獲知叛亂的消息，嬴政在眾大臣麵前顯得異常沉著、冷靜，他麵無表情地聽完報告，然後胸有成竹地命令相國昌平君及昌文君調發軍隊，前往鹹陽鎮壓。實際上，這是一場嬴政早已料到的叛亂，一切他都已經有所安排。
平叛的戰鬥並不激烈，叛軍不堪一擊，在強大的秦軍麵前一觸即潰，被斬首數百人，從這個數字也可以看出叛軍人數不多。另外，從派去鎮壓平叛的將領也可以看出，年輕的嬴政根本就沒有把放在眼裏。這兩個人，昌平君和昌文君，他們既非名將，又無突出的政績，甚至連名字都沒有留下。昌平君還有點事跡，宋代裴馬因《史記集解》載：“昌平君，楚之公子，（秦）立以為相。後徙於郢，項燕立為荊王，史失其名。”而“昌文君名亦不知也”。派去兩個不知名的人便輕而易舉地將叛亂鎮壓下去，反映出嬴政有別於眾的用兵風格。
叛軍被擊敗，秦王嬴政下令和將衛尉竭、內史肆、佐弋竭、中大夫令齊等二十人，全部梟首（斬首後將人頭懸掛在高杆上示眾），然後將屍體車裂。同時還“滅其宗”，將其家人滿門抄斬。他們的舍人，最輕的處以鬼薪（為官府砍柴的刑罰），更多的人則被處以遷刑，共有四千多家被奪爵遠徙蜀地的房陵（今湖北房縣）。
對於太後，則不能用殺戮的辦法，畢竟她是嬴政的親生母親。盡管嬴政不接受儒家思想，但提倡孝道並非儒家的“專利”，不過太後確實讓嬴政很難堪，心中難以饒恕，於是嬴政把太後遷出鹹陽，令其往雍城居住。
收拾完，該來收拾呂不韋了。秦王政十年（公元前237年），嬴政下令罷免了呂不韋的相國之職，接著又命令他離開鹹陽到食邑地河南去居住。
由於呂不韋執政十幾年，對秦國功勞很大，在各諸侯國中威望很高，所以到河南探望呂不韋的人士眾多，“諸侯賓客使者相望於道”。得知呂不韋周圍的情況後，秦王有些坐立不安了，他怕呂不韋會逃離秦國。那樣的話，憑呂不韋現在的威信，聯絡各國反秦會給秦國帶來危險的。思前想後，既不能派兵前往——出師無名，且易激變；又不便將呂不韋抓回鹹陽——抓來也無法處刑，要處刑早就處了還用等到現在嗎？最後，秦王想出一個好辦法，他派人給呂不韋送去一封信，信中說：“您對秦國有什麼功勞呢？秦國封給您河南之地，食十萬戶；您與秦國有什麼親緣？卻號稱仲父。帶著你的家人到蜀地去住吧。”看到這封信，呂不韋的心都快碎了。它不僅將其對異人、對秦國的功勞一筆勾銷，而且暗含殺機。呂不韋知道嬴政的脾氣，他不死，事不寧，遷徙到蜀地也是個受罪的命，幹脆滿足他算了。於是呂不韋飲毒酒自殺，成全了嬴政，時間是秦王政十二年（公元前235年）。
至此，妨礙嬴政治國秉政的兩大集團被徹底消滅。秦王嬴政在親政後兩年時間內，就為自己的統治掃清了道路，為自己的布局開了一個好頭，並且迅速確立起他個人的威望，盡管手段極其殘暴不仁，但是秦國人、秦國的大臣，尤其是秦國的武將們，看到了秦國統一的曙光，他們需要這樣一個年輕有為、身體健康、處事果斷、臨陣不慌、能夠對敵人無情打擊、且對統一戰爭懷有強烈的必勝信心的君主來領導他們消滅六國，結束曆經上百年的統一戰爭，使自己的名字跟隨著流芳百世。這一點，秦王嬴政沒有讓他們失望。