槍打出頭鳥。有很多人總希望自己能立即出人頭地，所以到處拋頭露麵，結果卻適得其反。李鴻章的信條是：不到萬一，不輕易拋頭露麵，因為嫉恨也能毀人。
鹹豐十年春，太平天國英王陳玉成、忠王李秀成率太平軍擊潰清軍江南大營。四月初，湘軍主要領袖曾國藩、胡林翼、左宗棠、李元度、李鴻章及其兄李瀚章等集會於宿鬆，每日商談時局和應付方針。
左宗棠和胡林翼先後走了以後，又傳來蘇州失守的消息。曾國藩就估計朝廷可能派他去赴援蘇州。四月二十八日（1860年6月17日），他接到十九日（6月4日）朝廷發表他署理兩江總督，並率部赴援蘇州的諭令。就與李鴻章商議陸路分三路進兵，水路還要興練三支水師。
在運籌中，曾國藩往往舉棋不定。五月初十日（6月28日），他上午與李續宜反複討論湘軍對安慶和桐城的圍困應不應該撤，怎麼也拿不定主意。午飯以後，李鴻章來了，幾句話就剖析明白了，於是他給胡林翼寫了信，確定對於安慶和桐城的圍困，要死死地盯住，無論其他戰場如何緊張，這兩處也不能放鬆。曾國藩對李鴻章早就很賞識，自從李鴻章入幕以來，朝夕獻策，更深感他是一個思維敏捷，說理透徹，不可多得的人才。
六月二十四日（8月10日），清政府實授曾國藩為兩江總督，節製蘇皖浙贛四省軍務，成為進攻太平軍的主帥。
七月初三日（8月19日），曾國藩上奏保舉李鴻章，說他“勁氣內斂，才大心細”，可以任兩淮鹽務使實缺。但並不是派他去辦理鹽務，而是讓他去淮陽辦理水師，並擇地開辦船廠，以便用這個水師保護鹽場。免得利源落入太平軍手中。但後來由於祁門大營危機，曾國藩又奏留李鴻章留營辦事。
八月十四日（9月28日），曾國藩派李元度去徽州接辦防務。
行前，曾國藩對他講，此去關係重大，務要守住該城，對他提出五戒：戒浮、戒濫、戒私、戒過謙、戒反複。沒想到剛剛十天，即二十五日（10月9日），李元度就把徽州丟掉，跑到浙江去了。九月六日（10月19日），曾國藩接到李元度的來信，還是設詞為自己開脫的。曾國藩氣壞了，認為他辜負了自己的期望，“此人不足與為善矣。”要求李鴻章再給他擬一道參劾李元度的奏折。
李元度，字次青，是曾國藩的友人。為了表示大公無私，曾國藩準備寫折子參劾他。
李鴻章認為，李元度帶去的是三千名新兵，去對付太平軍主力李侍賢一萬人的大軍，失敗是意中之事，理有可恕；過去與曾國藩又患難相共，情有可原。他勸曾國藩高抬貴手，不要入奏。曾國藩認定要秉公處理，對李鴻章的話也聽不進去了。他在這一天的日記中寫道：
“日內因徽州之敗，深惡次青，而又見同人多不明大義，不達事理，抑鬱不平，遂不能作一事。”在“同人的前，原來寫的是”少荃兩字，說明他原是要寫少荃不明大義的。可見對李鴻章的不滿。
但這一改動又說明，不同意奏勘李元度的不止是鴻章一個人，還有多人。
對李元度處理意見的分歧導致曾李之間的不睦。李鴻章離開祁門大營，去到南昌他長兄李瀚章那裏閑住。
李鴻章對曾國藩的意見不隻這一件。還有湘軍大營設於祁門的問題。祁門在群山之中，外高內低，是所謂“釜底”，為兵家所忌之地。李鴻章屢次勸說移營，曾國藩遲遲不作決定。
鹹豐十一年二月，太平軍李秀成部進入江西撫州、建昌，省城南昌震動。三十日（1861年4月9日），太平軍李侍賢部又攻陷景德鎮，祁門處於四麵包圍。曾國藩對外聯絡不通，專函李鴻章，速催湘軍悍將鮑超進兵景德鎮。