對於明智光秀的真實意圖，普通士兵們是不了解的，他們也並不知道“閱兵”的借口，甚至其中許多人等到信長死亡，還搞不清內中真相。最先攻入本能寺的士兵之一、本城惣右衛門有介在回憶錄中說：“那時，太閤公（即羽柴秀吉）正在備中與輝元殿下對峙，明智率軍馳援，本以為是前往山崎方向，不料卻命令進京。因為那時家康公也到了京都，我等都認為這是針對家康公的。”
士兵們認為是信長想要消滅德川家康勢力，因此派明智光秀趁夜秘密進軍前往京都。這可見即便最下層的兵卒，對於他們的領袖織田信長都報有一種怎樣的觀感——信長公是強大的君主，但他毫無信義，誅殺甚至謀殺盟友，對他來說並非不可理解之事。
《耶穌會日本年報》中也說：“……命令把火繩都點了火，銃都上了扳機，長槍也整備好。部下疑惑這是打算做什麼，有人認為明智受信長的命令，去殺信長的義弟三河之王（指家康）”。其實當時家康已經去往了堺，而並不在京都。
據說明智軍總兵力為一萬三千人，分為三隊：光秀本隊自保津翻山，經水尾天皇陵至嵯峨野，在衣笠山麓的地藏院布陣；一隊由明智秀滿等率領，由山*經過老之阪，渡過桂川；另一隊由明智光忠率領，從王子村取道唐櫃嶽，前往鬆尾的山田村。一方麵，萬餘大軍如果不分散行動，蹤跡是不可能不被發現的，另方麵，這說明光秀的目的並不僅僅在殺死信長一人，他還要趁此機會盡快控製京都和附近地區。
明智本隊進入山城國，在遝掛宿稍作休息時，光秀命令部將天野源右衛門領一隊人馬為先驅，將此地到本能寺路上有可能泄露本軍行蹤的行人全部捉拿或誅殺。天野源右衛門果然在京都七條口附近殺死了早起種瓜的二、三十個農民。
明智大軍進至桂川時，光秀終於下達了詳細的命令：“都去掉馬蹄上包裹的東西，士卒脫掉草鞋，換上足半，鐵砲手把火繩切成一尺五寸長，並將兩端都點燃。隨時準備戰鬥！”渡過桂川後，他鼓舞士兵說：“從今日起，殿下即將成為天下人，即便如提鞋的低賤之輩亦當歡欣踴躍，竭盡忠勇。吾輩士卒有兩處目標（指信長下榻的本能寺，和信忠下榻的妙覺寺），樹立武勳便在今日。有什麼願望現在盡可以說出來。有兄弟子嗣之人自不必擔心無人繼承家業，無兄弟子嗣之輩盡可從自己的親屬中選出關係親近者繼承家業。眾人封賞之高下，全係盡忠之深淺！”然後一指遠方：“前進，敵在本能寺！”
霸王之死
六月二日清晨，明智叛軍把本能寺包圍得水泄不通。當時跟隨在織田信長身邊的，隻有小姓數十人。據說信長最初猜測道：“是城介有異心嗎？”城介指的是秋田城介，也即其長男織田信忠，信忠近在咫尺，信長大概是想到了老丈人齋藤道三的往事，以為親兒子想要奪權篡位吧。由此可見，他對光秀謀叛，是毫無心理準備的。
戰鬥首先從馬廄展開——大概光秀怕信長會奪路而逃，因此要先控製馬廄。信長的小姓二十四人，包括矢代勝介、伴太郎左衛門、伴正林、村田吉五等，全都在此戰死。此外，就寄宿或居住在附近的湯淺甚介、小倉鬆壽等人聞訊前來救駕，試圖突入寺中，也都英勇犧牲。
很快，織田信長本人出現在明智兵卒麵前，他與最後的親信森蘭丸、森力丸、森坊丸、小河愛平、高橋虎鬆、針阿彌等人共同奮戰，最後負傷退入內室。不久以後，內室燃起熊熊的火光，一代霸主就在烈火中灰飛煙滅，時年四十九歲。
對於信長最後的死亡，各種記載都大相徑庭。《信長公記》說：“信長公取弓放箭，僅僅放了兩三發之後，弓弦崩斷；再以長槍應戰，結果肘部為敵長槍所傷。信長公自知不免，遂命令身旁的女性逃出。此時，禦殿上已經烈火熊熊，難以見到信長公最後的身影，料想他已在禦殿深處自盡。”
弗洛伊士的《日本史》中則說：“執行這一特別任務的士兵一起進入內部，找到剛洗完臉和手，正用手巾擦身的信長，就直接一箭射中其背部。信長拔出箭，拿起一種像鐮刀一般的長槍，名叫薙刀的武器迎戰。據說戰了很久，信長的腕部被銃彈擊傷，就退入自己的房間，關上門，在裏麵切腹了。又有人說他親自在禦殿上放火，被活活燒死了。然而因為火勢太大，恐怕無法知道他究竟是怎麼死的了。”
從明智方的角度來看，《翁草》中記載說：“信長公身穿白色單衣，先用弓箭迎敵，因弓弦崩斷，便尋槍來戰。一個二十七、八歲的著紅衣的女中取來去鞘的十文字槍，信長公持槍躍下廣庭，與三人廝殺。三人一直把信長公逼到房間內，房間內的蠟燭還沒有熄滅，信長公的身影映在障子上。安田作兵衛（即前麵提到過的天野源右衛門）用長刃的槍照此影穿透障子刺去，刺傷了信長公的右腹。信長公遂入寢殿自盡。”
信長在本能寺殞命的時候，其長男織田信忠就下榻在不遠處的妙覺寺中，與本能寺直線距離不過600米。當時明智軍並沒有包圍妙覺寺，信忠從匆匆趕來的京都所司代村井貞勝父子處得到謀叛的消息，立刻趕往京都二條禦所。據說，信忠認為：“謀這等大逆的賊黨們，必定已把守了各個要道路口，一旦途中遭遇就不妙了，還是不要作徒勞的移動。”因此沒有及時逃往安土或其它堅固的城堡。
二條禦所是信長一力扶持的誠仁親王的官邸，修建得相當堅固，信忠退守此地時，身旁從屬大概有三到五百人。明智軍很快就包圍了二條禦所，村井貞勝建議先讓誠仁親王一家退出禦所，以免遭受池魚之殃——“京都所司代村井殿下與嗣子（指信忠）在一起，依照他的進言，內裏的兒子（內裏指天皇，內裏的兒子即指誠仁親王）騎在馬上，向外麵街道上的明智軍派遣了使者，質問他們想把自己怎麼樣，是不是要自己切腹。明智好象無意對殿下有任何舉動，希望立刻就讓殿下離開禦所，隻是為了防止城介殿下（指信忠）混在其中逃亡，就回複說馬和車駕不能離開。內裏的兒子得到報告後，就帶著妻室一起上京去他父親的皇宮了。”（《日本史》）
親王離開以後，明智軍立刻對二條禦所發起猛攻。知道已無幸免之理，織田信忠及其部下進行了殊死的抵抗，光在大門口就激鬥了一、兩個小時，使明智軍付出了意料之外的慘重代價。然而眾寡之勢懸殊，明智軍終於還是突破大門，把信忠逼退到大殿上。信忠及其兄弟勝長（信長第五子）往來奮戰，據說信忠精通劍術，連斬明智方數員大將，勇猛仿佛當年的“強情公方”足利義輝。
損失慘重的明智軍，紛紛爬上二條禦所旁太政大臣近衛前久官邸的屋頂，從這裏居高臨下，向信忠等人發射箭矢和槍彈。這一角度是信忠軍所無法抵擋的，並且火器也引燃了禦殿的大火，於是信忠吩咐部下鐮田新介擔任自己的介錯，要他事後揭開走廊地板，把自己的遺體藏匿於其下，囑咐完畢後就切腹自殺了。因此信忠的屍體並沒有被明智軍發現，而是與禦殿一起在紅蓮烈焰中歸為灰燼——享年僅二十六歲。
在二條禦所的戰鬥中，信忠方的死歿者除了信忠、勝長兄弟外，還有信忠的叔父津田又十郎長利、津田勘七、津田九郎二郎元嘉、津田小藤次等一門，村井父子三人（貞勝、貞成、傳次），信長奉行眾的菅屋長賴、福富平左衛門、野野村三十郎，馬迴眾的團平八、齋藤新五郎、阪井越中、毛利新介等，或戰死，或自盡。
也有數人僥幸逃了出來，其中就包括信長的弟弟、大茶人織田有樂齋長益，據說他是從牆壁上架槍的孔洞中鑽出去逃生的，為此，《當代記》說長益“為時人所惡”。
本能寺的背後
明智光秀究竟為什麼徒起變亂之心？他究竟有無同謀呢？對於這個問題，曆代眾說紛紜，莫衷一是。
對於光秀叛變的主因，主要有野心、宿怨和求生三種猜測。本能寺之變後，光秀立刻控製京都、安土等要地，然後寫信與毛利元就、上杉景勝等聯絡，要他們牽製羽柴秀吉和柴田勝家的兵馬，使不得回師畿內，又四處勸誘信長的舊日部屬，要他們和自己共同行動。六月八日，他離開剛攻克的安土城上京，立刻獻給朝廷銀五百枚，五山名寺和大德寺各銀百枚，同時下令免除京都的田賦。這一係列措施，無疑是在收買人心。此後，他又通過朝廷公卿，表達了自己希望開設幕府，就任新的征夷大將軍的願望。由這些事實來看，此人確實有天下之誌，或許他是為了自己的野心，才趁畿內空虛，信長孤身宿於本能寺之機，發動叛亂的。
此外，光秀和信長前此包裹在主從相得的外衣之下，還隱藏著種種宿怨。首先，光秀是足利義昭的介紹人，信長卻最終放逐了義昭；光秀是虔誠的佛教徒，信長卻一而再、再而三地焚燒名山古刹；光秀曾為朝倉家臣，信長卻要他以故主朝倉義景的頭蓋骨金盞飲酒。其次，傳說光秀曾讓母親入八上城為人質，以交換波多野兄弟前往安土請罪，但信長卻殺死了波多野兄弟，促使光秀之母橫死——當然，此事的可信度非常之低。