康熙帝知道鼇拜一黨勢力雄厚，就以各種名義將他們派往外地。在聖旨的調動下，鼇拜的弟弟巴哈、侄子蘇爾瑪去蒙古處理民族事務，親信濟世去福建巡海。可是，鼇拜對自己的危機卻渾然不覺，依舊恣意妄為。
一日，康熙召鼇拜入宮議事。鼇拜不知有詐，欣然前往。康熙曆數鼇拜欺君罔上、聯結黨羽等罪過，說道：“你有如此多的罪行，朕若容了你，豈不被天下人所笑？來人，將逆賊與我拿下！”
善撲營的勇士們衝向鼇拜，有的擰胳膊，有的拽大腿。鼇拜雖然武藝高強，但因為寡不敵眾，終於被他們捆綁起來。康熙又宣遏必隆上殿，對他說：“先帝爺用你為輔臣，對你何等信任！你竟然附和鼇拜，助紂為虐。左右將他拿下！”遏必隆當場被擒。
康熙帝將鼇拜、遏必隆關入大牢，命康親王傑書嚴加審訊。康親王審案後，給鼇拜定了三十條大罪，判以斬刑。他還認為，遏必隆有十二條大罪，其罪當絞，鼇拜同黨應從嚴治罪，判處斬刑或絞刑。
康熙將鼇拜宣上金殿，當眾進行責備。鼇拜脫去上衣，袒露出身上的傷疤。他說道：“這是為臣隨太宗爺征戰時留下的，希望皇上念臣立有功勞，饒臣一命。”康熙終於說道：“念你有過戰功，可將死刑改為終身監禁。”
康熙又傳下旨意，上麵寫道：“遏必隆對我朝也有功勞，判他死罪太重了些。念他並非甘心助惡，可赦其死罪，讓他以公爵之位守衛皇宮。至於鼇拜黨羽班布爾善、阿思哈、濟世等人，心腸太壞，應予絞殺。鼇拜所推行的‘圈地’之策，立即撤銷。”
後來，鼇拜在獄中死去，蘇克薩哈得到昭雪，其爵位由後人承襲。朝廷對於依附鼇拜但罪過不大的官員，一律不予追究。康熙帝的威望越來越高，深為朝臣畏服。
■平定三藩
康熙掌握大權後，關心民間疾苦，減輕百姓負擔。清朝的經濟在清兵入關的大破壞中得到恢複，老百姓安居樂業。
清朝初期，多爾袞拜吳三桂為平西王，把雲南、貴州封給他；拜尚可喜為平南王，把廣東封給他；拜耿仲明為靖南王，把福建封給他。這三個藩國被稱為“三藩”。
在明清的烽火尚未停息之時，三藩對清朝的確立起到一定作用。可是，南明政權被消滅之後，三藩擁兵自重，搜刮民財，破壞了清朝的統一。康熙帝對“三藩”的壯大非常擔心，把“三藩”、“河務、“漕運”列為三件大事，寫在皇宮柱子上，時時提醒自己。
那個時候，靖南王耿仲明已經逝世，他的孫子耿精忠繼承了王位。平南王尚可喜思念家鄉，想把王位傳給子孫，自己回鄉居住。公元1673年，尚可喜給康熙上了一道奏章，上麵寫道：“老臣已經七十歲了，身體非常不好，唯恐耽誤了國家大事。而我的兒子尚之信功勞很大，在軍隊中有較高的威信。人老了，就想葉落歸根，回轉家鄉度日。我想帶領屬下兩萬四千人口回遼東養老，讓尚之信繼承王位，留鎮廣東。希望皇上批準。”
康熙帝正準備削藩，見到這封奏章格外高興，立即作出批示：“尚可喜想回轉遼東，言辭恭謹，很識大體。但平南王尚在，令其子襲爵甚為不妥。如今廣東太平無事，可撤銷鎮南藩國，令尚氏父子一齊遷往遼東。”
吳三桂、耿精忠得知這個消息，非常吃驚，他們向皇帝上奏章，請求撤銷他們的藩國。其實，吳、耿二人何嚐想放棄王位？他們這種舉動，不過是試探皇帝而已。康熙接到二藩的奏章，決定將計就計，索性三藩盡撤，解決朝廷的隱患。
康熙帝在吳、耿二藩的奏章上作出批準意見，然後命議政王會議對此事詳加討論。多數大臣們認為不可盡撤三藩，隻有兵部尚書明珠等少數人支持康熙的意見。許多親貴不怕尚、耿，卻怕勢力雄厚的吳三桂，隻想使雲南保持現狀。
康熙帝也參加了此次會議，他說：“吳三桂野心勃勃，如果任憑他養成氣候，對朝廷不利。撤藩，他要造反；不撤藩，他遲早也要造反。咱們不如先發製人，及早削藩，這是一勞永逸的良策。”
康熙帝還對大臣們說：“既然吳藩試探朝廷，朕即日傳旨，令三藩進京朝見。如果三位王爺肯來京城，撤藩之事可以緩辦；如果三藩不肯進京，撤藩之事就要急辦。”大臣們見皇帝一再堅持意見，也就不再反對了。
吳三桂接到要他進京的旨意，非常氣憤，說道：“我當初扶保順治爺的時候，哪裏會想到今日的事情！皇帝隻是個小孩子，竟敢這樣對待我。”於是，他自稱有病，不肯進京朝見。康熙見吳藩抗旨，立即下令撤藩。
吳三桂見康熙步步緊逼，終於殺死雲南巡撫朱治國，打著“反清複明”的旗號造反。他自稱“兵馬大元帥”，跑到桂王的墓前痛哭了一場，表示自己降清是迫不得已，如今要為明朝報仇。可是，桂王是吳三桂所殺，他的惺惺作態又騙得了誰呢？
1674年，吳三桂自稱周王，軍隊向北進攻，奪取湖南。四川巡撫羅森、廣西將軍孫延齡見吳三桂力量強大，都歸順於他。不久，耿精忠在福州起兵反叛。1676年，尚之信在廣東起兵造反，尚可喜於同年逝世。吳、尚、耿的叛亂被稱為“三藩之亂”。