關於《古文孫子》，北條氏長在其《孫子外傳·序》中說：“近觀古文《孫子》一編。以其為禁秘之書，故諱言出處。”他還評論說：“蓋魏武、李靖之輩，不觀此本者歟？”顯然稱曹注本是今文《孫子》了。據服部千春繼佐藤堅司之後的考證，所謂《古文孫子》就是嘉永四年（1851）由仙台藩士櫻田迪（子惠）校點刻印的本子，該書分《孫子》正文一冊，附《孫子略解》三冊。簡稱為“櫻田本”。從櫻田本的影印件分析，其篇名標題與流行的《孫子兵法》（十一家注和武經係統）相比有較大差異；其文辭與通行本極近，無本質的差異，而與漢簡相比則差異很大。從櫻田本楷書中的古體字和俗體字看，這些字都是出現在我國六朝至唐初期時期，以及避諱唐高祖及唐太宗的名字判斷，它很可能是一本唐代本《孫子兵法》，是從古代本到今本的一個過渡形態的唐代本。當然，不能排除後人又根據明朝的《趙注孫子》對此進行了修改，因為從《軍爭》篇末和《九變》篇首的部分用字判斷為錯簡看，櫻田本是遵從了趙本學的《孫子注解引類》的，另外，趙本從武經，篇名都附數字序號，櫻田本亦然。
3.山鹿素行（1622—1685）。他在日本被奉為文武兼備、智勇雙全的戰爭哲學家，堪與孫子和克勞塞維茨齊名。他對傳播《孫子兵法》的最大作用是，第一個闡述了十三篇是一個完整的科學體係。其所著《孫子諺義》稱：
愚謂，始計之一篇者，兵法之大綱大要也。作戰、謀攻者次之，兵爭在戰與攻也，戰攻相通，以形製虛實，是所以軍形、兵勢、虛實並次，此三篇全在知己。治己而後可軍爭，軍爭有變有行，故軍爭、九變、行軍次之，是料敵知彼也。知已知彼而可知天知地，故地形、九地、火攻次之。地形、九地者地也，火攻因時日者天也。自始計迄修功未嚐不先知，是所以序用間於篇末，三軍所恃而動也。然乃始計、用間二篇，知己知彼知地知天之綱領。軍旅之事，件件不可外之。作戰、謀攻可通讀，形勢、虛實一串也。爭變、行軍一串也，地形、九地一意也，火攻一意。始計、用間在首尾，通篇自有率然之勢。文章之奇，不求自有無窮之妙，謀者不可忽。
此外，山鹿素行對《孫子兵法》中的慎戰思想和計謀權變等重大原則剖析有力，具有真知灼見。例如，將開卷的“兵”字解釋為“軍旅”即“戰爭”；將“詭道”視為臨戰應敵時順其形勢采取的靈活作戰手段。“聖人用兵之際，亦必用詭詐，不然戰必敗也”。（《孫子諺義》）
4.新井白石（1657—1725）。其著作甚豐，在日本史學史上占有很高的地位。其所著《孫武兵法擇》和《孫武兵法擇副言》，不僅是日本研究《孫子》的經典著作，而且在日本史學史上達到了頂峰。白石研究《孫子》的最大特點是，從《管子》中找到了二十多處《孫子》的典據，除了“火攻”、“用間”外，幾乎每篇都找出了這類的重要典據。他以《孫子》頭三篇的用語和《管子》作簡要對比，以便讓人了解《孫子》在相當大的程度上繼承發展了《管子》的思想：
計篇“經之以五事”
[管子曰]“五事五經也。”
“法者，曲製、官道、主用也。”
[管子曰]“曲製時舉。”
“賞罰孰明”
[管子曰]“明實不費，明刑不暴，賞罰明。”
作戰篇“其用戰也勝，久則鈍兵挫銳”
[管子曰]“強還則銳士摧”。
謀攻篇“上兵伐謀”
[管子曰]“凡有天下者，以情伐者帝，以事伐者王，
以攻伐者霸。”
“識眾寡之用者勝”
[管子曰]“眾若時雨，寡若飄風。”
新井白石還在“形”、“勢”、“虛實”、“軍事”、“九變”、“行軍”和“九地”諸篇中，進一步發現孫武采用《管子》的典據。於是，得出結論：“管子之言，比之孫武，其詞簡，而其義盡矣。”在這裏，新井白石的確發現了孫子是在相當大的程度上繼承著管子的軍事思想。
5.吉田鬆陰（1830—1859）。他可以說是日本明治維新之前最後一個最傑出的《孫子》研究家。在拿破侖戰爭席卷整個歐洲的那個時代，鬆陰從很早就開始注意西方的用兵之術。他廣采博收，自幼學習《孫子》，師承山鹿派兵法，並有重大發展。鬆陰認為武教的核心在於謀略、智略、計策和戰法。他在《武教全書》中指出，“謀略者，乃正心養氣，使攻城、立陣和主備均合其理。”即孫子所說：“經之以五事”。“智略者，乃知外而謀事”，即孫子所說：“較之以七計”。“計策者，乃設謀製勝，或用間，或納叛，依情而審虛實，易勝之法也。”即孫子所說：“兵者，詭道也”。他認為，兵法的妙用雖有千變萬化，蓋不出此“三本”——謀略、智略、計策。顯然，鬆陰對兵法“三本”之一的“計策”即“詭道”，是從戰術的角度和高度加以闡述，以便為爭取全勝創造有利的條件。
對《孫子》素有研究的吉田鬆陰，在其《孫子評注》的注釋中，自稱“餘深得孫子之妙”。他高度概括了始計篇的“三綱領”，認為“五事以經諸內，計以較諸外，詭道以佐諸外”。而對終篇“用間”，鬆陰推祟備至，評價極高：
（用間）是十三篇結局，遙應始計。蓋孫子本意，在知彼知已。知已篇篇評之，知彼密訣在用間。一間用，而萬情見矣，七計立矣。孫子開篇言計，終篇言間，非間何以為計，非計何以為間。問計二事，可以始終十三篇矣……按間者，兵之要，三軍之所恃而動也。然必也。上智如伊呂，而其君又如湯武，然後大功可至矣。下愚幽囚，妄談間事，心甚慚焉。嚐所著《幽囚錄》一書。略見其意也。”
由於鬆陰對《孫子·用間篇》崇拜得五體投地，幾乎達到了癡迷的程度。他對當時日本的鎖國政策所造成的國人無知狀況，深惡痛絕。提出要“下田踏海”，即要航海去歐美各國以及澳大利亞、中國、朝鮮等海外國家，以考察實情。他指出用間的重要任務首先是獲得海外知識。在鬆陰提出“下田踏海”主張後四年，因犯鎖國之禁而被囚於荻野山獄。上述引文之末提到的《幽囚錄》就是他在獄中所寫。1859年，吉田鬆陰因為密謀刺殺幕府被處死，當時他隻有29歲。但是深受他影響的人繼承其遺誌，成為推動明治維新的骨幹力量。其中包括“木戶孝允，推翻封建製度的重要人物；伊藤博文，明治憲法的製訂人；山縣有朋，日本現代軍隊之父”。
（二）明治維新至二戰結束時期
這一時期的主要特點是，《孫子》對日本的軍事行動影響很大，同時日本的軍人學者及其著作較多。如日本帝國大學主講包括《孫子》在內的中國經典著作的教授山安介（1829—1896），對後來任要職的學生有所影響。其中包括乃木陸軍上將和東鄉海軍上將，後者是日俄海戰中的勝利者。文武兩方麵人士著作了相當多的《孫子》注釋書。如北村佳逸著《孫子解說》（1934年）；尾川教二著《孫子論講》（1934年）；公田連太郎譯、大場彌平講解的《孫子之兵法》（1935年）等。還有武藤章中將（後作為戰犯被審判處決）於太平洋戰爭爆發前寫的專集《孫子和克勞塞維茨比較研究》。必須指出，日本侵略軍雖然在戰術上運用《孫子兵法》取得一定的成功，如1937—1938年的“華北戰役”和1941年的“馬來亞戰役”，但從根本上講日本違反了《孫子》的“慎戰”思想。軍國主義的日本無法征服堅持“持久戰”的中華民族。特別是偷襲珍珠港後，日本在戰略力量對比上迅速趨於弱勢。日本的失敗是必然的。這階段可選1930年和1943年兩部著作為代表。