有一年夏天的夜晚，秦九韶和一個他所寵愛的姬妾在庭院中交歡。沒想到被一個仆役無意間撞見，仆役嚇得轉身就跑，可是他認為那仆役是在有意窺探他的隱私，就誣告該仆役偷盜，並將其扭送官府，要求判仆役流放。地方官認為該仆役罪不至此，就沒有按照秦九韶的要求判決，秦九韶為此對這個地方官懷恨在心，就企圖將他毒死。當時的記載說秦九韶家中藏有大量的毒藥，如果某個人阻礙了他，他就會想方設法地設計毒死他。
又據與他同時代的南宋詞人劉克莊記載，秦九韶在瓊州為官時，到郡僅百日的時間，郡人無不厭其貪暴，作歌詛咒他趕快離開此地。周密也說秦九韶至郡數月，罷歸，所攜甚富。
從這個角度說，如果將他和意大利文藝複興時期的那些風雲人物相比，竟有幾分相似：多才多藝，無所不通，又利欲熏心，驕奢淫逸。倘若記載屬實，按照今天的標準，秦九韶簡直算得上是人格分裂的冷血殺手。
可是，縱觀秦九韶在學術上的成就，我們又發現，秦九韶從四川郪縣涉足數學研究與實踐，長期的實踐中運用數學測量雨雪，觀測氣象。四川不僅是秦九韶《數書九章》營建、軍旅數學研究成果的策源地，也是他軍事思想形成的始謀實踐地。
南宋時期的四川，無論是宋蒙聯合抗金，還是後來的宋蒙之戰，都是南宋抗禦外來入侵的主戰場之一。金人、元兵無一不是從四川北邊門戶秦鳳路、利州路入侵。寶慶至紹定年間，秦九韶在郪縣當義兵首、縣尉，參加反擊元兵邊麵保衛戰，就是他涉足軍事及軍旅數學的實踐始原之地的宏大戰場和殘酷戰爭的實錄。《數書九章》中“計立方營”、“方變銳陳”、“計布圓陣”、“望之敵眾”、“先計軍程”、“軍器功程”、“計造軍衣”等軍旅數學，無疑是秦九韶對戰場中“擇要塞，建兵營，屯兵戎，探敵情、儲糧草、備軍需”等軍事活動的研究結晶。無疑，川北門戶這片血雨腥風的沃土，也是秦九韶軍事思想形成的初始。
《數書九章》中體現的軍旅數學也反映了他在主張抗金抗蒙期間在研究、運用軍旅數學而抗擊來犯者和投降派，激怒了投降派，而招來了打擊、迫害和誣陷。秦九韶的青年到晚年，正處在宋理宗在位的朝廷腐敗、宦官專權時代。趙昀先後重用權臣史彌遠、董宋臣、丁大全、賈似道等人，尤其是史彌遠和賈似道的兩度專權，內亂朝綱，打擊排擠魏了翁、董槐、許奕、真德秀、吳潛等一批忠臣良相；外向金、蒙妥協求和，苟且偷生，致使宋朝逐步走向衰亡。步入青年的秦九韶，結識了魏了翁、真德秀、許奕、吳潛、高定子、高斯得、姚希得、葉適、李心傳、李梅亭、陳元靚等一批忠臣良相和學者，站在抗金抗蒙主張抗戰方，把自己研究的天時、軍旅數學用於軍事，而卷入了南宋的政治集團鬥爭，使之受到投降派的攻擊、誹謗。
這似乎是就是天才的宿命，最正統的教科書若是寫到這裏，或許便會寫到時代的、階級的局限造成了人物悲劇，不過人物客觀的曆史功績不容抹殺雲雲——沉迷於神學研究的牛頓、發動了毒氣戰爭的哈伯就是這樣的例子；更加開放一些的著作或許會從心理學社會學角度站在人性的立場分析秦九韶種種行為動機，並為不完美的天才感到惋惜；當然或許也會有新潮的著作欣賞天才的特立獨行，體會天才不為人知的寂寞，乃至為他翻案鳴不平。
而解密這位天才我們需要做的隻是推翻之前設立的前提即一切關於秦九韶的記載都是真實客觀的。一個具有諷刺意味的現實在於秦九韶在官修《宋史》中未見其傳，權威的史料中關於他的記載寥寥，甚至他的生卒年份都是爭論的話題。我們提到的所有關於秦九韶在數學之外的事實都是來自與他同時的周密《癸辛雜識續集》和著名詞人劉克莊文集中的《繳秦九韶知臨江軍奏狀》。在我們看來，文學家和數學家幾乎井水不犯河水，倘若文學家對數學家有如此猛烈的抨擊，往往便是出於文學家“強烈的社會責任感”了。
必須指出的是，由於秦九韶的學術成就未被同代人認識，加上一些負麵的傳聞和描述，稱其貪贓枉法、生活無度，甚至犯有人命、貪腐等罪，他在晚年後世成了一個有爭議的人物。所有宋史和地方誌都未為秦九韶列傳，他的名字和橋名時隱時現，後裔也下落不明。