禦前大臣景壽，著即革職，加恩仍留公爵並額駙品級，免其發遣。兵部尚書穆蔭，著即革職，加恩改為發往軍台效力贖罪，吏部左侍郎匡源、署禮部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革職，加恩免其發遣。對這五人，基本上是從寬處理的。
此外，又處分了吏部尚書陳孚恩、吏部右侍郎黃宗漢。陳孚恩與肅黨關係密切，鹹豐帝死後，在京城漢大臣中隻命陳孚恩一人赴熱河奔喪。查抄肅順家產內，發現不少陳孚恩親筆書函，中有暗昧不明之語。可見，陳孚恩是肅順一黨的心腹。黃宗漢在鹹豐帝召見時力阻回鑾，鹹豐帝梓宮回京時，他又力阻，意在迎合載垣等。因此，諭旨將陳孚恩、黃宗漢均予革職，永不敘用。同時查抄陳孚恩的家產，將其發往新疆效力贖罪，並收回道光帝賜陳孚恩的禦書“清正良臣”匾額，收回鹹豐帝賜黃宗漢的禦書“忠勤正直”的匾額。侍郎劉昆、侍郎成琦、太仆寺少卿德克津太、候補京堂富績，因與載垣等或來往密切或由其保舉為官，或拜認師生，因此均行革職。
此外，又處置了同肅順交結較密的總管太監杜雙奎、袁添喜、王喜慶三人及太監張保桂、劉二壽等。
這時北京的氣氛相當緊張。與肅順等有正當來往的王公大臣們也感到壓力很大。甚至連睿親王仁壽和醇郡王奕也連忙上一奏折，意在表明自己清白。十月二十一日，睿親王仁壽和醇郡王奕等七位王大臣上一《奏前議郊祀配典並非附會載垣之意折》，說明了他們前一奏折和現在奏折有矛盾之處是受陳孚恩的蒙蔽，並不是有意附會載垣。從中不難看出，當時查辦之激烈，氣氛之緊張，甚至連仁壽、奕這樣的奕黨人也要加以剖白了。當然，這是他們的多慮。事實上，慈禧在諭旨中一再申明要講政策，不興大獄，十月七日諭旨對載垣等三人所屬諸臣說明：“何能與絕無幹涉，以後朕惟以寬大為心，不咎既往。爾諸臣亦毋許再以查辦黨援等事紛紛陳奏，致啟訐告誣陷之風。”在十月十八日的從重懲辦太監杜雙奎的諭旨上再次申明：“此處自無庸再事誅求，以昭寬大。”
而最得人心之舉是燒毀從肅順家中查抄來的帳目及書信。十月二十九日諭旨再次申明：
“因思載垣、端華、肅順權勢薰灼，肅順管理處所尤多，凡內外大小臣工贈答書函，均恐難與拒絕，當茲政令維新，務從寬大。自今以後，諸臣其知滌慮洗心，為國宣力。朕自當開誠相待，一秉大公，斷不咎其既往，稍有猜疑。所有此次查抄肅順家產內賬目書信各件，著議政王、軍機大臣即在軍機處公所公同監視焚毀，毋庸呈覽，以示寬厚和平，禮待臣工至意。”
這一出人意料的舉動產生了極大的反響，變人人自危為人人感恩。兩宮太後，尤其是慈禧的大政治家風度可見一斑。
總之，這一大政變，處理得十分圓滿。原顧命八大臣，處死三人，處分五人；與其關係密切的處理了陳孚恩等六人，太監五人，共計十九人。這與肅順辦理戊午科場案動輒處分牽連數百人，不可同日而語。政變從發動到處理完畢，也隻約一個月時間。時間之短促，也足令人吃驚。《慈禧外紀》評：“慈禧恢廓大度，出之以寬恕。訓政之初，即定為首者之罪，其餘一概不問，以免株連，因之人人稱頌，以得寬大美名。”這是符合當時實際的。又說：“揣太後之意，苟己之目的達，地位固，則不妨示以寬容。即如載垣一案，太後深知載垣不得京中大員之助，決不能如此膽大。但太後雖明知同謀者多，苟非罪狀大著，公然抗逆，則寧藏鐵腕於剪絨手套之中，而不施行於外。因之遂得仁慈聖母之名，京中人民，尤稱頌不已。太後性情，寬嚴並施，此等美稱，實非溢益也。”慈禧因處理得法，得到了朝野的稱頌。她一箭雙雕，既奪得了大權，又博得了美名，她的真實的麵孔被姣美的外貌暫時掩蓋起來。