執法成本高，導致查處不力
環境保護執法成本高，主要表現在以下兩方麵：
一是在許多地區，尤其是基層環保部門，由於資金嚴重不足，無力購買必要的檢測設備，甚至人員經費也無法得到保證，隻能降低監測標準，以至於常常出現環保監測不到位現象。
按照國際慣例，環境保護投入應該占GDP的2%，可是這個數字在我國卻隻有1.5%。一方麵，我國政府預算收支科目中沒有環境保護類級科目 7，環境保護投入與社會發展水平不適應；另一方麵，我國環境汙染的轉移支付製度還沒有真正建立起來，環境保護執法成本與違法成本相對背離。所有這些，都提高了執法成本。
尤其是2003年7月1日實施《排汙費征收使用管理條例》後，向企業收取的排汙費采取收支兩條線方式，10%上繳國家財政，5%上繳省級財政，其餘歸地方財政，同時規定排汙費全部要用於治汙、不能再用於環保係統自身建設，問題就變得更加突出。
正因如此，最近五六年來的全國“兩會”上，每年都有代表、委員提交“質詢函”，要求國家財政部在製定政府預算收支科目時，盡快設立“環境保護”科目，以保證各級財政對環保資金的投入得以落實。
二是我國目前4.5萬名環境執法隊伍中，有3.8萬人分布在縣（區）一級。由於環境執法會“影響”地方經濟發展，一些地方政府故意用人員、經費來卡環保部門，讓環保執法“先天不足” 8。
守法成本高，讓老實人吃虧
目前，我國的環境保護麵臨著汙染物排放量大、工業汙染排放日趨複雜、農業麵源汙染和生活汙染上升、持久性有機汙染物增加、環境突發事故增多等問題，環境汙染呈現出結構型、複合型、壓縮型特點，形勢不容樂觀。可是，由於對環保違法違紀案件處理力度偏輕，肇事者往往被罰款了事，而且罰得不痛不癢，從而出現了“逼良為娼”現象。因為“老實人吃虧”，所以原來的守法戶也不得不違法了。
例如，某味精廠建設治理設施投資2億元，平時每天的運行費用要10萬元，可是如果該廠不正常運行治理設施，排放廢水就超標，卻可以省很多錢。環保部門一旦查到，即使是省級一次也隻能罰10萬元，隻相當於它們一天的運行費用。更不用說，在地方保護傘下，一些違法企業往往會“化險為夷”，連這點罰款也不用繳 9。
此外還有，沱江汙染事故造成的損失數以億計，可是對肇事企業的罰款卻隻有100萬元。刑法雖然規定了重大環境汙染事故罪，可是全國因為汙染環境而被追究刑事責任者寥寥無幾。老百姓戲稱缺乏刑事懲治手段的環保案件處罰和治理，是一條“不通電”的“高壓線”。
布局不當，環境汙染事故頻發
最近幾年來，我國環境汙染事故頻發，越來越暴露出工業布局不當所造成的嚴重問題。
舊規劃留下環保沉屙
過去的重化工企業，大多建在大江大河附近，或者主城區內 10。專家估計，目前我國至少有2000家化工企業，地處居民區或城市飲用水源上遊。這樣做的後果是，即使一個常規性的化工事故，隻要處理不慎，就會影響到一個城市的安全。這也是我國目前已經進入環境汙染事故高發期的重要原因。
最典型的是2005年11月13日發生的吉化“11·13爆炸”，沒有被控製在廠內，而是直接引起哈爾濱等城市的水汙染危機，甚至殃及俄羅斯的城市。究其原因在於，這個國內最大的苯胺製造廠臨江而建，工業規劃和布局極不合理，加劇了事故危害性。本來是一家化工廠的一個一般事故，演變成了危害一個城市、一條河流安全的重大事故。
自1950年代該廠建成後，幾十年內，向鬆花江排放的汞累計高達150多噸，造成沿岸居民出現汞中毒的水俁病；而沉積在江中的汞，治理耗時10多年。在這幾十年內，沿鬆花江兩岸建設的小油井、小煉油廠、化工廠不計其數，江水汙染問題日益嚴峻。
除此以外，2003年12月23日，中石油川東鑽探公司在重慶開縣發生特大井噴事故，造成243人死亡，主要原因之一也是規劃不當。出事礦井離居住最近的村民不到100米，礦井周圍散布農戶，一旦發生事故就是駭人聽聞的大事故 11。
新布局留下的環保隱憂
新一輪化工投資熱潮，同樣在引起環境專家們的深深擔憂。
以石化產業為例。一方麵，2004年我國主要石化產品的產量創曆史新高，石化行業工業總產值同比增長32.3%，對GDP的貢獻份額達18%。石化產品的巨大市場需求，使得不少化工企業超產能運轉，大大增加了安全事故隱患。另一方麵，這些重化工業，不是沿江布局就是分布在環境敏感區，即使每個項目都達標排放，也會由於整個區域環境承載能力的限製，產生汙染疊加效應，造成嚴重的生態災難 12。
例如，國家海洋局公布的《2004年中國海洋環境質量公報》表明，我國渤海灣、江蘇近海、長江口、杭州灣、珠江口等局部海域汙染嚴重，而這些海域附近密布著近年來建成的大小化工園區。生態統計證實：我國1\/3國土已經被酸雨汙染，主要水係的2\/5成為“劣五類”水，3億多農村人口喝不到安全的水，4億多城市居民呼吸著嚴重汙染的空氣，1500萬人因此患上支氣管炎和呼吸道癌症 13。
問題已經十分嚴重，解決的根本措施是搬遷。可是由於問題積重難返，要對這些企業喝令開道，又談何容易！
一方麵，企業搬遷需要巨額資金，而且往往是天文數字；另一方麵，這些企業職工已經適應了城市生活，不願意搬到郊區化工園區；更不用說，即使搬遷到郊區化工園區，同樣存在著環境承載力隱憂。