左宗棠於鹹豐九年（1859年）十二月結束了在湖南巡撫手下的幕客生涯，在進退兩難的情況下，還是采納了王柏心的建議，沿江東下投奔曾國藩去了。
當樊燮京控案結案後，即涉及到了左宗棠的出路問題。此時左宗棠已有意隨同曾國藩攻打太平天國，鹹豐十年（1860年）四月二十日，清政府命兵部郎中左宗棠以四品京堂候補，隨同曾國藩襄辦軍務。但曾國藩卻在是否任用左宗棠襄辦軍務的問題上，顧慮重重，躊躇不決。他承認，長期以來左宗棠在湘撫張亮基、駱秉章幕府，大力支持他籌建湘軍，湘軍“出征”後，為湘軍募勇、集餉，厥功甚大。鹹豐四年（1854年）三月，曾國藩兵敗靖港，投水自盡，湖南布政使徐有壬、按察使陶恩培準備參劾曾國藩，“罷遣湘軍”。就在他兵敗自盡的當天，左宗棠卻從長沙趕往銅官渚，安慰、鼓勵他整軍再戰，雪裏送炭，盛情可感。但他又認為自己與左宗棠的思想基礎不同。左宗棠言大誌高，個性剛強，難以駕馭，雖說謀略甚深，但缺乏實戰經驗。
再者，他與王運發生矛盾時，左宗棠右王而非曾。所以，清政府雖然於四月二十日命左宗棠隨同曾國藩襄辦軍務，曾國藩卻遲遲沒有上奏表態。六月三日，胡林翼致書曾國藩說：“左季高，謀人忠，用情摯而專一，其性情偏激處，如朝有爭臣，室有烈婦，平時當小拂意，臨危難，乃知其可靠，且依仗季公，其功或成。”對此，曾國藩不能不慎重考慮胡林翼的推薦。
就他與胡林翼的關係，與左宗棠的交誼，以及他統率的湘軍的處境而論，權衡利害得失，他不能不俯從胡林翼的請托。如果他把左宗棠拒之千裏之外，不僅開罪胡林翼，並將受到湖南官紳輿論的指責。經過反複“格物窮理”後，鹹豐十年（1860年）六月十六日，曾國藩上奏《請留左宗棠襄辦軍務》，這時左宗棠已經在湖南籌建新軍了。
三是有三種人不可舉薦升官。
跟隨曾國藩從軍打仗的人很多，尤其是出謀劃策的幕僚和下屬，都希望得到曾國藩這位“盟主”的舉薦而飛黃騰達。曾國藩對下屬和幕僚確也不吝舉薦，但他舉薦人是有條件的，有三種人曾國藩不願保奏，一是才高德薄名聲不佳之人，一是才德平平遷升太快的人，一是個人不願出仕者。
第一種人如周騰虎、金安清等，往往一經保舉，即遭彈劾，心欲愛之，實卻害之。例如，周騰虎剛受到奏保，即遭連章彈劾，遂致抑鬱而死，使曾國藩大為傷感。他在1862年9月的《日記》中寫道：老年一膺薦牘，遽被參劾，抑鬱潦倒以死。悠悠毀譽，竟足殺人，良可憐傷。”曾國藩從此接受教訓，其後屢遭彈劾、名聲極壞的金安清在幕中為他出力效命之時，力排眾議，堅持隻用其策，不用其人，並在給曾國荃的信中解釋說：“眉生之見憎於中外，斷非無因而致。”“今若多采其言，率用其人，則彈章嚴旨立時交至，無益於我，反損於渠。餘擬自買米外，不複錄用。”
第二種人如惲世臨、郭嵩燾等，皆經曾國藩直接間接地奏保，於二年之內連升三級，由道員超擢巡撫，複因名聲不佳，升遷太快而被劾降調。曾國藩亦從此接受教訓，待1865年10月清政府欲令李宗羲署漕運總督、丁日昌署理江蘇巡撫而征詢曾國藩的意見時，曾國藩即直抒己見，並提出自己的理由：認為一歲三遷已為非常之遭際。該員廉正有餘，才略稍短，權領封圻未免嫌其過驟。丁日昌雖稱熟悉夷務，而資格太淺，物望未浮。洋人變詐多端，非勳名素著之大臣，不足以戢其詭謀而懾苦難驕氣。該員實難勝此重任。總之是不同意這種安排，以杜升遷太驟之弊。結果，清政府接受了曾國藩的意見，隨即撤消此議。
至於第三種人，本人不願出仕或不願受人恩德，受保之後本人不以為德，反成仇隙，說來頗令曾國藩傷心。雖未知其姓名，卻可斷定確有其事。他在給曾國荃的信中談到奏保之難時說：“近世保人亦有多少為難之處。有保之而旁人不以為然反累斯人者，有保之而本人不以為德反成仇隙者。餘閱世已深，即薦賢亦多顧忌，非昔厚而今薄也。”這可以說是曾國藩的閱曆之得，經驗之談。
世界上有許多事情，單靠讀書窮理是無法弄明白的，隻有那些富於生活閱曆的人，才能夠理解，才了解其中價值。曾國藩看似有悖常理的選人之道。正是如此。