到了晚上，朱棣跑到街邊的溝渠中就寢。他的親人坐著車來接他，朱棣非但不回去，反而對親人連踢帶打。
張昺、謝貴知道了這事，就去燕王府看個究竟。當時正是夏季，非常炎熱，燕王卻在府中擺了一座火爐，將火燒旺。他身穿羊皮襖，坐在火爐旁，大聲喊著：“冷，冷。”張、謝二人與朱棣說話，朱棣語無倫次，胡言亂語。
張昺、謝貴對朱棣的瘋癲病半信半疑，這時，建文帝的密令到了，命他們解除燕王的武裝。張昺與燕王府長史葛誠、指揮盧振關係很好，讓他們作為內應。
建文帝還給北平都指揮張信下了一道密令，讓他協助張昺。張信卻向燕王告密。朱棣大怒，將張昺、謝貴誘入王府殺掉。7月，朱棣正式起兵。他向將士們表示，自己出兵是要“清君側”，即除掉黃子澄、齊泰，絕無稱帝野心。所以這次戰爭被稱為“靖難之役”。
朱棣攻打服從中央的城邑，他連克懷來（今河北懷來縣東北）、密雲、遵化，軍隊很快擴充到四萬人。8月，長興侯、平燕大將軍耿炳文率三十萬大軍北上，進駐真定府，他的先鋒楊鬆占領了雄縣。
朱棣乘楊鬆立足未穩，於中秋節夜晚襲擊雄縣，將楊鬆屬下九千將士一舉全殲。燕軍很快抵達真定城下，耿炳文列陣對抗。朱棣命部將張玉與敵人正麵交鋒，自己率一支人馬繞到敵人後麵襲擊。耿軍大敗，三萬人被殲，駙馬李堅被俘。
建文帝調回耿炳文，拜李景隆為帥，命他統率五十萬軍隊。消息傳到燕京，朱棣笑道：“耿炳文還算一員好將，李景隆根本不懂兵法。小皇帝用他為帥，真是害他！現在我去支援永平（今河北盧龍），李景隆必攻燕京，那時我再回來，一定能把敵軍打敗！”
10月，李景隆果然襲擊燕京。燕國世子朱高熾緊守城池，但李軍實在太多，城門幾乎攻陷。燕王妃徐氏帶領婦女上城助戰，由於軍民一心，燕京防線才轉危為安。不久，燕王大軍回師，朱高熾也從城中殺出。疲憊不堪的李軍全線崩潰，趁夜退往山東德州。
“靖難之役”打了三年，燕軍占領江北各地，威震江南。公元1402年6月，朱棣拒絕建文帝“南北分治”的提議，從瓜洲渡江。李景隆貪生怕死，竟然打開南京城門投降。朱棣大軍開進城內，黃子澄、齊泰趁亂逃走。
這時，皇宮中著了一把大火，建文帝神秘地失蹤了。人們在火場中找到一具燒焦了的屍體，認為是建文帝。朱棣雖然不信，但仍把他當作小皇帝，說道：“小子無知，引來殺身大禍！”朱棣想繼承皇位，命大臣方孝孺起草即位詔書。
燕軍將方孝孺從獄中帶出，他上殿之後，放聲痛哭。朱棣逼他草詔，方孝孺將筆扔在地上，邊哭邊罵：“大不了就是一死，要我草詔萬萬不能！”朱棣大怒，命人將方孝孺的嘴巴割破，直至雙耳。
朱棣說：“先生雖不怕死，難道不顧你的九族嗎？”方孝孺答道：“就是誅我十族，又能如何！”朱棣將方孝孺的學生也算一族，實行“誅十族”的刑罰，共殺掉八百多人。方孝孺見自己的親人被殺，仍不屈服，引頸就義。
■鄭和下西洋
公元1402年，朱棣在南京即位，他就是明成祖。明成祖認為北方民族仍是國家的心腹之患，決心把都城遷到北方。1403年，他改燕京為北京，命人在那裏修建宮室。1421年，朱棣遷都北京。從此以後，北京一直是明朝的都城。
但建文帝的去向也令明成祖憂慮不已。有人說建文帝逃到國外，明成祖擔心建文帝殺回國內，吃起飯來總是不香。1405年6月，他命令宦官鄭和率領一支船隊出海，出使西洋各國，順便打探建文帝的下落。
鄭和本姓馬，名三保，屬於西域部族，出生於雲南昆陽（今雲南省普寧縣）。他的家庭世代信仰伊斯蘭教，其祖父、父親曾經不遠萬裏，到麥加朝聖。明軍奪取雲南後，十歲的馬三保被送到燕王府當宦官，從此與燕王建立了深厚的感情。
在“靖難之役”中，馬三保立有大功，威震三軍。1404年，明成祖賜馬三保姓鄭，名和，稱他為三寶太監。鄭和備受寵信，威望越來越大。本來到外國出使屬於重大任務，不應該由宦官承擔，但由於鄭和深孚眾望，明成祖還是讓他前往。
鄭和率領船隊出海，目的地是西洋。那個時候，“西洋”並不指歐洲，而是南海以西，印度洋沿岸各國。鄭和的船隊人多勢眾，共有兩萬多人。
他們乘坐的大海船共有六十二艘，這些船長四十四丈四尺，寬十八丈，被稱為“寶船”。此外的中型船隻還有很多。船隊成員除了士兵、海員以外，還有很多翻譯、醫生、技術人員。他們從南京帶走了許多絲綢、瓷器、紙張和珠寶，準備送給西洋貴族，擴大明朝的影響。
鄭和的船隊從劉家港（今江蘇太倉縣瀏陽河）出發，經過占城（今越南南部）、爪哇(今屬印度尼西亞)，來到舊港(今蘇門答臘島的巨港)。鄭和來到占城時，該國國王乘著大象來迎接。鄭和不敢怠慢，急忙上前參拜。