣，一是著管理宗人府銀庫。兩天之內，連發四諭。奕得到了除兩宮太後和幼帝之下以外的幾個最重要的職務。其中尤其是議政王這一頭銜，使他明顯地淩駕於其他諸王之上，成為兩宮太後和幼帝之下的第一人。而宗人府位居內閣、六部之上，宗令是宗人府最高長官，是管理皇族內部事務的要職。宗令有權賞罰皇族成員。這就賦予了奕明正言順地處分載垣、端華和肅順的特權。總管內務府大臣是管理宮廷事務的最高長官，因接近皇帝，掌握實權。
其次要獎賞的是這次政變的有功人員。發布上諭，任命大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、戶部右侍郎寶，均著在軍機大臣上行走。原為軍機大臣的戶部左侍郎文祥，仍在軍機大臣上行走。而在這次政變中功勞卓著的鴻臚寺少卿曹毓瑛，著在軍機大臣上學習行走。這樣以恭親王奕為首的新的軍機處組成了。
控製大局的第二步是處罰肅順集團的有關人員。當時有位少詹事許彭壽上一奏折密陳查辦黨援。他提出應做的四件事，一是門禁宜加嚴也，二是產業宜從速查抄也，三是黨援宜嚴密查辦也，四是獄囚宜省釋也。其核心思想是從嚴查辦肅黨的有關人員，從速查抄肅黨的家產。但是，慈禧和奕並沒有采納他的奏折中的一切從嚴的指導思想，而是分清情況，區別對待，寬嚴結合，不興大獄。
對首要分子肅順從嚴處理。十月二日和三日連發兩道上諭，查抄了肅順在熱河和在北京的所有家產。同時慈安和慈禧傳下諭旨，命恭親王奕會同大學士、六部、九卿、翰、詹、科、道會議，對載垣、端華、肅順如何處置，分別輕重，秉公具奏。因載垣等三人是皇族，要依宗人府條例處置。而宗人府有一條優待皇族的法律，即自王以下至宗室，非叛逆重罪，不擬死刑，不禁刑部，這就是給處置載垣等三人帶來了困難。因此久議不決。甚至如奕集團的謀士之一李慈銘者，反而趨向減輕對三人的處罰，並勸潘祖蔭代為上書，潘祖蔭拒絕了他的提議。在這種情況下，熟諳刑律的刑部尚書趙光和其他一些禦史抗論，堅決主張以大逆謀反罪，對三人處以極刑。李慈銘記道：“主原議者，刑書趙光，及諸禦史也。”這樣經幾天爭論，便統一了認識，於十月六日諸王公大臣共上一道奏折，當日便發下一道諭旨：
“鹹豐十一年十月初六日，內閣奉上諭。宗人府會同大學士、六部、九卿、翰、詹、科、道等定擬載垣等罪名，請將載垣、端華、肅順照大逆律淩遲處死等一折。載垣、端華、肅順朋比為奸，專擅跋扈，種種情形，均經明降諭旨，示知中外。至載垣、端華、肅順於七月十七日皇考升遐，即以讚襄政務王、大臣自居，實則我皇考彌留之際，但麵諭載垣等立朕為皇太子，並無令其讚襄政務之諭。載垣等乃造作讚襄名目，諸事並不請旨，擅自主持，即兩宮皇太後麵諭之事，亦敢違阻不行。禦史董元醇條奏皇太後垂簾等事宜，載垣等非獨擅改諭旨，並於召對時有伊等係讚襄朕躬，不能聽命於皇太後，伊等請皇太後看折，亦係多餘之語。當麵咆哮，目無君上的情形，不一而足。且每言親王等不可召見，意存離間。此載垣、端華、肅順之罪狀也。肅順擅坐禦位，於進內廷當差時，出入自由，目無法紀，擅用行宮內禦用器物，於傳取應用物件，抗違不遵，並請分見兩宮皇太後，於召對時，詞氣之間，互有抑揚，意在釁。此又肅順之罪狀也。一切罪狀，均經母後皇太後、聖母皇太後麵諭議政王、軍機大臣，逐款開列，傳知會議王、大臣等知悉。茲據該王、大臣等按律擬罪，請將載垣、端華、肅順淩遲處死，當即召見議政王奕、軍機大臣戶部左侍郎文祥、右侍郎寶、鴻臚寺少卿曹毓瑛、惠親王綿愉、親王奕、醇郡王奕、鍾郡王奕詮，孚郡王奕、睿親王仁壽、大學士賈楨、周祖培、刑部尚書綿森，麵詢以載垣等罪名，無一線可原。據該王、大臣等僉稱，載垣、端華、肅順跋扈不臣均屬罪大惡極，於國法無可寬宥，並無異詞。朕念載垣等均屬宗支，遽以身罹重罪，悉應棄市，能無淚下？惟載垣等前後一切專擅跋扈情形，實屬謀危社稷，是皆列祖、列宗之罪人，非獨淩朕躬為有罪也。在載垣等未嚐不自恃為顧命大臣，縱使作惡多端，定邀寬宥。豈可知讚襄政務，皇考並無此諭，若不重治其罪，何以仰付皇考付托之重，亦何以飭法紀而示萬世？即照該王、大臣等所擬，均即淩遲處死，實屬情真罪當。惟國家本有議親貴之條，尚可量從未減。姑於萬無可貸之中，免其肆市。載垣、端華均著加恩賜令自盡，即派肅親王華豐、刑部尚書綿森，迅即前往宗人府空室傳旨，令其自盡。此為國體起見，非朕之有私於載垣、端華也。至肅順之悖逆狂謬，較載垣等尤甚，極應淩遲處死，以伸國法而快人心。惟朕心究有所未忍。肅順著加恩改為斬立決，即派睿親王仁壽、刑部右侍郎載齡，前往監視行刑，以為大逆不道者戒。至景壽身為國戚，緘默不言，穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛於載垣等竊奪政柄，不能力爭，均屬辜恩溺職。穆蔭在軍機大臣上行走最久，班次在前，情節尤重。該王、大臣等擬請將景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛革職，發往新疆效力贖罪，均屬咎有應得。惟以載垣等凶焰方張，受其鉗製，均有難與爭衡之勢，其不能振作，尚有可原。禦前大臣景壽，著即革職，加恩仍留公爵並額駙品級，免其發遣。兵部尚書穆蔭，著即革職，加恩改為發往軍台效力贖罪。戶部左侍郎匡源、署禮部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革職，加恩免其發遣。欽此。”