當時，吳三桂的兒子吳應熊娶了皇太極之女，仍留在北京。康熙果斷地殺掉吳應熊，與吳三桂徹底決裂。他集中兵力，命寧南大將軍勒爾錦率領，對付吳三桂的主力部隊。當時，吳軍已得四川、陝西之地，康熙則派遣得力官員，前去攻取。
對於尚、耿二藩，康熙對他們卻表現出寬容的態度。朝廷不但停撤尚、耿二藩，還命令進攻二藩的軍隊采取撫、征並戰的策略。1676年，耿精忠投降。次年，尚之信也率眾歸順。雖然二人屬於叛複不定之人，康熙還是保留了他們的王位。
此時，吳三桂的軍隊毫無進展，喪失了軍事上的優勢與主動。1678年3月，他在衡州稱帝，國號“大周”。可是，他的稱帝之舉並未改變叛軍的不利形勢。8月，吳三桂得了一場大病，終於喪命。他的孫子吳世璠（音fán）即位，率軍退至貴州。
公元1680年，康熙將尚之信賜死，又將耿精忠誘至北京逮捕。第二年，清軍兵分三路，將昆明團團圍住。周帝吳世璠在無望中自殺，部將開城投降。三藩之亂平定後，康熙傳下旨意，將耿精忠淩遲處死。
■奪取台灣
三藩之亂平定後，康熙開始解決台灣問題，決定實現國家統一。當初，鄭成功驅逐荷蘭侵略者後，於一年後逝世。其子鄭經繼位為延平郡王，成為台灣的統治者。公元1681年，鄭經逝世，其子鄭克塽（音shuǎng）掌握了政權。
當時，靖海將軍施琅（音láng）給康熙上了一道奏章，奏章上寫道：“鄭克塽繼位以來，部將馮錫範專權，官員受賄成風。我朝不可放棄這個用兵良機，應當將鄭氏一舉掃平。”康熙看了奏章，格外高興，與群臣商議奪取台灣之事。
施琅本是台灣將領，因為得罪了鄭成功，歸順了清朝。鄭成功最恨降清之人，將施琅的父親、弟弟斬首。施琅積極支持統一大業，且與鄭氏有仇，所以一再獻策，要渡海滅亡鄭氏。但清朝的對台政策以招撫為主，對施琅並不重視。
康熙對大臣們說：“施將軍的看法頗有道理。多年來本朝與台灣講和，也沒什麼成果，不如對鄭氏用兵。”大臣們大多支持康熙的看法。可是，福建將軍喇哈達卻上奏章說：“台灣與咱們隔著大海，渡海作戰凶險萬分，奪取台灣之策斷不可聽。”
康熙堅決駁斥喇哈達的意見，封姚啟聖為福建總督，施琅為福建水師提督。施琅上任以後，訓練水兵，督造戰船。一年之後，施琅水軍已達兩萬多人，擁有三百艘戰船。姚啟聖則準備大批糧草、物資，作為施琅征戰之用。
1683年，施琅率領軍隊從銅山港渡海，準備攻打澎湖。澎湖是台灣屬地，守將劉國軒戰功赫赫，向來為鄭氏倚重。清軍很快來到八罩島（今澎湖望安島），在那裏歇兵數日，然後向劉國軒部隊發動攻擊。
幾日後，清軍與劉國軒主力部隊展開激戰。清軍先鋒藍理率七艘戰船，殺入鄭軍戰陣，接連取得勝利。鄭軍損失了十四艘戰船，被燒死的士兵共有兩千之眾。劉國軒在受挫之後不敢主動出擊，因此貽誤戰機。
戰鬥打了五個時辰，清軍大獲全勝。鄭軍有一萬二千餘人戰死，一百多艘戰船被擊沉、焚毀。劉國軒非常恐懼，率三十艘戰船逃往台灣島。劉國軒的部隊是台灣水軍的主力軍，在這次戰鬥中幾乎全軍覆滅，給鄭克塽政權帶來致命打擊。
施琅為盡快平定台灣，對台灣民眾進行政治爭取。他對於戰俘格外優待，賜給他們糧食。戰俘傷勢痊愈後，施琅又將他們全部釋放。這些人回到台灣，廣泛宣揚清軍的仁義，台灣百姓都對清朝產生好感，願意歸順。
此時，鄭克塽召集文武群臣，商議當前對策。有人主張抵抗到底，有人主張棄島逃亡，劉國軒則主張歸順清人，避免更大傷亡。鄭克塽思慮再三，終於同意劉國軒的看法，並派他向施琅遞送降書。不久，施琅由鹿耳門進島，進駐龍亭。
奪取台灣後，清朝一些大臣說：“台灣土地狹小，沒有多少人口。我朝從台灣得不到多少稅收，還要派兵鎮守，浪費兵餉，這太不劃算了。不如將台灣人口遷往大陸，留兵鎮守澎湖，放棄台灣島。”
姚啟聖、施琅得知，急忙給皇帝上奏章。他們認為：“如果放棄台灣島，似乎不用額外增加錢糧，但外國必定占領該島。那時外國進犯我朝時有了據點，要想驅除他們難上加難。如果此種情況發生，我朝花費的錢財又何止億萬！”
後來，施琅上了一封《陳台灣棄留利害疏》，堅決主張在台灣駐兵。他指出，如果放棄台灣，還有以下幾個壞處：第一，台灣人口較多，如果強迫他們遷走，會對他們的生計產生影響。第二，若強遷台灣之民，一定花費幾年的時間，勞師動眾，沒有必要。第三，如果強遷台灣人有遺漏，留下的台灣人可能會嘯聚山林，結成反清力量。
康熙皇帝接受了施琅的意見，決定在台灣留駐軍隊。公元1684年，康熙皇帝傳下一道聖旨，將台灣納入到清朝的行政管轄之中。聖旨中說，在台灣設一府三縣，隸屬福建省，一府為台灣府，三縣為台灣、鳳山、諸羅。
■雅克薩之戰