秦九韶曾是宋代道學的忠實信徒，道學思想對秦九韶極其所著《數學九章》有積極的影響作用，主要表現在關於數與道統一的思想；關於數學與人類社會的關係；關於探究數學算理的思想等方麵。
宋代統治者對道學情有獨鍾，宋真宗時還加封老子為“太上老君”，宋徽宗時把《老子》列為太學以及各地方學校的課本上都必須專門講授《老子》，就在統治者大力推崇《老子》的同時，《老子》的一些思想也滲透到理學之中。
秦九韶幼時就對道學感興趣，其父在對他的教育方麵也是循循善誘，順其自然，任其發展，既不壓抑特長，也不趕鴨子上架。而秦九韶的師傅魏了翁，師承了朱熹學派的理學思想，後又受陸九淵學說影響，自成一家。這些都讓秦九韶受益匪淺。
後來，秦九韶受教於“隱君子”陳元靚，陳元靚是博學多才的學者，秦九韶在對中國傳統數學有深入研究的陳元靚的指導和幫助下，潛心研讀了許多古算書，特別是《九章算術》，這一點從其《數學九章》中留下了《九章算術》深深的足跡和影子很容易看出。
另外，秦九韶也推崇宋初的道人陳摶，陳摶以傳統的道家思想為核心，參考儒家學說，奠定了宋代更深的基礎，是理學的先驅。秦九韶對陳摶的道學思想主張有很高的評價，他還曾向對兩宋理學有很深研究的陳振孫推介陳摶的身世、宗教思想等。
正是這諸多道學之士的耳濡目染、言傳身教，以及當時社會思潮與思想方法的影響，使秦九韶成為了兩宋道學的忠實信徒，並將道學的思想方法直接滲透到了他的數學成果之中。
《數學九章》在開篇的序言之初，秦九韶就指出：道是宇宙的本原，貫穿於一切事物之中。而“數”就是“道”，二者是完全統一的。因此，數和易道、天道、地道、人道是緊密相連的，因為數本身就體現了道。例如田畝人口征收賦役、營建、軍旅、市場貿易等這些關係到千家萬戶的生計和利益的事情，都要參照《數學九章》中介紹的不同的數學方法，他明確指出“數與道非二本也”，再加上數學實踐的切身體會，使他對於數學的重要性產生了較為清楚的認識。秦九韶高度評價數學的作用，反對輕賤數學的世俗看法。
總之，他認為，易道、天道、地道、人道所有這些在道洪疇中的因素都離不開科學，很好的認識自然、把握規律、發展經濟、推動生產和生活的本身又體現了道。
道學家主張的“格物致知”、“即物窮理”的思想方法在秦九韶所著的《數學九章》中也有很好的體現。所謂“格物致知”與“即物窮理”，是指在接觸和研究具體事物的過程中去發現其中的規律與本質。
在秦九韶看來，中國古代數學存在一個大弊病，那就是雖然能夠解決一些具體的甚至很深奧的算題，但往往隻知其表麵而不知其所以解。例如“大衍術”就是這樣。雖然被曆代數學家所用，但卻不知道其規律和定法。事實上，正是由於秦九韶給出了一次同餘式的一般解法，才使這一方麵的研究達到了“中國剩餘定理”的高度，為中國古代數學的發展增添了新的內容。
古今中外，許多人為文做事，尤其是在“神明”、“性命”這類問題上，常常不懂裝懂，自欺欺人。秦九韶與此相反，他坦誠自己在數學的學識淺薄，因此他十分重視和注意搜求天文曆法、生產、生活、商業貿易以及軍事活動中的數學問題，盡力滿足社會實踐的需要，並告誡人們要學好數學，精於計算，以避免由於計算錯誤而引起的種種不良後果。在中國古代大數學家中，隻有秦九韶在對數學的作用的認識上如此坦率，反映了他具有不慕虛榮、實事求是，“知之為知之，不知為不知”的科學精神。