在“塞防”與“海防”之爭，要不要收複伊犁等問題的鬥爭中，李鴻章所向敗北，竟由此產生了個人恩怨。左總督兩江後，李鴻章寫信給行將卸任的兩江總督劉坤一說：左宗棠年事已高，“似精神散漫”，不宜在軍機處為官，才把他調任兩江，把您從兩江調走。這明明在挑撥左、劉之間的關係，希望他們在交接問題上發生糾葛。
與此同時，李鴻章又寫信給四川總督丁寶楨說：左宗棠總督兩江後，可能要變更淮鹽章程，勢必影響川鹽行銷湘、鄂，事關財源，“望公與家兄（李瀚章，湖廣總督）合力謀之，其不可行者，固無妨執簡而爭也”。左宗棠還沒有到任，李鴻章已經在左宗棠出任兩江總督的道路上敷設暗雷了。
左宗棠深恨李鴻章到處營造關係，以淮軍為重而不顧其餘。為此，對李展開了公開的鬥爭。1882年2月，兩江總督上任伊始，左宗棠參劾李鴻章說：李鴻章兄弟一門，“以功名顯，其親黨交遊，能自樹立，文員自監司以上，武職自提鎮富貴者，又各有其親友，輾轉依附，實繁有徒，久之倚勢妄為，官司礙難處置”，李鴻章、瀚章兄弟“宜以身作則，毋與邦人士爭勢競利……臣等忝任疆圻，亦當盡心化誨，俾知以義為利，各思保世承家為報國之本”。這個奏章，對李鴻章兄弟措詞嚴厲。無可否認，左、李兩人之間的恩怨，足以影響、加劇他倆之間在國家大事上的矛盾鬥爭，這在中法戰爭期間是可以看得一清二楚的。
左宗棠進入軍機處時，中法之間的交涉日益頻繁，漸趨緊張，但是，左宗棠從不與執掌中法交涉全權的李鴻章談論國家大事與中外交涉，外示老髦無能。對此，李鴻章頗為得意，他寫信給朋僚說：左督兩江，雖兼南洋通商大臣，但決不敢變亂約章，輕易引起中外糾紛。近來我屢次與他晤談，發現他“不但無鞭撻四夷之心，抑且無經營海上之誌，外強中幹，概可見矣”。滿以為左到兩江，無所作為，享幾年老福而已，誰知1882年春左就任兩江總督後，針對法軍在中越邊境挑釁的軍事行動，估計隨時可能爆發一場中法戰爭。
為此，他在兩江整軍經武，實力備戰，大聲疾呼抗擊法國侵略，李鴻章則在竭力尋求妥協投降。
左宗棠去信詰責李鴻章說：“上年尊處擬派兵船赴越，究竟有無成說？弟未知其詳細辦法”。法國侵越，“越南疆土日削，危及我國邊境。”我總督兩江兼南洋通商大臣，管理長江以南邊務，“則滇粵邊務，亦宜借籌，”“未可坐視”。何以有關滇粵邊境中法交涉事宜，我處“竟寂無聞見”？李鴻章想不到左宗棠始終有“鞭撻四夷之誌”、“經營海上之心”。他意識到今後在辦理中法交涉妥協求和的過程中，將遇到一貫主張抗擊外來侵略的對手。
左宗棠與李鴻章，論資曆，左比李的資格老；論官位，都是大學士、總督，各自掌握著一定的兵權。所以，當時隻有左宗棠堪與李鴻章相頡抗，隻有左宗棠敢與李鴻章進行針鋒相對的鬥爭。